genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1588672--1588775	24	4.3	24	81	4	102	29	25	27	16	1.97
1588669--1588777	48	2.3	48	78	0	128	29	24	28	17	1.97
1588857--1589018	24	6.8	24	81	0	189	27	23	35	14	1.93
1588834--1588985	48	3.2	48	79	9	159	28	24	31	15	1.96
1588857--1589018	48	3.4	48	88	0	225	27	23	35	14	1.93
1592124--1592173	25	2.0	25	100	0	100	32	4	16	48	1.64
1598621--1598668	22	2.3	21	86	13	64	62	0	2	35	1.07
1627541--1627611	18	3.7	19	73	7	63	56	1	0	42	1.08
1627560--1627622	19	3.3	20	82	8	69	52	3	0	44	1.17
1627549--1627627	18	4.2	19	78	12	74	51	3	0	44	1.19
1632980--1633022	3	14.3	3	80	9	52	32	39	0	27	1.57
1637390--1637425	16	2.2	17	90	5	56	38	5	8	47	1.57
1640081--1640148	12	5.8	12	70	19	54	38	0	2	58	1.13
1642752--1642828	36	2.1	36	100	0	154	12	19	12	54	1.70
1643054--1643123	27	2.6	27	90	0	113	24	22	12	40	1.89
1647168--1647228	24	2.5	24	81	0	68	42	18	0	39	1.50
1652143--1652208	16	4.5	16	76	19	56	48	0	1	50	1.10
1662341--1662365	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1664168--1664263	7	14.3	7	75	16	69	50	1	1	47	1.15
1664169--1664263	39	2.6	34	73	17	84	50	1	1	47	1.15
1667667--1667708	10	4.3	10	78	6	50	54	0	0	45	0.99
1668566--1668598	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1669387--1669442	28	2.0	28	82	6	69	55	1	0	42	1.10
1683267--1683306	21	2.0	20	85	9	55	65	5	7	22	1.38
1684321--1684372	18	2.8	18	77	8	52	61	9	1	26	1.38
1686506--1686533	3	9.3	3	100	0	56	0	32	67	0	0.91
1688705--1689157	150	3.0	150	97	0	843	30	12	29	27	1.93
1691195--1691358	89	1.8	89	93	2	285	19	13	23	43	1.86
1691474--1691516	22	2.0	22	81	9	52	65	9	11	13	1.48
1695379--1695413	18	1.9	18	88	0	52	14	2	0	82	0.77
1701479--1701524	23	2.0	22	84	16	58	52	0	6	41	1.27
1708011--1708041	16	1.9	16	93	0	53	35	3	0	61	1.12
1708008--1708064	24	2.4	24	84	0	78	33	1	0	64	1.04
1708051--1708116	30	2.1	32	88	5	100	42	3	7	46	1.47
1709181--1709223	11	3.8	11	80	14	52	69	0	0	30	0.88
1712454--1712494	21	2.0	21	100	0	82	29	9	19	41	1.83
1713635--1713659	11	2.3	11	100	0	50	16	28	20	36	1.93
1719189--1719253	23	3.0	22	76	13	71	38	23	23	15	1.92
1725403--1725436	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1730040--1730073	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1732831--1732864	16	2.2	16	89	5	52	14	0	2	82	0.79
1732963--1733024	26	2.3	27	78	15	67	35	1	3	59	1.23
1733515--1733558	22	2.0	21	86	4	61	54	0	0	45	0.99
1733957--1734018	21	3.0	20	77	17	54	61	4	1	32	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1734387--1734517	66	1.9	70	90	6	216	38	9	12	38	1.76
1736020--1736049	11	2.7	11	94	0	51	23	10	3	63	1.40
1736712--1736778	29	2.3	30	82	14	86	50	10	8	29	1.67
1742898--1742963	33	2.0	33	100	0	132	27	9	36	27	1.87
1743515--1743577	31	2.1	31	87	3	92	25	1	12	60	1.42
1744052--1744115	29	2.2	30	88	2	94	59	14	4	21	1.53
1750194--1750243	24	2.3	21	83	13	57	52	2	2	44	1.24
1757060--1757094	17	2.0	18	88	5	54	80	5	0	14	0.89
1767912--1767998	43	2.0	43	88	0	129	44	14	11	28	1.80
1768629--1768688	29	2.1	29	96	0	111	38	5	13	43	1.66
1770572--1770600	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
1771849--1771878	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1774283--1774448	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
1775624--1775834	51	4.2	51	93	1	343	29	22	14	33	1.93
1775621--1775834	101	2.1	102	92	0	358	29	22	14	33	1.93
1783297--1783507	51	4.2	51	93	1	352	29	22	14	33	1.94
1783294--1783507	101	2.1	102	93	0	367	29	22	14	33	1.94
1790192--1790232	20	2.0	20	95	0	73	48	7	9	34	1.64
1791858--1791974	62	1.9	61	84	5	155	20	17	18	43	1.88
1793309--1793371	31	2.0	31	87	6	92	19	20	26	33	1.96
1798174--1798213	20	2.0	20	85	9	55	42	2	10	45	1.51
1798486--1798561	38	2.0	39	87	7	111	46	3	0	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1801972--1802013	21	2.1	21	82	8	52	26	2	0	71	0.98
1804271--1804427	46	3.3	46	85	10	140	36	14	21	28	1.92
1804219--1804410	52	3.8	51	86	8	277	33	14	22	29	1.94
1804205--1804428	98	2.3	98	93	0	385	34	14	22	28	1.93
1804390--1804482	37	2.5	37	96	0	168	36	17	19	26	1.94
1806463--1806501	20	1.9	21	89	5	62	43	5	0	51	1.24
1806608--1806687	33	2.4	33	93	0	133	18	22	5	53	1.63
1811755--1811840	43	2.0	43	93	0	145	50	4	12	32	1.61
1814028--1814105	31	2.5	32	84	10	92	39	1	5	53	1.31
1814028--1814100	30	2.4	33	82	13	93	38	1	5	54	1.32
1818734--1818793	17	3.8	16	71	24	56	51	0	0	48	1.00
1818736--1818799	29	2.2	29	100	0	128	53	0	0	46	1.00
1819760--1819788	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
1819764--1819810	16	3.3	15	83	13	55	31	0	6	61	1.21
1822128--1822197	22	2.8	25	86	14	101	30	21	28	20	1.98
1823962--1824037	38	2.0	38	100	0	152	31	26	10	31	1.90
1826379--1826427	25	1.9	26	84	12	66	59	2	2	36	1.21
1831948--1832051	52	2.0	52	98	0	199	33	9	16	40	1.81
1843524--1843548	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1847982--1848116	39	3.4	38	74	10	103	27	27	21	23	1.99
1852254--1852347	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
1852264--1852341	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1856927--1857034	15	7.2	15	70	12	87	26	22	7	43	1.79
1856917--1857040	30	4.1	30	94	1	203	26	24	6	42	1.78
1862962--1863002	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1877527--1877557	15	2.1	15	93	0	53	67	0	22	9	1.19
1881528--1881637	54	2.0	54	100	0	220	51	9	10	28	1.67
1884467--1884538	30	2.4	30	77	9	74	52	6	2	37	1.43
1888273--1888344	35	2.1	35	91	0	117	36	13	23	26	1.93
1896303--1896374	35	2.1	35	94	0	126	37	12	23	26	1.90
1897136--1897168	13	2.4	14	90	5	50	45	3	3	48	1.33
1897509--1897780	106	2.6	106	89	2	404	37	11	16	33	1.85
1903547--1903609	4	15.8	4	100	0	126	50	25	0	23	1.49
1911056--1911138	31	2.7	31	81	5	80	51	13	8	26	1.69
1912138--1912222	44	1.9	44	87	0	125	57	8	1	32	1.36
1914535--1914600	31	2.1	31	86	5	89	54	6	16	22	1.64
1921150--1921180	9	3.3	9	95	4	53	41	0	3	54	1.16
1926616--1926686	29	2.4	29	79	11	81	52	4	1	42	1.29
1926669--1926709	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
1931541--1931577	19	1.9	19	88	0	56	27	0	2	70	1.01
1934984--1935034	22	2.3	22	80	6	59	62	5	9	21	1.47
1943071--1943113	18	2.4	18	96	0	77	53	9	37	0	1.33
1947650--1947707	30	1.9	31	89	3	91	41	6	10	41	1.66
1950158--1950335	89	2.0	89	97	0	338	46	3	7	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1951238--1951281	19	2.3	19	80	0	52	59	0	0	40	0.98
1951247--1951295	19	2.6	20	78	12	59	51	2	0	46	1.12
1956990--1957019	13	2.3	13	100	0	60	46	6	6	40	1.56
1957200--1957242	15	2.9	14	75	18	50	37	2	2	58	1.24
1958487--1958638	59	2.6	57	81	5	171	50	12	15	22	1.77
1959466--1959521	29	1.9	29	89	7	87	33	16	8	41	1.79
1963502--1963593	46	2.0	46	95	0	166	35	7	13	43	1.72
1966150--1966243	45	2.1	46	93	2	163	22	15	9	52	1.72
1972185--1972223	17	2.3	17	86	0	51	82	10	7	0	0.86
1978688--1978732	15	2.9	15	77	6	54	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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