genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74210994--74211171	27	6.6	27	79	6	155	29	28	16	26	1.97
74211015--74211170	82	1.9	81	84	3	206	28	28	16	26	1.97
74215511--74215690	53	3.3	55	79	6	186	29	27	14	28	1.95
74215511--74215690	28	6.6	27	81	6	175	29	27	14	28	1.95
74238265--74238338	37	2.0	37	82	15	91	41	22	8	27	1.82
74240495--74240581	27	3.3	26	75	9	68	40	24	8	27	1.83
74240623--74240752	27	4.8	27	83	5	138	42	20	7	30	1.80
74240628--74240809	54	3.3	54	80	8	165	42	19	7	30	1.78
74240682--74240810	27	4.7	27	77	11	118	43	19	6	31	1.75
74240856--74240933	27	2.9	27	75	11	79	37	21	20	20	1.95
74241744--74241813	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
74242033--74242115	31	2.7	31	90	3	134	30	18	24	27	1.98
74245220--74245245	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
74248536--74248573	15	2.5	15	95	0	67	52	0	18	28	1.45
74252173--74252344	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
74252166--74252341	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
74262097--74262122	12	2.2	12	100	0	52	7	0	26	65	1.20
74280171--74280348	40	4.5	40	91	2	270	23	23	28	24	2.00
74288302--74288505	40	5.1	40	93	1	338	22	23	28	25	1.99
74289705--74290197	254	1.9	253	99	0	968	29	15	21	32	1.94
74290142--74290274	69	1.9	70	90	1	214	32	13	16	37	1.88
74292054--74292293	48	5.0	48	91	2	372	35	6	27	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74292054--74292286	98	2.4	96	91	1	376	35	6	27	30	1.82
74292429--74292580	74	2.1	74	93	0	259	27	18	28	25	1.98
74292444--74292584	37	3.8	37	89	3	221	26	18	29	25	1.98
74296003--74296069	33	2.0	33	100	0	134	58	8	11	20	1.60
74302454--74302480	14	1.9	14	100	0	54	40	22	0	37	1.54
74321240--74321317	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
74321415--74321485	34	2.1	34	100	0	142	33	14	29	22	1.93
74340437--74340614	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
74340458--74340613	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74348470--74348647	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
74348491--74348646	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74353409--74353451	21	2.0	21	82	8	52	55	6	13	23	1.62
74359842--74359878	2	18.5	2	94	0	65	0	45	0	54	1.00
74368677--74368946	40	6.8	40	93	0	423	27	20	27	24	1.99
74375566--74375875	40	7.8	40	95	0	521	27	20	27	24	1.99
74390747--74390890	48	3.0	48	89	0	216	27	16	26	29	1.97
74390748--74390910	48	3.4	48	87	1	175	28	17	25	28	1.97
74394531--74394577	22	2.1	22	85	14	62	25	8	17	48	1.74
74394701--74394775	21	3.5	21	66	20	55	21	13	29	36	1.91
74396233--74396299	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
74396349--74396479	26	5.2	26	80	2	144	30	20	21	27	1.98
74396349--74396461	52	2.2	51	88	1	172	30	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74396617--74396708	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
74396732--74396846	31	3.7	31	94	1	196	30	16	25	27	1.97
74410584--74410613	15	1.9	16	93	6	53	36	10	0	53	1.35
74420382--74420406	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
74423198--74423320	47	2.6	47	93	2	203	24	20	26	28	1.99
74424891--74424915	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
74431079--74431164	44	1.9	45	85	2	120	36	29	6	27	1.83
74431150--74431218	16	4.2	16	92	3	120	37	39	0	23	1.55
74431150--74431218	33	2.1	32	94	2	120	37	39	0	23	1.55
74453443--74453492	28	1.9	26	84	15	68	24	24	12	40	1.88
74455544--74455598	20	2.7	19	83	5	56	21	34	0	43	1.53
74456114--74456287	87	2.0	87	94	0	303	25	22	11	40	1.88
74458840--74458890	19	2.7	18	75	24	52	41	0	1	56	1.10
74458850--74458888	20	2.0	20	85	10	53	41	0	2	56	1.13
74459194--74459241	20	2.5	20	76	10	55	52	6	0	41	1.27
74460590--74460816	48	4.9	48	76	10	236	27	18	25	28	1.98
74460595--74460802	90	2.2	92	79	9	219	28	18	25	28	1.98
74464285--74464462	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
74464306--74464461	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74472402--74472577	27	6.5	27	83	5	176	29	27	15	26	1.96
74472423--74472577	82	1.9	81	86	4	222	29	27	16	27	1.97
74491547--74491751	51	4.0	51	83	5	227	28	27	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74491770--74491864	28	3.5	28	78	11	117	28	23	12	35	1.91
74493865--74493927	27	2.3	27	91	0	99	20	36	9	33	1.85
74496130--74496219	42	2.1	42	85	0	117	30	12	24	33	1.92
74498908--74498968	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
74505081--74505205	43	2.9	43	91	2	198	12	23	33	31	1.91
74505546--74505643	45	2.2	45	84	8	123	25	23	28	22	1.99
74511151--74511230	41	2.0	41	100	0	160	30	18	11	40	1.86
74517876--74517902	9	3.0	9	100	0	54	55	0	22	22	1.44
74519814--74519984	93	1.8	93	89	2	272	29	27	20	22	1.99
74519809--74519981	46	3.7	47	78	10	194	30	26	20	23	1.98
74520404--74520463	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
74528263--74528412	43	3.5	43	77	12	141	26	21	25	26	1.99
74530104--74530360	40	6.4	40	84	4	265	26	27	21	25	1.99
74530104--74530360	80	3.2	80	81	7	299	26	27	21	25	1.99
74530104--74530360	120	2.1	119	83	6	315	26	27	21	25	1.99
74554097--74554224	28	4.5	28	87	2	166	29	12	25	32	1.92
74554097--74554224	57	2.2	57	87	2	177	29	12	25	32	1.92
74561990--74562117	28	4.5	28	83	4	132	28	12	25	33	1.92
74562019--74562116	28	3.4	29	88	2	146	28	12	24	34	1.91
74564982--74565026	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
74571332--74571388	29	2.0	29	100	0	114	31	17	10	40	1.84
74584193--74584334	54	2.6	55	77	1	142	20	21	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74586302--74586466	47	3.5	46	85	8	201	26	28	17	27	1.98
74586436--74586557	46	2.6	46	84	5	138	23	30	19	26	1.98
74594174--74594395	40	5.6	40	88	3	315	26	22	27	23	2.00
74596824--74596896	37	2.0	37	100	0	146	46	13	5	34	1.67
74600010--74600347	47	7.1	47	88	2	469	29	30	8	31	1.87
74600021--74600347	96	3.4	96	91	0	505	29	30	8	31	1.86
74600010--74600344	143	2.3	142	87	3	483	29	30	8	31	1.87
74601778--74601802	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
74604241--74604436	40	4.9	40	77	6	157	24	30	21	23	1.99
74604374--74604968	40	14.9	40	91	1	937	25	27	18	28	1.98
74604986--74605064	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
74605046--74605176	43	3.0	43	93	4	228	25	33	16	23	1.96
74607041--74607119	37	2.1	37	88	4	115	26	31	18	22	1.97
74607237--74607531	47	6.2	47	86	3	401	29	30	8	31	1.87
74607237--74607531	96	3.1	95	89	1	439	29	30	8	31	1.87
74608962--74608986	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
74620758--74620909	43	3.5	43	77	10	123	23	19	25	31	1.98
74620795--74620876	42	1.9	43	87	7	123	20	19	25	34	1.96
74623826--74624010	79	2.3	82	84	7	238	24	27	23	24	2.00
74623826--74624010	40	4.7	39	83	9	223	24	27	23	24	2.00
74650822--74650883	28	2.2	29	88	2	90	30	32	11	25	1.91
74652221--74652277	28	2.0	28	100	0	114	24	21	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74661094--74661269	47	3.8	47	79	13	227	22	19	28	28	1.98
74661147--74661322	46	3.8	46	78	12	216	19	20	30	29	1.97
74661101--74661314	93	2.3	93	95	0	392	21	20	29	28	1.98
74666752--74667017	46	5.7	46	71	15	206	21	19	29	29	1.98
74666801--74666961	47	3.4	47	72	17	163	21	19	29	29	1.98
74666745--74667007	93	2.8	93	92	0	436	22	20	29	28	1.98
74679971--74680017	18	2.6	18	86	0	67	4	17	4	74	1.14
74693700--74693738	21	1.9	21	84	5	53	46	10	7	35	1.67
74697542--74697604	20	3.2	20	93	0	99	15	41	25	17	1.89
74715594--74715771	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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