genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54103218--54103297	27	3.0	25	75	10	70	30	18	8	42	1.81
54103176--54103263	42	2.1	42	82	0	104	31	18	9	40	1.81
54103122--54103311	96	2.0	95	84	3	247	31	18	8	41	1.82
54103306--54103500	27	7.3	27	85	1	248	36	18	19	25	1.94
54103306--54103481	80	2.2	80	86	3	228	37	19	18	24	1.94
54103306--54103500	54	3.6	54	87	4	277	36	18	19	25	1.94
54103699--54103781	27	3.1	26	84	5	94	20	21	20	37	1.95
54104094--54104165	27	2.7	27	85	6	85	18	26	20	34	1.95
54104283--54104427	6	23.8	6	74	15	120	17	17	15	49	1.80
54104354--54104427	31	2.4	30	88	2	103	16	17	16	50	1.79
54104277--54104434	73	2.2	73	82	8	214	17	17	15	49	1.80
54104309--54104448	18	7.7	18	74	12	90	16	16	16	50	1.78
54116042--54116424	40	9.6	40	91	1	565	27	28	19	23	1.98
54123839--54124220	40	9.6	40	91	2	556	28	29	19	23	1.98
54123840--54124181	119	2.9	120	95	0	589	27	29	19	23	1.98
54123839--54124220	159	2.4	159	87	3	536	28	29	19	23	1.98
54126934--54126979	19	2.4	19	88	0	74	19	10	30	39	1.86
54128082--54128151	28	2.5	28	76	6	79	30	24	20	25	1.99
54128199--54128293	29	3.3	29	70	14	79	23	25	21	30	1.99
54128252--54128360	29	3.8	29	79	7	116	22	18	20	39	1.92
54128224--54128361	57	2.4	57	84	2	170	23	18	18	39	1.93
54128224--54128361	28	4.9	28	73	15	113	23	18	18	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54131204--54131274	27	2.6	27	86	0	97	26	16	15	40	1.89
54141791--54141973	79	2.3	81	85	7	241	24	22	26	26	2.00
54141792--54141975	40	4.6	39	82	9	203	23	22	27	26	2.00
54141830--54142008	79	2.3	79	78	7	195	26	21	26	25	1.99
54149851--54150033	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
54149852--54150035	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
54149904--54150058	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
54153813--54153988	37	4.8	37	97	0	325	27	30	18	23	1.98
54154107--54154363	47	5.5	47	91	0	406	29	30	8	31	1.87
54158167--54158389	40	5.6	40	91	0	365	25	28	21	24	1.99
54159667--54159804	37	3.8	37	93	0	224	28	30	17	23	1.97
54159923--54160273	47	7.5	47	95	0	603	28	29	8	33	1.87
54164642--54164731	45	2.0	45	100	0	180	31	33	17	17	1.94
54169484--54169797	46	6.7	45	69	18	169	28	18	28	24	1.98
54169481--54169698	94	2.3	95	88	0	321	28	17	29	24	1.97
54169483--54169793	94	3.3	94	80	8	291	28	17	28	24	1.97
54169524--54169795	46	5.8	48	72	12	201	27	17	30	24	1.97
54180373--54180411	20	2.0	20	90	10	62	10	38	30	20	1.86
54186286--54186411	38	3.3	38	77	17	125	23	23	23	30	1.99
54186306--54186418	38	2.9	37	80	7	136	23	22	23	31	1.98
54187980--54188244	43	6.2	43	92	0	395	12	22	33	32	1.91
54188398--54188590	58	3.3	58	87	5	268	22	18	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54188401--54188502	29	3.5	29	67	10	82	22	20	27	29	1.99
54188430--54188584	29	5.4	29	70	11	122	21	18	32	28	1.96
54188488--54188584	28	3.4	28	76	9	99	20	17	34	27	1.95
54190591--54190738	48	3.1	48	88	0	224	30	23	8	37	1.84
54193072--54193115	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
54196452--54196602	38	3.9	38	78	15	139	22	22	25	29	1.99
54196468--54196608	38	3.7	38	84	3	167	21	21	25	31	1.98
54208475--54208506	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
54218599--54218751	37	4.1	37	93	0	252	26	33	18	22	1.96
54218870--54219249	47	8.0	47	93	1	625	28	30	9	32	1.88
54220778--54220844	29	2.3	29	82	5	82	28	28	13	29	1.94
54220951--54221018	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
54221120--54221198	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
54220666--54221167	174	2.9	174	98	0	959	30	24	14	30	1.95
54222764--54222880	47	2.5	47	98	0	225	30	28	8	32	1.87
54226396--54226618	40	5.6	40	88	2	270	26	26	22	24	2.00
54226926--54227003	29	2.7	29	84	6	95	26	32	15	25	1.95
54226986--54227088	43	2.4	43	98	0	197	25	35	16	22	1.94
54228350--54228502	37	4.1	37	92	0	243	26	32	18	21	1.97
54228623--54228757	47	2.9	47	87	0	189	27	32	9	30	1.89
54228730--54228779	24	2.1	24	100	0	100	26	38	8	28	1.84
54228683--54228824	71	2.0	71	97	0	266	28	31	8	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54228754--54229135	47	8.1	47	96	1	692	30	29	8	32	1.86
54228636--54228871	118	2.0	118	91	0	382	27	31	9	30	1.88
54228621--54228920	165	1.8	165	89	0	474	28	31	9	31	1.88
54228754--54229131	190	2.0	190	96	0	702	30	28	8	32	1.86
54236609--54236659	22	2.3	22	83	6	68	23	9	27	39	1.86
54242594--54242680	41	2.0	42	91	6	140	39	19	19	21	1.93
54244863--54244906	20	2.2	21	80	15	58	47	18	31	2	1.61
54250293--54250609	47	6.8	48	69	17	161	27	17	29	25	1.98
54250479--54250610	47	2.7	49	81	10	164	26	17	31	25	1.97
54252564--54252619	27	2.1	27	83	6	69	35	21	23	19	1.96
54252601--54252710	27	4.1	27	95	0	193	25	21	19	33	1.97
54260083--54260182	27	3.7	27	89	6	150	26	22	18	34	1.96
54260066--54260182	53	2.2	54	87	4	166	27	22	16	34	1.95
54264495--54264570	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
54268035--54268114	42	1.9	42	82	5	99	30	15	23	31	1.95
54269866--54269973	33	3.3	33	80	3	112	32	25	12	30	1.92
54271491--54271659	42	3.9	43	71	10	121	27	25	19	27	1.99
54276195--54276656	47	9.7	47	92	2	728	33	9	29	28	1.88
54276776--54276928	37	4.1	37	92	0	243	21	18	33	26	1.96
54283322--54283480	42	3.7	43	75	9	128	26	27	20	26	1.99
54292522--54292741	46	4.6	47	77	9	198	25	28	18	28	1.98
54292522--54292741	94	2.3	93	84	7	266	25	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54298983--54299112	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
54298983--54299147	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
54301614--54301787	48	3.7	48	82	11	191	22	32	18	25	1.97
54304101--54304188	33	2.7	32	73	13	81	32	23	10	32	1.89
54307383--54307415	17	1.9	17	88	11	50	57	6	0	36	1.23
54312186--54312225	21	1.9	21	85	10	55	55	5	2	37	1.35
54312720--54312767	14	3.4	14	77	5	51	27	0	4	68	1.07
54312955--54312989	17	2.1	17	88	0	52	65	0	0	34	0.93
54313030--54313061	16	2.1	16	94	5	57	40	6	6	46	1.54
54314237--54314285	19	2.6	19	73	0	53	34	24	10	30	1.89
54314626--54314877	125	2.0	125	81	8	296	34	1	39	24	1.67
54321841--54321870	15	2.0	15	100	0	60	33	20	20	26	1.97
54330377--54330566	48	4.0	48	86	1	238	31	24	20	23	1.98
54331131--54331170	21	1.9	21	89	0	62	52	20	0	27	1.46
54331915--54332073	83	1.9	83	93	0	273	27	21	22	28	1.99
54331947--54332126	83	2.2	82	84	4	218	28	22	21	27	1.99
54339190--54339335	40	3.7	40	81	9	156	24	21	27	26	1.99
54347196--54347381	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
54347249--54347414	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
54361073--54361218	40	3.7	40	83	7	172	23	21	27	26	1.99
54361073--54361251	80	2.2	80	80	6	186	25	21	26	26	1.99
54369080--54369265	40	4.7	40	87	5	234	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54369133--54369288	80	2.0	79	84	6	208	25	19	26	28	1.99
54380371--54380409	15	2.6	15	88	8	53	69	5	5	20	1.28
54382514--54382813	40	7.5	40	85	7	369	25	22	27	25	2.00
54382510--54382813	79	3.8	81	84	8	381	25	22	26	25	2.00
54389111--54389563	27	16.9	27	82	6	553	28	22	9	40	1.85
54389582--54389752	27	6.3	27	85	0	189	36	19	18	25	1.94
54389582--54389756	54	3.2	54	81	0	215	36	18	18	26	1.95
54390334--54390435	27	3.8	26	83	5	105	19	22	20	37	1.95
54390572--54390654	6	13.3	6	72	20	64	18	18	15	48	1.82
54390572--54390645	31	2.4	31	90	2	112	17	18	14	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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