genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

This is table  201  of  356  ( 42641 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65594386--65594470	34	2.5	34	84	5	102	29	22	22	25	1.99
65596332--65596640	49	6.5	49	71	11	171	25	28	18	26	1.98
65596563--65596689	46	2.7	48	80	10	156	21	29	21	27	1.98
65599471--65599646	46	3.8	46	75	15	157	21	20	29	28	1.98
65599467--65599639	93	1.9	93	87	7	262	21	20	30	27	1.98
65602618--65602674	30	1.9	29	89	3	87	12	15	14	57	1.65
65607371--65607424	27	2.0	27	100	0	108	40	18	14	25	1.89
65611069--65611112	21	2.1	21	100	0	88	29	4	29	36	1.77
65611076--65611122	21	2.2	21	88	0	67	34	4	25	36	1.76
65612017--65612155	55	2.5	55	79	6	147	28	25	28	17	1.98
65613209--65613401	40	4.8	39	84	4	260	26	28	20	24	1.99
65613209--65613401	80	2.4	80	95	0	350	26	28	20	24	1.99
65615245--65615422	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65615266--65615421	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65615904--65615930	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
65624487--65624698	40	5.3	39	81	4	246	27	27	19	25	1.99
65624506--65624698	80	2.4	80	93	0	332	26	27	20	24	1.99
65626718--65626895	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
65626719--65626874	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
65626715--65626895	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
65631668--65631943	40	6.8	40	92	1	453	23	29	21	25	1.99
65636826--65636924	27	3.7	27	84	0	135	38	19	22	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65638997--65639077	38	2.2	38	82	6	94	40	4	30	23	1.76
65638997--65639078	18	4.4	18	73	13	76	41	4	30	23	1.75
65642269--65642301	15	2.2	15	94	0	57	33	15	6	45	1.70
65648496--65648634	42	3.3	42	76	0	152	25	24	17	32	1.97
65653061--65653108	24	2.0	24	95	0	87	16	31	29	22	1.96
65653533--65653703	48	3.6	47	79	7	177	23	28	19	28	1.98
65654045--65654123	40	2.0	40	100	0	158	21	10	10	58	1.60
65659636--65659698	20	3.2	20	65	13	58	65	22	7	4	1.38
65659642--65659704	16	3.5	16	70	25	54	66	23	4	4	1.30
65659640--65659717	39	2.0	39	100	0	156	61	25	5	7	1.44
65659649--65659713	20	3.3	20	69	26	66	61	27	4	6	1.40
65663500--65663627	46	2.8	46	93	1	213	21	21	27	29	1.98
65678897--65678951	27	2.0	27	100	0	110	14	29	29	27	1.95
65679944--65679969	11	2.4	11	100	0	52	42	0	26	30	1.56
65681259--65681428	93	1.8	92	91	1	277	21	21	28	28	1.99
65681263--65681433	46	3.7	46	75	14	181	21	21	28	28	1.99
65689110--65689162	22	2.4	21	75	9	52	24	3	5	66	1.31
65690267--65690449	46	4.0	46	94	0	294	24	30	9	35	1.87
65690423--65690798	47	8.1	47	90	2	544	26	28	10	34	1.90
65690511--65690590	24	3.4	25	63	23	64	26	28	11	33	1.91
65690582--65690659	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
65693465--65693562	28	3.4	28	75	12	92	18	17	15	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65694469--65694524	29	1.9	29	92	0	94	28	16	5	50	1.67
65696377--65696442	28	2.3	29	78	5	80	28	1	13	56	1.47
65696627--65696701	23	3.2	22	85	14	105	18	18	0	62	1.33
65696630--65696701	24	3.0	24	91	8	119	19	18	0	62	1.33
65696696--65696736	21	2.0	21	85	0	55	31	9	4	53	1.55
65699734--65699796	19	3.3	19	77	4	72	41	23	4	30	1.75
65699955--65700060	24	4.3	24	80	8	108	32	17	26	23	1.97
65703151--65703243	48	1.9	48	97	0	177	47	18	11	22	1.81
65711519--65711664	29	5.1	29	77	6	120	28	12	30	28	1.93
65711539--65711664	29	4.4	28	81	4	128	27	13	31	26	1.94
65711543--65711650	57	1.9	56	83	7	137	28	12	31	26	1.93
65718374--65718525	29	5.3	29	83	3	184	25	14	32	27	1.95
65718374--65718519	57	2.6	58	86	3	190	26	14	32	27	1.95
65721135--65721317	56	3.3	55	85	6	235	25	13	28	32	1.94
65721160--65721340	28	6.5	28	94	1	276	26	13	28	31	1.94
65725474--65725620	50	2.9	50	83	2	179	39	16	11	32	1.84
65726426--65726468	22	2.0	22	90	0	68	20	13	9	55	1.66
65732038--65732253	50	4.3	50	81	3	256	40	18	11	30	1.85
65737225--65737381	43	3.7	43	82	5	176	32	23	14	29	1.94
65744168--65744208	21	2.0	21	90	0	64	34	4	2	58	1.32
65753848--65754025	27	6.6	27	85	3	205	30	28	14	26	1.95
65753869--65754024	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65759247--65759627	190	2.0	191	98	0	746	18	33	22	25	1.97
65762210--65762387	27	6.6	27	85	3	205	30	28	14	26	1.95
65762231--65762386	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
65769003--65769177	70	2.5	69	84	2	208	28	14	22	34	1.93
65769181--65769532	72	4.7	72	85	7	411	30	15	20	34	1.93
65769195--65769532	75	4.5	74	87	5	448	31	15	20	32	1.94
65769755--65770000	88	2.8	87	84	4	289	28	17	19	34	1.94
65769933--65770398	72	6.5	72	94	2	785	31	17	18	32	1.94
65772142--65772207	26	2.5	28	72	18	68	33	4	4	57	1.39
65772758--65772791	13	2.7	13	95	4	61	23	0	23	52	1.47
65775454--65775508	28	1.9	29	92	3	94	25	16	30	27	1.96
65775450--65775515	28	2.3	29	81	2	89	24	15	30	30	1.95
65783160--65783225	28	2.3	29	86	2	98	22	15	31	30	1.95
65790952--65791010	30	2.0	30	96	0	109	27	37	20	15	1.92
65791892--65791956	24	2.6	25	85	4	87	30	16	23	29	1.96
65793695--65793746	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
65800643--65800814	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
65800636--65800811	46	3.8	46	76	12	180	29	28	20	21	1.98
65800685--65800823	47	3.0	46	74	16	135	30	28	17	22	1.97
65805177--65805230	27	2.0	28	88	3	83	35	16	11	37	1.84
65806495--65806558	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
65806766--65806890	23	5.3	23	87	5	180	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65806766--65806890	45	2.7	46	91	5	189	28	21	21	28	1.99
65806942--65806980	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
65806943--65806987	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
65807024--65807071	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
65820876--65821181	47	6.5	47	72	14	170	24	30	19	25	1.98
65820923--65821182	90	2.8	92	79	6	292	26	30	18	25	1.98
65820921--65821233	94	3.4	92	77	7	292	25	30	18	26	1.98
65822956--65823262	27	11.4	27	80	2	321	36	19	20	23	1.95
65823398--65823482	27	3.2	27	78	15	79	22	21	22	34	1.97
65825744--65825787	21	2.1	21	100	0	88	72	4	9	13	1.24
65826611--65826744	56	2.4	56	96	0	241	29	13	23	33	1.93
65835111--65835197	6	13.5	6	70	20	52	1	16	3	79	0.93
65835111--65835187	33	2.4	33	78	6	86	1	16	3	77	0.98
65835111--65835197	16	5.4	16	72	10	70	1	16	3	79	0.93
65837286--65837314	11	2.6	11	100	0	58	13	6	6	72	1.26
65841977--65842154	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
65841978--65842128	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
65841952--65842154	82	2.5	81	78	4	228	26	15	28	29	1.96
65845394--65845447	24	2.2	24	93	0	90	18	20	20	40	1.91
65850926--65851193	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
65859756--65860023	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
65872221--65872272	26	2.0	25	82	14	61	15	15	21	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65872589--65872655	29	2.3	29	86	0	89	25	28	17	28	1.98
65876226--65876337	29	3.9	29	77	8	104	28	30	14	26	1.95
65876214--65876324	58	1.9	57	85	8	154	27	30	16	25	1.96
65878151--65878180	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
65880504--65880540	18	2.1	18	100	0	74	43	0	29	27	1.55
65880676--65880720	15	3.0	15	90	0	63	13	15	13	57	1.65
65883619--65883908	50	5.7	50	75	7	228	25	18	25	31	1.98
65883666--65883856	102	1.9	102	85	2	267	27	20	23	28	1.99
65884109--65884138	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
65909238--65909391	44	3.6	43	75	14	156	25	18	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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