genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98753273--98754019	305	2.5	305	94	2	1301	30	21	21	25	1.98
98753752--98753989	87	2.7	87	93	1	379	30	21	22	25	1.99
98753441--98753988	218	2.5	216	80	6	647	30	21	22	25	1.99
98753991--98754147	83	1.9	83	81	0	188	35	22	18	24	1.96
98755522--98755621	3	33.3	3	73	11	71	28	7	3	62	1.36
98755539--98755621	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
98758914--98758972	31	1.9	30	83	10	75	32	22	5	40	1.75
98759410--98759448	14	2.9	14	84	3	53	46	2	5	46	1.38
98762292--98762330	12	3.2	12	85	0	60	61	10	2	25	1.41
98766135--98766168	17	2.1	17	88	5	52	11	20	0	67	1.21
98767002--98767031	12	2.5	12	94	0	51	63	6	3	26	1.35
98767912--98768054	63	2.3	64	79	8	159	24	20	23	30	1.99
98768011--98768123	29	3.9	29	75	2	93	25	23	23	28	1.99
98771338--98771421	23	3.7	23	93	0	132	36	15	11	35	1.84
98774662--98774798	42	3.2	42	77	9	145	33	19	15	31	1.93
98775695--98776082	38	10.6	36	74	13	186	38	15	20	25	1.92
98775833--98776125	36	7.9	36	77	11	236	40	14	20	24	1.89
98775811--98776124	73	4.3	74	82	6	336	40	14	20	24	1.90
98775799--98776082	147	1.9	146	84	4	376	39	15	21	24	1.91
98775699--98776084	73	5.3	73	77	8	365	38	15	20	25	1.91
98779029--98779242	47	4.6	47	94	0	365	32	14	16	36	1.89
98779699--98779742	15	2.9	15	75	0	52	47	20	2	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98779856--98779897	22	1.9	22	90	0	66	52	33	0	14	1.42
98779861--98779910	22	2.3	22	82	6	57	52	28	0	20	1.47
98780244--98780532	132	2.2	132	93	0	497	33	25	16	24	1.96
98780524--98780690	91	1.8	92	86	1	246	34	23	15	26	1.95
98798077--98798225	43	3.5	43	84	3	174	31	26	16	26	1.96
98800994--98801018	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
98801084--98801432	121	2.9	118	80	7	369	34	23	17	24	1.96
98801062--98801432	41	9.1	41	78	3	349	35	23	17	23	1.95
98801919--98801964	21	2.2	21	84	7	58	23	0	15	60	1.34
98801996--98802036	21	2.0	21	85	0	55	12	0	31	56	1.36
98802047--98802094	22	2.2	21	77	3	51	12	2	33	52	1.51
98802480--98802610	41	3.2	41	84	3	167	36	16	20	26	1.93
98806748--98806791	20	2.2	20	100	0	88	43	15	27	13	1.85
98813138--98813190	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
98814673--98814744	26	2.8	26	93	0	117	38	22	6	31	1.81
98814727--98814764	20	1.9	20	94	0	67	39	13	10	36	1.79
98823235--98823286	23	2.3	22	83	9	68	28	32	11	26	1.91
98825002--98825089	40	2.3	39	90	4	133	35	36	11	17	1.85
98826662--98826697	18	2.0	18	88	0	54	47	13	2	36	1.58
98828730--98828797	9	7.9	9	71	15	54	45	13	0	41	1.43
98828710--98828810	51	2.0	52	88	5	152	44	12	0	42	1.42
98833289--98833325	15	2.5	15	86	4	58	59	5	10	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98833810--98833838	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
98834636--98834939	43	7.1	42	75	3	214	28	17	22	31	1.96
98834671--98834939	86	3.1	86	82	3	238	27	17	22	32	1.97
98834644--98834939	129	2.3	129	80	1	306	28	17	22	31	1.97
98838269--98838317	9	5.0	9	77	18	53	34	0	18	46	1.49
98838269--98838353	31	2.6	32	87	9	111	35	0	15	49	1.45
98838283--98838353	34	2.0	36	91	5	119	35	0	14	50	1.43
98838403--98838428	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
98839569--98839599	12	2.6	12	94	0	53	19	45	0	35	1.51
98840593--98840636	22	2.0	22	82	8	54	59	11	2	27	1.44
98843072--98843119	18	2.7	18	80	9	53	58	6	0	35	1.23
98843436--98843654	121	1.8	118	82	4	278	34	11	15	38	1.84
98848979--98849010	16	2.0	16	93	0	55	25	21	28	25	1.99
98856067--98856149	39	2.1	39	95	0	148	15	28	19	36	1.93
98856078--98856166	39	2.3	39	84	0	115	15	28	20	35	1.93
98860210--98860531	165	1.9	166	96	0	601	33	13	13	39	1.83
98864068--98864141	31	2.4	31	88	0	103	47	13	17	21	1.82
98868629--98868662	14	2.4	14	90	0	50	23	20	14	41	1.89
98873560--98873719	42	3.7	43	83	8	168	30	21	21	26	1.98
98873560--98873719	85	1.9	86	82	8	202	30	21	21	26	1.98
98874013--98874060	21	2.3	21	96	0	87	2	58	18	20	1.49
98879593--98879720	9	13.6	9	75	9	112	30	0	21	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98879595--98879707	57	2.0	57	87	0	163	29	0	23	46	1.58
98883608--98883661	21	2.6	21	87	0	81	20	0	25	53	1.45
98883755--98883784	15	2.0	15	93	0	51	16	0	30	53	1.44
98883767--98883822	21	2.6	22	77	8	62	25	1	25	48	1.61
98884686--98884772	40	2.2	40	91	0	120	24	29	16	29	1.96
98885461--98885516	30	2.0	27	86	10	76	42	3	8	44	1.53
98893468--98893526	25	2.4	25	100	0	118	57	13	0	28	1.37
98893481--98893530	16	3.6	16	65	34	51	54	12	0	34	1.38
98893794--98893826	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
98894390--98894566	43	4.1	43	88	0	257	22	27	19	31	1.98
98901359--98901655	39	7.6	39	88	1	400	14	18	32	34	1.91
98901359--98901676	157	2.0	156	87	1	449	14	17	32	34	1.91
98902807--98902847	20	2.0	21	85	4	57	26	12	12	48	1.75
98903560--98903614	26	2.1	26	93	0	92	34	20	18	27	1.95
98908704--98908773	25	2.8	26	81	14	92	48	8	17	25	1.75
98920332--98920390	28	2.1	28	100	0	118	44	6	16	32	1.74
98920326--98920385	13	4.5	13	83	8	75	48	6	13	31	1.68
98922124--98922189	32	2.1	32	94	0	114	27	21	7	43	1.79
98924463--98924505	19	2.2	20	91	8	70	53	9	6	30	1.59
98927892--98927940	26	1.9	25	83	4	62	42	0	6	51	1.27
98934589--98934664	21	3.6	21	78	3	82	47	7	18	26	1.76
98936360--98936392	17	1.9	17	93	0	57	39	6	15	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98936702--98936910	42	5.0	42	85	2	249	32	12	23	31	1.92
98936704--98936936	84	2.8	84	87	1	297	33	12	22	31	1.92
98936704--98936940	126	1.9	126	84	3	316	32	13	22	31	1.92
98939351--98939397	21	2.1	23	88	11	71	21	6	0	72	1.07
98940366--98940392	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
98941938--98942679	367	2.0	366	99	0	1466	40	8	6	44	1.62
98943156--98943217	29	2.1	29	81	0	70	54	12	9	22	1.67
98943871--98944094	43	5.2	43	80	2	220	22	16	20	39	1.92
98943871--98944094	86	2.6	86	80	3	265	22	16	20	39	1.92
98956318--98956348	15	2.1	15	100	0	62	41	12	19	25	1.87
98967389--98967432	23	2.0	22	82	8	54	22	0	47	29	1.51
98976045--98976294	124	2.0	124	98	0	482	52	10	11	24	1.69
98977083--98977136	28	1.9	28	92	0	90	51	1	1	44	1.22
98978815--98978938	43	2.9	43	81	0	131	29	20	15	33	1.94
98982277--98982366	40	2.2	40	82	9	112	32	16	23	27	1.96
98989789--98989884	40	2.4	40	86	8	133	30	15	28	26	1.96
98993513--98993538	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
98997916--98997972	29	2.0	29	92	0	96	21	12	35	31	1.90
98998976--98999061	28	3.0	28	93	1	145	18	3	29	48	1.64
98998979--98999073	28	3.6	24	86	13	102	15	3	32	48	1.61
98999010--98999093	23	3.4	23	83	11	71	14	2	34	48	1.56
98999264--98999308	22	2.0	23	86	4	65	15	17	22	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99003034--99003141	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
99010028--99010070	22	2.0	22	100	0	86	27	16	13	41	1.86
99015791--99015963	27	6.4	27	80	4	188	34	18	21	24	1.96
99015791--99015975	81	2.3	80	84	5	228	33	18	21	25	1.97
99015791--99015963	54	3.2	54	87	0	229	34	18	21	24	1.96
99016343--99016407	28	2.3	28	81	5	69	23	27	24	24	2.00
99019104--99019242	48	2.9	48	87	3	192	33	15	21	30	1.94
99019206--99019282	38	2.0	38	92	0	127	27	15	27	29	1.96
99027565--99027662	41	2.4	40	86	3	133	25	28	15	30	1.96
99027612--99027725	40	2.9	39	78	11	124	27	24	16	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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