genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79861929--79862040	54	2.1	53	81	5	134	51	30	0	16	1.51
79861983--79862017	17	2.1	17	88	0	52	54	28	0	17	1.43
79863166--79863209	14	3.1	14	93	0	79	25	36	0	38	1.56
79867421--79867517	43	2.3	43	87	0	140	22	18	30	27	1.97
79870431--79870623	86	2.2	86	85	5	248	34	12	8	44	1.72
79870554--79870691	70	2.0	69	83	9	174	34	8	7	48	1.63
79870666--79870800	66	2.0	66	88	0	198	31	11	11	44	1.78
79870753--79870925	77	2.2	77	81	5	193	28	10	11	48	1.73
79870794--79870956	77	2.1	77	81	4	186	30	9	12	47	1.73
79871031--79871061	13	2.4	13	94	0	53	22	9	22	45	1.81
79873085--79873451	85	4.4	85	82	4	381	32	11	9	45	1.74
79873621--79873718	51	1.9	51	93	0	169	26	28	11	33	1.91
79874554--79874828	28	9.9	27	75	10	211	24	15	6	53	1.64
79874554--79874787	82	2.8	80	78	10	233	25	16	4	53	1.62
79874554--79874825	83	3.3	81	77	11	232	25	15	6	53	1.65
79875117--79875188	34	2.1	34	86	0	99	33	13	12	40	1.83
79875308--79875445	45	3.0	45	78	5	145	25	19	13	42	1.87
79881925--79881966	22	1.9	22	90	0	66	16	9	26	47	1.77
79886540--79886582	21	2.0	22	81	9	52	72	6	2	18	1.19
79886891--79886963	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
79889512--79889736	79	2.8	80	83	10	264	25	22	27	24	2.00
79889512--79889736	40	5.7	40	87	5	280	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79889512--79889736	119	1.9	120	83	8	298	25	22	27	24	2.00
79889586--79889769	79	2.3	79	80	7	196	28	21	26	24	1.99
79908557--79908713	43	3.7	42	81	2	161	31	26	18	24	1.98
79914106--79914330	40	5.6	40	81	6	242	25	23	27	23	2.00
79914106--79914366	80	3.3	80	82	3	294	25	23	26	24	2.00
79914106--79914366	120	2.2	120	82	6	307	25	23	26	24	2.00
79920074--79920144	33	2.2	33	84	5	90	35	21	16	26	1.95
79920575--79920664	27	3.4	27	83	4	94	25	20	18	35	1.95
79920596--79920678	27	3.1	26	83	11	98	26	19	18	36	1.94
79920673--79920824	27	5.7	26	78	7	110	27	7	19	44	1.78
79920673--79920824	54	2.8	52	79	9	144	27	7	19	44	1.78
79922612--79922789	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
79922613--79922768	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
79922609--79922789	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
79926627--79926831	27	7.6	27	86	3	250	26	14	27	30	1.95
79926627--79926831	109	1.9	109	84	2	277	26	14	27	30	1.95
79938019--79938164	27	5.4	27	81	4	161	26	14	19	39	1.90
79938019--79938164	54	2.7	54	89	1	204	26	14	19	39	1.90
79943491--79943519	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
79943617--79943693	39	2.0	39	82	10	95	40	23	1	35	1.63
79943704--79943750	16	2.9	16	87	0	76	25	31	6	36	1.81
79943786--79943914	42	3.0	42	81	6	152	30	15	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79946482--79946581	42	2.4	42	76	5	103	28	20	21	31	1.98
79965654--79965810	43	3.7	42	81	5	172	31	26	18	23	1.97
79968399--79968570	46	3.7	46	76	13	190	22	21	27	28	1.99
79968396--79968566	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	27	1.99
79985180--79985254	34	2.2	34	85	4	98	30	21	22	25	1.99
79985276--79985318	22	1.9	23	90	4	70	18	53	6	20	1.67
79997769--79997947	46	3.9	46	79	8	184	21	20	29	29	1.98
79997768--79997894	47	2.7	46	84	7	159	23	19	29	27	1.98
79997768--79997939	93	1.8	93	87	2	256	22	20	29	28	1.98
80001736--80002061	180	1.8	179	87	2	485	32	19	8	39	1.82
80002626--80003015	50	7.8	50	75	6	313	29	25	17	27	1.97
80002636--80003015	151	2.5	151	85	2	532	30	26	17	26	1.97
80002636--80003061	101	4.2	102	74	7	294	30	25	16	26	1.97
80002636--80003061	151	2.8	150	82	3	516	30	25	16	26	1.97
80011192--80011294	24	4.3	24	92	0	161	25	22	18	33	1.96
80011350--80011410	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
80011447--80011494	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
80015941--80016203	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
80015980--80016238	80	3.3	80	84	3	247	25	20	27	26	1.99
80023537--80023799	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
80023576--80023834	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
80027708--80027885	27	6.6	27	82	3	196	27	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80027709--80027864	82	1.9	81	85	3	215	27	14	28	29	1.95
80027705--80027885	82	2.2	81	81	2	211	27	14	27	29	1.96
80033497--80033615	24	5.0	24	92	2	195	26	21	22	30	1.99
80033496--80033613	47	2.5	48	91	2	193	26	21	22	30	1.98
80033664--80033730	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
80035774--80035971	40	5.0	40	79	9	208	26	27	21	25	1.99
80035790--80035972	79	2.3	80	83	7	221	26	27	21	24	2.00
80041903--80041943	22	1.9	22	85	5	57	26	29	34	9	1.88
80043140--80043271	46	2.9	45	76	17	128	23	31	19	25	1.98
80046340--80046389	24	2.1	24	81	7	57	40	12	12	36	1.79
80052802--80052929	28	4.5	28	85	2	139	28	11	25	34	1.91
80052828--80052929	28	3.6	28	89	2	159	30	10	24	34	1.90
80057210--80057617	47	8.6	47	91	2	618	32	8	29	29	1.87
80057210--80057617	96	4.3	94	91	1	600	32	8	29	29	1.87
80070855--80070983	29	4.5	29	94	1	208	29	11	26	32	1.91
80070855--80070983	57	2.3	57	91	2	206	29	11	26	32	1.91
80087247--80087287	22	1.9	21	85	5	55	26	7	2	63	1.33
80090688--80090754	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
80090803--80090950	24	6.2	24	96	0	253	31	20	20	27	1.97
80097351--80097448	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
80102574--80102827	40	6.3	40	87	2	316	27	27	21	23	1.99
80104865--80105039	46	3.8	46	78	7	210	28	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80104870--80105040	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
80107100--80107159	27	2.2	27	84	0	75	41	16	13	28	1.86
80107389--80107425	17	2.1	18	95	5	67	21	35	29	13	1.92
80123558--80123586	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
80123586--80123730	73	2.0	73	98	0	281	34	16	10	38	1.83
80130085--80130113	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
80133605--80133631	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
80136093--80136118	9	2.9	9	100	0	52	69	19	11	0	1.18
80136466--80136504	20	1.9	21	89	5	62	30	20	33	15	1.94
80140137--80140183	22	2.1	22	88	7	69	23	6	38	31	1.80
80143293--80143469	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
80143293--80143448	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
80146351--80146376	10	2.6	10	100	0	52	50	7	0	42	1.31
80148041--80148203	27	6.0	27	89	2	220	28	12	28	30	1.93
80148041--80148190	55	2.7	55	91	1	230	27	13	29	30	1.94
80148041--80148190	82	1.8	81	89	1	237	27	13	29	30	1.94
80150496--80150545	25	2.0	26	88	4	75	24	4	2	70	1.15
80163469--80163521	3	18.0	3	92	3	90	0	33	0	66	0.92
80171938--80171980	21	2.0	22	86	4	61	51	4	2	41	1.35
80174897--80174926	16	1.9	15	93	6	51	46	3	6	43	1.46
80176943--80176991	24	2.0	24	88	7	73	73	6	4	16	1.19
80177248--80177281	16	2.2	15	89	5	50	67	2	0	29	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80179356--80179626	135	2.0	135	100	0	542	29	17	16	35	1.93
80179632--80179657	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
80182051--80182128	30	2.6	30	87	0	111	14	32	23	30	1.94
80190355--80190389	6	6.0	6	90	3	54	80	0	2	17	0.84
80194698--80194738	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
80196819--80196904	41	2.1	40	82	2	100	65	10	2	22	1.35
80197841--80197875	16	2.2	16	100	0	70	28	20	0	51	1.47
80198051--80198214	47	3.6	44	83	9	195	23	31	19	25	1.98
80199475--80200195	359	2.0	359	98	0	1397	27	24	18	30	1.98
80207360--80207394	16	2.3	15	90	5	52	62	0	8	28	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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