genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12521381--12521409	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
12521628--12521679	26	2.0	27	92	3	88	75	7	0	17	1.03
12524055--12524152	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
12524062--12524150	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
12524301--12524448	75	2.0	75	100	0	296	33	21	8	37	1.83
12529612--12529709	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
12529619--12529707	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
12529858--12530005	75	2.0	75	100	0	296	33	21	8	37	1.83
12532355--12532403	24	2.0	25	88	4	73	44	44	4	6	1.47
12533494--12533638	3	47.0	3	70	10	55	30	6	4	59	1.41
12533591--12533615	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
12533839--12533890	3	16.3	3	78	7	50	30	3	5	59	1.39
12546190--12546398	68	3.1	68	92	0	337	23	24	24	26	2.00
12546377--12546443	34	2.0	34	87	0	98	26	16	28	28	1.97
12546505--12546607	41	2.5	41	88	0	143	35	22	15	26	1.94
12548042--12548091	3	15.3	3	91	4	55	30	2	0	68	1.01
12548292--12548362	18	4.1	18	71	18	51	30	8	4	56	1.48
12550776--12550870	40	2.4	40	86	6	124	36	35	12	14	1.85
12555800--12555861	31	2.0	31	96	0	115	17	12	14	54	1.70
12571070--12571116	19	2.5	18	83	10	58	53	4	0	42	1.20
12573448--12573491	21	2.1	21	100	0	88	9	18	38	34	1.82
12574493--12574528	19	1.9	18	88	5	54	61	0	5	33	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12577754--12577811	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
12582604--12582658	24	2.2	25	74	3	58	43	9	1	45	1.46
12594076--12594170	49	2.0	47	85	4	127	25	12	6	55	1.60
12603134--12603159	12	2.2	12	100	0	52	42	0	50	7	1.31
12616227--12616285	4	14.8	4	100	0	118	25	0	23	50	1.49
12629904--12629960	27	2.1	27	93	0	96	26	19	31	22	1.98
12631645--12631758	40	2.9	39	84	7	133	19	21	27	32	1.97
12631645--12631758	38	2.9	38	83	7	122	19	21	27	32	1.97
12635025--12635256	40	5.8	40	91	1	245	28	26	20	24	1.99
12635024--12635256	80	2.9	79	85	3	297	28	26	20	24	1.99
12642705--12642856	38	3.9	39	88	5	202	19	21	26	32	1.97
12642705--12642856	78	1.9	79	84	7	204	19	21	26	32	1.97
12643993--12644017	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
12644393--12644554	43	3.8	42	77	6	155	24	17	25	32	1.97
12644701--12644740	18	2.2	19	86	4	55	45	2	20	32	1.64
12650512--12650554	20	2.2	20	100	0	86	20	9	16	53	1.70
12651289--12651325	18	2.2	18	90	9	60	67	0	8	24	1.17
12651405--12651439	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
12654542--12654594	22	2.4	22	83	3	61	35	1	0	62	1.06
12654557--12654614	23	2.6	22	83	2	62	36	0	1	62	1.06
12662927--12662961	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
12666321--12666378	30	1.9	30	86	6	82	22	32	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12671100--12671592	131	3.8	130	77	7	383	28	19	17	34	1.95
12683119--12683433	45	7.1	45	67	11	193	28	16	24	29	1.97
12683215--12683415	44	4.6	45	68	10	146	28	15	25	30	1.96
12683115--12683767	132	4.9	133	91	1	895	27	17	26	29	1.98
12686811--12687240	131	3.3	131	77	5	311	29	20	16	34	1.94
12690411--12690436	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
12692270--12692359	30	3.0	30	83	3	101	25	31	23	20	1.98
12694092--12694119	8	3.5	8	100	0	56	39	14	25	21	1.91
12703080--12703108	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
12703468--12703547	17	4.5	17	90	6	124	40	11	12	36	1.79
12703468--12703547	35	2.3	35	91	6	126	40	11	12	36	1.79
12703852--12703885	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
12703853--12703961	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
12703850--12703880	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
12706065--12706119	23	2.4	23	90	0	83	5	21	29	43	1.75
12712090--12712271	46	4.0	46	88	1	240	20	23	14	41	1.89
12712664--12712772	23	4.7	23	72	17	107	31	24	29	14	1.95
12714845--12714893	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
12723078--12723113	12	3.0	12	91	0	54	36	2	8	52	1.46
12727964--12728006	9	4.9	9	91	2	70	44	6	0	48	1.29
12728423--12728460	15	2.6	15	87	4	51	21	0	39	39	1.53
12729036--12729132	22	4.5	22	67	26	73	47	27	2	22	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12729199--12729266	28	2.4	27	76	13	75	48	26	1	23	1.59
12729415--12729467	8	6.1	8	79	16	52	66	5	0	28	1.15
12729574--12729617	18	2.5	17	85	7	61	77	0	4	18	0.94
12730516--12730822	153	2.0	154	97	0	580	25	14	15	44	1.84
12733201--12733660	152	3.0	152	96	0	848	28	15	13	42	1.86
12733567--12733758	98	2.0	98	96	0	357	27	15	12	44	1.83
12733415--12733910	250	2.0	250	95	0	902	27	15	13	42	1.85
12733660--12734016	152	2.4	150	95	1	633	27	15	13	43	1.85
12734886--12734990	43	2.4	43	87	0	156	28	18	32	20	1.96
12736616--12736672	26	2.2	26	100	0	114	31	7	26	35	1.83
12743290--12743345	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
12744831--12744883	26	2.0	26	85	7	72	35	22	13	28	1.92
12748743--12748769	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
12750359--12750438	29	2.7	30	75	11	76	33	6	3	56	1.42
12759973--12760004	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
12759973--12760003	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
12764414--12764445	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
12764414--12764444	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
12767452--12767542	45	2.0	45	100	0	182	39	13	23	24	1.90
12770543--12770594	22	2.5	21	82	11	63	21	3	1	73	1.10
12770672--12770696	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
12773845--12773900	29	1.9	29	88	0	85	25	30	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12776751--12777104	46	7.7	46	93	0	548	38	15	23	22	1.93
12786128--12786165	19	2.0	19	100	0	76	10	10	10	68	1.40
12787732--12787782	21	2.4	21	83	6	59	47	0	1	50	1.12
12787744--12787830	16	5.5	16	70	15	56	44	1	2	51	1.21
12787736--12787840	49	2.1	52	83	7	144	46	0	1	50	1.18
12788002--12788036	16	2.2	16	89	0	52	31	17	0	51	1.45
12791111--12791156	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
12791118--12791162	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12798832--12798877	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
12798839--12798883	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12801594--12801692	46	2.2	46	87	3	137	45	16	21	17	1.85
12801986--12802018	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
12803021--12803051	15	2.1	15	94	5	55	22	9	0	67	1.19
12803295--12803362	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
12810765--12810814	19	2.8	17	79	11	55	22	6	0	72	1.07
12814765--12814828	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
12815036--12815187	24	6.4	24	89	3	227	26	21	22	30	1.99
12815043--12815186	47	3.1	47	88	3	218	27	20	22	29	1.98
12815036--12815187	71	2.1	71	92	1	250	26	21	22	30	1.99
12815241--12815303	20	3.2	20	90	0	108	30	20	12	36	1.90
12815340--12815387	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
12816545--12816633	27	3.3	27	78	7	90	23	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12816662--12816893	54	4.3	54	80	4	180	33	9	18	38	1.83
12816662--12816920	27	9.5	27	77	4	162	34	9	18	37	1.83
12816691--12816879	54	3.5	53	82	5	200	32	8	17	40	1.81
12816672--12816893	81	2.7	80	74	6	196	31	8	18	40	1.81
12816870--12817003	27	5.0	27	85	3	164	41	8	20	29	1.82
12816945--12817066	65	1.9	65	87	0	181	38	7	26	27	1.83
12816961--12817041	38	2.1	38	81	4	92	39	7	28	24	1.82
12817000--12817066	27	2.5	27	90	0	98	38	5	26	28	1.80
12817016--12817124	27	4.0	26	76	9	85	32	7	22	37	1.82
12816907--12817093	92	2.0	92	82	0	221	39	8	23	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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