genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54393918--54394033	46	2.5	46	84	5	144	31	15	27	25	1.96
54393913--54394124	46	4.6	45	74	16	139	30	17	27	24	1.97
54393955--54394124	94	1.8	92	81	9	211	30	17	27	24	1.97
54395394--54395432	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
54401673--54401884	46	4.6	46	77	8	189	30	17	27	24	1.97
54404207--54404386	50	3.6	50	90	0	263	31	27	16	24	1.97
54404207--54404432	50	4.5	50	87	2	258	30	27	17	25	1.97
54406517--54406570	15	3.7	15	75	20	51	61	18	12	7	1.54
54409571--54409805	51	4.7	51	81	5	282	28	26	19	25	1.98
54409571--54409805	101	2.3	100	91	2	373	28	26	19	25	1.98
54413379--54413592	46	4.6	46	75	8	141	28	20	28	21	1.98
54416394--54416454	28	2.2	28	82	5	70	36	3	1	59	1.24
54416580--54416604	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
54416765--54416816	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86
54418461--54418513	16	3.3	16	81	5	63	41	1	0	56	1.10
54419147--54419211	28	2.3	28	81	5	78	35	3	3	58	1.29
54419147--54419211	29	2.3	26	78	19	69	35	3	3	58	1.29
54421029--54421073	21	2.1	21	87	0	63	42	26	6	24	1.79
54421639--54421724	21	4.2	21	79	5	79	44	16	22	17	1.87
54424591--54424730	31	4.5	31	92	1	237	29	25	16	29	1.97
54424754--54424845	42	2.2	42	98	0	175	33	20	13	32	1.91
54424965--54425062	25	4.0	24	80	11	92	24	21	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54424980--54425062	25	3.4	25	89	1	114	24	21	24	30	1.99
54425266--54425414	53	2.8	53	87	4	205	25	20	20	33	1.97
54425265--54425408	27	5.4	27	80	3	159	25	21	19	34	1.97
54425415--54425444	1	30.0	1	93	0	51	3	0	0	96	0.21
54425528--54425750	27	8.3	27	79	4	200	30	8	20	39	1.83
54425553--54425750	81	2.5	80	84	1	252	31	10	20	37	1.86
54438153--54438258	40	2.6	41	73	14	101	26	19	27	26	1.99
54440993--54441031	20	2.0	20	85	5	53	30	2	0	66	1.05
54440991--54441041	25	2.0	25	85	7	68	31	3	0	64	1.11
54441150--54441174	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
54441334--54441385	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86
54443025--54443077	16	3.3	16	81	5	63	41	1	0	56	1.10
54443704--54443769	28	2.4	28	82	5	80	36	3	3	57	1.29
54443704--54443769	29	2.4	26	79	18	71	36	3	3	57	1.29
54445574--54445618	21	2.1	21	87	0	63	42	26	6	24	1.79
54446184--54446269	21	4.2	21	79	5	79	44	16	22	17	1.87
54449137--54449277	31	4.5	31	94	0	246	29	24	16	29	1.96
54449301--54449392	42	2.2	42	98	0	175	33	20	13	32	1.91
54449512--54449609	25	4.0	24	80	11	92	24	21	24	29	1.99
54449527--54449609	25	3.4	25	89	1	114	24	21	24	30	1.99
54449815--54449983	54	3.1	54	88	0	250	26	20	18	35	1.95
54449815--54449973	27	5.9	27	81	0	185	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54450002--54450415	27	15.3	27	79	7	324	31	9	20	39	1.84
54450003--54450395	54	7.3	54	81	2	380	31	9	20	38	1.84
54450026--54450415	81	4.8	81	81	3	419	31	8	20	39	1.83
54452119--54452317	31	6.4	31	91	2	310	29	25	16	28	1.97
54452538--54452632	25	3.8	25	92	0	154	24	24	27	24	2.00
54452525--54452632	50	2.2	50	85	5	139	24	24	25	26	2.00
54452837--54452995	27	6.0	26	81	7	178	24	21	20	33	1.97
54452838--54453006	54	3.1	54	87	0	241	25	20	18	36	1.95
54452854--54453004	81	1.9	80	83	5	196	24	19	19	35	1.95
54453025--54453384	27	13.3	27	82	6	320	30	9	21	38	1.85
54453049--54453384	81	4.1	81	83	3	397	30	9	20	39	1.85
54458952--54459068	42	2.8	42	86	0	153	34	17	23	25	1.96
54468284--54468351	34	2.0	34	85	2	91	29	17	26	26	1.98
54471517--54471579	31	2.0	31	100	0	126	31	19	28	20	1.97
54472413--54472477	32	2.0	32	100	0	130	27	12	15	44	1.82
54473980--54474077	41	2.4	41	87	1	135	31	22	11	34	1.89
54479061--54479146	43	2.0	41	88	4	127	22	20	2	54	1.56
54484484--54484538	18	3.1	18	89	7	78	23	1	10	63	1.36
54498270--54498330	30	2.0	30	93	0	104	29	24	6	39	1.80
54506444--54506496	26	2.0	26	100	0	106	47	3	26	22	1.68
54513202--54513351	65	2.3	65	82	0	165	34	23	18	24	1.96
54515982--54516041	29	2.2	26	78	18	77	31	30	11	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54515989--54516049	29	2.1	29	100	0	122	29	29	13	27	1.94
54518838--54518862	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
54520776--54521272	47	10.6	47	96	0	841	33	9	29	28	1.88
54527577--54527619	22	2.0	22	100	0	86	18	13	30	37	1.90
54529008--54529086	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
54529205--54529523	47	6.6	47	87	7	449	29	30	8	31	1.87
54529205--54529523	98	3.3	98	92	2	502	29	30	8	31	1.87
54529205--54529523	145	2.2	140	86	7	422	29	30	8	31	1.87
54535325--54535540	46	4.6	46	77	11	179	21	28	20	29	1.98
54540084--54540131	22	2.1	22	81	11	53	47	6	2	43	1.40
54542010--54542043	16	2.1	16	94	0	59	32	5	29	32	1.81
54543094--54543211	36	3.3	37	84	7	145	16	13	28	40	1.87
54543716--54543917	101	2.0	101	100	0	404	38	9	18	32	1.84
54544833--54544879	17	2.6	17	86	6	58	53	8	12	25	1.67
54555214--54555245	14	2.3	14	94	0	55	3	0	53	43	1.16
54559636--54559708	36	2.0	36	100	0	146	46	16	12	24	1.81
54560212--54560240	15	1.9	15	100	0	58	34	24	13	27	1.93
54562647--54562762	43	2.7	42	80	5	117	28	25	17	28	1.97
54562663--54562762	43	2.4	42	82	1	119	29	24	17	30	1.97
54566552--54566642	29	3.2	29	83	7	105	28	29	16	25	1.97
54566877--54566927	8	6.4	8	82	8	50	5	17	23	52	1.66
54566877--54566923	16	2.9	16	80	0	58	6	19	25	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54587682--54587725	20	2.2	20	95	0	79	52	25	4	18	1.64
54591240--54591273	18	1.9	18	88	5	52	29	8	5	55	1.54
54594683--54594721	20	1.9	19	85	10	51	51	2	35	10	1.50
54596750--54596810	30	2.0	30	96	0	113	19	21	9	49	1.77
54598359--54598456	45	2.2	44	87	5	144	26	14	23	35	1.93
54624508--54624541	17	1.9	18	94	5	61	79	0	0	20	0.73
54624665--54624704	21	1.9	21	85	10	55	67	5	5	22	1.30
54641739--54641782	20	2.2	20	95	0	79	20	4	20	54	1.62
54647592--54647640	23	2.1	23	84	0	62	22	10	6	61	1.50
54652124--54652187	21	3.2	21	73	22	57	25	4	3	67	1.25
54652310--54652343	18	1.9	18	94	5	61	20	0	0	79	0.73
54665244--54665349	53	2.0	53	90	0	167	31	16	16	35	1.91
54669491--54670040	44	12.0	44	70	13	324	32	18	20	28	1.97
54669529--54669718	101	1.9	96	83	9	240	33	18	20	27	1.96
54669988--54670084	51	1.9	51	89	0	149	31	17	22	27	1.97
54669827--54670094	133	2.0	134	85	8	362	32	16	22	29	1.95
54669828--54670110	139	2.1	134	84	8	358	31	15	21	30	1.95
54672052--54672083	17	1.9	16	93	6	55	21	0	0	78	0.76
54672052--54672083	8	3.9	8	92	8	55	21	0	0	78	0.76
54675980--54676251	40	6.8	40	93	1	454	23	29	21	26	1.99
54675980--54676259	122	2.3	122	93	1	467	23	28	21	26	1.99
54679976--54680001	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54680002--54680260	73	3.5	73	99	0	509	27	6	25	40	1.79
54684477--54684508	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
54684509--54684767	73	3.5	73	99	0	509	27	6	25	40	1.79
54687400--54687516	29	4.1	29	78	3	112	26	31	16	25	1.96
54689712--54689786	37	2.0	37	97	0	141	61	5	12	21	1.50
54689788--54689824	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58
54690494--54690554	21	3.0	20	75	11	61	40	11	0	47	1.40
54690494--54690558	20	3.2	20	77	12	69	38	12	0	49	1.41
54690492--54690834	146	2.4	145	80	8	376	41	10	3	43	1.57
54691128--54691175	22	2.1	22	88	7	69	62	0	2	35	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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