Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  172  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55990994--55991046
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0
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55994773--55995323
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33
8
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29
1.87
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3.3
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1
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2.0
137
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1.93
56005841--56006113
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3.0
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22
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56042645--56042706
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0
0
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0.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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33
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28
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2.6
27
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2.6
24
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2
81
19
28
19
33
1.96
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25
2.0
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88
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1.67
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2.3
26
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5
77
36
6
13
43
1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.9
17
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21
27
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1.99
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5.6
39
81
8
209
25
21
27
25
1.99
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79
2.2
80
80
3
191
25
21
28
24
1.99
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2.4
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16
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24
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1.9
21
84
0
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32
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56190403--56190432
5
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0
0
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0.72
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60
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17
15
35
1.91
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94
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25
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0
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0
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14
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1.93
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2.9
40
87
0
153
35
19
14
29
1.92
56215409--56215441
5
6.6
5
92
0
57
24
0
0
75
0.80
56220393--56220667
46
5.8
46
75
13
231
22
30
19
27
1.98
56220494--56220664
94
1.8
92
86
7
247
22
29
19
28
1.98
56220303--56220667
140
2.6
144
77
9
376
23
30
19
26
1.98
56222315--56222363
25
2.0
25
87
0
71
24
22
28
24
1.99
56228223--56228379
49
3.2
49
90
0
224
24
16
28
30
1.96
56228256--56228336
26
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26
61
22
64
24
16
28
30
1.96
56231379--56231426
15
3.1
16
75
22
57
8
14
16
60
1.57
56233573--56233746
49
3.5
49
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0
258
24
16
29
29
1.97
56240259--56240293
9
3.9
9
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0
52
57
8
0
34
1.29
56240258--56240295
18
2.1
18
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0
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52
7
0
39
1.31
56240950--56240980
15
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15
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0
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41
9
19
29
1.83
56241894--56241928
17
2.1
17
94
0
61
48
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5
22
1.72
56242858--56242928
7
10.3
7
75
17
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39
2
5
52
1.40
56242973--56243011
14
2.8
14
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14
53
38
0
5
56
1.22
56244203--56244244
20
2.1
20
90
0
66
30
26
16
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56244223--56245871
265
6.3
263
83
3
1827
37
16
16
30
1.90
56245405--56245872
247
1.9
251
81
3
586
38
15
16
30
1.89
56246384--56246412
2
14.5
2
100
0
58
51
0
48
0
1.00
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50
1.9
50
91
0
156
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12
12
17
1.65
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19
2.2
19
86
0
57
38
14
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26
1.91
56251488--56251538
20
2.8
18
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18
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1
3
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1.31
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2.0
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179
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3
5
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1.42
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1.9
50
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15
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1.95
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1.9
112
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271
20
21
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30
1.98
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20
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0
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20
6
36
1.80
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109
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21
1.90
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89
2.4
89
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4
237
40
14
23
21
1.90
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22
2.0
23
86
4
63
18
11
18
52
1.74
56262603--56262650
21
2.3
21
85
0
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50
8
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1.52
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3
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100
0
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0
0
34
0.93
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5.2
69
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3
348
34
23
20
20
1.97
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26
2.0
26
96
0
93
33
25
19
21
1.97
56277686--56277738
25
2.1
26
82
3
63
43
9
0
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1.36
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2.2
32
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0
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14
5
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1.30
56280272--56280313
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2.1
20
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8
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38
0
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57
1.20
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2.0
30
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0
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29
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1.83
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27
5.7
27
69
14
74
51
1
1
46
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56294694--56294732
17
2.2
18
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4
62
56
2
0
41
1.13
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3.6
42
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169
32
21
13
33
1.92
56306878--56307041
42
3.9
42
81
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30
25
14
29
1.95
56311649--56311674
13
2.0
13
100
0
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15
38
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15
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0
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3.3
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90
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24
27
23
24
2.00
56314819--56315082
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2.2
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7
326
24
27
23
24
2.00
56314800--56315082
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2.00
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214
24
28
22
24
1.99
56323045--56323224
79
2.3
78
83
7
213
24
28
22
24
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          353   354   355   356