genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98126475--98126535	32	1.9	32	100	0	122	39	22	4	32	1.76
98126475--98126556	32	2.6	32	86	3	94	40	21	4	32	1.75
98132059--98132699	44	13.8	44	72	10	314	31	18	22	27	1.97
98132191--98132692	140	3.6	140	89	2	706	31	18	22	27	1.97
98134347--98134640	3	98.7	3	69	14	137	27	6	4	62	1.37
98139491--98139546	23	2.5	21	80	11	58	35	3	1	58	1.26
98139507--98139619	37	3.1	35	76	12	104	32	5	0	61	1.25
98139558--98139635	34	2.3	34	82	6	86	32	3	1	62	1.21
98139915--98139978	18	3.5	19	70	18	55	29	1	6	62	1.29
98140273--98140342	33	2.1	33	97	0	131	24	10	5	60	1.51
98142992--98143023	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
98145550--98145592	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
98145549--98145591	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
98146129--98146217	36	2.5	36	94	0	151	29	22	14	33	1.94
98146129--98146221	18	5.2	18	84	0	123	30	21	15	33	1.94
98150264--98150306	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
98150263--98150305	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
98155270--98155323	27	2.0	27	82	7	65	46	1	0	51	1.11
98155270--98155322	13	4.0	13	74	13	54	47	1	0	50	1.12
98156163--98156219	26	2.3	24	81	6	60	42	12	1	43	1.52
98163418--98163468	27	1.9	26	88	11	77	43	5	3	47	1.46
98163822--98163932	15	7.5	15	67	17	70	46	0	2	49	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98163858--98163932	27	2.7	27	81	2	87	46	0	2	50	1.15
98163856--98163935	14	5.8	13	71	10	61	46	0	2	51	1.14
98174165--98174272	44	2.4	44	82	3	126	31	22	12	33	1.92
98192412--98192471	25	2.4	25	80	5	68	30	16	20	33	1.94
98192851--98192892	18	2.5	17	80	7	50	47	4	7	40	1.52
98193867--98193931	25	2.6	25	82	2	67	18	27	23	30	1.97
98196525--98196801	142	2.0	142	90	2	441	33	14	16	35	1.89
98205442--98205468	11	2.5	11	100	0	54	55	25	18	0	1.43
98213271--98213299	13	2.1	14	93	6	51	13	10	0	75	1.04
98226504--98226528	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
98227470--98227543	36	2.1	36	97	0	139	21	25	8	44	1.79
98231183--98231261	41	1.9	41	94	0	140	44	10	11	34	1.74
98241465--98241619	78	2.0	78	96	0	283	38	7	23	30	1.83
98244201--98244236	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
98244717--98244894	27	6.6	27	81	5	189	26	16	28	29	1.97
98244714--98244894	82	2.2	81	83	2	229	26	16	27	29	1.97
98260180--98260251	38	1.9	38	85	2	101	47	0	4	48	1.21
98260464--98260534	16	4.4	17	83	13	80	30	25	5	38	1.79
98264236--98264318	41	2.0	41	97	0	157	44	25	0	30	1.54
98268547--98268675	64	2.0	64	100	0	258	45	18	9	26	1.79
98269942--98269991	22	2.3	22	86	6	66	64	8	6	22	1.43
98272295--98272353	31	1.9	31	92	0	100	54	22	10	13	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98272609--98272651	21	2.0	21	86	8	61	6	48	13	30	1.69
98275783--98275815	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
98275783--98275816	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
98276103--98276197	35	2.5	37	88	10	140	36	13	10	38	1.80
98276107--98276197	19	4.9	19	89	8	152	36	14	10	38	1.81
98276510--98276543	14	2.4	14	90	5	50	38	11	0	50	1.39
98278120--98278228	37	2.9	36	82	2	119	25	12	46	14	1.80
98279114--98279183	7	10.0	7	69	6	52	48	35	2	12	1.56
98280453--98280478	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
98282093--98282121	9	3.2	9	100	0	58	31	10	20	37	1.86
98282536--98282695	69	2.3	68	85	4	198	37	15	5	41	1.69
98284883--98284912	16	1.9	15	93	6	51	53	3	13	30	1.56
98290173--98290254	41	2.0	41	100	0	164	39	7	7	46	1.60
98293974--98294152	27	6.7	26	82	9	198	39	20	8	31	1.83
98294137--98294277	27	5.2	27	92	0	219	34	20	20	24	1.97
98294079--98294286	81	2.6	81	80	4	224	35	19	18	26	1.95
98294631--98294668	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
98297472--98297525	22	2.5	22	73	11	56	22	22	20	35	1.96
98297695--98297796	54	1.9	53	81	2	123	18	22	21	37	1.94
98297702--98297796	27	3.5	26	82	5	91	20	23	20	36	1.95
98297956--98298052	6	15.8	6	72	16	74	20	17	15	46	1.84
98297946--98298068	31	4.0	31	84	3	151	20	17	14	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98300976--98301023	21	2.3	21	81	0	60	18	27	27	27	1.98
98304463--98304506	20	2.2	20	84	11	56	9	13	9	68	1.40
98307037--98307067	14	2.2	14	100	0	62	19	16	6	58	1.59
98326047--98326144	40	2.5	40	82	9	121	34	33	13	18	1.89
98336352--98336512	79	2.0	79	100	0	322	27	19	19	33	1.96
98339746--98339881	51	2.7	51	83	0	182	39	5	11	42	1.66
98339778--98339855	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
98364234--98364285	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
98373550--98373685	53	2.6	52	83	8	168	31	16	25	25	1.97
98379338--98379368	11	2.8	11	90	0	53	25	19	32	22	1.97
98382183--98382234	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
98384193--98384392	42	4.7	41	75	9	152	27	24	19	29	1.98
98399370--98399453	39	2.1	39	86	10	116	55	7	0	36	1.27
98400589--98400673	43	2.0	43	84	11	113	29	4	3	62	1.32
98401614--98401638	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
98405812--98406265	125	3.6	126	86	5	652	27	17	16	39	1.91
98406411--98406453	22	2.0	22	95	0	77	37	16	0	46	1.47
98406323--98406789	109	4.3	107	84	5	580	44	16	1	37	1.57
98406607--98406682	22	3.5	22	83	0	89	43	17	1	38	1.57
98406660--98406728	34	2.0	34	83	5	86	44	20	0	34	1.52
98406703--98406752	22	2.3	22	89	3	75	50	20	0	30	1.49
98406713--98406776	22	2.9	22	80	0	65	42	20	1	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98406768--98406850	33	2.5	34	92	2	132	39	14	3	42	1.63
98406969--98407052	35	2.4	36	86	6	118	46	23	1	28	1.60
98407549--98407589	18	2.2	20	86	8	59	56	0	0	43	0.99
98407694--98407847	80	1.9	80	83	6	197	36	8	18	37	1.81
98409359--98409390	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
98409516--98409572	30	1.9	30	88	0	87	57	10	1	29	1.42
98409557--98409607	22	2.3	22	79	0	57	60	3	11	23	1.47
98410615--98410675	21	3.0	20	85	2	68	75	11	6	6	1.18
98414097--98414155	26	2.3	26	100	0	118	37	15	10	37	1.81
98424816--98424863	24	2.0	24	87	0	69	25	18	10	45	1.81
98430044--98430223	61	2.9	62	75	10	165	38	3	15	41	1.66
98435249--98435339	40	2.3	39	88	3	119	45	7	21	25	1.78
98436489--98436525	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
98443791--98443827	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
98447753--98447804	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
98451264--98451466	99	2.1	99	99	0	399	36	21	5	35	1.78
98451429--98451530	49	2.1	49	100	0	204	46	16	5	31	1.71
98451506--98451565	29	2.1	29	100	0	120	45	15	6	33	1.72
98451812--98451855	19	2.2	20	80	19	56	63	2	0	34	1.07
98457063--98457135	17	3.9	18	75	16	69	26	8	4	61	1.42
98457047--98457135	20	4.5	20	71	17	69	24	8	3	62	1.40
98457047--98457135	40	2.2	40	79	16	105	24	8	3	62	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98457191--98457250	3	19.7	3	76	10	59	35	6	0	58	1.24
98457347--98457382	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
98457371--98457435	23	2.9	23	77	11	71	32	3	12	52	1.54
98457530--98457591	16	4.1	16	74	15	51	29	14	0	56	1.39
98457799--98457842	23	2.0	22	90	4	70	36	4	4	54	1.41
98457913--98457942	14	2.1	15	93	6	53	13	13	10	63	1.52
98462595--98462674	39	2.1	38	97	2	151	46	16	16	21	1.84
98469838--98470075	86	2.8	86	81	7	220	32	20	23	22	1.98
98470185--98470284	43	2.3	42	82	3	119	36	22	21	21	1.96
98471946--98472018	17	3.9	18	75	16	69	26	8	4	61	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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