genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.351.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112292006--112292048	15	3.1	14	78	15	54	44	0	11	44	1.40
112292004--112292066	27	2.3	26	81	10	81	41	0	9	49	1.35
112293957--112293981	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
112293989--112294063	23	3.1	23	71	20	64	44	5	13	37	1.66
112300343--112300367	13	1.9	13	100	0	50	16	28	24	32	1.96
112301475--112301515	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
112304830--112304857	13	2.2	13	100	0	56	14	28	25	32	1.94
112307546--112307605	30	2.0	30	96	0	111	41	13	25	20	1.88
112315100--112315153	27	2.0	27	82	7	65	14	22	46	16	1.84
112315320--112315428	12	8.7	12	73	16	55	19	5	0	74	1.07
112315358--112315417	16	3.8	16	85	12	88	16	6	1	75	1.10
112315318--112315400	21	4.2	20	72	25	70	18	6	1	74	1.08
112315318--112315398	10	8.4	9	71	24	51	18	6	1	74	1.10
112315323--112315384	11	5.6	11	75	11	56	19	6	1	72	1.15
112315727--112315758	11	2.9	11	95	0	55	59	0	0	40	0.97
112315727--112315758	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
112315904--112315943	8	5.2	8	85	8	57	0	32	0	67	0.91
112315904--112315952	16	3.3	15	86	13	66	2	32	0	65	1.04
112316122--112316182	16	3.5	17	82	10	79	13	19	8	59	1.59
112318646--112318676	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
112321071--112321229	40	4.0	39	88	4	221	29	20	3	47	1.65
112322337--112322361	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112322344--112322824	44	11.0	44	75	9	430	25	25	17	30	1.97
112322343--112322887	133	4.2	132	91	2	866	25	24	18	31	1.97
112322922--112323707	205	3.8	203	91	1	1191	29	22	17	30	1.97
112327704--112328276	205	2.8	203	91	2	889	29	17	22	30	1.97
112328311--112328540	87	2.7	87	85	6	279	30	19	25	24	1.98
112328374--112328721	44	8.0	44	77	9	270	30	17	25	26	1.98
112328374--112328661	131	2.2	132	94	1	499	29	18	25	26	1.98
112329172--112329217	22	2.0	22	87	4	65	30	4	32	32	1.77
112329179--112329228	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
112329788--112329852	19	3.4	19	97	2	121	46	0	13	40	1.44
112329845--112330015	79	2.2	79	78	7	186	53	2	16	28	1.55
112329873--112330027	39	3.9	40	92	0	242	47	3	20	29	1.66
112330462--112330519	25	2.2	25	81	9	62	36	8	3	51	1.49
112333831--112333879	19	2.4	21	80	13	57	40	4	0	55	1.19
112335683--112335720	17	2.2	18	95	4	69	50	5	10	34	1.59
112338990--112339045	27	2.1	27	83	6	69	71	10	8	8	1.31
112350650--112350693	19	2.2	20	84	4	63	79	9	0	11	0.93
112351696--112351736	10	4.0	10	90	3	64	65	0	12	21	1.25
112352518--112352547	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
112365896--112365950	26	2.1	26	96	0	101	34	21	0	43	1.53
112367182--112367212	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
112379878--112379926	19	2.4	21	80	13	57	40	4	0	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112383306--112383462	46	3.3	46	86	10	149	35	14	22	28	1.92
112383254--112383462	52	4.1	51	85	9	284	34	13	22	28	1.93
112383240--112383463	98	2.3	98	94	0	394	34	14	23	28	1.93
112383425--112383534	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
112384674--112384723	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
112391510--112391580	36	2.0	36	100	0	142	35	25	19	19	1.96
112403628--112403670	21	2.0	21	82	8	52	53	2	2	41	1.26
112405433--112405474	22	1.9	22	85	9	59	33	16	30	19	1.94
112409418--112409486	28	2.3	30	87	7	97	14	4	36	44	1.65
112409797--112409843	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
112413617--112413651	18	1.9	18	88	0	52	62	0	22	14	1.31
112414940--112414988	25	2.0	25	84	8	64	38	2	0	59	1.09
112423103--112423138	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
112428187--112428211	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
112431754--112431803	25	1.9	25	84	8	64	62	16	12	10	1.55
112440293--112440346	27	2.0	27	100	0	108	37	11	14	37	1.82
112454178--112454305	64	2.0	64	98	0	247	33	30	12	23	1.92
112463640--112463958	153	2.1	153	89	1	489	29	7	5	56	1.51
112469582--112469612	13	2.4	13	100	0	62	77	0	9	12	0.99
112487945--112487978	13	2.7	13	95	4	61	0	11	0	88	0.52
112487948--112487977	10	2.9	10	95	5	51	0	10	0	90	0.47
112488464--112488490	6	4.5	6	100	0	54	18	37	14	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112494993--112495627	301	2.1	298	90	1	984	43	20	9	26	1.83
112496720--112496786	31	2.1	32	86	2	91	35	11	10	41	1.76
112498251--112498292	18	2.2	19	83	8	50	57	16	9	16	1.65
112504164--112504228	33	2.0	32	85	8	87	35	6	20	38	1.77
112504688--112504720	17	1.9	17	100	0	66	57	0	18	24	1.40
112509174--112509204	4	7.8	4	92	0	53	29	0	70	0	0.87
112514283--112514351	35	2.0	33	86	5	93	47	2	5	43	1.42
112519244--112519281	5	7.6	5	100	0	76	81	0	0	18	0.69
112530912--112530954	20	2.2	20	87	8	61	69	6	0	23	1.12
112530922--112530960	18	2.1	19	90	9	62	64	5	0	30	1.15
112539283--112539327	21	2.1	22	84	12	58	33	0	2	64	1.06
112539525--112539580	17	3.4	16	83	11	60	33	0	0	66	0.92
112540856--112540887	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
112540856--112540886	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
112544063--112544116	20	2.7	21	78	18	62	40	14	1	42	1.57
112544073--112544123	19	2.8	18	85	8	68	41	11	1	45	1.52
112547816--112547858	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
112549321--112549403	40	2.1	40	88	0	121	40	4	13	40	1.65
112552970--112553003	15	2.4	15	90	9	54	41	5	2	50	1.42
112555663--112555707	19	2.3	19	84	7	54	26	6	4	62	1.39
112556125--112556186	28	2.2	28	82	8	72	32	3	1	62	1.20
112560784--112560822	20	2.0	20	94	0	69	43	23	5	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112567282--112567606	102	3.2	100	80	12	363	54	16	0	28	1.46
112567916--112567948	15	2.1	16	88	5	50	3	15	0	81	0.80
112586473--112586503	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
112587203--112587252	22	2.3	21	83	13	57	38	6	2	54	1.37
112592611--112593036	230	1.9	230	90	1	683	35	20	15	28	1.93
112593132--112593488	187	1.9	187	94	0	633	44	13	15	26	1.84
112599959--112600010	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
112600004--112600042	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
112603119--112603191	36	2.0	36	100	0	146	45	13	5	35	1.67
112610586--112610637	22	2.4	22	74	6	52	61	9	13	15	1.56
112610808--112610858	13	3.9	13	84	0	75	33	7	23	35	1.84
112610997--112611053	26	2.2	26	81	15	64	52	0	1	45	1.11
112613265--112613323	19	3.1	19	90	0	82	38	20	30	10	1.86
112616909--112616979	29	2.4	29	82	13	83	36	4	2	56	1.34
112617740--112617797	29	2.0	29	100	0	116	24	27	3	44	1.69
112623056--112623102	24	2.0	23	91	4	76	19	14	8	57	1.63
112627878--112627963	40	2.1	41	95	4	165	38	10	20	30	1.87
112628003--112628048	23	2.0	23	100	0	92	26	8	39	26	1.85
112630219--112630256	16	2.5	15	84	16	51	26	0	0	73	0.83
112630697--112630733	15	2.2	17	86	13	51	62	2	8	27	1.37
112630904--112630951	25	1.9	25	83	8	62	43	0	2	54	1.12
112630992--112631017	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112631753--112631781	4	7.2	4	100	0	58	24	0	27	48	1.51
112635799--112635841	4	10.8	4	100	0	86	76	0	0	23	0.78
112641272--112641314	17	2.4	18	84	11	61	20	0	9	69	1.15
112641272--112641314	18	2.4	17	80	7	50	20	0	9	69	1.15
112644032--112644190	52	3.0	52	84	0	201	29	27	15	27	1.96
112650994--112651058	30	2.2	29	81	10	69	43	9	4	43	1.57
112651001--112651060	30	1.9	32	86	6	88	41	8	6	43	1.61
112652637--112652880	131	1.9	131	90	1	391	31	21	20	25	1.98
112654614--112654686	36	2.0	36	100	0	146	32	8	31	27	1.86
112655017--112655068	21	2.4	22	75	18	56	25	32	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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