genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61183997--61184033	19	2.1	19	85	14	53	29	10	0	59	1.31
61184811--61184955	40	3.6	41	86	5	190	27	28	22	22	1.99
61188686--61188772	39	2.2	39	79	4	95	25	28	22	22	1.99
61188709--61188852	39	3.6	40	83	2	182	23	26	24	25	2.00
61194193--61194359	46	3.6	45	78	13	196	26	27	22	23	2.00
61194192--61194363	93	1.8	93	94	0	308	26	27	22	23	1.99
61210034--61210067	17	1.9	18	88	5	52	26	5	23	44	1.76
61210079--61210237	38	4.4	37	80	16	165	21	22	28	28	1.99
61218317--61218495	40	4.5	40	93	1	288	21	23	29	25	1.99
61220040--61220111	27	2.7	27	84	4	83	19	23	23	33	1.97
61220321--61220441	33	3.7	33	88	2	172	28	19	26	25	1.99
61223889--61224055	27	6.2	27	89	1	210	31	19	23	25	1.98
61224491--61224564	33	2.2	33	90	0	112	28	22	22	25	1.99
61225873--61226006	56	2.4	56	96	0	241	30	14	20	34	1.92
61225873--61226037	56	2.9	56	89	1	188	28	13	23	34	1.93
61229968--61230186	40	5.5	41	88	4	322	26	28	23	21	1.99
61229968--61230186	120	1.8	120	93	0	384	26	28	23	21	1.99
61230861--61230913	22	2.4	22	76	20	56	39	16	9	33	1.81
61239423--61239533	27	4.1	27	89	5	163	36	22	24	16	1.94
61247197--61247301	27	3.9	27	86	6	142	37	20	23	18	1.94
61249685--61249732	19	2.6	18	77	9	51	58	2	14	25	1.48
61255588--61255753	46	3.6	46	78	13	187	27	30	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61255589--61255759	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
61260583--61260961	140	2.7	141	88	0	571	32	9	30	27	1.89
61260583--61260961	94	4.0	94	91	0	571	32	9	30	27	1.89
61260583--61260917	47	7.1	47	93	0	564	31	9	29	28	1.89
61260604--61260957	47	7.6	47	91	0	287	32	9	30	28	1.88
61261080--61261158	37	2.1	37	88	0	113	24	20	30	25	1.98
61266994--61267119	46	2.7	46	90	2	182	30	26	19	23	1.98
61269782--61269877	44	2.2	42	85	10	124	27	15	23	33	1.95
61269843--61269939	43	2.3	42	75	5	97	27	13	23	35	1.92
61273110--61273229	43	2.8	42	78	2	141	24	14	25	35	1.93
61273113--61273212	42	2.4	42	82	1	119	26	15	23	36	1.93
61281948--61282097	67	2.2	67	81	8	171	33	17	28	21	1.96
61281972--61282155	67	2.8	64	76	8	185	30	16	29	23	1.96
61288298--61288366	24	2.9	24	91	0	111	34	4	37	23	1.75
61289799--61289858	27	2.2	27	93	0	102	16	23	25	35	1.95
61289811--61289882	27	2.7	27	86	2	92	20	25	18	36	1.95
61291115--61291194	20	4.2	20	70	20	62	66	0	28	5	1.13
61291135--61291175	14	2.7	15	88	11	66	78	0	21	0	0.76
61291135--61291175	5	8.2	5	89	10	66	78	0	21	0	0.76
61291138--61291167	9	3.2	9	95	4	51	80	0	20	0	0.72
61291138--61291175	19	2.0	20	94	5	69	78	0	21	0	0.74
61291109--61291212	57	1.9	53	84	9	138	68	0	27	3	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61292135--61292180	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
61295861--61295885	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
61296772--61296815	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
61305927--61306110	40	4.6	40	82	8	205	24	27	23	24	2.00
61305894--61306111	79	2.7	82	80	10	229	24	27	22	25	2.00
61307239--61307414	56	3.1	56	97	0	334	22	23	9	44	1.81
61326306--61326419	52	2.2	50	77	13	117	50	3	18	28	1.63
61327188--61327212	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
61334402--61334459	21	2.7	22	84	10	77	34	12	22	31	1.91
61334510--61334567	24	2.4	25	78	16	68	31	18	22	27	1.97
61337192--61337216	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
61337764--61337942	27	6.6	27	82	6	191	27	15	27	29	1.96
61337766--61337916	82	1.9	81	87	4	223	27	15	27	28	1.96
61337762--61337942	82	2.2	81	80	4	213	28	14	27	29	1.96
61342467--61342564	34	2.9	33	76	11	110	27	21	23	27	1.99
61346297--61346411	38	3.1	38	91	6	189	31	18	26	24	1.97
61346256--61346447	76	2.5	77	80	12	232	28	19	26	25	1.99
61354264--61354415	40	3.8	40	92	3	245	29	20	25	24	1.99
61354225--61354450	40	5.7	40	85	8	225	27	21	25	24	1.99
61354225--61354450	80	2.8	80	81	11	266	27	21	25	24	1.99
61374764--61374793	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
61374883--61375725	424	2.0	426	93	0	1440	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61380556--61381995	479	3.0	479	99	0	2873	32	12	17	37	1.88
61382606--61382643	19	2.0	19	94	0	67	23	21	7	47	1.77
61385330--61385501	79	2.2	79	81	3	202	24	21	27	26	1.99
61385277--61385499	40	5.6	39	80	7	198	25	21	27	26	1.99
61385357--61385534	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
61396345--61396393	24	2.0	24	100	0	98	24	18	0	57	1.41
61397672--61397714	20	2.1	20	86	4	59	62	0	20	16	1.32
61398470--61398494	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
61399040--61399216	27	6.5	27	82	7	180	27	15	27	29	1.96
61399041--61399196	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
61399037--61399216	82	2.2	81	82	3	218	27	15	27	29	1.96
61401957--61402033	25	3.1	23	67	14	55	35	31	14	19	1.92
61401966--61402046	25	3.2	25	72	6	83	34	33	14	17	1.90
61401962--61402125	50	3.3	50	87	1	249	34	28	14	22	1.93
61408851--61408905	28	2.0	28	92	0	92	32	21	14	30	1.93
61414115--61414145	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
61414846--61414871	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
61421451--61421483	13	2.6	13	90	4	50	75	0	0	24	0.80
61421452--61421483	9	3.8	9	84	16	50	78	0	0	21	0.76
61423140--61423177	18	2.1	18	95	0	67	15	13	26	44	1.83
61424225--61424256	8	4.0	8	95	0	55	15	37	21	25	1.93
61434135--61434194	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61435631--61435666	18	2.0	18	100	0	72	50	5	5	38	1.49
61435633--61435674	18	2.3	18	87	0	57	57	4	7	30	1.47
61439636--61439706	11	6.5	11	79	6	63	45	0	32	22	1.53
61441026--61441074	15	3.3	15	79	0	53	32	14	2	51	1.54
61443125--61443161	19	1.9	19	100	0	74	54	0	2	43	1.14
61443154--61443245	38	2.4	38	85	7	114	64	2	0	33	1.06
61443455--61443517	10	6.5	10	77	14	69	28	1	0	69	0.97
61443453--61443528	29	2.7	27	82	10	89	30	1	0	68	0.98
61443467--61443523	19	3.2	17	81	16	62	29	1	0	68	1.00
61443381--61443517	19	7.1	19	65	18	77	32	5	1	60	1.29
61443597--61443821	89	2.5	90	85	4	312	30	8	23	37	1.85
61448995--61449104	55	2.0	55	96	0	202	28	10	22	39	1.86
61450128--61450175	18	2.8	17	87	3	60	22	12	0	64	1.27
61450129--61450175	17	2.7	18	86	3	60	23	12	0	63	1.28
61458913--61458949	17	2.2	17	100	0	74	24	16	21	37	1.93
61461809--61461967	27	5.9	27	80	5	146	33	22	25	19	1.97
61461831--61461970	54	2.6	54	88	2	210	34	22	25	17	1.96
61462342--61462371	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
61463550--61463657	26	4.2	26	90	2	164	35	23	8	33	1.85
61468790--61468947	27	5.9	26	81	10	167	34	20	25	20	1.96
61468807--61468947	54	2.6	54	88	2	212	34	21	24	19	1.97
61470530--61470637	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61472168--61472245	40	1.9	42	84	5	106	51	3	17	26	1.63
61472734--61472791	29	2.0	29	100	0	116	44	0	20	34	1.52
61475099--61475267	43	4.0	43	76	3	162	35	25	13	26	1.92
61476701--61476833	56	2.4	56	89	2	196	27	16	24	32	1.96
61478409--61478485	38	2.0	38	100	0	154	38	0	15	45	1.46
61478656--61478689	15	2.3	15	100	0	68	35	0	20	44	1.52
61480462--61480503	19	2.2	19	87	12	59	28	33	4	33	1.78
61481303--61481349	24	2.0	24	83	8	60	46	17	4	31	1.67
61487966--61487993	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
61497430--61497517	28	3.1	28	90	3	131	25	13	32	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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