genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9575494--9575676	56	3.1	58	66	23	146	42	2	6	49	1.39
9575660--9575694	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9575648--9575921	147	1.9	148	95	2	498	47	2	3	45	1.35
9575807--9575841	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9576002--9576096	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
9576077--9576144	16	4.2	16	94	0	109	36	35	0	27	1.58
9579902--9580236	186	1.8	185	94	1	600	42	8	25	23	1.83
9589678--9589753	30	2.5	30	91	0	125	14	28	36	19	1.91
9589973--9590433	184	2.5	185	88	1	683	43	7	23	24	1.80
9593971--9594042	32	2.2	32	87	4	110	20	34	29	15	1.93
9596375--9596455	33	2.4	34	76	14	87	29	23	17	29	1.97
9596766--9596818	26	2.0	26	85	7	72	20	15	24	39	1.91
9598070--9598170	24	4.2	24	83	5	123	19	36	4	38	1.74
9606341--9606428	21	4.1	22	77	10	92	35	26	23	14	1.94
9606346--9606427	44	1.9	41	82	7	101	32	28	24	14	1.94
9606619--9606689	28	2.9	23	77	18	79	45	32	4	18	1.69
9606633--9606716	28	3.0	28	89	1	123	45	29	4	20	1.71
9611598--9611678	33	2.4	34	76	14	87	29	23	17	29	1.97
9614770--9614846	24	3.2	24	84	0	109	19	37	5	37	1.74
9618766--9618824	5	10.8	5	89	10	73	77	3	1	16	0.98
9618747--9618828	6	14.3	6	87	2	82	75	6	1	17	1.06
9619814--9619868	18	3.1	18	86	0	74	32	12	14	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9621309--9621414	7	14.9	7	73	18	69	34	1	0	62	1.13
9621343--9621482	13	10.7	13	71	24	82	36	3	0	59	1.20
9621312--9621463	30	5.3	29	73	18	115	36	3	0	59	1.19
9621359--9621455	5	18.6	5	69	28	53	39	3	0	57	1.14
9621359--9621479	19	6.3	19	73	22	85	37	3	0	58	1.20
9621360--9621462	35	3.0	35	76	20	110	39	2	0	57	1.14
9621359--9621457	39	2.7	35	82	17	107	39	3	0	57	1.14
9621453--9621492	19	2.2	18	90	4	62	27	7	2	62	1.35
9621758--9621804	15	3.1	14	77	22	51	27	2	2	68	1.13
9638754--9638809	5	11.2	5	100	0	112	41	0	0	58	0.98
9641575--9641618	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
9643626--9643655	8	3.8	8	100	0	60	53	23	23	0	1.46
9644257--9644312	20	2.8	19	79	12	60	26	17	21	33	1.96
9647061--9647168	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
9648748--9648859	27	4.1	27	85	6	156	18	24	22	34	1.96
9648746--9648854	54	2.0	54	96	0	200	18	23	22	34	1.96
9649694--9649801	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
9651376--9651516	27	5.2	27	83	6	180	17	23	23	35	1.95
9651376--9651516	54	2.6	53	89	4	219	17	23	23	35	1.95
9651376--9651534	27	5.9	27	80	11	175	18	23	22	35	1.96
9656330--9656916	131	4.5	129	76	6	436	27	19	17	36	1.94
9659764--9659863	50	2.0	50	98	0	191	38	12	31	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9667186--9667230	21	2.1	21	100	0	90	26	4	26	42	1.74
9668823--9669081	77	3.4	74	78	8	263	40	10	6	42	1.64
9670743--9670901	85	1.9	85	85	0	219	41	13	15	30	1.85
9671619--9671739	49	2.5	48	82	5	136	30	29	14	25	1.94
9672795--9672830	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
9676011--9676615	300	2.0	300	99	0	1201	28	16	26	29	1.97
9688766--9688821	28	2.0	29	82	3	69	14	21	44	19	1.86
9690592--9690662	21	3.3	21	94	2	115	14	22	18	45	1.85
9690592--9690684	43	2.2	43	83	11	111	13	21	17	47	1.82
9691401--9691452	26	2.0	25	82	10	61	17	7	38	36	1.78
9696320--9696358	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
9697364--9697402	14	2.8	14	92	0	60	53	2	5	38	1.37
9697850--9697897	15	2.9	16	74	20	53	43	0	2	54	1.12
9697849--9697917	34	2.0	34	86	10	97	46	0	4	49	1.21
9698758--9698809	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
9698842--9698878	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
9698890--9698945	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
9699891--9699942	19	2.7	19	71	11	52	51	1	0	46	1.12
9699899--9699945	25	1.9	24	86	4	67	46	4	0	48	1.21
9700262--9700302	20	2.0	21	90	4	66	43	0	0	56	0.99
9713634--9713662	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
9716527--9716563	19	2.0	19	94	5	67	40	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9716530--9716574	18	2.4	19	85	10	58	44	0	4	51	1.21
9723712--9723808	49	2.0	49	95	0	176	19	8	22	49	1.75
9727601--9727633	16	2.1	16	88	11	50	24	6	0	69	1.10
9727623--9727685	28	2.3	27	78	10	65	39	3	1	55	1.25
9733199--9733398	47	4.4	46	71	18	154	56	6	3	35	1.39
9733268--9733309	18	2.2	20	83	8	52	59	2	4	33	1.31
9733394--9733450	25	2.2	27	84	6	73	54	7	5	33	1.50
9733394--9733450	27	2.2	25	84	12	71	54	7	5	33	1.50
9733389--9733466	27	2.8	27	77	14	70	53	6	6	33	1.52
9733643--9733683	21	1.9	22	85	5	57	51	9	4	34	1.56
9733670--9733714	23	2.0	22	82	4	54	48	2	4	44	1.35
9733915--9733952	19	2.0	19	85	10	51	65	0	2	31	1.06
9735690--9735918	88	2.6	86	84	8	266	38	20	14	26	1.91
9735863--9736061	75	2.7	73	86	6	285	33	19	15	32	1.93
9741537--9741639	37	2.8	37	95	0	179	23	32	21	23	1.98
9741789--9741890	50	2.0	50	100	0	204	32	25	5	36	1.80
9741860--9741921	31	2.0	31	96	0	115	35	24	3	37	1.72
9741891--9742164	48	5.4	46	75	17	201	31	26	6	36	1.81
9741780--9742017	127	1.9	127	93	1	413	32	26	5	36	1.78
9741810--9741969	79	2.0	80	93	2	277	33	25	5	36	1.78
9742024--9742054	14	2.2	14	94	0	53	19	25	16	38	1.92
9741976--9742102	62	2.0	62	100	0	254	29	25	7	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9741928--9742150	110	2.0	110	96	0	410	30	26	7	36	1.83
9751252--9751455	47	4.4	47	71	20	148	56	5	2	34	1.38
9751303--9751446	59	2.5	57	75	11	141	56	6	2	33	1.40
9752816--9752845	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
9753402--9753473	32	2.3	32	81	13	87	58	0	5	36	1.22
9753530--9753607	34	2.3	33	78	8	84	55	3	5	35	1.40
9755098--9755167	25	2.7	25	80	8	79	55	5	7	31	1.50
9761466--9761703	45	5.4	43	69	7	138	31	18	22	27	1.97
9761461--9761752	132	2.2	132	96	0	530	30	18	22	28	1.97
9761684--9761834	44	3.5	44	68	7	119	27	17	23	31	1.97
9761647--9761839	87	2.2	87	88	3	282	29	17	23	30	1.97
9761734--9761971	132	1.8	132	87	3	354	28	18	24	28	1.98
9761515--9762015	219	2.3	219	92	0	815	29	18	22	29	1.97
9764881--9765253	130	2.9	130	85	1	462	29	17	18	34	1.94
9766687--9766720	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
9769932--9770003	36	2.0	36	91	0	117	25	0	47	27	1.52
9784451--9784489	17	2.3	17	100	0	78	10	0	10	79	0.94
9784460--9784500	17	2.4	17	87	0	55	21	0	4	73	1.02
9791403--9791431	13	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
9792086--9792130	23	1.9	24	81	4	56	44	2	11	42	1.52
9794168--9794346	38	4.7	38	91	1	236	25	27	15	31	1.96
9797560--9797604	23	1.9	24	86	4	65	53	17	2	26	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9800758--9800830	29	2.5	28	84	10	85	30	5	2	61	1.32
9800727--9800810	28	3.0	29	81	16	90	32	4	2	60	1.30
9804392--9804426	6	5.8	6	100	0	70	51	0	0	48	1.00
9809998--9810022	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
9810798--9810841	20	2.2	20	88	8	63	38	0	6	54	1.27
9812272--9812296	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
9813974--9814130	60	2.6	59	77	11	167	54	3	0	42	1.21
9818196--9818362	46	3.5	46	72	15	131	28	28	17	26	1.98
9819427--9819512	21	4.0	22	79	10	97	37	24	22	16	1.93
9819427--9819513	44	2.0	41	82	6	102	36	24	21	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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