genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83698833--83699172	40	8.6	40	88	4	449	27	28	20	24	1.99
83698833--83699170	118	2.9	118	87	3	450	27	28	19	24	1.99
83698833--83699172	158	2.2	158	85	5	456	27	28	20	24	1.99
83706842--83707169	40	8.6	39	81	12	326	27	28	20	23	1.99
83706842--83707130	77	3.8	78	84	9	334	27	28	20	23	1.99
83711080--83711146	34	2.0	34	91	5	109	26	22	23	26	2.00
83714414--83714590	40	4.4	40	80	7	182	25	19	25	28	1.99
83714407--83714587	80	2.3	81	84	9	230	24	20	27	27	1.99
83724137--83724430	43	6.7	42	77	11	234	24	18	24	31	1.97
83724186--83724282	49	2.0	49	100	0	194	24	18	24	31	1.97
83724235--83724430	85	2.3	85	93	0	347	25	18	25	31	1.98
83732687--83732826	27	5.2	26	75	10	120	36	21	12	30	1.90
83734474--83734531	27	2.1	27	96	0	107	31	13	18	36	1.90
83740304--83740479	46	3.8	46	75	5	176	21	19	29	29	1.98
83740301--83740472	93	1.8	93	90	2	274	22	19	29	28	1.98
83743415--83743483	15	4.6	15	83	5	68	11	17	14	56	1.67
83743404--83743491	30	3.0	30	81	8	99	10	15	17	56	1.66
83745874--83746045	45	3.8	44	75	11	152	21	19	29	29	1.98
83747394--83747571	27	6.6	27	81	5	171	29	28	14	27	1.95
83747420--83747570	82	1.9	81	87	4	223	28	28	15	27	1.96
83749984--83750130	42	3.4	41	74	12	116	34	23	17	25	1.96
83755888--83755934	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83755888--83755954	21	3.3	21	87	4	84	38	10	19	31	1.85
83755999--83756071	25	2.9	25	89	0	110	28	24	21	24	1.99
83756001--83756083	25	3.4	23	85	8	94	30	22	22	24	1.99
83763896--83763942	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
83763896--83763962	21	3.3	21	87	4	84	38	10	19	31	1.85
83764008--83764080	25	2.9	25	87	0	110	30	24	20	24	1.99
83769640--83770141	47	10.6	47	90	2	770	29	29	8	33	1.87
83769640--83770141	96	5.3	94	92	1	788	29	29	8	33	1.87
83769651--83770141	143	3.4	143	92	1	781	29	29	8	32	1.87
83775611--83775785	43	4.1	43	76	8	167	34	26	15	24	1.95
83780994--83781064	35	2.0	35	97	0	133	30	21	26	21	1.98
83780994--83781052	19	3.3	19	62	13	52	33	18	22	25	1.96
83798857--83798883	11	2.5	11	100	0	54	33	7	14	44	1.73
83801513--83801560	19	2.5	19	86	0	60	29	10	33	27	1.90
83801660--83801721	26	2.3	27	81	10	83	37	25	8	29	1.85
83801826--83801912	27	3.2	27	88	3	122	17	22	21	37	1.93
83804921--83805147	48	4.7	48	79	3	199	25	30	17	25	1.97
83811339--83811382	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
83818783--83819230	222	2.0	222	99	0	887	37	8	16	37	1.78
83833474--83833685	40	5.3	40	87	3	241	24	20	26	28	1.99
83841623--83841774	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
83843456--83843498	18	2.6	16	82	13	59	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83843461--83843503	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
83847448--83847504	20	2.8	20	81	0	60	49	0	29	21	1.50
83854736--83855217	48	10.0	48	94	0	811	35	6	26	31	1.81
83855358--83855460	37	2.8	37	92	0	170	23	18	32	26	1.97
83858700--83858781	34	2.4	34	89	0	119	26	23	25	24	2.00
83861276--83861329	27	2.0	27	96	0	99	33	20	3	42	1.70
83867538--83867658	18	6.7	18	89	0	170	39	11	22	26	1.88
83867559--83867622	12	5.3	13	68	22	50	39	12	23	25	1.90
83867541--83867658	36	3.3	36	91	0	191	40	11	22	25	1.88
83867976--83868257	27	10.6	26	82	6	291	38	21	15	24	1.92
83867970--83868257	54	5.4	53	83	5	339	38	21	14	25	1.92
83877031--83877141	58	1.9	58	85	1	152	26	30	16	27	1.96
83877034--83877141	29	3.8	29	79	6	112	25	29	16	27	1.97
83877365--83877396	16	2.0	16	93	0	55	15	25	15	43	1.86
83877369--83877407	16	2.4	16	86	0	51	12	25	20	41	1.88
83881746--83881884	43	3.2	43	89	0	206	11	23	32	33	1.90
83883331--83883522	40	4.8	40	91	1	235	27	27	21	23	1.99
83892982--83893105	46	2.7	46	93	0	203	28	27	21	22	1.99
83898465--83898633	93	1.8	93	90	0	275	28	27	21	21	1.99
83898458--83898630	46	3.8	45	76	13	172	29	26	21	22	1.99
83900469--83900550	27	3.1	27	82	1	103	28	17	24	30	1.97
83902249--83902431	48	3.9	48	73	12	166	27	25	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83910214--83910599	48	8.0	48	93	0	655	31	27	6	34	1.82
83914478--83914559	27	3.1	26	82	5	101	36	21	21	19	1.95
83919767--83919938	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
83919760--83919935	46	3.8	46	78	14	200	30	28	19	21	1.98
83927339--83927509	93	1.8	93	94	2	308	28	29	21	21	1.98
83927331--83927506	46	3.8	46	80	14	218	29	28	20	21	1.98
83929531--83929580	26	1.9	26	91	0	82	18	24	16	42	1.89
83934733--83934924	40	4.8	40	88	3	255	23	23	27	25	2.00
83934733--83934950	80	2.7	80	86	6	266	24	23	27	24	2.00
83934736--83934950	40	5.4	39	86	7	231	24	23	26	25	2.00
83954208--83954391	79	2.3	81	82	7	225	24	22	27	25	2.00
83954207--83954391	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
83954260--83954424	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
83958661--83958698	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
83961758--83961801	16	2.7	17	82	10	56	50	20	20	9	1.75
83961751--83961801	8	6.4	8	75	8	50	50	19	19	9	1.75
83962017--83962088	29	2.5	29	83	0	90	29	13	30	26	1.94
83962017--83962117	29	3.5	28	78	9	89	28	14	30	25	1.95
83975560--83975649	42	2.2	43	82	6	114	31	25	13	30	1.94
83976385--83976459	36	2.1	36	100	0	150	45	5	13	36	1.66
83979854--83979887	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
83981106--83981202	28	3.5	28	83	5	115	26	35	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83988856--83988942	28	3.1	28	81	0	93	28	33	13	24	1.93
83989450--83989488	20	1.9	21	84	5	53	33	23	10	33	1.88
83995285--83995508	39	5.6	39	85	6	247	25	28	21	23	1.99
83995287--83995508	118	1.9	120	81	9	276	25	28	22	23	1.99
83997481--83997658	27	6.6	26	79	10	153	26	15	29	28	1.96
83997482--83997632	54	2.8	54	84	7	189	26	16	29	27	1.97
83997482--83997637	82	1.9	81	84	6	208	26	16	30	27	1.96
83997478--83997658	82	2.2	81	80	4	204	26	16	29	28	1.96
84014077--84014259	79	2.3	81	83	7	223	25	27	23	24	2.00
84014056--84014259	40	5.1	40	81	8	229	25	27	23	24	2.00
84015503--84015548	24	1.9	24	86	8	67	6	17	2	73	1.14
84019583--84019649	33	2.0	33	91	5	109	40	11	13	34	1.81
84032347--84032455	27	4.1	26	73	10	85	36	19	21	22	1.95
84032587--84032748	27	6.0	27	88	0	243	24	22	20	32	1.98
84033302--84033333	15	2.1	15	94	0	55	46	40	0	12	1.42
84041123--84041300	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
84041124--84041279	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
84041120--84041300	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
84048413--84048590	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
84048414--84048569	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
84048410--84048590	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
84052436--84052614	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84053882--84054290	47	8.6	47	90	3	561	34	8	28	28	1.87
84053882--84054290	96	4.3	95	88	4	565	34	8	28	28	1.87
84056848--84057088	40	6.1	40	87	0	322	24	21	28	25	1.99
84058325--84058452	40	3.0	44	60	25	101	39	9	25	25	1.86
84059769--84060365	47	12.6	47	92	2	826	33	8	29	28	1.87
84064767--84064811	23	2.0	23	100	0	90	26	26	4	42	1.74
84067933--84067973	15	2.7	15	100	0	82	26	7	17	48	1.73
84067933--84067974	8	5.5	8	77	11	52	26	7	16	50	1.71
84078848--84079067	27	8.1	27	81	0	251	25	24	16	33	1.96
84078836--84079067	81	2.9	81	83	6	283	26	24	17	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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