genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34486644--34486716	11	7.2	11	69	16	59	34	19	8	38	1.81
34486629--34486715	20	4.3	20	94	2	140	32	19	9	39	1.83
34486646--34486722	9	7.8	10	69	16	54	33	19	7	38	1.81
34487497--34487532	19	1.9	19	88	5	56	33	5	25	36	1.79
34487505--34487864	27	13.3	27	75	6	156	35	7	21	35	1.81
34487655--34487757	28	3.7	27	83	8	102	30	6	21	41	1.79
34487506--34487798	137	2.2	133	81	4	327	35	7	20	36	1.81
34487522--34487864	191	1.8	190	85	3	492	35	7	21	35	1.82
34490380--34490590	40	5.3	40	92	2	320	21	27	23	27	1.99
34496732--34496825	33	2.8	33	98	0	179	25	9	39	25	1.86
34498446--34498665	40	5.6	40	86	3	277	20	27	24	27	1.99
34498446--34498665	79	2.8	79	83	6	268	20	27	24	27	1.99
34501623--34501705	27	3.1	27	80	3	96	39	19	7	33	1.79
34501695--34501761	27	2.5	27	90	4	100	38	22	14	23	1.92
34502273--34502344	32	2.2	32	82	4	92	23	20	22	33	1.97
34505580--34505679	28	3.6	28	80	10	123	28	19	29	24	1.98
34505553--34505679	56	2.3	56	88	0	182	27	18	29	23	1.98
34505567--34505714	56	2.6	56	85	6	176	27	17	30	24	1.97
34505772--34505848	32	2.4	32	93	0	127	35	11	23	29	1.90
34511790--34511946	28	5.6	28	72	11	117	26	17	31	24	1.97
34511790--34511951	56	2.9	56	83	9	188	27	17	30	25	1.97
34511994--34512085	32	2.9	32	88	0	121	34	11	23	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34513566--34513652	45	1.9	45	85	0	120	26	11	21	40	1.87
34519680--34519731	14	3.7	14	79	7	61	11	0	9	78	0.95
34520139--34520243	51	2.1	51	94	0	183	29	21	14	34	1.93
34521823--34521896	36	2.1	36	94	0	130	52	1	16	29	1.52
34530473--34530602	47	2.8	46	87	9	183	22	16	30	31	1.95
34536706--34536774	7	9.1	7	73	20	59	20	1	1	76	0.94
34536706--34536738	13	2.4	14	95	5	59	15	3	0	81	0.80
34536714--34536760	15	3.2	16	85	11	57	19	0	2	78	0.85
34555416--34555497	27	3.0	27	78	8	85	34	19	24	21	1.97
34555443--34555582	67	2.1	68	87	5	203	30	20	28	20	1.97
34557204--34557241	13	2.9	13	100	0	76	31	0	28	39	1.57
34558353--34558436	44	1.9	43	92	2	141	20	17	29	32	1.96
34565357--34565479	43	2.9	42	86	4	149	34	24	16	25	1.95
34568782--34568911	48	2.7	48	83	5	156	22	17	26	33	1.96
34605484--34605602	44	2.8	42	76	5	112	25	16	26	31	1.97
34605529--34605638	42	2.8	37	75	20	116	24	17	28	30	1.97
34613737--34613869	46	2.8	49	78	16	163	28	29	21	21	1.98
34613745--34613885	46	3.0	44	76	14	126	28	29	20	21	1.98
34614288--34614347	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34618023--34618060	20	1.9	20	88	0	58	50	10	2	36	1.51
34630634--34630838	40	5.1	40	83	7	247	24	21	27	25	1.99
34630634--34630817	79	2.3	81	85	6	241	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34630635--34630852	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
34642156--34642423	40	6.7	40	94	0	464	30	20	26	22	1.98
34649439--34649706	40	6.7	40	94	0	464	30	20	26	22	1.98
34653738--34653911	27	6.4	27	84	4	179	30	28	14	26	1.95
34653759--34653911	82	1.9	81	87	4	227	30	28	15	26	1.96
34653738--34653911	54	3.2	54	81	6	199	30	28	14	26	1.95
34661651--34661828	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
34661672--34661827	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
34669086--34669347	39	6.6	39	85	5	302	25	22	27	24	2.00
34677112--34677332	39	5.6	40	83	8	244	25	21	27	25	2.00
34677112--34677332	79	2.8	80	81	11	249	25	21	27	25	2.00
34677185--34677367	79	2.3	78	80	10	185	26	21	26	24	2.00
34680288--34680332	17	2.6	17	92	0	72	26	4	37	31	1.76
34681191--34681235	22	2.0	22	83	8	56	22	2	51	24	1.60
34698008--34698069	31	2.0	31	100	0	124	38	19	19	22	1.93
34704455--34704683	39	5.8	40	78	10	199	27	21	25	25	1.99
34704455--34704676	79	2.8	80	78	10	222	27	21	25	26	2.00
34709522--34709631	37	3.0	37	90	0	175	29	29	19	22	1.98
34709775--34709875	48	2.1	48	98	0	193	31	27	5	34	1.81
34712937--34713027	29	3.2	27	75	14	78	31	30	16	20	1.95
34713249--34713583	39	8.7	39	85	8	411	28	28	20	22	1.99
34713280--34713584	78	3.9	78	87	5	454	28	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34738108--34738136	13	2.2	13	100	0	58	20	13	37	27	1.91
34757592--34757810	40	5.5	40	93	2	354	22	22	28	26	1.99
34766090--34766308	40	5.5	40	94	2	363	22	23	28	25	1.99
34769401--34769453	19	2.8	19	88	0	79	45	11	20	22	1.83
34770070--34770185	27	4.3	26	79	6	115	24	19	18	37	1.94
34770075--34770177	54	1.9	53	88	2	152	24	22	17	35	1.95
34770937--34771180	122	2.0	122	96	1	454	37	29	9	23	1.86
34777567--34777637	34	2.1	33	84	2	88	30	22	18	28	1.97
34787298--34787389	42	2.2	42	88	0	130	34	19	14	31	1.91
34787522--34787605	25	3.4	25	83	6	109	27	23	20	28	1.99
34787737--34787784	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
34788406--34788470	27	2.4	27	84	5	87	23	26	15	35	1.94
34788527--34788779	27	9.3	27	79	6	147	32	7	19	39	1.81
34788613--34788752	54	2.6	54	81	7	167	31	6	21	40	1.78
34788731--34788887	27	5.8	27	92	0	251	38	8	24	29	1.84
34788702--34788911	81	2.6	81	84	0	276	36	8	23	32	1.84
34791974--34792126	56	2.7	56	88	7	206	32	25	15	26	1.95
34792005--34792145	56	2.5	56	88	4	178	34	24	14	26	1.94
34797452--34797543	45	2.0	45	100	0	184	41	21	2	34	1.66
34801445--34801509	18	3.6	18	80	0	76	44	16	16	21	1.86
34801832--34802124	80	3.7	80	88	0	415	36	18	16	28	1.93
34801835--34802110	27	10.3	27	68	6	141	37	18	17	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34805797--34805839	16	2.7	16	88	0	59	51	16	20	11	1.75
34814118--34814223	28	3.8	29	85	8	121	26	16	33	24	1.96
34814118--34814195	28	2.7	29	94	4	140	24	16	33	25	1.96
34818216--34818334	29	4.2	29	81	2	143	30	26	14	29	1.95
34818546--34818588	16	2.7	16	88	0	68	6	20	20	51	1.71
34819807--34819839	7	4.7	7	100	0	66	42	45	12	0	1.41
34820303--34820510	55	3.8	54	79	8	219	22	25	16	35	1.95
34824502--34824584	29	2.9	29	89	1	132	30	28	8	32	1.87
34842124--34842278	40	3.9	40	91	0	240	26	23	28	21	1.99
34851065--34851182	43	2.8	42	77	7	139	32	27	16	22	1.96
34858916--34859022	41	2.5	42	82	7	128	33	28	14	24	1.94
34859002--34859103	39	2.6	40	83	10	129	36	24	12	26	1.91
34863858--34864151	55	5.4	54	80	8	339	33	18	24	23	1.97
34863849--34864151	53	5.6	54	80	6	344	33	18	24	23	1.96
34863858--34864151	108	2.7	108	92	1	480	33	18	24	23	1.97
34872007--34872046	13	3.1	13	88	0	62	20	30	35	15	1.93
34879432--34879477	6	7.3	6	85	4	56	19	4	0	76	0.96
34885511--34885686	47	3.6	47	71	18	151	36	14	22	25	1.93
34885511--34885741	101	2.3	101	96	0	417	36	15	22	25	1.93
34885676--34885967	53	5.5	53	79	6	270	33	17	25	23	1.96
34885673--34885967	108	2.7	108	88	2	450	33	17	24	23	1.96
34885673--34886002	108	3.1	107	84	4	414	35	17	24	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34898840--34899062	80	2.8	79	80	3	223	24	21	28	25	1.99
34898893--34899062	40	4.3	40	87	0	216	23	21	29	25	1.99
34898915--34899097	79	2.3	80	81	1	217	25	21	28	24	1.99
34900446--34900503	23	2.5	23	83	5	64	20	22	20	36	1.95
34903758--34903814	27	2.1	27	83	6	71	38	21	22	17	1.93
34904949--34904981	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
34907288--34907405	56	2.1	56	90	0	191	34	24	11	28	1.91
34908045--34908135	45	2.0	45	93	0	155	36	24	3	36	1.72
34914510--34914596	25	3.5	25	95	3	149	27	19	27	25	1.99
34914497--34914596	50	2.0	50	84	9	134	27	20	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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