genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73421702--73421919	49	4.6	47	95	2	373	30	28	7	33	1.84
73424676--73424932	47	5.4	47	88	1	352	28	28	8	35	1.86
73430786--73430841	27	2.1	26	83	3	67	37	21	21	19	1.94
73430977--73431038	26	2.3	27	91	8	101	27	6	27	38	1.81
73437053--73437489	47	9.1	47	89	4	631	30	11	30	27	1.92
73437075--73437489	98	4.3	96	91	3	640	30	12	30	26	1.92
73437174--73437249	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
73437053--73437489	145	3.0	142	89	5	664	30	11	30	27	1.92
73437460--73437596	46	3.0	46	90	0	211	34	7	31	27	1.84
73437740--73437848	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
73439832--73439872	19	2.1	20	86	4	57	34	0	14	51	1.43
73440316--73440558	50	4.8	50	78	1	270	26	17	25	30	1.97
73440364--73440555	101	1.9	101	89	0	294	26	18	25	30	1.98
73440240--73440558	151	2.1	150	91	1	505	26	18	25	29	1.98
73440287--73440592	151	2.0	150	84	3	391	25	18	25	29	1.98
73440759--73440790	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
73444219--73444347	28	4.5	28	88	2	177	29	12	25	32	1.92
73444219--73444347	57	2.3	57	89	2	188	29	12	25	32	1.92
73452232--73452359	28	4.5	28	85	2	157	28	11	26	32	1.92
73474701--73474889	40	4.7	40	89	0	297	25	22	26	25	2.00
73478762--73478800	20	2.0	20	85	10	53	2	12	2	82	0.89
73478759--73478805	14	3.3	14	81	3	58	2	17	2	78	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73480839--73480877	20	2.0	21	90	10	64	15	0	7	76	0.99
73484523--73484578	24	2.4	24	90	3	87	14	28	26	30	1.95
73490067--73490291	80	2.8	79	78	8	197	25	20	27	26	1.99
73490120--73490289	40	4.3	39	83	7	182	25	21	27	25	1.99
73504079--73504134	27	2.1	26	90	9	87	33	8	17	39	1.81
73508429--73508612	67	2.8	64	75	7	174	29	17	29	22	1.97
73511683--73511736	26	2.1	26	100	0	108	18	18	11	51	1.74
73511897--73511938	14	2.9	14	77	16	50	4	19	0	76	0.96
73522804--73523228	47	8.6	49	81	12	462	33	8	29	28	1.86
73522804--73523015	112	1.9	114	96	3	392	34	7	28	29	1.85
73522844--73522966	64	1.9	65	93	5	214	34	6	28	30	1.82
73522911--73523228	47	6.7	47	92	3	489	32	8	30	28	1.86
73525569--73525697	24	5.4	24	88	5	190	27	21	20	30	1.98
73525750--73525813	20	3.2	20	86	0	92	31	23	12	32	1.92
73528305--73528348	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
73530331--73530358	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
73530571--73530640	23	3.0	23	87	8	88	27	22	20	30	1.98
73530693--73530756	20	3.2	20	93	0	110	32	20	12	34	1.90
73530693--73530745	11	5.2	11	69	17	51	32	18	13	35	1.90
73530793--73530842	25	2.0	25	88	0	73	26	16	24	34	1.95
73533227--73533270	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
73541559--73541702	39	3.7	39	89	0	207	45	19	2	32	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73541737--73541775	16	2.5	15	87	4	51	48	25	0	25	1.51
73542795--73542860	32	2.1	32	100	0	132	40	24	0	34	1.55
73545425--73545642	119	1.8	121	81	4	271	26	21	27	24	1.99
73545419--73545642	40	5.6	40	79	3	236	26	21	26	25	2.00
73553559--73553783	40	5.6	40	77	2	209	27	22	25	24	2.00
73555356--73555399	8	5.5	8	94	0	70	45	0	18	36	1.49
73555353--73555399	24	2.0	24	95	0	85	42	0	19	38	1.51
73555456--73555524	36	1.9	36	87	0	102	26	13	26	34	1.92
73557051--73557171	50	2.4	52	85	2	174	38	14	14	33	1.87
73557194--73557274	39	2.1	39	90	0	126	45	14	9	29	1.77
73562709--73562751	23	1.9	23	85	4	61	34	9	9	46	1.68
73562715--73562771	29	2.0	29	96	0	105	33	7	10	49	1.64
73563335--73563549	42	5.1	42	80	9	231	31	26	13	27	1.94
73565130--73565266	40	3.4	40	78	0	139	37	19	21	20	1.94
73565130--73565278	80	1.9	80	85	0	208	37	19	22	20	1.94
73565183--73565297	20	5.8	20	70	0	77	38	19	21	20	1.94
73565127--73565297	80	2.1	80	78	7	184	38	19	21	21	1.94
73571420--73571535	43	2.7	43	77	6	128	24	17	26	31	1.97
73596014--73596269	40	6.5	40	86	5	335	23	27	23	25	2.00
73614516--73614670	39	4.0	39	85	2	188	18	20	29	32	1.96
73616737--73616869	49	2.8	48	82	4	169	23	29	22	24	1.99
73616737--73616915	49	3.7	49	79	6	152	21	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73616979--73617108	46	2.8	45	81	6	147	24	28	16	30	1.97
73621507--73621562	28	2.0	28	96	0	103	37	14	8	39	1.77
73623291--73623369	37	2.1	37	88	0	113	25	32	17	24	1.97
73623567--73623803	47	5.0	47	90	4	366	29	29	8	31	1.88
73623567--73623801	98	2.4	98	90	2	361	30	29	8	31	1.88
73648849--73649083	29	8.2	30	84	7	319	27	32	12	27	1.93
73648849--73649083	115	2.0	115	87	6	343	27	32	12	27	1.93
73657825--73657869	24	1.9	23	82	13	56	17	40	4	37	1.70
73664366--73664546	29	6.3	29	80	7	183	26	32	13	27	1.93
73664366--73664546	57	3.2	57	86	5	249	26	32	13	27	1.93
73664613--73664650	19	2.1	18	85	14	51	13	42	15	28	1.85
73666906--73666938	17	1.9	17	100	0	66	33	30	0	36	1.58
73666718--73667107	200	2.0	200	94	0	681	34	21	6	37	1.79
73672405--73672501	42	2.3	42	76	0	104	32	16	22	27	1.96
73675710--73675810	27	3.7	27	83	0	103	21	14	21	41	1.89
73675844--73675879	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
73684601--73684776	50	3.5	49	85	3	226	29	26	18	25	1.98
73684601--73684784	101	1.8	99	87	2	269	28	27	19	25	1.98
73689588--73689710	43	2.9	41	84	4	156	25	17	25	32	1.96
73690426--73690468	11	4.1	10	82	11	59	18	0	27	53	1.45
73690429--73690469	22	1.9	21	95	5	73	17	0	29	53	1.44
73697539--73698008	40	11.8	40	95	0	778	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73705883--73706351	40	11.8	40	95	0	760	27	19	27	24	1.99
73708184--73708353	91	1.8	94	83	7	231	21	31	19	27	1.97
73708184--73708350	47	3.6	46	76	12	164	22	31	18	27	1.97
73708082--73708356	139	2.0	142	83	7	355	22	30	19	27	1.98
73712301--73712412	40	2.8	40	93	0	179	25	21	29	24	1.99
73720405--73720516	40	2.8	40	93	0	179	25	21	29	24	1.99
73728496--73728645	40	3.8	40	90	1	214	24	21	28	25	1.99
73728496--73728665	80	2.2	78	83	3	207	24	20	28	27	1.99
73737093--73737125	8	4.1	8	85	14	50	51	24	21	3	1.62
73737538--73737649	27	4.2	26	84	7	134	16	23	23	37	1.93
73737538--73737649	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
73745523--73745558	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
73745570--73745596	7	3.9	7	100	0	54	59	14	11	14	1.62
73746506--73746550	18	2.5	18	77	0	54	48	11	13	26	1.75
73746624--73746686	17	3.7	16	81	12	72	42	23	1	31	1.64
73746607--73746686	34	2.4	34	84	0	106	41	25	3	30	1.73
73746625--73746697	34	2.1	34	82	5	85	45	24	1	28	1.62
73747313--73747400	36	2.4	36	84	0	104	40	21	9	28	1.84
73747436--73747478	17	2.5	17	84	0	59	32	11	23	32	1.90
73777346--73777374	13	2.2	13	100	0	58	24	0	20	55	1.44
73782280--73782304	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
73784371--73784477	43	2.5	43	81	1	126	32	21	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73793891--73793991	40	2.5	40	84	7	118	24	27	22	24	2.00
73796364--73796665	40	7.6	40	89	2	385	26	27	21	24	1.99
73796597--73796674	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
73804350--73804651	40	7.6	40	89	2	394	26	27	20	24	1.99
73804583--73804660	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
73815263--73815302	13	3.1	12	83	16	53	22	7	5	65	1.38
73815268--73815302	14	2.5	14	90	9	54	17	5	5	71	1.25
73820218--73820324	43	2.5	43	81	4	119	33	14	23	28	1.93
73827519--73827560	16	2.6	16	88	0	57	50	16	21	11	1.77
73827820--73827897	29	2.7	28	82	2	84	32	11	32	24	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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