genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95304224--95304404	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
95311378--95311554	27	6.5	27	83	3	203	27	15	27	29	1.96
95311379--95311534	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
95311375--95311554	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
95314455--95314556	28	3.7	26	75	23	93	25	14	30	29	1.95
95314455--95314578	56	2.2	56	91	2	196	23	14	33	29	1.94
95314483--95314578	28	3.4	28	74	16	108	21	15	34	28	1.94
95322010--95322107	27	3.7	27	76	16	114	27	15	29	27	1.96
95322010--95322129	53	2.2	55	89	5	183	25	15	31	27	1.95
95329578--95329679	28	3.6	28	76	10	118	29	14	28	27	1.95
95329578--95329701	56	2.2	56	88	2	178	27	14	30	27	1.95
95329578--95329701	28	4.5	26	74	17	90	27	14	30	27	1.95
95332590--95332623	17	2.0	17	100	0	68	52	11	11	23	1.70
95335056--95335119	30	2.2	28	79	15	76	37	18	3	40	1.67
95335077--95335127	17	3.2	17	68	21	56	33	19	3	43	1.70
95335070--95335129	30	2.0	30	100	0	120	33	20	3	43	1.68
95335073--95335139	30	2.2	30	92	5	109	34	20	2	41	1.68
95342583--95342807	40	5.7	40	83	4	222	24	20	27	27	1.99
95342636--95342805	40	4.3	40	89	0	225	24	20	28	27	1.99
95349372--95349603	27	8.6	27	89	2	313	31	27	13	26	1.94
95349372--95349603	109	2.1	108	87	2	322	31	27	13	26	1.94
95354541--95354578	14	2.9	13	88	11	60	15	13	10	60	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95355519--95355588	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
95355791--95356033	27	9.0	27	86	0	315	24	20	18	35	1.95
95356051--95356228	27	6.6	27	78	5	171	28	8	21	41	1.82
95356074--95356228	81	1.9	81	84	5	206	27	8	23	40	1.83
95356051--95356228	54	3.3	53	84	1	194	28	8	21	41	1.82
95356220--95356454	107	2.2	108	89	0	355	39	7	22	30	1.82
95356221--95356457	27	8.8	27	88	1	316	39	7	22	30	1.82
95358745--95358816	25	2.9	24	87	4	90	26	20	22	30	1.98
95358772--95358840	25	2.8	25	91	2	104	24	23	24	27	2.00
95359045--95359286	27	9.0	27	85	0	313	23	21	19	35	1.96
95359045--95359286	81	3.0	81	88	0	358	23	21	19	35	1.96
95359219--95359482	27	9.9	26	76	8	174	28	11	20	39	1.88
95359247--95359493	54	4.6	54	75	7	200	29	10	21	39	1.86
95359247--95359493	80	3.1	80	78	4	230	29	10	21	39	1.86
95359475--95359734	134	1.9	135	88	0	387	40	8	21	30	1.83
95359474--95359737	27	9.8	27	87	1	325	39	8	21	29	1.83
95374735--95374903	46	3.7	46	72	15	141	21	19	28	30	1.98
95374724--95374896	93	1.9	93	87	0	256	22	20	28	28	1.98
95376210--95376301	27	3.4	27	89	0	130	28	21	7	42	1.80
95376305--95376506	27	7.4	27	76	6	142	40	18	9	30	1.83
95376266--95376457	81	2.4	80	77	9	201	39	21	8	30	1.84
95376333--95376458	54	2.3	54	84	2	164	41	20	7	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95387334--95387409	40	1.9	40	94	0	134	26	15	30	27	1.96
95392337--95392453	56	2.1	56	96	0	216	42	7	23	25	1.81
95392337--95392469	56	2.4	56	88	3	162	45	6	23	24	1.76
95393461--95393691	40	5.6	41	79	12	172	25	21	25	26	1.99
95393592--95393691	39	2.5	40	85	4	123	25	20	28	27	1.99
95400127--95400243	56	2.1	56	96	0	216	42	7	23	25	1.81
95400127--95400259	56	2.4	56	88	3	162	45	6	23	24	1.76
95401252--95401474	40	5.6	40	84	6	224	26	21	26	26	1.99
95406964--95407060	40	2.4	41	93	3	162	27	16	29	25	1.97
95413113--95413222	31	3.5	31	93	0	184	29	24	17	29	1.97
95413246--95413337	42	2.2	42	86	0	121	36	19	14	29	1.91
95413482--95413626	26	5.7	26	90	0	222	28	25	22	24	1.99
95414403--95414486	27	3.1	27	86	3	116	21	27	21	29	1.98
95415978--95416194	40	5.6	40	78	14	224	25	28	21	23	1.99
95416046--95416181	72	1.9	72	83	6	177	27	28	19	25	1.98
95417937--95418199	81	3.3	81	84	5	329	29	8	20	41	1.82
95417926--95418213	27	10.7	27	77	4	242	30	8	21	40	1.82
95418192--95418343	27	5.6	27	91	0	214	41	8	19	30	1.81
95418192--95418341	81	1.9	81	91	0	246	41	8	19	30	1.81
95419782--95420011	118	2.0	117	88	0	343	26	13	15	45	1.83
95422926--95422963	18	2.1	18	100	0	76	26	0	31	42	1.56
95431238--95431417	28	6.6	27	92	2	270	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95431238--95431417	55	3.3	54	90	3	270	30	28	14	27	1.95
95431238--95431417	83	2.2	82	90	1	279	30	28	14	27	1.95
95453160--95453344	48	3.8	49	79	8	216	25	18	26	28	1.98
95453155--95453339	98	1.9	98	89	2	291	24	20	26	28	1.99
95457049--95457247	39	5.1	40	82	10	223	25	28	22	24	1.99
95457068--95457247	40	4.6	39	83	10	199	25	28	22	23	1.99
95463397--95463660	46	5.7	46	73	9	175	23	28	19	28	1.99
95463489--95463657	94	1.8	91	85	3	239	22	28	18	30	1.98
95471311--95471362	26	2.0	26	92	0	86	28	9	21	40	1.84
95479782--95480005	119	1.9	120	84	4	301	24	27	22	25	2.00
95479780--95480007	40	5.7	40	86	4	291	25	27	21	25	2.00
95487803--95488025	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
95487801--95488025	40	5.7	40	84	6	278	25	28	22	24	2.00
95490828--95490866	21	1.9	20	89	5	60	28	2	23	46	1.65
95496549--95497591	357	2.9	358	97	0	1953	41	26	4	27	1.75
95502383--95502429	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
95507451--95507740	40	7.3	39	81	2	233	22	24	25	27	2.00
95507451--95507695	79	3.1	79	83	2	296	22	24	26	27	1.99
95514415--95514649	40	5.9	39	83	5	285	21	22	28	28	1.99
95514415--95514649	79	3.0	78	86	3	326	21	22	28	28	1.99
95514495--95514706	39	5.4	39	82	3	129	21	22	26	29	1.99
95518675--95518779	53	2.0	53	82	0	129	20	26	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95529962--95530024	24	2.6	24	79	0	72	30	33	15	20	1.94
95538677--95538798	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
95538649--95539252	47	12.6	47	89	5	829	27	29	9	33	1.88
95538857--95538881	9	2.8	9	100	0	50	32	32	0	36	1.58
95538866--95539252	96	4.1	94	94	2	589	28	29	9	33	1.88
95540517--95540695	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
95541148--95541188	15	2.7	15	84	0	55	14	19	7	58	1.59
95541148--95541215	15	4.5	15	72	7	50	13	19	11	55	1.67
95543613--95543788	46	3.8	46	71	15	139	21	21	27	28	1.99
95543609--95543781	93	1.9	93	88	2	267	21	21	28	27	1.99
95547258--95547317	28	2.1	29	84	3	77	45	3	21	30	1.68
95548801--95548898	41	2.3	43	84	8	130	31	27	17	23	1.97
95550378--95550439	25	2.8	20	74	21	70	29	6	16	48	1.70
95550553--95550707	43	3.6	43	77	6	145	28	16	25	29	1.97
95553728--95553849	48	2.6	47	82	3	138	29	24	18	27	1.98
95553758--95553859	48	2.1	48	88	0	150	29	23	19	27	1.98
95559894--95559970	37	2.1	37	87	0	109	24	32	19	23	1.97
95560089--95560617	47	10.7	47	84	10	648	29	28	8	32	1.87
95560230--95560271	16	2.6	17	88	11	70	38	23	0	38	1.55
95560184--95560307	63	2.0	63	100	0	248	33	26	6	33	1.82
95560247--95560596	49	7.3	49	93	3	613	30	28	8	33	1.86
95560247--95560596	96	3.6	96	96	0	646	30	28	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95560247--95560617	145	2.6	143	93	3	622	30	28	8	33	1.86
95563509--95564010	40	12.6	40	89	0	668	26	28	21	24	1.99
95563509--95564090	120	4.9	120	85	3	667	26	28	21	24	1.99
95563509--95564090	40	14.6	39	83	6	584	26	28	21	24	1.99
95565947--95566025	37	2.1	37	83	0	95	25	29	20	25	1.99
95566144--95566574	47	8.7	47	82	11	488	29	29	8	32	1.87
95566332--95566373	16	2.6	17	88	11	70	38	23	0	38	1.55
95566286--95566409	63	2.0	63	100	0	248	33	26	6	33	1.82
95566238--95566469	110	2.1	112	94	4	416	31	28	7	33	1.84
95566349--95566574	49	4.7	47	91	5	355	30	28	7	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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