genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68609633--68609695	22	2.9	21	81	6	72	20	22	22	34	1.96
68614086--68614183	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
68618404--68618588	27	6.8	26	74	13	106	41	19	8	31	1.81
68618450--68618553	54	1.9	55	84	9	142	46	21	4	27	1.71
68618449--68618583	55	2.5	53	81	9	148	43	20	6	28	1.77
68618718--68618760	20	2.2	20	83	8	52	23	6	30	39	1.81
68618849--68618971	41	3.0	41	84	7	169	20	18	30	30	1.96
68619112--68619170	22	2.7	22	86	7	84	22	23	20	33	1.97
68619571--68619634	32	2.0	32	90	0	101	26	17	25	31	1.97
68623938--68624027	35	2.6	34	80	1	99	27	21	8	42	1.82
68637280--68637498	40	5.5	40	90	3	334	21	23	28	26	1.99
68637280--68637537	40	6.5	40	88	4	328	22	23	28	26	1.99
68660150--68660205	27	2.1	27	82	0	67	48	7	17	26	1.73
68663359--68663438	27	3.0	27	96	0	142	43	18	6	31	1.75
68671581--68671630	22	2.3	22	82	6	57	20	12	2	66	1.34
68672771--68672821	20	2.6	19	78	6	57	49	11	9	29	1.72
68672833--68672919	27	3.3	27	95	1	149	43	17	6	32	1.75
68673842--68673939	38	2.6	37	75	10	99	39	5	7	47	1.53
68677176--68677338	43	3.8	43	76	8	154	26	16	25	31	1.97
68682059--68682268	40	5.3	40	91	0	296	25	29	21	24	1.99
68682062--68682321	80	3.3	80	84	2	247	24	28	21	24	1.99
68682057--68682320	120	2.2	118	80	4	296	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68687369--68687470	43	2.4	43	74	9	100	26	15	25	32	1.96
68689345--68689789	50	8.9	50	80	5	425	29	24	19	26	1.98
68689348--68689789	202	2.2	200	91	3	710	29	24	19	26	1.98
68691641--68691702	30	2.0	32	87	6	92	29	19	16	35	1.93
68701860--68701956	46	2.1	46	86	3	142	26	31	16	24	1.96
68703961--68704225	40	6.7	40	89	4	335	26	21	26	25	1.99
68704013--68704258	79	3.1	78	79	10	259	27	19	26	26	1.99
68704001--68704231	119	1.9	119	86	6	324	27	20	26	24	1.99
68712004--68712268	40	6.7	40	89	4	335	26	21	26	25	1.99
68712005--68712301	80	3.7	77	81	10	271	27	21	26	24	1.99
68712050--68712274	119	1.9	119	86	6	312	28	20	26	24	1.99
68714597--68714720	40	3.2	40	81	2	99	22	27	25	24	2.00
68714633--68714777	40	3.6	40	84	0	182	22	25	25	26	2.00
68715237--68715328	46	2.0	46	100	0	184	34	28	10	26	1.90
68729647--68729974	50	6.7	49	84	1	367	28	20	25	25	1.99
68735376--68735576	101	2.0	99	86	1	276	28	26	18	25	1.98
68736381--68736441	30	2.0	30	84	6	79	27	22	8	40	1.82
68741463--68741511	17	2.8	18	81	9	66	32	2	0	65	1.04
68741463--68741520	18	3.3	17	82	4	71	34	1	0	63	1.04
68745097--68745143	18	2.6	18	100	0	94	27	27	17	27	1.97
68749648--68749731	32	2.6	32	96	0	150	42	29	2	25	1.67
68757295--68757477	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68757274--68757477	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
68765323--68765505	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
68765302--68765505	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
68778975--68779053	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
68779172--68779557	47	8.1	47	89	4	540	28	30	9	32	1.88
68779172--68779557	96	4.0	96	92	0	587	28	30	9	32	1.88
68788807--68788872	28	2.3	29	86	2	98	22	15	31	30	1.95
68796618--68796680	30	2.1	30	96	0	117	26	31	20	20	1.98
68797558--68797622	24	2.6	25	85	4	87	30	16	23	29	1.96
68799369--68799420	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
68806316--68806487	93	1.8	93	97	0	326	28	29	20	20	1.98
68806309--68806484	46	3.8	46	80	12	225	29	29	20	20	1.98
68812174--68812237	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
68812431--68812524	23	4.0	23	81	9	109	27	21	23	27	1.99
68812574--68812640	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
68812574--68812629	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
68812677--68812724	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
68819022--68819085	31	2.1	31	87	0	92	25	23	17	34	1.96
68819279--68819396	23	5.0	24	87	5	152	27	22	20	28	1.99
68819446--68819512	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
68819446--68819501	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
68825207--68825270	26	2.5	24	79	16	67	35	0	17	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68826480--68826520	21	2.0	21	85	9	57	43	2	24	29	1.67
68830977--68831154	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68830978--68831133	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68830974--68831154	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68840139--68840194	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
68840128--68840194	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
68840244--68840398	24	6.4	24	93	2	265	30	20	20	28	1.98
68840244--68840392	49	3.1	49	93	1	264	30	20	19	28	1.97
68840244--68840398	73	2.1	72	93	2	265	30	20	20	28	1.98
68844370--68844547	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
68852474--68852624	27	5.6	27	83	3	151	27	28	15	27	1.96
68852474--68852623	55	2.8	54	82	4	158	28	28	16	27	1.97
68859587--68859646	24	2.5	24	97	0	111	38	20	13	28	1.90
68859704--68859760	11	5.5	11	72	16	59	35	14	19	31	1.91
68859694--68859760	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
68859810--68859910	24	4.2	24	94	0	166	32	19	19	27	1.97
68872739--68872816	37	2.1	37	85	0	102	26	30	17	24	1.97
68872935--68873343	49	8.3	49	88	9	584	30	28	8	33	1.86
68873223--68873250	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
68873174--68873297	61	2.0	62	96	3	232	33	26	6	33	1.82
68873125--68873343	110	2.0	110	95	3	397	31	28	7	33	1.84
68873076--68873366	159	1.8	157	91	5	444	30	28	7	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68875548--68875726	85	2.1	85	97	0	340	26	27	7	37	1.84
68887921--68887994	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
68891348--68891419	24	3.0	24	97	0	135	41	16	6	34	1.75
68892829--68893156	165	2.0	165	96	0	602	29	17	18	33	1.95
68894357--68894395	4	9.8	4	100	0	78	51	0	0	48	1.00
68896921--68897233	47	6.7	47	83	5	325	22	31	18	27	1.97
68896921--68897233	140	2.2	140	84	4	398	22	31	18	27	1.97
68902015--68902076	29	2.1	29	100	0	124	43	29	0	27	1.55
68903332--68903501	47	3.6	47	92	0	268	28	25	20	25	1.99
68906110--68906166	9	5.8	10	76	15	57	38	8	19	33	1.82
68906107--68906166	5	12.2	5	75	16	54	38	8	20	33	1.82
68906109--68906183	20	3.8	20	89	6	102	38	9	17	34	1.82
68906128--68906166	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
68906233--68906326	26	3.7	25	79	8	102	28	22	24	24	1.99
68906233--68906316	26	3.3	26	82	8	104	29	20	23	26	1.99
68911381--68911495	57	2.0	57	96	0	212	22	18	6	53	1.66
68920678--68920758	27	3.0	27	80	7	92	32	11	17	39	1.85
68920715--68920895	54	3.4	54	87	3	231	29	8	19	42	1.80
68920715--68920896	81	2.2	81	85	5	235	29	8	19	42	1.81
68920737--68920897	27	6.0	27	85	7	202	29	7	20	42	1.79
68930593--68930770	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68930594--68930749	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68930590--68930770	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68938728--68938905	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68938729--68938884	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68938725--68938905	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68940589--68940855	56	4.8	56	90	0	381	32	22	16	28	1.96
68940589--68940855	112	2.4	112	92	0	426	32	22	16	28	1.96
68940959--68940983	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
68943624--68943754	27	4.9	28	80	14	143	32	9	17	40	1.83
68943620--68943812	54	3.6	54	83	10	175	31	11	17	39	1.85
68943653--68943864	27	7.9	27	80	7	202	31	9	18	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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