genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70567633--70567678	20	2.2	20	85	11	58	17	4	4	73	1.15
70569249--70569423	40	4.4	40	89	3	239	25	28	21	24	1.99
70575968--70576065	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
70575996--70576078	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
70575968--70576079	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
70584068--70584165	27	3.5	28	88	2	126	27	13	27	31	1.94
70584096--70584179	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
70604400--70604509	46	2.4	46	92	0	175	21	20	28	29	1.98
70604400--70604525	46	2.7	46	86	2	173	20	19	28	30	1.97
70607393--70607620	40	5.7	40	92	3	379	25	22	27	25	2.00
70607393--70607653	80	3.3	80	90	3	377	26	22	26	24	2.00
70607393--70607653	120	2.2	119	87	4	375	26	22	26	24	2.00
70617065--70617104	20	2.0	21	85	5	55	75	0	10	15	1.05
70618191--70618230	15	2.4	17	88	12	57	40	0	12	47	1.41
70627224--70627287	31	2.1	31	100	0	128	31	9	23	35	1.87
70630051--70630102	21	2.6	19	74	14	50	42	19	3	34	1.69
70633398--70633677	47	6.0	47	89	1	402	33	11	28	26	1.92
70633518--70633639	22	5.3	22	63	30	58	31	13	28	25	1.94
70633896--70634003	37	2.9	37	94	1	182	23	18	31	26	1.97
70634834--70634958	49	2.7	46	78	8	137	26	28	18	26	1.98
70641604--70641690	45	1.9	45	95	0	156	25	13	25	35	1.93
70648606--70648647	18	2.3	18	84	8	59	16	26	40	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70663969--70664023	26	2.1	26	100	0	110	36	7	14	41	1.74
70668306--70668460	44	3.6	43	71	13	113	31	24	17	26	1.97
70668298--70668454	85	1.8	85	80	9	185	30	26	17	26	1.97
70673030--70673322	48	6.1	48	87	3	419	33	5	28	32	1.81
70673030--70673453	96	4.3	96	87	8	616	33	6	28	32	1.82
70673308--70673336	14	2.1	14	100	0	58	27	0	31	41	1.56
70673251--70673384	62	2.1	62	91	1	214	31	4	29	35	1.77
70673212--70673432	110	2.0	110	96	0	406	33	4	28	33	1.79
70673155--70673453	158	1.9	159	90	3	478	33	5	27	33	1.80
70673314--70673453	48	2.9	47	92	1	226	32	6	27	32	1.82
70673424--70673616	47	4.1	47	87	0	269	32	12	27	27	1.93
70673376--70673616	94	2.6	94	81	3	270	33	10	26	28	1.90
70673797--70673948	37	4.1	37	93	0	250	21	20	32	25	1.97
70683469--70683601	45	3.0	45	92	0	212	36	28	13	21	1.91
70698187--70698308	47	2.6	47	90	0	181	34	13	22	28	1.93
70698287--70698483	54	3.6	54	81	8	197	36	17	23	21	1.95
70710635--70710715	41	2.0	41	82	4	101	23	18	24	33	1.97
70712499--70712795	148	2.0	148	100	0	594	29	21	11	37	1.89
70712957--70713008	26	2.0	26	85	7	70	32	25	3	38	1.74
70714646--70714814	27	6.3	27	90	1	250	29	26	6	37	1.82
70714622--70715026	27	15.1	27	79	8	220	35	24	7	32	1.84
70715011--70715312	27	11.3	27	86	1	376	34	20	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70716689--70716779	46	2.0	46	84	0	119	25	31	9	32	1.89
70716773--70717037	47	5.6	47	91	0	406	27	28	10	33	1.90
70716843--70716965	22	5.3	22	64	30	69	25	29	13	31	1.94
70719812--70719873	22	2.8	22	80	7	72	24	22	19	33	1.97
70720031--70720130	27	3.8	27	83	7	116	20	22	21	37	1.95
70720031--70720130	54	1.9	51	83	6	128	20	22	21	37	1.95
70720262--70720361	6	16.3	6	68	15	62	21	16	14	49	1.80
70720262--70720341	31	2.6	31	87	0	115	21	16	13	48	1.80
70731609--70731665	30	1.9	30	89	7	89	29	35	17	17	1.93
70733405--70733456	26	2.0	26	100	0	104	26	19	23	30	1.98
70736184--70736364	28	6.5	28	89	4	199	34	29	11	25	1.90
70736186--70736339	28	5.5	28	94	0	256	34	29	11	25	1.90
70736185--70736364	56	3.2	56	89	3	265	34	29	11	25	1.90
70753615--70753872	40	6.5	40	88	2	351	25	27	22	25	2.00
70760333--70760386	27	2.0	27	96	0	99	38	3	25	31	1.74
70761143--70761317	67	2.6	66	76	0	179	34	16	20	29	1.94
70762955--70763011	26	2.2	26	87	0	78	40	3	22	33	1.71
70763288--70763365	39	2.0	39	97	0	147	24	11	17	46	1.82
70764329--70764397	34	2.0	34	100	0	138	42	5	26	26	1.78
70770705--70770796	28	3.3	28	85	0	121	20	16	38	25	1.93
70771113--70771586	27	17.7	27	77	9	366	39	18	9	32	1.84
70771122--70771586	54	8.7	54	80	5	410	38	18	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70771113--70771586	81	5.9	81	79	6	412	39	18	9	32	1.84
70771113--70771520	134	3.0	132	82	5	446	38	18	10	32	1.84
70771538--70771599	27	2.3	27	91	0	97	40	16	11	32	1.83
70771777--70771874	50	2.0	50	91	0	160	30	20	19	29	1.97
70776523--70776700	27	6.6	27	83	3	205	29	27	15	27	1.96
70784494--70784671	27	6.6	27	81	3	160	27	28	16	28	1.97
70790364--70790438	38	2.0	38	91	0	123	48	10	21	20	1.79
70797900--70797999	27	3.8	27	80	4	105	34	22	23	21	1.97
70798165--70798634	27	17.6	27	79	4	407	32	10	19	37	1.87
70798152--70798622	81	5.9	81	79	6	449	31	11	19	37	1.87
70798846--70798883	19	2.0	19	90	10	60	21	47	18	13	1.82
70801013--70801042	6	5.0	6	91	0	51	0	46	0	53	1.00
70806972--70807132	41	3.9	40	71	18	141	29	27	21	22	1.99
70809977--70810020	11	3.7	11	80	16	52	52	4	22	20	1.65
70809971--70810021	25	2.0	25	96	0	93	47	9	21	21	1.79
70809971--70810009	11	3.0	14	78	21	57	46	10	23	20	1.81
70814607--70814686	41	2.0	41	87	9	119	12	40	25	22	1.89
70816855--70817073	46	4.7	46	79	10	173	25	28	17	28	1.98
70816855--70817118	140	1.9	140	81	4	318	25	27	18	29	1.98
70824817--70824988	93	1.8	93	90	4	276	29	29	19	22	1.98
70824810--70824985	46	3.8	46	75	14	173	30	28	18	21	1.97
70824859--70825004	46	3.2	46	75	13	149	30	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70832373--70832543	92	1.9	92	93	2	299	29	29	19	21	1.98
70832366--70832538	46	3.7	47	80	11	205	30	30	19	20	1.97
70845291--70845347	23	2.5	23	88	5	80	40	19	19	21	1.92
70880189--70880306	43	2.8	43	85	6	152	23	17	27	31	1.97
70885488--70885592	52	2.0	52	100	0	210	49	7	5	37	1.55
70887822--70887876	29	1.9	28	85	3	74	40	12	3	43	1.60
70888015--70888057	13	3.2	13	87	12	61	2	18	0	79	0.85
70888015--70888058	7	6.4	7	81	5	54	2	18	0	79	0.83
70888170--70888208	21	1.9	20	84	5	51	33	0	2	64	1.08
70888192--70888224	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
70888369--70888413	20	2.2	20	84	0	54	68	2	2	26	1.12
70888379--70888422	20	2.2	20	91	0	70	65	0	2	31	1.05
70889171--70889209	20	2.0	20	85	10	53	56	0	7	35	1.28
70889360--70889400	19	2.2	19	86	0	55	48	0	0	51	1.00
70889372--70889406	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
70889166--70889454	71	4.1	70	73	14	250	49	2	4	43	1.34
70889671--70889787	57	2.1	57	86	0	162	43	3	11	41	1.57
70898974--70899088	57	2.0	57	96	0	212	46	26	2	24	1.65
70899870--70900028	43	3.7	43	80	12	184	30	25	19	24	1.98
70899870--70900028	44	3.7	42	79	13	173	30	25	19	24	1.98
70903773--70903995	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
70903927--70904004	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70911298--70911520	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
70911452--70911529	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
70923915--70923954	21	1.9	21	84	0	53	47	25	0	27	1.52
70937682--70937904	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
70937836--70937913	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
70950449--70950622	46	3.8	44	78	9	179	28	28	20	22	1.99
70950457--70950626	92	1.8	93	91	1	279	27	28	21	22	1.99
70955009--70955048	13	3.1	13	92	0	62	15	27	40	17	1.89
70955272--70955307	18	1.9	18	88	5	54	2	63	0	33	1.08
70959361--70959413	21	2.5	21	93	0	88	33	7	28	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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