genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87942458--87942542	29	3.0	29	89	1	127	29	31	14	24	1.94
87947201--87947235	17	2.1	17	100	0	70	31	17	11	40	1.85
87948213--87948253	20	2.1	19	86	4	55	29	7	12	51	1.66
87951075--87951180	43	2.5	43	92	1	187	36	4	10	48	1.59
87951177--87951455	55	4.9	59	81	7	331	45	3	7	44	1.47
87951177--87951455	114	2.4	117	80	9	349	45	3	7	44	1.47
87951573--87951625	22	2.5	21	81	3	61	60	5	1	32	1.31
87951589--87951631	19	2.1	22	87	12	65	65	6	0	27	1.18
87951698--87951736	10	3.7	11	86	10	55	64	0	0	35	0.94
87951698--87951736	21	1.9	20	89	5	60	64	0	0	35	0.94
87953041--87953104	25	2.6	25	74	0	65	28	23	39	9	1.86
87953110--87953275	78	2.1	78	83	6	201	45	3	33	18	1.67
87953110--87953287	79	2.2	76	81	9	196	44	3	32	19	1.69
87956007--87956253	40	6.2	41	78	13	241	23	22	28	26	1.99
87956048--87956230	79	2.3	80	91	0	287	22	22	28	26	1.99
87956048--87956253	79	2.6	79	86	3	281	23	22	28	26	1.99
87958956--87959230	63	4.4	63	78	5	234	23	26	21	29	1.99
87959818--87959848	4	7.8	4	92	0	53	77	0	22	0	0.77
87964416--87964462	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
87970404--87970656	127	2.0	127	99	0	499	40	7	16	34	1.78
87971563--87971631	31	2.2	31	87	10	97	47	2	7	42	1.46
87975003--87975081	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87975200--87975437	47	5.1	47	91	1	370	27	31	9	31	1.89
87979030--87979212	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
87979518--87979596	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
87981541--87981619	37	2.1	37	86	4	106	25	30	17	26	1.97
87981738--87982116	47	8.1	47	93	1	582	28	29	9	32	1.88
87984586--87984650	18	3.6	18	78	21	73	26	0	3	70	1.01
87984617--87984674	25	2.2	26	85	11	75	32	0	0	67	0.91
87984597--87984659	14	4.9	14	76	21	66	26	0	1	71	0.95
87984617--87984670	24	2.2	24	84	15	67	31	0	0	68	0.90
87985171--87985222	27	1.9	27	96	0	95	17	28	26	26	1.97
87988390--87988541	64	2.4	63	96	1	277	37	3	11	46	1.59
87988639--87988714	38	2.0	37	97	2	143	56	9	2	31	1.45
87990332--87990509	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87990353--87990508	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87998435--87998612	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
87998456--87998611	82	1.9	81	86	3	224	29	28	16	26	1.96
88014217--88014279	31	2.0	31	96	0	117	25	14	14	46	1.82
88016202--88016247	24	2.0	23	83	12	58	45	10	15	28	1.79
88019713--88019776	32	2.0	32	82	11	78	57	7	3	31	1.43
88020339--88020415	35	2.3	34	82	8	86	67	1	7	23	1.24
88021896--88022742	45	19.7	44	72	17	498	26	24	19	29	1.98
88021884--88022316	172	2.5	172	88	0	634	27	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88022090--88022443	127	2.8	125	91	2	555	25	24	19	30	1.98
88022240--88022600	172	2.1	172	93	2	609	26	24	19	29	1.98
88021941--88022742	299	2.7	299	91	1	1252	26	24	19	29	1.98
88022389--88022811	127	3.3	127	88	2	582	26	25	18	29	1.98
88032716--88032750	17	2.0	18	94	5	63	22	28	34	14	1.93
88032815--88032848	17	1.9	18	88	5	52	17	26	44	11	1.83
88035442--88035496	19	2.9	19	84	7	60	30	36	20	12	1.90
88038549--88038656	43	2.5	43	83	5	130	25	18	25	31	1.98
88044617--88044743	66	1.9	66	82	10	161	46	15	23	14	1.83
88045723--88045772	24	2.1	24	88	0	73	34	4	40	22	1.72
88047202--88047315	27	4.2	26	81	8	120	16	22	22	37	1.93
88047202--88047315	55	2.1	54	83	4	140	16	22	22	37	1.93
88047202--88047302	28	3.6	28	81	9	100	17	24	22	34	1.96
88056307--88056373	24	2.8	24	95	0	116	29	5	40	23	1.79
88057812--88057924	27	4.2	26	82	8	127	15	23	23	37	1.93
88057812--88057924	55	2.1	54	85	5	147	15	23	23	37	1.93
88069870--88069894	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
88070705--88071248	237	2.3	231	85	7	686	27	18	29	24	1.98
88070610--88071305	192	3.7	188	84	8	850	27	19	28	24	1.98
88089691--88089945	55	4.8	53	79	6	189	20	25	18	36	1.95
88089738--88089938	108	1.8	110	82	4	264	21	25	18	34	1.96
88093334--88093372	19	2.1	19	95	0	69	43	15	12	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88093770--88093948	52	3.5	51	87	5	247	26	27	16	28	1.97
88097076--88097271	97	2.0	97	96	0	365	47	8	12	31	1.71
88107977--88108001	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
88124729--88124765	19	1.9	19	94	0	65	54	0	0	45	1.00
88127067--88127289	119	1.9	120	82	6	283	24	27	22	25	2.00
88127065--88127289	40	5.7	40	83	6	269	24	27	22	24	2.00
88146438--88146611	46	3.8	44	77	10	156	24	31	20	24	1.98
88146437--88146654	48	4.7	45	81	5	224	24	30	19	25	1.98
88146437--88146690	142	1.8	136	84	8	341	24	29	19	26	1.98
88150800--88150839	14	2.9	14	84	0	53	32	12	25	30	1.92
88151649--88152039	193	2.0	193	97	0	737	40	20	12	26	1.88
88158545--88158624	30	2.8	27	79	18	83	47	17	7	27	1.74
88164698--88164764	20	3.2	21	76	20	70	41	0	4	53	1.21
88164713--88164762	18	2.6	19	84	12	59	42	0	4	54	1.19
88178031--88178081	26	2.0	26	100	0	102	39	5	19	35	1.76
88185295--88185330	17	2.1	17	89	5	54	22	44	22	11	1.84
88186932--88186986	27	2.0	27	82	7	65	50	3	3	41	1.37
88188602--88188826	40	5.7	40	83	5	260	24	21	27	27	1.99
88188657--88188859	80	2.6	80	83	6	209	26	19	28	26	1.99
88192467--88192574	43	2.5	43	83	5	121	32	25	15	26	1.96
88192501--88192601	43	2.4	42	83	9	116	37	21	14	25	1.92
88197092--88197205	41	2.8	41	82	5	140	26	21	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88197968--88198127	7	22.7	7	72	8	56	50	28	0	20	1.52
88198047--88198092	22	2.1	22	84	8	58	60	23	0	15	1.34
88197968--88198127	21	7.6	21	69	18	64	50	28	0	20	1.52
88198909--88199064	41	3.8	41	78	2	170	15	25	19	40	1.90
88198913--88199064	82	1.8	82	83	6	200	15	23	19	41	1.90
88203179--88203402	40	5.6	40	83	8	253	25	27	22	25	2.00
88203179--88203403	80	2.8	80	84	6	287	25	27	22	24	2.00
88203181--88203403	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
88211144--88211326	79	2.3	80	83	7	221	24	27	22	24	2.00
88211142--88211326	40	4.7	40	82	7	225	24	28	22	24	2.00
88240825--88240879	19	2.9	19	76	13	60	58	5	0	36	1.21
88241214--88241267	24	2.2	25	80	9	67	51	5	3	38	1.43
88243718--88243890	46	3.7	46	73	13	165	23	19	26	30	1.98
88249277--88249455	27	6.6	27	80	5	182	26	13	29	30	1.94
88249277--88249454	54	3.3	55	82	5	209	26	14	28	30	1.95
88249278--88249455	82	2.2	81	85	4	241	25	14	29	30	1.94
88256349--88256422	36	2.1	36	97	0	139	37	2	4	55	1.33
88260439--88260544	55	1.9	54	86	1	149	47	4	31	16	1.68
88268266--88268311	24	1.9	24	90	0	74	50	4	4	41	1.42
88268811--88268994	41	4.5	41	84	3	217	36	14	18	30	1.90
88269481--88269575	40	2.4	40	80	5	113	35	21	22	21	1.96
88270066--88270107	21	2.0	21	85	0	57	52	0	14	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88270446--88270471	6	4.3	6	100	0	52	0	34	34	30	1.58
88271911--88271957	24	2.0	24	95	0	85	27	21	8	42	1.81
88272176--88272334	14	11.9	14	68	21	56	43	0	3	52	1.24
88272172--88272305	39	3.4	39	97	0	250	41	0	4	52	1.26
88272210--88272326	24	5.0	24	68	15	61	43	0	3	52	1.17
88272271--88272337	29	2.3	28	87	7	98	44	0	0	55	0.99
88272594--88272810	9	24.7	9	83	6	232	46	20	0	33	1.55
88277864--88277892	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
88278731--88278780	26	1.9	26	95	0	91	16	14	28	42	1.86
88284523--88284562	20	2.0	20	85	9	55	32	5	0	62	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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