genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57036051--57036144	41	2.2	43	84	5	120	26	14	23	35	1.94
57041446--57041623	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57041447--57041602	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57041443--57041623	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57049419--57049595	27	6.6	27	81	5	196	27	15	28	29	1.96
57049420--57049574	81	1.9	81	88	5	233	27	15	28	29	1.96
57049416--57049595	81	2.2	81	83	3	229	27	15	27	29	1.96
57052167--57052279	43	2.7	43	83	4	140	30	25	19	24	1.98
57057826--57057948	58	2.1	58	86	3	167	34	11	19	34	1.88
57057974--57058145	71	2.4	69	79	5	193	24	16	19	40	1.91
57057974--57058337	70	5.2	71	76	6	244	22	15	21	40	1.91
57058017--57058465	70	6.4	70	75	9	335	22	16	21	39	1.92
57057988--57058465	140	3.4	140	79	5	455	23	16	21	39	1.92
57058818--57058863	24	1.9	24	90	0	74	19	30	17	32	1.95
57061656--57061706	18	2.7	19	73	11	52	80	1	15	1	0.89
57063470--57063496	7	3.9	7	100	0	54	40	44	0	14	1.46
57064625--57064768	41	3.5	40	82	7	173	37	20	20	21	1.94
57064927--57065004	14	5.7	14	71	17	56	29	2	21	46	1.65
57066587--57066660	7	10.9	7	75	16	66	14	1	40	43	1.54
57066593--57066658	13	4.9	13	73	16	55	13	1	42	42	1.53
57066618--57066657	20	2.0	21	90	5	64	12	2	45	40	1.56
57067531--57067628	44	2.3	44	82	3	119	20	39	1	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57071258--57071307	23	2.2	23	96	0	91	36	16	16	32	1.90
57071430--57071916	241	2.0	241	97	0	911	34	17	14	33	1.91
57072358--57072485	9	13.6	9	76	9	121	47	19	1	31	1.59
57072358--57072481	39	3.3	36	82	9	140	48	19	1	30	1.58
57072371--57072483	57	2.0	57	87	0	163	46	21	1	30	1.61
57078331--57078433	42	2.4	42	83	4	127	26	16	22	34	1.95
57079308--57079734	234	1.8	234	92	0	728	22	19	26	31	1.98
57081281--57081343	26	2.4	26	86	0	99	9	23	34	31	1.87
57087117--57087174	30	1.9	30	89	0	89	32	10	25	31	1.89
57093770--57093826	30	1.9	30	88	0	87	31	8	26	33	1.87
57094164--57094434	48	5.8	46	74	14	209	28	16	30	23	1.97
57096342--57096404	31	2.0	31	96	0	117	33	19	11	36	1.87
57097107--57097150	21	2.1	21	100	0	88	22	22	29	25	1.99
57098406--57098509	42	2.4	44	78	12	108	34	23	16	25	1.95
57098395--57098531	43	3.2	42	78	9	118	32	24	16	27	1.96
57104208--57104258	25	2.0	25	88	0	75	37	7	13	41	1.74
57108200--57108304	31	3.5	30	77	10	99	50	11	9	28	1.69
57108214--57108304	31	2.9	31	83	3	112	47	12	10	29	1.75
57111364--57111584	40	5.6	40	80	7	202	24	20	27	27	1.99
57128394--57128577	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
57128394--57128574	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
57133684--57133970	49	6.0	49	85	4	397	30	9	32	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57133681--57133972	96	3.0	96	95	0	512	30	9	31	27	1.89
57136327--57136439	42	2.7	43	83	4	131	32	32	15	18	1.93
57139780--57140028	46	5.4	45	87	3	345	19	22	12	44	1.85
57139780--57140028	138	1.8	138	89	1	392	19	22	12	44	1.85
57140019--57140168	45	3.3	45	89	0	192	20	22	20	37	1.94
57139780--57140188	46	9.0	46	83	7	282	19	22	15	41	1.89
57141899--57141923	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
57142903--57142935	9	3.3	10	87	12	50	30	0	0	69	0.88
57143347--57143392	23	2.0	23	95	0	83	45	17	15	21	1.85
57149515--57149577	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
57149515--57149577	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
57149538--57149626	29	3.1	27	73	19	74	46	0	5	48	1.26
57149507--57149584	34	2.3	33	79	14	88	44	0	2	52	1.14
57149641--57149691	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
57149761--57149852	44	2.0	46	83	4	116	33	22	6	36	1.80
57149838--57149892	16	3.4	16	84	0	74	30	29	3	36	1.75
57152224--57152341	59	2.0	60	83	9	152	61	1	6	30	1.32
57152397--57152465	29	2.3	29	85	7	86	68	0	4	27	1.09
57152242--57152566	170	1.9	171	89	4	514	59	2	7	30	1.39
57152722--57152866	10	15.5	10	70	18	66	33	1	1	64	1.11
57152759--57152866	18	5.9	18	70	20	66	32	0	0	65	1.05
57152759--57152866	27	3.9	27	75	18	98	32	0	0	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57152969--57153502	86	6.0	89	79	11	538	37	10	17	35	1.83
57152967--57153502	178	3.0	175	82	11	590	37	10	16	35	1.83
57154477--57154501	6	4.2	6	100	0	50	36	48	0	16	1.46
57157657--57157701	20	2.2	21	80	15	58	35	22	4	37	1.74
57162675--57162706	16	2.0	17	88	11	50	53	9	12	25	1.68
57165213--57165294	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
57166710--57166818	54	2.0	53	89	1	164	22	24	20	33	1.97
57166713--57166844	27	4.9	26	79	10	124	22	24	19	33	1.97
57166710--57166844	54	2.5	53	82	8	139	22	24	20	33	1.97
57167660--57167809	75	2.0	75	98	0	291	27	18	20	33	1.96
57172192--57172299	26	4.2	26	93	0	180	32	5	25	37	1.79
57173894--57174034	27	5.2	27	76	11	146	19	24	21	34	1.96
57173891--57174037	54	2.7	54	88	2	215	19	24	21	34	1.96
57173959--57174052	27	3.5	27	81	11	113	21	25	19	34	1.96
57173904--57174052	81	1.9	80	80	12	180	20	24	19	34	1.96
57175692--57175777	34	2.5	34	88	0	118	13	13	33	38	1.85
57177052--57177177	28	4.5	28	74	12	107	26	23	11	38	1.89
57177112--57177203	26	3.3	26	71	14	94	32	25	8	33	1.86
57177083--57177207	57	2.3	55	91	6	216	30	24	8	36	1.86
57177398--57177473	40	1.9	40	91	5	127	38	22	22	17	1.93
57177538--57177943	154	2.6	156	80	3	446	27	18	19	34	1.96
57178202--57178312	7	15.6	7	72	10	82	22	0	35	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57178158--57178315	14	11.4	13	72	15	68	24	0	33	41	1.55
57178476--57178514	15	2.7	15	88	4	62	25	0	30	43	1.55
57178472--57178521	22	2.3	21	79	3	55	26	0	28	46	1.53
57178748--57178808	27	2.2	28	85	2	79	24	0	34	40	1.55
57180700--57180749	26	1.9	26	83	0	64	52	6	6	36	1.51
57180852--57180911	25	2.3	26	77	5	68	55	1	8	35	1.40
57180852--57180919	13	5.2	13	68	12	50	54	1	7	36	1.37
57184588--57184943	105	3.4	105	93	1	592	35	5	3	55	1.38
57184689--57184853	48	3.2	48	67	14	141	35	4	3	56	1.38
57185217--57185326	9	13.0	9	76	11	74	48	13	1	36	1.54
57185197--57185308	56	2.0	56	87	0	161	49	12	1	36	1.51
57190332--57190360	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
57191079--57191175	31	3.1	31	90	0	149	16	8	24	50	1.72
57191248--57191428	43	4.2	43	90	0	263	24	29	18	26	1.98
57195172--57195276	42	2.5	42	92	1	174	20	26	33	20	1.97
57198305--57198436	24	5.2	25	70	20	80	65	1	1	31	1.11
57198326--57198382	22	2.8	20	73	21	55	66	0	1	31	1.02
57198320--57198436	38	3.1	37	73	21	102	64	0	1	32	1.09
57200189--57200612	119	3.5	118	87	7	614	31	18	15	34	1.92
57211442--57211484	20	2.1	21	87	12	63	60	9	11	18	1.57
57211460--57211530	35	2.0	35	100	0	142	66	11	11	11	1.46
57214864--57215163	47	6.4	47	90	0	465	32	7	31	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57217009--57217282	40	6.9	40	92	0	451	21	23	30	24	1.99
57221219--57221518	47	6.4	47	90	0	447	33	7	30	29	1.85
57222794--57222856	17	3.6	17	76	18	51	60	1	3	34	1.22
57230610--57230644	15	2.2	16	95	5	63	40	0	0	60	0.97
57230610--57230644	8	4.5	8	92	7	63	40	0	0	60	0.97
57236341--57236383	21	2.0	21	82	8	52	48	2	9	39	1.48
57236764--57236918	38	4.1	38	89	1	222	14	18	30	36	1.91
57240331--57240713	40	9.6	40	92	2	556	24	20	27	27	1.99
57248403--57248785	40	9.6	40	92	2	556	24	20	27	27	1.99
57250496--57250786	48	6.1	48	84	4	345	35	27	17	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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