genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19003965--19004054	30	2.9	31	71	15	87	46	0	15	37	1.46
19011776--19011823	24	2.0	24	100	0	96	25	8	12	54	1.65
19022456--19022592	67	2.0	68	97	1	258	32	26	10	31	1.89
19022715--19022762	9	5.3	9	82	0	60	45	18	8	27	1.78
19023072--19023107	18	2.0	18	88	0	54	33	22	16	27	1.95
19025293--19025330	19	2.0	20	84	5	51	50	0	5	44	1.24
19026021--19026086	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
19028224--19028451	46	5.0	46	92	1	341	40	15	24	20	1.90
19035346--19035397	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
19035363--19035408	24	1.9	24	86	8	67	39	6	8	45	1.61
19036210--19036495	42	6.8	42	89	3	425	33	20	22	23	1.97
19036210--19036498	125	2.3	125	89	3	429	32	20	21	24	1.98
19036210--19036574	84	4.4	81	83	6	381	32	20	20	26	1.97
19036254--19036577	42	7.7	43	85	3	198	30	20	21	27	1.98
19036649--19036682	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
19036899--19036969	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
19042419--19042583	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
19042433--19042850	18	21.6	19	66	24	82	32	0	20	46	1.56
19042464--19042869	26	16.1	26	87	6	579	32	0	20	46	1.56
19042464--19042869	51	8.0	51	88	6	571	32	0	20	46	1.56
19042639--19042865	19	12.5	19	67	23	100	32	0	19	46	1.56
19042906--19043055	73	2.1	73	100	0	300	41	6	1	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19042937--19043049	35	3.1	35	67	16	104	38	7	1	52	1.41
19043202--19043272	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
19043201--19043272	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
19043277--19043575	17	16.6	17	70	23	161	42	1	11	43	1.51
19043244--19043584	57	6.5	57	75	20	375	44	2	10	42	1.51
19043294--19043404	44	2.7	40	86	10	177	44	1	10	43	1.50
19043261--19043563	101	3.0	100	94	4	533	44	1	10	42	1.50
19043395--19043501	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
19043244--19043552	97	3.1	97	93	4	521	44	2	10	42	1.51
19044917--19044956	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
19046381--19046410	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
19046598--19046712	36	3.2	36	69	22	116	46	18	6	29	1.73
19046546--19046745	70	2.8	71	95	3	359	50	18	5	26	1.67
19047052--19047098	22	2.1	22	96	0	85	40	23	8	27	1.83
19048240--19048310	14	5.0	14	69	16	56	40	35	1	22	1.63
19048652--19049185	227	2.5	209	86	8	728	27	21	18	33	1.96
19048750--19049416	113	5.9	112	78	7	605	26	22	18	32	1.97
19048750--19049302	227	2.4	227	87	2	680	26	21	18	32	1.97
19057075--19057771	156	4.5	155	88	3	962	21	20	23	34	1.96
19068648--19068967	46	7.0	46	93	0	498	38	15	23	22	1.92
19069355--19069412	26	2.2	26	96	0	107	41	3	13	41	1.62
19073873--19073974	14	7.4	14	72	9	57	15	0	28	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19073873--19074011	29	4.9	28	73	5	100	16	0	28	53	1.48
19074923--19074973	22	2.3	22	93	0	84	21	1	31	45	1.63
19075929--19075988	16	3.7	16	76	8	50	61	3	0	35	1.12
19075998--19076022	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
19076117--19076156	20	2.0	21	90	5	64	65	0	0	35	0.93
19076306--19076410	50	2.1	50	94	0	183	30	18	8	42	1.80
19077008--19077050	21	2.0	21	95	0	77	41	4	13	39	1.66
19080990--19081041	27	2.0	26	92	7	88	57	0	5	36	1.23
19082331--19082369	16	2.4	16	83	8	53	30	2	0	66	1.05
19084924--19085180	132	1.9	132	96	0	469	32	11	17	38	1.86
19086497--19086830	126	2.7	126	89	0	533	32	18	20	27	1.96
19090328--19090365	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
19091922--19091965	23	1.9	23	81	9	54	54	6	4	34	1.47
19091960--19092093	48	2.8	47	84	5	155	52	7	9	30	1.62
19092195--19092227	17	2.1	16	88	11	50	75	6	0	18	1.00
19093702--19093764	31	2.0	31	100	0	126	31	19	12	36	1.89
19097383--19097527	70	2.1	68	80	6	157	33	5	14	46	1.67
19098365--19098414	23	2.2	24	85	10	77	36	0	12	52	1.39
19098374--19098416	13	3.5	13	81	18	65	34	0	16	48	1.46
19098372--19098418	23	2.0	23	100	0	94	36	0	17	46	1.48
19108175--19108231	24	2.3	24	79	8	62	66	1	5	26	1.22
19108289--19108412	9	13.8	9	73	13	85	59	3	6	30	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19108296--19108366	12	5.9	12	75	6	63	57	4	5	32	1.41
19108296--19108397	15	6.8	15	80	4	98	58	2	5	32	1.37
19109435--19109734	45	6.8	44	69	12	155	26	27	17	29	1.97
19122053--19122179	6	21.2	6	69	12	64	57	5	6	30	1.46
19122053--19122179	9	14.1	9	68	12	64	57	5	6	30	1.46
19122072--19122148	21	3.7	21	72	16	61	58	7	3	29	1.44
19122115--19122164	15	3.3	15	85	0	64	60	0	8	32	1.26
19123884--19123970	43	2.0	43	97	0	165	27	22	17	32	1.96
19124868--19124947	23	3.4	22	78	16	72	60	0	1	38	1.05
19124900--19124949	14	3.9	13	73	21	52	62	0	0	38	0.96
19125889--19125920	14	2.3	15	89	10	50	71	3	0	25	1.00
19130892--19131372	240	2.0	240	98	0	926	29	14	21	34	1.93
19133649--19133696	17	2.8	17	84	12	62	12	2	8	77	1.08
19140083--19140118	12	3.0	12	87	0	54	5	38	0	55	1.23
19141271--19141326	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
19141260--19141326	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
19141375--19141517	23	6.0	24	89	8	188	28	20	21	28	1.98
19141375--19141517	48	3.0	49	84	10	190	28	20	21	28	1.98
19141710--19141770	29	2.0	30	87	6	88	37	14	22	24	1.92
19149320--19149386	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
19149437--19149614	25	7.2	25	91	5	231	30	19	22	28	1.98
19150499--19150526	14	2.0	14	100	0	56	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19153595--19153662	6	11.5	6	73	7	59	16	2	5	75	1.13
19153679--19153704	12	2.2	12	100	0	52	30	0	7	61	1.24
19155641--19155680	20	2.0	20	90	9	64	50	17	17	15	1.79
19161270--19161441	43	4.0	44	80	10	176	23	16	25	33	1.96
19166368--19166428	18	3.4	19	68	23	51	44	14	8	32	1.75
19170056--19170755	349	2.0	350	99	0	1384	34	19	19	27	1.95
19178673--19178698	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
19179005--19179045	21	2.0	21	85	9	57	43	4	19	31	1.72
19183431--19183498	30	2.3	30	79	5	75	42	5	36	14	1.70
19186077--19186130	27	2.0	27	88	0	81	11	40	5	42	1.64
19195862--19196043	46	4.0	46	90	1	258	21	23	14	40	1.91
19201073--19201254	46	4.0	46	89	1	249	21	24	14	39	1.91
19204147--19204194	25	2.0	25	87	4	71	14	27	20	37	1.92
19206156--19206227	37	1.9	37	81	15	87	38	1	19	40	1.60
19214105--19214178	35	2.1	34	87	7	105	36	0	13	50	1.42
19220083--19220123	13	2.8	16	82	17	54	43	2	0	53	1.13
19220131--19220186	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
19221565--19221657	46	2.0	46	93	0	159	31	13	20	34	1.92
19225278--19225305	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
19227555--19227602	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
19227555--19227602	20	2.5	20	89	3	71	25	6	2	66	1.26
19231040--19231077	17	2.4	15	91	8	58	21	0	2	76	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19231434--19231505	29	2.4	30	81	4	83	52	8	4	34	1.51
19237711--19237783	30	2.4	30	74	0	83	64	1	4	30	1.20
19237780--19237819	16	2.5	15	88	12	53	55	5	5	35	1.44
19237903--19237975	32	2.2	32	79	13	78	52	1	10	35	1.46
19240074--19240158	23	3.6	23	70	17	66	49	3	2	44	1.32
19240087--19240136	17	2.9	17	82	11	57	52	2	2	44	1.24
19240255--19240306	24	2.2	24	82	6	61	61	3	0	34	1.14
19240847--19240882	14	2.6	14	90	0	54	75	0	19	5	1.00
19242167--19242344	85	2.1	84	95	1	320	37	8	26	27	1.85
19244536--19244994	47	9.6	47	94	1	792	33	7	29	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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