Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  69  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21888087--21888127
21
2.0
20
85
4
55
17
7
34
41
1.77
21888617--21888689
28
2.6
26
80
16
83
26
1
2
69
1.09
21888634--21888692
20
2.9
20
82
7
57
30
1
1
66
1.12
21893341--21893372
3
10.7
3
100
0
64
34
0
0
65
0.93
21898774--21898818
23
2.0
23
95
0
81
20
17
22
40
1.92
21899529--21899666
66
2.1
65
85
4
179
37
7
8
45
1.64
21908620--21908654
12
2.9
12
100
0
70
34
22
0
42
1.54
21909893--21909925
16
2.0
17
88
5
50
36
21
0
42
1.53
21910417--21910446
3
10.0
3
100
0
60
66
0
0
33
0.92
21910862--21910904
5
8.2
5
85
10
59
55
0
0
44
0.99
21926567--21926632
32
2.1
32
97
0
123
36
9
16
37
1.81
21928103--21928143
18
2.3
18
83
4
57
14
41
29
14
1.86
21934045--21934103
30
2.0
30
93
0
100
45
11
8
33
1.71
21934053--21934102
15
3.3
15
69
20
50
46
10
8
36
1.67
21935613--21935673
30
2.0
30
96
0
113
21
21
11
45
1.82
21939178--21939224
3
16.0
3
82
12
62
31
0
2
65
1.04
21939420--21939480
31
2.0
31
87
6
88
22
4
6
65
1.36
21939814--21939870
24
2.5
22
80
8
69
36
1
7
54
1.38
21947735--21947844
26
4.2
26
96
0
175
34
5
24
35
1.79
21950986--21951015
10
2.8
11
90
10
53
83
0
0
16
0.65
21951262--21951299
18
2.2
17
86
9
51
21
7
2
68
1.28
21953132--21953180
20
2.7
18
77
22
57
51
8
2
38
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21958680--21958742
30
2.1
29
97
2
117
44
23
6
25
1.77
21961835--21961894
21
3.0
19
78
9
66
3
28
0
68
1.05
21968922--21968981
22
2.8
23
71
19
58
3
30
1
65
1.19
21971703--21971763
21
2.8
22
73
14
65
36
21
22
19
1.95
21972233--21972266
17
1.9
18
88
5
52
35
23
0
41
1.55
21972756--21972800
3
15.0
3
80
0
54
57
0
2
40
1.11
21980491--21980598
53
2.1
52
98
1
207
50
19
11
19
1.77
21980754--21980810
28
2.0
30
83
13
75
68
5
0
26
1.11
21983763--21983796
15
2.3
15
89
0
50
44
2
20
32
1.67
21995350--21995418
30
2.3
31
82
7
79
27
20
4
47
1.68
21996522--21996560
14
2.7
15
80
15
55
53
5
5
35
1.45
22002421--22002471
21
2.4
21
86
0
75
27
7
33
31
1.85
22005732--22005792
31
2.0
31
93
0
104
44
11
9
34
1.74
22011420--22011825
46
8.8
46
92
1
589
38
14
24
21
1.91
22014377--22014416
11
3.6
11
82
0
53
55
7
15
22
1.65
22016082--22016122
20
2.0
20
95
0
73
29
14
19
36
1.92
22019873--22020076
41
5.0
39
83
9
196
28
19
24
26
1.99
22019891--22020076
82
2.3
81
83
7
216
27
19
25
26
1.99
22021911--22021942
15
2.1
15
94
0
55
56
21
0
21
1.43
22022940--22023075
56
2.4
56
92
0
227
33
24
15
27
1.95
22033207--22033305
42
2.4
42
91
0
162
18
20
15
46
1.84
22033295--22033364
21
3.3
21
79
0
86
14
21
17
47
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22033207--22033348
42
3.4
42
85
1
160
17
22
15
44
1.86
22033291--22033392
42
2.4
42
86
0
132
14
22
18
44
1.86
22035252--22035320
20
3.4
20
74
18
79
40
18
4
36
1.71
22035247--22035328
41
2.0
41
97
0
155
39
18
4
37
1.72
22036552--22036628
21
3.6
22
91
8
133
36
18
27
18
1.94
22038201--22038238
18
2.1
18
90
0
58
44
44
2
7
1.47
22038267--22038305
20
2.0
20
84
0
51
74
7
0
17
1.05
22038323--22038372
9
5.6
9
81
9
66
24
10
20
46
1.81
22039245--22039334
39
2.2
41
88
3
130
53
4
2
40
1.33
22039437--22039502
29
2.2
29
79
15
73
50
3
0
46
1.16
22055011--22055062
23
2.3
23
87
9
79
61
3
0
34
1.14
22060363--22060410
17
2.8
17
87
0
69
60
4
2
33
1.27
22061522--22061551
3
10.0
3
100
0
60
0
33
0
66
0.92
22061703--22061732
15
2.0
15
93
0
51
76
0
0
23
0.78
22061716--22061824
10
11.7
9
72
13
71
64
0
2
32
1.14
22061715--22061834
28
4.2
29
74
15
115
63
0
2
33
1.14
22061707--22061776
35
1.9
35
85
5
95
64
1
0
34
1.03
22063762--22063789
5
5.6
5
100
0
56
17
0
0
82
0.68
22064429--22064531
51
2.0
51
100
0
206
40
15
17
26
1.89
22065803--22065839
12
3.1
12
100
0
74
59
0
8
32
1.27
22066354--22066387
16
2.1
16
88
0
50
41
2
20
35
1.68
22082391--22082441
20
2.7
19
73
8
59
66
0
11
21
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22096272--22096310
14
2.8
14
88
7
53
38
10
17
33
1.84
22096428--22096457
15
2.0
15
100
0
60
40
6
20
33
1.78
22096609--22096665
26
2.2
26
81
12
64
45
1
1
50
1.22
22096753--22096792
14
2.8
15
81
11
57
50
0
0
50
1.00
22096824--22096880
15
3.5
15
71
17
51
49
1
1
47
1.22
22107947--22108228
129
2.2
132
79
7
299
35
20
19
24
1.96
22108145--22108546
132
3.1
131
81
5
411
34
17
17
30
1.93
22111655--22112458
132
6.1
132
89
2
1143
27
26
18
27
1.98
22111982--22112314
45
7.5
45
63
14
129
27
27
18
26
1.98
22124038--22124505
132
3.6
131
78
5
439
33
18
18
29
1.95
22136433--22136467
18
1.9
18
88
0
52
28
2
5
62
1.32
22136422--22136480
17
3.2
18
76
7
57
28
1
6
62
1.30
22138247--22138280
18
1.9
18
88
5
52
32
0
11
55
1.36
22138298--22138322
12
2.1
12
100
0
50
24
0
0
76
0.80
22143276--22143317
21
2.0
22
90
4
68
61
4
4
28
1.36
22143278--22143325
22
2.2
21
85
3
60
64
4
6
25
1.35
22143330--22143355
4
6.5
4
100
0
52
76
0
0
23
0.78
22146920--22147078
65
2.4
65
87
3
194
23
25
25
24
2.00
22146963--22147085
65
1.9
65
96
0
228
23
26
26
23
2.00
22148046--22148104
28
2.1
28
93
0
100
30
30
13
25
1.94
22153749--22153773
4
6.2
4
100
0
50
52
24
0
24
1.48
22164024--22164085
13
4.8
13
92
4
99
40
22
12
24
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22164026--22164085
25
2.4
25
91
2
93
40
23
11
25
1.88
22168538--22168586
13
3.8
13
81
5
64
40
18
14
26
1.89
22170009--22170062
3
18.0
3
96
0
99
64
0
1
33
1.04
22171109--22171142
17
2.0
17
100
0
68
5
0
41
52
1.25
22171810--22171961
72
2.1
72
84
7
193
34
17
16
31
1.93
22171863--22172383
127
4.1
127
95
1
915
34
19
16
28
1.94
22171863--22172458
254
2.4
252
90
5
935
34
20
16
28
1.94
22176874--22176912
3
13.0
3
100
0
78
66
0
0
33
0.92
22177503--22177530
11
2.5
11
100
0
56
7
0
0
92
0.37
22177970--22178003
17
2.0
17
100
0
68
5
0
41
52
1.25
22181590--22181629
20
2.0
20
90
0
62
22
10
10
57
1.61
22181803--22181839
12
3.1
12
88
0
56
27
0
24
48
1.51
22182809--22182840
16
2.0
16
100
0
64
56
18
6
18
1.62
22186746--22186858
40
2.8
40
98
0
217
27
29
20
23
1.99
22200469--22200509
20
2.0
21
95
4
75
31
19
9
39
1.84
22209896--22209928
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45
22210209--22210527
46
7.0
46
89
1
444
21
22
13
42
1.88
22212163--22212195
17
1.9
17
93
0
57
0
21
0
78
0.75
22217730--22217777
22
2.2
22
100
0
96
60
16
4
18
1.51
22223429--22223622
96
2.0
96
84
0
253
37
14
31
15
1.89
22233825--22233855
15
2.1
15
93
0
53
54
0
0
45
0.99
22239548--22239619
23
3.1
22
75
11
65
61
1
5
31
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22239607--22239672
24
2.6
25
76
19
66
57
0
7
34
1.27
22241157--22241238
43
1.9
43
97
0
155
26
26
15
30
1.96
22241274--22241642
176
2.1
175
89
1
560
25
20
19
34
1.96
22250409--22250843
46
9.6
45
87
3
586
22
23
13
40
1.89
22250409--22250845
90
4.8
90
86
3
599
22
23
13
40
1.89
22256394--22256471
34
2.3
34
75
14
79
60
1
6
32
1.30
22257195--22257220
13
2.0
13
100
0
52
53
7
15
23
1.67
22258950--22259002
21
2.5
21
87
0
79
33
35
5
24
1.79
22261196--22261365
87
2.0
87
95
0
304
31
22
4
41
1.74
22266886--22266924
8
4.9
8
81
12
53
15
2
0
82
0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356