genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  292  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95098984--95099070	42	2.1	42	91	0	138	35	21	16	26	1.94
95099219--95099289	25	2.9	25	85	8	85	26	21	26	25	1.99
95099322--95099352	16	1.9	16	93	0	53	29	12	25	32	1.93
95102055--95102146	42	2.2	42	92	0	148	34	21	15	28	1.94
95105119--95105210	42	2.2	42	92	0	148	34	21	15	28	1.94
95105435--95105465	16	1.9	16	93	0	53	29	12	25	32	1.93
95108117--95108193	31	2.5	31	93	2	129	28	25	16	28	1.97
95111225--95111316	42	2.2	42	92	0	148	34	22	14	28	1.93
95111464--95111533	25	2.8	24	87	8	88	27	24	24	24	2.00
95111566--95111596	16	1.9	16	100	0	62	32	12	25	29	1.93
95112991--95113079	28	3.1	28	82	6	99	30	12	28	29	1.93
95116521--95116585	15	4.4	15	74	16	64	7	13	15	63	1.51
95116517--95116585	30	2.3	31	80	14	83	7	13	18	60	1.55
95118238--95118424	101	1.9	99	85	4	259	26	17	28	28	1.97
95129289--95129336	25	1.9	25	86	0	69	37	25	12	25	1.91
95129384--95129439	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
95129373--95129439	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
95129490--95129628	23	6.0	23	88	4	199	26	20	21	30	1.98
95129820--95129883	31	2.1	31	87	0	92	37	18	20	23	1.94
95137569--95137705	23	6.0	23	88	7	199	26	20	22	30	1.98
95137896--95137959	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
95139274--95139338	34	1.9	33	87	3	94	21	26	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95140471--95140504	6	5.7	6	96	0	59	67	11	20	0	1.21
95145888--95145915	13	2.2	13	100	0	56	39	25	7	28	1.82
95151058--95151083	6	4.3	6	100	0	52	69	15	15	0	1.20
95153509--95153600	28	3.2	28	83	7	105	28	13	31	27	1.93
95154605--95154638	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
95159508--95159568	26	2.3	26	82	2	68	36	26	6	31	1.82
95159492--95159619	53	2.4	54	80	7	136	32	23	7	36	1.82
95159489--95159873	27	14.3	27	78	5	163	37	21	8	32	1.83
95159640--95159846	80	2.6	81	85	2	256	41	20	8	29	1.82
95159626--95159958	27	12.3	27	77	4	224	39	20	9	30	1.84
95159988--95160052	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
95160861--95160929	25	2.8	24	84	4	93	28	26	20	24	1.99
95160861--95160942	24	3.4	24	83	6	94	31	23	20	24	1.98
95161148--95161319	31	5.5	31	91	0	254	30	15	24	29	1.96
95164320--95164348	11	2.6	11	100	0	58	58	13	0	27	1.36
95164581--95164606	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
95165857--95165921	6	10.3	6	71	15	51	75	6	3	15	1.12
95165876--95165921	24	1.9	24	86	0	65	78	4	0	17	0.91
95165834--95165921	18	4.6	19	74	18	60	73	4	4	17	1.16
95170674--95170802	49	2.7	46	83	7	152	27	28	19	24	1.99
95172493--95172541	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
95172572--95172625	11	5.4	10	75	20	51	35	9	20	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95172673--95172756	25	3.3	26	85	9	104	28	22	22	26	1.99
95172964--95173046	30	2.7	31	87	3	125	30	18	26	25	1.98
95172964--95173041	31	2.6	30	89	2	120	29	19	26	24	1.98
95174540--95174623	42	2.0	42	85	0	114	38	19	13	29	1.89
95174764--95174899	26	5.3	26	87	3	181	27	23	20	27	1.99
95174764--95174899	52	2.7	51	90	5	215	27	23	20	27	1.99
95175701--95175794	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
95175701--95175784	27	3.1	27	89	3	125	20	25	22	32	1.98
95175846--95175897	27	1.9	27	88	0	77	34	11	13	40	1.81
95175933--95176061	27	4.8	27	83	2	161	29	8	20	41	1.81
95175937--95176075	54	2.6	54	85	4	190	30	8	20	40	1.83
95176054--95176264	27	7.8	26	87	5	244	39	9	22	27	1.85
95176055--95176257	54	3.8	54	87	1	273	40	9	20	28	1.84
95176055--95176264	81	2.6	81	85	3	271	40	9	22	28	1.85
95176244--95176359	27	4.3	27	79	4	101	30	8	18	42	1.81
95178591--95178665	31	2.4	31	90	0	123	26	25	17	30	1.97
95178687--95178778	42	2.2	42	84	0	121	36	20	13	29	1.90
95178913--95179048	26	5.3	26	86	3	181	27	23	20	27	1.99
95178913--95179048	52	2.7	51	90	5	215	27	23	20	27	1.99
95179850--95179933	27	3.1	27	89	3	125	20	27	22	29	1.98
95179995--95180046	27	1.9	27	92	0	86	36	11	11	40	1.78
95179972--95180210	54	4.4	54	76	9	162	31	10	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95180078--95180210	27	4.9	27	82	7	162	30	9	20	39	1.83
95180085--95180224	54	2.6	54	83	7	185	30	8	22	39	1.84
95180057--95180514	27	16.9	27	80	5	138	35	8	20	34	1.84
95180204--95180411	107	1.9	108	85	3	285	41	8	21	28	1.82
95180204--95180414	54	3.9	53	84	2	251	41	8	21	28	1.82
95182733--95182811	31	2.5	31	95	0	140	26	26	17	29	1.98
95182835--95182926	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
95183022--95183157	26	5.3	26	84	3	172	30	22	18	28	1.97
95183022--95183157	52	2.7	51	88	5	206	30	22	18	28	1.97
95183958--95184041	27	3.1	27	91	3	125	21	22	21	34	1.97
95184147--95184317	27	6.3	27	79	6	157	30	8	19	41	1.81
95184192--95184331	54	2.6	54	82	7	176	30	8	21	40	1.83
95184310--95184519	27	7.8	27	88	2	253	37	9	24	28	1.86
95184525--95184614	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
95184508--95184614	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
95185606--95185832	46	4.9	46	77	12	191	23	27	18	29	1.98
95185618--95185833	94	2.3	89	83	9	247	24	27	18	29	1.98
95191240--95191277	20	1.9	20	84	10	51	39	7	2	50	1.46
95191900--95192261	46	7.7	47	74	13	232	23	28	19	29	1.98
95191900--95192264	94	3.9	92	76	12	275	23	28	19	28	1.98
95214011--95214095	32	2.6	32	94	1	143	23	41	24	10	1.86
95214506--95214547	20	2.0	20	86	4	57	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95216775--95216895	43	2.9	40	77	10	125	29	23	16	29	1.96
95221337--95221434	44	2.3	42	81	8	108	26	15	21	36	1.93
95221359--95221503	43	3.4	42	83	7	168	24	13	24	37	1.91
95223372--95223428	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
95229878--95230020	54	2.6	54	86	1	205	39	20	6	33	1.78
95229878--95230028	27	5.6	27	78	7	144	40	19	6	33	1.78
95230060--95230111	27	1.9	27	88	7	79	44	21	5	28	1.75
95230937--95231003	20	3.3	21	87	8	95	38	11	17	31	1.87
95231053--95231124	26	2.8	26	87	2	92	29	22	20	27	1.99
95231270--95231361	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
95233213--95233269	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
95235366--95235533	6	27.3	6	68	15	94	48	15	16	19	1.82
95235393--95235533	31	4.5	31	88	1	185	48	15	17	19	1.82
95235665--95235738	26	2.8	27	85	2	96	39	20	22	17	1.92
95236048--95236191	27	5.3	27	90	3	227	23	22	20	33	1.97
95236176--95236456	27	10.5	27	77	8	177	30	9	22	36	1.87
95236284--95236456	27	6.5	27	81	4	208	31	10	20	36	1.87
95239683--95239762	38	2.1	38	97	0	151	22	21	25	31	1.98
95241873--95241930	22	2.5	22	81	10	55	22	5	3	68	1.24
95257617--95257760	40	3.6	40	76	10	143	26	21	26	25	2.00
95265525--95265668	40	3.6	40	77	10	143	25	22	27	25	2.00
95274618--95274679	31	2.0	31	96	0	115	33	6	37	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95279561--95279695	42	3.1	42	81	5	128	27	17	22	32	1.96
95279561--95279695	43	3.1	42	80	9	130	27	17	22	32	1.96
95279629--95279716	43	2.1	42	81	10	99	27	19	21	31	1.97
95289470--95289644	49	3.5	49	82	3	215	30	26	17	24	1.97
95289457--95289651	49	4.0	49	79	3	203	29	27	18	24	1.98
95289453--95289649	100	2.0	99	89	1	304	30	25	19	24	1.98
95290299--95290355	30	1.9	30	85	7	80	28	21	8	42	1.82
95295266--95295438	56	3.1	56	90	0	274	27	14	21	36	1.92
95304227--95304404	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
95304228--95304383	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356