genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43001423--43001559	45	3.0	45	87	2	195	36	25	14	23	1.93
43002111--43002143	15	2.2	15	100	0	66	54	12	6	27	1.60
43007473--43007585	42	2.7	43	80	8	133	26	17	28	27	1.98
43011956--43012042	45	1.9	45	92	0	147	36	25	13	24	1.92
43028487--43028664	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
43028508--43028663	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
43032404--43032583	68	2.6	67	78	11	181	22	29	15	32	1.95
43036411--43036590	35	5.1	35	79	0	180	41	18	10	29	1.84
43054339--43054494	35	4.5	35	78	6	127	43	19	9	26	1.82
43078141--43078312	93	1.8	93	91	0	281	29	27	22	20	1.99
43078134--43078309	46	3.8	46	76	12	180	30	27	22	20	1.98
43098261--43098428	46	3.6	47	77	11	150	25	29	17	27	1.97
43105894--43106063	46	3.7	46	72	17	154	21	21	29	28	1.98
43105891--43106061	93	1.8	93	88	2	263	21	21	29	28	1.98
43113475--43113645	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
43113479--43113650	46	3.7	45	78	13	188	22	21	27	28	1.99
43115027--43115149	46	2.7	44	83	9	142	26	30	17	26	1.98
43119860--43119996	48	2.9	48	92	0	220	33	6	27	32	1.83
43119967--43120029	33	1.9	33	93	0	108	38	9	26	25	1.87
43119919--43120082	81	2.0	81	98	0	319	35	7	26	29	1.84
43120000--43120313	48	6.5	48	91	0	493	35	6	26	30	1.82
43130611--43130774	80	2.0	80	97	0	310	31	21	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43132449--43132568	43	2.8	42	77	7	134	29	25	15	30	1.95
43135508--43136073	48	11.8	48	93	0	900	32	27	6	34	1.81
43142228--43142347	43	2.8	41	76	16	136	27	25	16	30	1.97
43145355--43145380	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
43147557--43147632	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
43148819--43148963	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
43156307--43156857	47	11.6	47	93	1	877	32	8	29	29	1.87
43156307--43156857	96	5.8	96	93	1	907	32	8	29	29	1.87
43161414--43161558	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
43177357--43177413	29	2.0	29	100	0	114	24	10	21	43	1.83
43182221--43182297	21	3.7	21	91	0	109	14	31	35	19	1.92
43184040--43184110	37	1.9	37	82	5	90	19	14	29	36	1.91
43188713--43188758	24	1.9	24	82	8	58	41	4	30	23	1.74
43193428--43193518	47	1.9	48	88	2	139	20	17	26	35	1.95
43197735--43197788	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
43197941--43197990	26	1.9	26	91	0	82	18	20	24	38	1.93
43197955--43198019	26	2.5	26	87	0	85	20	18	26	35	1.95
43200407--43200460	29	1.9	29	88	7	85	20	1	29	48	1.60
43200803--43200861	26	2.3	25	80	8	66	49	0	22	28	1.50
43202890--43202953	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
43202931--43202955	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
43206408--43206483	26	2.9	26	92	0	125	18	15	28	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43207677--43207778	52	2.0	52	90	0	159	18	35	21	24	1.96
43221822--43221850	15	1.9	15	100	0	58	48	27	13	10	1.75
43223441--43223466	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
43225964--43226264	39	7.7	40	88	6	390	25	22	27	24	2.00
43234032--43234293	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
43244120--43244215	40	2.4	40	89	1	140	32	27	18	21	1.97
43247948--43247990	22	2.0	22	95	0	77	20	32	16	30	1.95
43255285--43255460	46	3.8	45	79	11	178	31	28	19	21	1.97
43255292--43255463	93	1.8	93	89	0	272	30	28	19	21	1.98
43256385--43256535	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
43258266--43258339	29	2.6	29	84	4	87	28	14	31	25	1.95
43261827--43261869	22	2.0	22	90	0	68	20	23	20	34	1.96
43262811--43263151	27	12.7	27	85	1	346	39	19	8	32	1.81
43262802--43263072	107	2.5	108	89	4	422	39	18	7	33	1.79
43263178--43263331	81	1.9	81	85	5	213	33	20	20	25	1.97
43263178--43263331	27	5.7	27	83	0	182	33	20	20	25	1.97
43263663--43263727	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
43263886--43263987	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
43264124--43264195	31	2.3	31	95	2	126	20	15	13	50	1.78
43264153--43264220	25	2.7	25	83	0	82	22	19	13	45	1.84
43264124--43264198	6	12.0	6	71	18	55	20	16	14	49	1.80
43267687--43267874	40	4.7	40	95	0	322	30	20	26	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43271930--43272192	40	6.6	40	85	3	291	26	27	20	24	1.99
43271930--43272192	80	3.3	79	87	3	325	26	27	20	24	1.99
43279208--43279399	40	4.8	40	95	1	314	29	20	27	22	1.99
43281302--43281587	27	10.6	27	85	0	349	40	18	9	31	1.82
43281302--43281648	27	12.9	27	78	7	235	38	19	9	32	1.84
43281689--43281928	27	8.9	27	91	0	320	31	20	23	24	1.98
43281686--43281955	54	5.0	54	85	3	303	31	20	23	24	1.98
43281690--43281955	81	3.3	80	81	9	306	31	19	23	25	1.98
43282382--43282446	22	3.0	22	82	8	87	20	21	23	35	1.96
43282605--43282706	27	3.8	27	84	5	116	20	22	19	37	1.95
43282851--43282914	31	2.1	31	93	0	110	20	15	15	48	1.81
43282872--43282939	25	2.7	25	86	0	91	19	19	16	45	1.85
43282866--43282956	6	14.8	6	68	17	53	20	17	16	45	1.86
43282925--43282977	18	3.0	18	78	13	56	22	11	15	50	1.75
43289545--43289621	36	2.1	36	88	4	111	24	32	18	24	1.97
43289739--43289966	47	4.7	48	97	1	397	29	30	8	31	1.87
43289739--43289966	96	2.4	95	94	3	395	29	30	8	31	1.87
43292495--43292532	20	1.9	19	85	15	51	39	10	23	26	1.87
43295890--43296043	28	5.5	28	96	0	265	26	11	27	33	1.91
43297730--43297881	27	5.6	27	91	2	232	30	28	14	26	1.95
43297730--43297881	55	2.8	54	89	2	232	30	28	14	26	1.95
43297730--43297881	82	1.9	82	91	0	250	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43304157--43304251	40	2.4	40	85	0	127	34	27	17	20	1.95
43305034--43305130	43	2.3	43	92	0	158	32	24	5	37	1.78
43305034--43305100	21	3.1	21	64	19	57	32	25	4	37	1.76
43307943--43308083	49	2.8	51	88	2	205	24	19	28	27	1.99
43307948--43308083	51	2.7	49	87	2	191	25	19	27	27	1.99
43317632--43317669	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
43319502--43319775	46	6.0	46	93	0	424	39	14	24	22	1.91
43323886--43323956	35	2.0	35	97	0	133	59	11	5	23	1.53
43323886--43323941	19	3.1	19	63	31	50	57	10	7	25	1.58
43324727--43324751	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
43324920--43324969	18	2.8	18	75	3	57	54	8	0	38	1.30
43329621--43329718	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
43329649--43329731	27	3.0	27	85	5	87	31	12	24	32	1.91
43329621--43329732	28	4.0	27	81	6	89	29	12	25	33	1.92
43334177--43334358	28	6.5	28	95	0	303	25	10	29	34	1.90
43342307--43342460	28	5.5	28	94	0	247	26	11	27	33	1.91
43342282--43342460	56	3.2	56	88	1	252	26	11	27	34	1.91
43348915--43349012	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
43348943--43349025	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
43348915--43349026	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
43356084--43356116	12	2.9	12	91	8	52	66	0	0	33	0.92
43359813--43359853	21	1.9	22	90	5	66	46	4	7	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43361709--43361758	9	5.7	9	79	13	50	60	2	2	36	1.20
43361709--43361762	25	2.2	25	83	6	65	59	1	1	37	1.19
43362319--43362343	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
43376527--43376614	44	2.0	44	100	0	176	36	13	18	31	1.90
43386670--43386774	53	2.0	53	81	3	122	39	18	24	18	1.92
43395028--43395360	24	13.9	24	74	10	236	25	11	26	36	1.90
43395029--43395331	96	3.2	96	95	0	525	25	11	26	36	1.90
43395029--43395332	48	6.3	48	79	7	339	25	11	26	36	1.90
43402265--43402342	36	2.2	36	92	0	129	7	24	12	55	1.63
43402308--43402333	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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