genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29603260--29604227	222	4.4	221	86	3	1172	28	25	16	29	1.97
29616319--29616406	9	9.3	9	74	23	51	67	0	4	28	1.11
29616343--29616446	31	3.5	30	71	18	85	63	0	6	28	1.26
29616319--29616477	57	2.7	57	83	9	180	64	1	5	28	1.25
29622660--29622695	11	3.3	11	88	0	54	38	19	0	41	1.52
29631619--29631764	24	6.2	24	72	9	86	26	14	16	42	1.86
29631599--29631751	47	3.2	48	82	4	141	26	16	16	40	1.90
29631632--29631761	24	5.5	24	80	3	140	26	16	16	40	1.89
29631625--29631761	71	2.0	69	83	2	175	26	15	16	42	1.87
29631645--29631764	47	2.5	47	78	6	143	25	15	17	40	1.89
29631747--29631834	28	3.2	26	73	12	70	29	19	18	32	1.95
29632591--29632632	3	13.7	3	90	5	66	33	2	0	64	1.07
29634442--29634502	32	1.9	31	90	6	95	37	8	0	54	1.31
29634756--29634793	19	2.1	18	85	9	51	63	0	0	36	0.95
29637568--29637613	17	2.7	17	80	12	51	6	15	0	78	0.95
29645006--29645052	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
29649004--29649033	12	2.4	13	88	11	53	23	0	0	76	0.78
29652750--29652777	13	2.2	13	100	0	56	25	7	7	60	1.48
29653787--29653986	68	2.9	69	84	2	278	39	16	20	23	1.92
29656595--29656634	21	1.9	21	89	0	62	37	5	35	22	1.76
29659612--29659666	18	3.1	18	97	2	103	45	12	5	36	1.66
29660500--29660540	20	2.1	19	86	13	57	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29662795--29662827	8	4.1	8	85	14	50	51	24	21	3	1.62
29663434--29663479	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
29669105--29669176	28	2.4	29	80	17	85	37	2	0	59	1.12
29673455--29673504	26	1.9	27	84	8	68	24	16	22	38	1.93
29674993--29675076	26	3.2	26	94	0	141	38	23	4	33	1.76
29683093--29683176	26	3.2	26	93	0	141	36	23	4	34	1.76
29683467--29683641	45	3.8	45	88	2	242	25	19	33	22	1.97
29687135--29687179	14	3.0	15	90	6	65	15	15	13	55	1.69
29691579--29691843	45	5.8	45	86	6	177	27	18	28	24	1.98
29691630--29691989	45	7.8	45	86	3	398	27	18	30	23	1.98
29694104--29694154	21	2.4	21	87	6	68	29	7	17	45	1.77
29696744--29696779	17	2.1	17	89	0	54	41	11	5	41	1.64
29705629--29705780	43	3.6	43	71	8	150	25	18	28	28	1.98
29723352--29723434	41	2.0	41	100	0	166	24	14	7	54	1.65
29725603--29725643	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
29725776--29725887	39	2.8	40	74	12	106	29	26	19	24	1.98
29727601--29727770	46	3.7	46	74	16	163	21	17	28	32	1.96
29727591--29727762	93	1.8	93	88	4	267	20	18	29	31	1.96
29729269--29729299	9	3.4	9	95	0	53	29	9	25	35	1.88
29729284--29729326	18	2.5	17	81	7	50	20	4	25	48	1.69
29731863--29732087	40	5.6	40	86	6	303	24	28	23	24	2.00
29731863--29732087	83	2.8	83	86	6	313	24	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29739684--29739868	40	4.6	40	84	8	241	24	29	22	23	1.99
29739684--29739868	83	2.3	80	89	3	282	24	29	22	23	1.99
29748009--29748056	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
29748070--29748159	42	2.1	43	85	4	128	31	5	13	50	1.64
29748080--29748159	42	1.9	42	94	0	142	32	6	15	46	1.70
29751942--29751985	19	2.3	19	88	0	70	40	2	9	47	1.48
29751995--29752088	42	2.3	42	88	1	136	30	6	14	47	1.69
29752008--29752091	42	2.0	42	95	0	150	29	10	14	45	1.78
29754075--29754179	52	2.0	52	96	0	192	43	12	16	27	1.83
29758044--29758092	20	2.4	21	83	13	66	61	0	6	32	1.21
29758422--29758482	31	2.0	31	83	6	79	21	13	14	50	1.76
29762844--29762889	3	15.3	3	90	0	74	28	0	0	71	0.86
29764788--29764829	22	1.9	22	85	0	57	26	9	33	30	1.88
29785248--29785296	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
29785260--29785324	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
29785286--29785324	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
29785520--29785553	15	2.2	16	89	5	52	79	0	0	20	0.73
29785516--29785571	22	2.5	22	85	2	76	71	0	0	28	0.86
29787730--29787821	45	2.0	45	100	0	184	40	10	17	31	1.84
29791328--29791375	3	16.3	3	79	12	55	62	0	37	0	0.95
29791328--29791375	16	3.1	16	85	14	73	62	0	37	0	0.95
29791329--29791369	22	1.9	21	90	5	64	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29791328--29791374	25	1.9	24	86	4	67	63	0	36	0	0.94
29791878--29791911	17	2.0	17	88	0	50	73	2	2	20	1.09
29792017--29792465	152	3.0	147	87	7	661	57	7	5	29	1.49
29793618--29793679	22	2.8	23	75	4	56	58	4	16	20	1.56
29795193--29795246	18	3.0	18	77	0	54	24	33	31	11	1.90
29799914--29799953	19	2.1	19	86	9	55	27	5	7	60	1.45
29805706--29805789	42	2.0	42	100	0	168	26	28	11	33	1.92
29808379--29808435	26	2.2	26	100	0	114	31	7	26	35	1.83
29809901--29809953	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
29811560--29811602	12	3.6	12	83	0	59	9	23	48	18	1.76
29817786--29817882	48	2.0	48	88	6	142	56	2	5	36	1.33
29817785--29817883	24	4.0	24	76	12	103	56	2	6	35	1.35
29820561--29820613	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
29823441--29823580	39	3.6	39	88	0	199	13	27	22	37	1.91
29827938--29827985	18	2.8	17	84	9	62	79	2	10	8	1.02
29832680--29832705	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
29841067--29841116	20	2.6	20	71	6	50	46	0	6	48	1.27
29845105--29845142	6	5.9	7	90	9	55	15	26	0	57	1.38
29852435--29852542	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
29857879--29857960	26	3.2	26	94	0	146	30	6	25	37	1.80
29859553--29859696	54	2.7	54	92	2	227	17	24	23	34	1.96
29859556--29859713	27	5.9	26	82	9	176	18	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29859556--29859713	81	2.0	80	82	10	198	18	24	21	34	1.96
29863271--29863378	43	2.5	43	89	4	164	27	14	26	30	1.95
29866689--29866716	14	2.0	14	100	0	56	28	21	0	50	1.49
29869146--29869195	3	16.3	3	83	4	64	28	0	2	70	0.99
29871972--29872102	47	2.8	47	94	0	217	20	16	28	35	1.94
29876586--29876713	26	4.9	26	76	3	87	20	10	28	39	1.86
29888160--29888242	43	1.9	43	92	0	139	26	31	19	22	1.98
29895136--29895252	26	4.5	26	79	1	128	19	17	27	35	1.95
29895136--29895271	52	2.6	52	84	1	175	19	17	27	34	1.95
29895136--29895283	26	5.7	26	75	4	120	20	17	27	34	1.95
29897551--29897579	12	2.3	13	94	5	51	0	0	13	86	0.58
29902117--29902143	13	2.1	13	100	0	54	37	25	7	29	1.83
29904433--29904745	47	6.7	47	70	12	177	25	28	17	27	1.98
29906202--29906294	23	3.9	23	72	14	73	32	18	23	25	1.97
29908883--29909089	40	5.2	40	77	5	159	22	26	14	37	1.92
29915331--29915417	42	2.1	42	100	0	174	34	26	9	29	1.87
29916529--29916649	43	2.8	43	83	5	147	28	28	18	23	1.98
29916908--29916975	34	2.0	34	94	0	118	13	30	7	48	1.69
29941227--29941403	40	4.4	40	84	4	234	26	28	22	23	1.99
29949621--29949876	40	6.4	40	83	5	324	27	27	21	23	1.99
29949621--29949876	80	3.2	80	92	3	403	27	27	21	23	1.99
29954946--29955167	40	5.6	40	85	1	295	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29956043--29956079	17	2.2	17	100	0	74	27	0	21	51	1.48
29960803--29960907	40	2.7	40	95	1	185	25	26	23	23	2.00
29968177--29968212	17	2.1	17	100	0	72	16	22	5	55	1.62
29976201--29976231	15	2.1	15	93	0	53	45	12	3	38	1.59
29978809--29978833	11	2.3	11	100	0	50	32	0	20	48	1.50
29980121--29980168	25	2.0	24	83	4	60	14	20	20	43	1.87
29980324--29980410	24	3.6	24	73	11	79	19	25	20	34	1.96
29980374--29980470	25	3.9	25	76	6	90	23	26	17	31	1.97
29983422--29983584	89	1.8	89	97	0	308	41	20	1	36	1.64
29994129--29994164	17	2.1	17	94	0	63	25	19	11	44	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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