genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64184825--64185167	100	3.4	100	90	1	510	29	25	18	26	1.98
64189931--64189973	20	2.2	20	86	0	59	30	6	16	46	1.73
64190445--64190489	21	2.3	18	85	11	54	24	31	6	37	1.81
64190461--64190489	9	3.2	9	100	0	58	20	34	0	44	1.52
64192996--64193081	42	2.0	42	95	0	154	30	27	16	25	1.97
64195373--64195497	29	4.3	29	89	2	180	25	14	29	30	1.95
64196841--64197024	41	4.5	40	85	2	215	31	26	15	26	1.96
64203959--64204107	40	3.7	41	87	2	212	30	27	17	24	1.97
64203957--64204107	81	1.9	81	88	2	232	30	27	17	25	1.97
64208446--64208767	46	7.0	46	93	0	518	21	22	14	40	1.90
64208446--64208752	138	2.2	138	97	0	578	20	22	15	41	1.90
64210848--64210886	16	2.4	16	82	0	51	0	28	0	71	0.86
64210913--64210955	17	2.5	17	88	7	61	6	16	0	76	0.99
64214167--64214220	18	3.0	18	83	8	74	42	11	37	9	1.73
64218569--64218644	27	2.8	27	85	2	89	34	13	26	26	1.93
64223962--64224176	96	2.2	96	92	0	358	27	27	13	30	1.95
64224146--64224320	47	3.7	47	78	8	194	22	28	21	26	1.99
64224012--64224323	96	3.3	91	83	6	306	25	28	17	27	1.98
64231648--64232011	52	7.6	51	72	17	212	24	28	18	28	1.98
64231693--64232011	96	3.3	96	87	5	407	24	28	17	28	1.98
64231643--64232011	96	3.8	95	84	6	381	24	28	18	28	1.98
64240984--64241018	18	1.9	18	94	0	61	25	11	25	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64241069--64241105	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
64241154--64241211	31	1.9	30	86	10	82	18	37	1	41	1.61
64252297--64252330	10	3.2	10	88	12	50	67	2	2	26	1.19
64259769--64259910	67	2.1	67	88	5	203	30	22	28	18	1.97
64259840--64259891	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
64260363--64260393	10	3.1	10	100	0	62	29	9	29	32	1.89
64264612--64264807	91	2.1	91	88	1	293	43	18	8	29	1.80
64273474--64273529	24	2.3	24	93	0	94	33	51	8	5	1.56
64282411--64282474	33	1.9	33	100	0	128	26	3	14	56	1.53
64286002--64286127	44	2.9	45	83	9	138	24	28	23	23	1.99
64286458--64286718	43	6.1	43	94	0	409	30	34	23	12	1.91
64287758--64288016	120	2.2	120	83	6	312	25	21	27	25	1.99
64287758--64287983	40	5.7	40	90	4	314	24	21	27	26	1.99
64294845--64295004	46	3.3	46	72	14	126	28	28	16	26	1.97
64297075--64297201	45	2.9	45	82	5	136	24	26	22	26	2.00
64297531--64297655	42	3.0	42	90	2	189	32	32	24	12	1.91
64297634--64297717	38	2.2	38	85	4	116	33	27	19	20	1.96
64298178--64298310	65	2.0	65	97	0	248	34	24	9	32	1.86
64301256--64301683	54	8.3	53	74	11	252	34	17	24	23	1.96
64301339--64301461	47	2.6	46	76	11	122	37	21	21	19	1.94
64301489--64301683	55	3.6	54	82	2	257	35	16	23	23	1.95
64301497--64301714	108	2.0	108	84	4	287	36	16	23	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64305917--64305972	28	2.0	28	100	0	112	46	14	7	32	1.71
64308172--64308232	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
64313194--64313238	22	2.0	22	95	0	81	28	22	24	24	1.99
64316602--64316658	28	2.0	28	100	0	114	42	3	14	40	1.62
64317006--64317046	20	2.0	20	90	0	64	48	7	9	34	1.64
64326958--64327057	44	2.3	44	92	0	164	23	22	24	31	1.99
64327074--64327198	62	2.0	62	96	0	232	25	16	20	36	1.94
64331530--64331556	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
64331775--64331977	18	11.3	18	75	10	155	34	12	15	36	1.86
64331775--64332057	36	7.6	36	71	15	175	34	12	15	37	1.86
64331775--64332070	18	16.1	18	72	10	152	34	12	15	37	1.85
64334808--64334977	43	4.0	44	77	4	159	21	17	26	34	1.95
64334815--64334977	86	1.9	85	85	6	222	21	17	26	34	1.95
64341267--64341348	43	1.9	43	87	0	119	21	18	31	28	1.97
64346398--64346558	42	3.8	42	86	4	191	26	25	16	31	1.96
64350489--64350659	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	28	1.99
64350493--64350664	46	3.7	46	77	13	181	22	21	27	28	1.99
64351508--64351534	14	1.9	14	100	0	54	7	37	18	37	1.79
64351966--64352138	46	3.7	46	77	13	192	29	28	20	21	1.98
64351971--64352141	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
64352561--64352620	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
64358671--64358795	46	2.7	46	92	0	196	21	22	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64364160--64364223	23	2.7	23	83	7	76	60	9	3	26	1.42
64366933--64366958	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
64369325--64369387	30	2.1	31	85	8	85	46	4	1	47	1.33
64369830--64369871	21	2.0	21	95	0	75	40	23	16	19	1.91
64372542--64372703	42	3.8	42	81	1	180	27	24	15	33	1.95
64373878--64373937	26	2.6	22	76	20	68	21	26	25	26	2.00
64373887--64373936	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
64376384--64376461	36	2.3	35	85	12	101	69	3	0	26	1.06
64382183--64382254	27	2.7	27	91	6	112	44	13	6	34	1.71
64394491--64394521	16	1.9	16	93	0	53	41	19	25	12	1.87
64394744--64394840	29	3.4	30	83	7	112	29	15	24	29	1.96
64399015--64399080	33	2.0	33	88	5	98	36	18	21	24	1.95
64401194--64401243	22	2.3	22	93	3	84	20	18	6	56	1.62
64403043--64403091	25	2.0	24	92	4	80	40	0	2	57	1.10
64404757--64404829	9	8.0	9	69	14	51	68	1	2	27	1.11
64404786--64404867	27	3.1	25	75	11	74	60	4	1	32	1.25
64404859--64404904	21	2.3	19	88	7	65	56	2	2	39	1.24
64405650--64405688	19	2.0	20	85	5	53	56	0	5	38	1.22
64405690--64405728	17	2.3	17	90	0	60	46	2	2	48	1.29
64405636--64405916	70	4.0	67	74	12	233	49	3	3	43	1.34
64405755--64405883	17	7.3	17	68	15	57	53	3	1	41	1.26
64405789--64405931	70	2.0	71	89	1	216	48	4	2	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64405998--64406066	17	3.9	17	73	12	59	52	0	2	44	1.16
64406089--64406149	18	3.4	18	84	10	63	49	1	1	47	1.21
64406089--64406126	9	4.2	9	93	6	60	44	0	0	55	0.99
64406090--64406147	9	6.6	9	77	16	50	50	1	1	46	1.22
64406034--64406196	80	2.1	79	81	8	188	46	4	4	45	1.42
64407786--64407863	41	1.9	41	94	0	138	38	6	15	39	1.73
64407970--64408016	18	2.8	17	87	6	60	82	0	6	10	0.82
64409180--64409217	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
64420811--64420995	40	4.7	40	80	6	198	26	26	22	24	2.00
64435095--64435350	40	6.5	40	88	5	353	23	27	23	25	2.00
64449993--64450071	29	2.7	30	80	13	101	26	13	29	30	1.94
64450024--64450351	174	1.9	174	97	0	620	30	14	23	31	1.94
64453591--64453709	24	4.8	25	74	16	90	32	19	21	26	1.97
64459696--64459754	31	1.9	31	92	0	100	38	10	6	44	1.65
64466463--64466496	12	2.8	12	86	4	50	20	0	11	67	1.21
64473935--64473964	11	2.7	11	94	0	51	40	10	23	26	1.86
64481787--64481885	48	2.0	49	90	1	155	34	15	26	24	1.94
64483596--64483741	40	3.6	39	86	7	179	26	28	21	23	1.99
64491493--64491678	40	4.6	39	86	5	232	26	28	20	24	1.99
64491493--64491678	80	2.3	82	86	3	263	26	28	20	24	1.99
64502679--64502794	39	3.0	39	90	0	169	27	28	19	24	1.99
64502635--64502787	78	2.0	78	81	5	184	26	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64511649--64511704	29	2.0	29	85	3	78	37	1	25	35	1.66
64512864--64512893	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
64514769--64514944	27	6.5	27	80	7	142	28	28	15	26	1.96
64514769--64514944	54	3.2	54	80	7	187	28	28	15	26	1.96
64522796--64522972	27	6.6	27	81	6	162	28	29	15	26	1.96
64522796--64522971	55	3.3	54	80	7	196	28	29	15	26	1.96
64533552--64533757	39	5.6	38	77	12	164	26	28	21	23	1.99
64533583--64533714	37	3.6	37	83	7	137	25	29	19	25	1.99
64540431--64540575	40	3.6	40	85	4	184	23	25	25	25	2.00
64541761--64541836	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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