genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.355.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113682375--113682509	35	3.7	37	86	7	179	34	23	9	31	1.87
113686351--113686399	22	2.2	23	85	3	64	30	8	0	61	1.25
113687510--113687608	52	1.9	52	91	0	162	16	7	20	56	1.63
113691024--113691078	28	1.9	29	82	10	69	21	3	14	60	1.50
113695429--113695499	25	3.0	25	79	6	85	25	22	43	8	1.81
113695497--113695835	113	3.0	112	93	1	588	41	5	38	15	1.68
113698288--113698477	96	2.0	96	91	0	308	35	18	33	12	1.89
113701981--113702068	19	4.6	18	72	16	61	45	5	0	48	1.26
113701982--113702097	9	12.1	9	66	14	54	43	6	0	49	1.35
113705555--113705598	9	4.9	9	89	10	72	34	0	0	65	0.93
113705892--113705923	14	2.3	14	100	0	64	46	6	0	46	1.27
113706658--113706734	23	3.4	22	74	15	68	38	1	2	57	1.21
113706730--113706786	20	2.8	20	79	15	62	40	1	3	54	1.28
113715506--113715532	11	2.5	11	100	0	54	48	7	25	18	1.74
113721670--113721713	23	1.9	23	85	0	61	47	2	9	40	1.48
113724419--113724476	18	3.2	18	85	9	91	53	15	1	29	1.52
113730286--113730436	74	2.1	72	93	2	257	52	12	10	24	1.71
113733856--113733899	18	2.4	18	78	14	54	40	15	13	29	1.86
113735579--113736123	292	1.9	292	100	0	1090	32	16	24	27	1.96
113740068--113740129	31	2.0	31	84	12	83	35	0	1	62	1.05
113740585--113740629	22	2.1	22	83	4	56	48	0	4	46	1.22
113748862--113748895	18	1.9	18	88	5	52	26	2	14	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113750052--113750117	31	2.1	31	86	5	89	36	6	16	40	1.73
113751180--113751235	26	2.3	24	82	14	62	46	7	3	42	1.48
113751622--113751687	14	4.9	14	69	14	57	50	1	3	45	1.26
113751629--113751734	31	3.6	29	72	20	85	56	0	2	39	1.20
113752982--113753029	25	1.9	25	86	0	69	64	10	2	22	1.35
113756941--113756972	14	2.3	14	100	0	64	28	37	18	15	1.92
113757413--113757472	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
113758452--113758499	21	2.3	21	78	7	53	56	4	6	33	1.44
113761200--113761349	73	2.1	73	97	0	282	28	13	14	44	1.83
113761322--113761357	18	2.0	18	94	0	63	27	19	2	50	1.62
113767152--113767677	200	2.6	198	86	2	703	36	22	12	27	1.91
113771965--113771996	16	2.0	16	93	0	55	12	6	21	59	1.55
113787186--113787265	20	3.9	19	73	22	65	35	1	1	62	1.11
113806268--113806297	14	2.1	14	100	0	60	26	13	20	40	1.89
113809032--113809074	16	2.8	16	93	6	72	48	6	11	32	1.66
113814045--113814089	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
113823228--113823293	28	2.3	29	80	17	77	57	9	0	33	1.30
113827603--113827632	11	2.6	12	89	10	53	26	0	0	73	0.84
113829952--113830384	167	2.6	166	86	3	598	42	18	15	24	1.88
113831049--113831141	48	1.9	48	100	0	186	49	7	6	36	1.57
113831752--113831776	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
113834229--113834275	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113834778--113834856	39	2.0	39	95	0	140	24	27	5	43	1.75
113837578--113837737	52	3.1	52	80	4	187	25	18	26	30	1.98
113843355--113843514	52	3.1	53	78	4	182	28	26	18	26	1.98
113846237--113846314	38	2.0	39	95	2	140	44	5	25	24	1.74
113846798--113846863	24	2.7	24	75	11	62	39	6	4	50	1.48
113851625--113852134	44	11.8	44	90	2	739	21	30	18	29	1.97
113851625--113852134	172	2.9	172	89	1	761	21	30	18	29	1.97
113851639--113852222	132	4.5	129	83	6	519	23	29	17	29	1.97
113856957--113856995	18	2.0	20	85	9	55	58	7	2	30	1.39
113857154--113857201	24	2.0	24	84	12	62	54	2	2	41	1.24
113870193--113870231	17	2.3	17	81	0	51	56	2	0	41	1.13
113871490--113871628	67	2.0	66	90	8	217	30	14	17	38	1.89
113878703--113879392	191	3.6	190	81	4	764	31	16	18	33	1.93
113879234--113879541	165	1.9	165	81	4	379	32	14	17	35	1.90
113894757--113894859	29	3.4	30	78	6	111	50	0	7	40	1.38
113898015--113898056	22	1.9	22	85	9	59	50	0	0	50	1.00
113918594--113918791	101	2.0	98	94	3	342	19	28	8	43	1.80
113918851--113918891	21	2.0	21	90	9	66	29	26	17	26	1.97
113918926--113918995	31	2.3	32	80	7	92	25	10	18	45	1.80
113919467--113919505	21	1.9	21	89	5	62	71	0	0	28	0.86
113920228--113920261	18	1.9	18	88	5	52	52	5	11	29	1.61
113920971--113921030	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113923116--113923153	19	1.9	20	89	10	60	2	13	0	84	0.73
113923944--113924026	3	27.7	3	73	9	62	32	3	4	59	1.36
113923936--113924024	23	3.9	22	77	14	74	32	3	4	59	1.34
113924194--113924258	2	34.5	2	76	17	59	41	1	1	55	1.18
113924191--113924284	11	8.4	11	77	13	84	37	1	2	59	1.16
113924191--113924256	9	7.3	9	75	16	66	40	1	1	56	1.18
113924193--113924291	13	7.6	13	72	18	82	37	1	2	59	1.16
113924596--113924685	46	2.0	45	84	6	119	34	6	3	55	1.42
113926967--113927024	7	8.3	7	96	0	80	6	51	0	41	1.28
113926967--113927024	21	2.8	21	89	0	89	6	51	0	41	1.28
113927597--113927644	17	2.7	18	83	9	62	29	4	2	64	1.23
113929412--113929507	4	23.8	4	78	6	95	66	3	26	4	1.24
113930267--113930377	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
113931830--113931886	21	2.9	21	92	7	93	63	5	3	28	1.33
113934132--113934250	60	2.0	60	85	9	163	54	6	0	38	1.27
113934207--113934253	17	2.8	16	78	15	51	55	6	0	38	1.26
113939574--113939633	29	2.1	29	84	3	77	23	11	5	60	1.51
113950864--113950923	15	3.8	16	74	10	52	58	0	0	41	0.98
113951960--113951984	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
113956274--113956315	20	2.0	21	86	4	59	42	14	2	40	1.58
113959372--113959413	18	2.2	20	87	8	61	26	16	0	57	1.40
113965170--113965328	81	1.9	81	87	5	230	48	16	10	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113965944--113965992	4	12.2	4	100	0	98	48	24	0	26	1.51
113967767--113968284	232	2.2	232	91	0	838	23	15	21	39	1.91
113969987--113970084	51	1.9	51	91	4	162	38	10	20	30	1.86
113969986--113970100	51	2.3	51	86	3	160	40	9	21	28	1.85
113970874--113971148	46	6.0	46	89	1	345	42	13	22	21	1.87
113970874--113971148	139	2.0	138	84	3	356	42	13	22	21	1.87
113979483--113979512	13	2.3	13	100	0	60	33	23	0	43	1.54
113981869--113981916	23	2.1	23	84	7	62	58	14	6	20	1.58
113982562--113982634	4	18.2	4	91	0	101	43	26	5	24	1.75
113984439--113985108	232	2.8	232	91	3	1025	23	16	22	37	1.94
113988142--113988175	6	5.8	6	86	6	52	85	0	11	2	0.71
113988142--113988175	17	2.0	17	94	0	59	85	0	11	2	0.71
113991351--113991388	7	5.4	7	87	0	58	28	15	26	28	1.96
113991791--113991870	31	2.6	31	78	4	90	41	18	16	23	1.90
114002643--114002697	27	2.0	27	96	0	101	43	10	9	36	1.72
114003097--114003163	17	3.6	18	71	18	57	44	1	0	53	1.09
114003914--114003975	13	4.8	13	81	0	61	33	20	8	37	1.83
114009811--114010440	233	2.7	231	78	7	676	25	13	16	43	1.85
114034392--114034437	20	2.2	20	84	7	56	50	2	0	47	1.13
114035494--114035531	20	2.0	20	84	5	51	57	5	2	34	1.35
114044788--114044856	31	2.2	31	92	0	111	53	4	13	28	1.58
114047100--114047582	183	2.6	182	87	2	700	34	14	18	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114047398--114047928	207	2.6	204	85	4	678	32	13	20	32	1.91
114049298--114049340	20	2.2	20	100	0	86	72	0	0	27	0.85
114051731--114052068	86	4.0	86	83	5	400	31	9	16	41	1.81
114051775--114052025	80	3.1	80	84	6	331	33	9	16	40	1.81
114052027--114052145	40	3.0	40	78	8	107	29	7	11	51	1.66
114055892--114055954	30	2.1	29	82	8	74	55	9	1	33	1.42
114055969--114056019	17	3.1	17	80	2	50	62	0	0	37	0.95
114055979--114056021	16	2.6	16	81	3	50	60	0	0	39	0.97
114063096--114063141	24	2.0	23	84	16	60	56	4	6	32	1.45
114065815--114065880	31	2.1	31	86	5	89	31	18	19	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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