genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84742350--84742527	27	6.6	26	82	6	169	26	14	28	30	1.95
84742351--84742506	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
84742351--84742527	54	3.3	55	80	4	191	25	14	28	30	1.95
84742347--84742527	82	2.2	81	82	2	220	26	14	28	30	1.95
84750500--84750674	27	6.5	26	85	3	181	26	15	28	29	1.96
84750500--84750674	80	2.2	81	84	5	221	26	15	28	29	1.96
84756584--84756761	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
84756605--84756760	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
84760204--84760376	46	3.7	46	78	13	201	20	21	28	29	1.98
84760201--84760371	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
84767160--84767185	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
84770494--84770541	18	2.6	18	86	3	60	33	4	8	54	1.50
84770508--84770546	18	2.2	18	95	0	69	28	2	10	58	1.44
84772161--84772400	43	5.7	43	84	7	226	33	25	17	23	1.96
84772161--84772269	41	2.6	43	85	10	154	33	25	20	20	1.96
84772247--84772403	43	3.7	43	87	3	228	33	26	16	23	1.96
84772247--84772437	85	2.2	86	83	4	226	34	24	16	25	1.95
84778412--84778463	22	2.4	22	78	9	54	55	23	1	19	1.53
84778433--84778490	28	2.1	28	87	6	82	55	25	0	18	1.43
84779688--84779731	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
84779817--84779848	15	2.2	14	94	5	55	46	0	0	53	1.00
84785428--84785679	113	2.2	115	85	3	339	28	22	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84785614--84785716	40	2.5	41	84	4	120	26	26	17	30	1.97
84785845--84785892	17	2.7	18	83	9	62	66	2	4	27	1.21
84788601--84788625	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
84806509--84806550	18	2.2	20	87	8	61	64	0	16	19	1.30
84806759--84806829	3	23.7	3	85	5	99	28	1	0	70	0.96
84809668--84809699	16	2.0	16	100	0	64	18	25	18	37	1.94
84814494--84814574	5	16.0	5	98	1	153	39	1	0	59	1.05
84814654--84814689	17	2.0	17	89	10	54	72	0	27	0	0.85
84814608--84814687	25	3.2	24	77	8	72	66	5	26	2	1.25
84819416--84819496	5	16.0	5	98	1	153	39	1	0	59	1.05
84819576--84819611	17	2.0	17	89	10	54	72	0	27	0	0.85
84819530--84819609	25	3.2	24	77	8	72	66	5	26	2	1.25
84829219--84829342	61	2.0	61	92	0	203	26	15	20	37	1.92
84830896--84830947	21	2.4	23	81	12	65	69	1	0	28	0.99
84830896--84830949	10	5.1	10	80	10	63	70	1	0	27	0.98
84834074--84834115	17	2.3	18	84	8	50	40	0	4	54	1.21
84844939--84845084	74	2.0	74	98	0	283	36	23	10	29	1.88
84848262--84848547	142	2.0	142	93	0	491	44	22	10	22	1.83
84851915--84851970	29	1.9	29	100	0	112	42	0	0	57	0.99
84852117--84852151	16	2.1	16	89	10	52	77	0	0	22	0.78
84852204--84852259	26	2.3	24	80	14	62	57	0	5	37	1.22
84855763--84855807	20	2.2	20	92	0	72	35	11	4	48	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84859454--84859486	3	10.7	3	93	6	57	66	0	0	33	0.92
84859608--84859654	3	16.3	3	82	8	53	63	0	6	29	1.19
84859615--84859654	14	2.7	15	84	7	64	62	0	7	30	1.23
84859607--84859655	20	2.5	20	89	0	71	63	0	8	28	1.23
84862674--84862784	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
84872779--84873184	192	2.1	192	90	4	627	33	18	12	35	1.89
84886814--84886844	14	2.2	14	94	0	53	16	6	0	77	0.97
84887526--84887579	3	18.3	3	92	3	92	31	0	1	66	1.02
84895526--84895552	14	1.9	14	100	0	54	55	7	29	7	1.55
84900674--84900965	54	5.4	54	94	3	482	29	14	15	40	1.87
84900674--84900967	107	2.7	107	93	3	484	28	14	15	40	1.87
84902193--84902223	14	2.2	14	100	0	62	12	6	0	80	0.89
84902904--84902942	3	13.3	3	89	5	62	30	0	2	66	1.05
84903177--84903243	29	2.4	29	75	7	77	31	10	5	52	1.60
84908060--84908124	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
84908037--84908323	137	2.1	137	96	0	520	32	24	18	25	1.97
84910110--84910193	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
84913747--84913777	8	3.9	8	91	0	53	35	0	22	41	1.54
84914038--84914080	20	2.2	20	95	0	77	51	4	16	27	1.64
84919371--84919438	26	2.6	27	86	11	88	36	17	13	32	1.89
84919400--84919487	27	3.3	28	78	7	85	35	14	17	32	1.90
84919530--84919556	9	3.0	9	100	0	54	22	11	22	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84919625--84919727	27	3.9	26	83	2	107	37	20	11	30	1.88
84921750--84921821	27	2.7	27	86	0	108	20	5	36	37	1.76
84921750--84921830	27	2.9	27	82	10	101	22	4	32	40	1.75
84923914--84923957	17	2.5	19	82	14	58	38	9	20	31	1.84
84928854--84928886	13	2.4	14	90	5	50	36	3	15	45	1.61
84929105--84929206	46	2.2	46	84	3	134	45	15	7	31	1.75
84930222--84930260	20	2.1	17	86	13	51	71	5	7	15	1.26
84935045--84935069	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
84935155--84935182	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
84936983--84937017	18	1.9	18	100	0	70	31	0	0	68	0.90
84944056--84944115	20	3.1	19	77	15	68	53	1	3	41	1.27
84944080--84944317	128	1.9	125	85	12	334	42	7	7	42	1.60
84948546--84948635	45	2.0	45	100	0	180	15	33	15	35	1.89
84948941--84948981	21	2.0	21	85	0	55	19	29	19	31	1.96
84955877--84955943	34	2.0	34	93	0	116	37	28	7	26	1.84
84960699--84960746	21	2.2	23	78	14	57	41	0	2	56	1.11
84961105--84961170	19	3.2	20	85	14	82	53	6	0	40	1.26
84962421--84962450	15	1.9	15	93	6	51	76	13	6	3	1.11
84963510--84964078	26	22.3	26	66	14	170	30	7	3	58	1.42
84963609--84963720	25	4.6	24	74	21	83	30	5	3	60	1.36
84963974--84964078	49	2.2	48	81	5	122	31	3	2	61	1.28
84985646--84985682	18	2.1	18	89	0	56	67	5	0	27	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84985641--84985684	18	2.5	17	82	7	52	61	6	2	29	1.34
84988541--84989134	306	1.9	304	83	5	752	37	13	15	32	1.87
84989384--84989415	6	5.3	6	100	0	64	34	0	0	65	0.93
84989810--84989855	16	2.8	16	83	6	56	41	2	4	52	1.33
84991326--84991474	76	2.0	76	100	0	298	27	13	19	39	1.89
84993625--84993808	40	4.6	40	84	6	248	25	23	26	24	2.00
84993625--84993808	80	2.3	80	89	3	273	25	23	26	24	2.00
85000902--85001085	40	4.6	40	85	2	253	25	23	26	25	2.00
85003852--85003982	63	2.1	62	85	4	174	28	18	6	46	1.74
85005510--85005554	22	2.0	22	100	0	90	22	22	13	42	1.88
85006247--85006369	47	2.6	45	81	13	135	29	17	29	24	1.97
85006329--85006411	36	2.2	36	82	8	94	25	16	31	26	1.97
85006348--85006425	36	2.2	36	100	0	156	23	17	30	28	1.97
85008904--85008947	19	2.3	19	88	0	61	59	20	2	18	1.49
85008985--85009021	19	1.9	19	94	0	65	45	16	21	16	1.84
85012294--85012377	37	2.2	37	93	2	141	47	15	5	30	1.69
85018772--85018992	46	4.8	46	78	10	204	29	17	28	24	1.97
85037923--85038013	40	2.3	40	94	0	155	49	8	14	27	1.72
85040705--85040758	26	2.1	26	89	0	81	18	16	22	42	1.89
85044946--85044975	5	5.8	5	92	7	51	80	0	0	20	0.72
85050512--85050544	16	2.1	16	88	5	50	60	0	3	36	1.12
85050526--85050576	25	2.1	25	85	7	70	54	0	1	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85057168--85057224	19	2.9	19	80	19	64	64	5	1	28	1.25
85057215--85057249	17	1.9	19	88	11	56	54	0	0	45	0.99
85057214--85057251	9	4.3	9	84	15	53	57	0	0	42	0.98
85057220--85057331	29	3.9	28	69	23	81	54	1	1	41	1.21
85057313--85057353	11	3.9	11	81	9	50	63	2	0	34	1.08
85058140--85058381	9	25.3	9	71	14	132	33	2	6	57	1.38
85058140--85058358	19	11.4	18	71	13	118	33	2	6	57	1.37
85058194--85058400	19	10.8	19	71	22	105	32	2	6	58	1.36
85058221--85058359	37	3.7	38	74	14	108	33	2	5	58	1.37
85062867--85062892	12	2.2	12	100	0	52	23	30	7	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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