Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

This is table  60  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19244536--19244994
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29
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19244536--19244994
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3.2
143
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29
1.85
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40
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19
28
28
1.98
19246980--19247137
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29
1.86
19250523--19250932
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4.3
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93
2
685
32
8
30
29
1.86
19250523--19250932
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2.9
143
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0
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30
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1.86
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2.8
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2.0
70
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0
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4.0
24
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19255440--19255537
23
4.0
23
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22
23
19
34
1.96
19255443--19255537
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19256879--19256918
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19
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2.0
70
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2
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0
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33
1.97
19269240--19269630
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2.6
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475
24
19
21
33
1.97
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2.1
39
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0
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24
26
12
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19273450--19273514
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21
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19274834--19274912
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2.1
37
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24
1.98
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6.3
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29
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1.88
19275306--19275345
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2.1
19
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0
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2.0
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2.0
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2
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2.1
22
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14
53
40
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14
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1.72
19307581--19307616
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2.8
13
95
0
63
0
5
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0.72
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0
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53
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195
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15
28
29
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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253
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55
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52
2
0
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14
2.2
14
100
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19
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0
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0.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
19421748--19421778
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0
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64
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6
0
36
1.24
19439819--19439899
21
3.8
21
77
12
69
59
6
1
33
1.30
19441178--19441319
55
2.6
53
76
8
140
15
30
27
26
1.96
19448990--19449036
21
2.2
21
84
0
58
29
6
0
63
1.19
19449191--19449250
18
3.3
18
83
6
68
36
0
3
60
1.14
19449200--19449252
14
3.7
14
81
18
65
35
0
1
62
1.06
19449169--19449249
29
3.0
29
82
12
93
38
1
2
58
1.20
19449588--19449639
26
2.0
26
88
0
77
28
7
3
59
1.43
19449600--19449660
26
2.5
26
79
12
67
31
6
4
57
1.46
19449828--19449859
15
2.1
15
94
0
55
31
3
0
65
1.08
19452584--19452784
63
3.2
63
78
4
208
33
32
6
26
1.83
19452584--19452814
63
3.7
62
77
3
203
32
32
7
26
1.85
19453971--19454018
21
2.3
22
82
7
64
66
4
20
8
1.35
19454010--19454059
22
2.3
22
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12
68
72
2
22
4
1.12
19459997--19460046
25
2.1
23
85
7
64
46
0
18
36
1.49
19460203--19460285
41
2.0
42
83
2
105
27
15
20
36
1.93
19464121--19464233
55
2.1
55
91
0
181
36
7
23
32
1.82
19465582--19465665
27
3.1
27
83
13
127
34
22
23
19
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19471868--19471963
42
2.3
41
78
8
104
28
17
20
33
1.96
19480615--19480660
24
1.9
24
81
0
56
41
4
39
15
1.67
19482004--19482057
27
2.0
27
85
7
74
27
20
20
31
1.97
19483816--19483868
22
2.5
21
78
6
61
62
5
3
28
1.35
19517103--19517173
6
11.3
6
73
19
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18
2
0
78
0.86
19517104--19517167
23
2.8
22
77
11
67
18
3
0
78
0.89
19517103--19517174
5
13.8
5
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17
60
19
2
0
77
0.88
19517108--19517174
29
2.3
30
85
12
88
19
2
0
77
0.89
19521028--19521067
18
2.1
20
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9
57
37
7
0
55
1.29
19522982--19523028
15
3.3
15
86
13
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53
14
0
31
1.42
19523012--19523054
20
2.1
21
84
16
56
55
9
4
30
1.52
19523141--19523195
24
2.3
24
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12
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52
0
0
47
1.00
19523136--19523202
24
3.1
22
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10
68
53
0
1
44
1.09
19523323--19523361
18
2.1
19
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4
53
53
7
12
25
1.65
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20
1.9
20
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10
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0
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21
1.40
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2.0
65
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1
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19
10
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1.70
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29
1.9
29
88
0
85
55
0
1
42
1.10
19530987--19531020
11
3.1
11
91
0
50
61
0
2
35
1.11
19534215--19534253
18
2.1
19
85
4
53
71
0
12
15
1.14
19534488--19534528
16
2.6
16
81
14
57
46
0
7
46
1.30
19535622--19535670
24
2.0
25
96
4
91
53
2
8
36
1.43
19538495--19538546
24
2.2
24
89
6
79
38
25
5
30
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19541841--19541905
32
2.0
32
96
0
121
38
23
6
32
1.79
19544124--19544191
34
2.0
34
97
0
127
35
4
17
42
1.69
19551040--19551079
20
2.0
20
100
0
80
40
10
5
45
1.60
19552917--19552958
22
2.0
22
90
4
68
45
7
0
47
1.30
19553122--19553273
69
2.2
68
80
3
171
34
16
6
42
1.74
19562333--19562661
46
6.8
47
81
11
342
21
25
15
37
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19562474--19562516
14
2.9
15
89
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54
25
27
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32
1.94
19562482--19562516
14
2.5
14
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0
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25
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1.91
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2.1
60
94
0
218
22
25
14
36
1.93
19564808--19564859
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356