genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11135825--11137129	227	6.0	223	88	8	1901	35	18	16	30	1.93
11144908--11144971	28	2.3	28	97	0	119	14	26	12	46	1.79
11145549--11145579	12	2.6	12	94	0	53	35	6	29	29	1.82
11150337--11150382	20	2.4	19	81	3	56	39	2	58	0	1.10
11163951--11164122	39	4.4	38	86	3	182	22	23	26	27	1.99
11163980--11164174	39	4.9	39	87	1	219	20	23	26	29	1.99
11163980--11164160	78	2.3	78	85	0	245	20	22	26	29	1.99
11166907--11166961	21	2.6	21	88	5	76	23	1	29	45	1.63
11167645--11167701	2	28.5	2	96	0	105	49	49	1	0	1.11
11167707--11167970	79	3.4	78	81	3	275	46	22	9	21	1.80
11170179--11170231	6	8.7	6	93	2	88	66	15	0	18	1.26
11170247--11170285	16	2.4	17	86	8	62	56	25	0	17	1.41
11185848--11185889	13	3.2	13	80	9	50	33	7	28	30	1.84
11202801--11202913	55	2.1	55	96	1	210	38	18	15	26	1.91
11204345--11204403	18	3.3	18	78	0	55	30	16	16	35	1.92
11211896--11211967	32	2.2	34	90	5	112	19	15	15	50	1.79
11213233--11213277	23	2.0	23	91	4	74	24	17	31	26	1.97
11216644--11216682	3	13.3	3	94	5	71	69	0	30	0	0.89
11219581--11219616	17	2.1	18	89	5	56	30	0	5	63	1.17
11220629--11220683	23	2.3	24	87	9	78	60	1	0	38	1.08
11230625--11230650	5	5.2	5	100	0	52	19	0	61	19	1.35
11238380--11238404	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11240666--11240883	46	4.7	46	91	1	303	40	15	23	21	1.90
11240972--11241001	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
11241144--11241190	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
11242152--11242212	21	3.0	20	71	7	59	22	22	9	44	1.82
11242096--11242244	42	3.5	42	78	0	163	18	21	16	44	1.87
11246243--11246326	28	3.0	29	87	5	127	17	3	30	47	1.65
11246270--11246367	23	4.0	23	69	15	63	15	4	33	46	1.64
11246531--11246617	21	4.0	22	72	15	74	16	21	26	35	1.94
11249404--11249451	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
11249502--11249571	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
11249501--11249584	25	3.4	24	88	6	116	28	23	22	25	1.99
11249502--11249596	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
11250540--11250684	38	3.8	38	88	4	159	22	24	20	32	1.98
11250558--11250684	38	3.3	38	92	3	202	22	23	19	33	1.97
11257015--11257099	38	2.2	38	87	6	118	23	22	21	32	1.98
11266358--11266456	30	3.4	30	72	13	98	54	3	2	40	1.27
11266358--11266472	32	3.8	30	72	13	94	56	3	2	37	1.30
11266408--11266485	30	2.6	30	78	11	88	57	2	1	38	1.20
11268493--11268843	181	2.0	174	85	6	472	29	18	13	39	1.89
11275283--11275316	15	2.3	15	89	0	50	35	14	2	47	1.60
11279449--11279485	13	2.8	13	84	15	58	43	21	0	35	1.53
11280410--11280460	18	2.8	18	87	0	75	47	0	1	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11281391--11281461	31	2.3	31	82	4	81	35	7	9	47	1.64
11282230--11282275	19	2.3	20	88	7	76	23	15	13	47	1.80
11282639--11282724	29	3.0	29	100	0	172	38	17	12	31	1.87
11283686--11283778	32	2.9	32	95	0	159	51	16	3	29	1.59
11283686--11283791	32	3.5	30	83	11	128	51	17	2	27	1.59
11285948--11285981	16	2.1	17	88	5	52	55	8	8	26	1.59
11286535--11286573	18	2.2	18	86	9	53	66	5	2	25	1.25
11288321--11288635	119	2.6	119	91	1	497	27	20	19	32	1.97
11288444--11288829	202	1.9	202	88	1	576	29	19	17	32	1.95
11288654--11288994	118	2.9	118	94	0	574	29	19	17	33	1.95
11300734--11300758	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
11300785--11300816	14	2.3	14	94	0	55	75	0	0	25	0.81
11300867--11300944	20	3.9	21	76	17	69	48	0	2	48	1.15
11312177--11312210	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
11312764--11312804	19	2.2	19	86	8	57	68	4	2	24	1.22
11312886--11312931	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
11317321--11317353	17	1.9	17	93	0	57	54	21	9	15	1.68
11322030--11322057	11	2.5	11	100	0	56	57	10	7	25	1.58
11327338--11327405	27	2.5	27	83	11	77	57	5	7	29	1.50
11328051--11328183	3	44.7	3	70	15	89	64	2	5	27	1.27
11328040--11328183	23	6.0	23	72	16	96	64	2	5	27	1.29
11328224--11328275	21	2.7	20	77	13	56	57	1	13	26	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11328224--11328269	21	2.2	21	84	7	58	58	2	10	28	1.43
11328334--11328396	3	20.7	3	74	9	56	63	1	4	30	1.24
11331723--11331765	20	2.2	20	100	0	86	23	16	37	23	1.94
11338470--11338607	6	23.0	6	100	0	276	33	0	16	50	1.46
11339300--11339385	43	2.0	43	93	0	145	25	5	32	36	1.80
11339558--11339598	18	2.3	18	100	0	82	29	31	24	14	1.95
11339897--11340026	47	2.7	47	86	2	170	22	23	20	33	1.97
11344195--11344259	2	32.5	2	100	0	130	0	0	49	50	1.00
11352920--11352954	7	4.6	8	92	7	56	31	0	0	68	0.90
11354454--11354589	46	3.0	46	84	4	159	22	24	12	41	1.88
11357164--11357220	21	3.0	19	80	14	73	49	3	0	47	1.18
11357178--11357218	21	1.9	22	95	5	75	48	4	0	46	1.23
11362210--11362235	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
11362391--11362447	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
11362387--11362445	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
11362831--11362926	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
11362818--11362926	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
11363088--11363128	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
11364362--11364415	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
11366408--11366445	20	1.9	20	89	10	60	76	13	10	0	1.02
11366800--11366877	39	2.0	39	97	0	147	11	38	37	12	1.80
11372551--11372581	6	5.3	6	96	3	55	0	12	0	87	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11372651--11372683	17	1.9	17	93	0	57	51	0	9	39	1.34
11382716--11382789	31	2.4	31	82	10	91	43	4	5	47	1.45
11386764--11386956	37	5.0	37	83	14	248	25	22	15	35	1.94
11386873--11387239	46	7.6	46	86	7	437	29	22	13	34	1.93
11386916--11387232	52	6.3	52	86	7	424	28	22	13	35	1.92
11386873--11387225	196	1.8	196	92	0	607	28	22	14	34	1.93
11386873--11387239	98	3.7	97	84	9	492	29	22	13	34	1.93
11390363--11390557	49	4.0	49	93	0	309	31	29	14	24	1.95
11391812--11392004	37	5.0	37	83	14	248	25	22	15	35	1.94
11391921--11392287	46	7.6	46	86	7	428	29	22	13	34	1.93
11391964--11392280	52	6.3	52	86	7	415	28	22	13	35	1.92
11391921--11392273	196	1.8	196	92	0	598	28	22	14	35	1.93
11391921--11392287	98	3.7	97	84	9	483	29	22	13	34	1.93
11398549--11398589	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11404786--11404829	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
11405056--11405317	40	6.6	40	93	1	429	28	26	22	22	1.99
11414421--11414450	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
11416230--11416267	20	1.9	20	89	10	60	60	0	7	31	1.25
11418358--11418388	14	2.2	14	100	0	62	35	32	6	25	1.82
11423103--11423142	13	3.2	13	80	19	50	27	25	0	47	1.52
11423092--11423142	26	2.0	24	85	14	68	29	25	0	45	1.54
11423767--11423819	15	3.5	15	81	0	70	49	11	1	37	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11424666--11424704	19	2.1	19	95	0	69	33	5	10	51	1.58
11424669--11424712	19	2.4	19	78	17	56	34	6	9	50	1.61
11426356--11426413	20	2.8	20	94	2	98	48	44	0	6	1.29
11437119--11437293	71	2.5	69	85	3	208	28	13	22	34	1.93
11437293--11437458	72	2.3	71	87	4	235	22	15	20	41	1.89
11437391--11438291	279	3.2	279	96	2	1636	25	16	20	37	1.93
11437391--11438291	140	6.5	140	96	2	1638	25	16	20	37	1.93
11438129--11438162	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
11438216--11438702	72	6.5	72	83	8	485	32	16	18	32	1.93
11438211--11438990	225	3.3	223	80	8	717	30	17	18	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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