genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92888692--92888740	14	3.4	14	82	5	53	73	12	0	14	1.10
92888699--92888739	22	1.9	21	85	14	57	75	12	0	12	1.05
92890670--92890711	17	2.5	16	85	11	57	28	2	0	69	1.01
92895809--92895878	9	8.1	8	80	14	59	84	0	8	7	0.78
92895802--92895861	22	2.8	20	83	14	75	85	1	3	10	0.79
92896948--92897197	64	4.0	64	88	3	350	30	16	14	38	1.89
92897305--92897861	176	3.2	177	87	3	802	28	18	24	27	1.98
92897704--92897981	133	2.1	132	88	1	405	30	19	21	28	1.98
92898119--92898160	14	3.0	14	89	0	57	76	11	0	11	1.03
92898112--92898159	14	3.4	14	85	2	51	79	8	0	12	0.94
92898110--92898159	21	2.3	23	80	13	61	76	8	0	16	1.02
92902079--92902164	43	2.0	43	100	0	172	30	4	30	34	1.78
92908677--92908749	37	2.0	37	94	0	128	26	28	21	23	1.99
92914283--92914390	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
92923510--92923582	18	4.1	18	85	0	101	34	5	19	41	1.74
92925064--92925118	27	2.1	26	83	10	67	14	12	23	49	1.78
92932809--92932849	15	2.7	16	81	11	59	34	17	19	29	1.94
92936091--92936166	20	3.9	19	75	11	64	38	0	0	61	0.96
92936105--92936169	8	6.9	9	73	22	53	35	0	0	64	0.94
92936116--92936180	30	2.1	32	82	5	80	41	0	1	56	1.08
92937173--92937197	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
92939777--92939802	13	2.0	13	100	0	52	7	7	30	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92944396--92944584	25	7.6	25	84	2	245	35	19	27	17	1.94
92951928--92951973	20	2.3	20	78	14	51	47	15	6	30	1.70
92954661--92954695	12	2.9	12	86	0	52	40	11	22	25	1.88
92958903--92958941	20	2.0	20	85	10	53	43	20	2	33	1.65
92959629--92959813	43	4.4	43	85	5	218	28	28	18	24	1.98
92959636--92959835	86	2.4	87	82	5	241	27	26	19	27	1.99
92959991--92960083	25	3.7	25	95	0	168	63	26	1	8	1.30
92964032--92964062	7	4.6	7	96	4	55	61	22	0	16	1.34
92965051--92965135	41	2.1	41	86	0	116	24	22	14	38	1.91
92965560--92965605	24	1.9	24	100	0	92	15	26	17	41	1.88
92968576--92968624	21	2.3	20	82	6	53	57	14	8	20	1.63
92969232--92969279	20	2.6	18	87	9	62	66	2	0	31	1.03
92969354--92969403	13	3.9	13	78	2	57	66	4	0	30	1.10
92969515--92969670	26	5.6	26	69	20	86	62	0	3	32	1.18
92969533--92969582	18	2.8	18	73	17	50	70	0	2	28	0.99
92969512--92969581	12	5.5	12	71	18	61	65	0	1	32	1.01
92971168--92971301	41	3.1	41	65	22	103	34	24	14	26	1.94
92971147--92971382	88	2.7	88	93	0	382	29	26	17	26	1.97
92971425--92971806	45	8.7	45	81	9	466	26	26	18	28	1.98
92971518--92971929	174	2.4	171	88	2	574	26	25	18	29	1.98
92974953--92975192	131	1.8	133	88	1	367	30	17	18	33	1.94
92974967--92975222	131	1.9	131	84	5	338	30	19	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92974954--92975247	131	2.2	130	80	4	313	31	18	16	33	1.93
92987144--92987432	44	6.5	44	84	1	344	28	14	28	28	1.95
92987480--92987880	44	9.1	44	84	3	500	28	15	28	26	1.96
92987480--92987880	177	2.3	176	87	2	554	28	15	28	26	1.96
92987103--92987751	332	2.0	332	90	0	1039	28	14	28	28	1.96
92995056--92995435	40	9.5	40	79	4	426	24	28	21	25	1.99
92995056--92995425	80	4.6	80	94	0	607	24	28	21	25	1.99
92996462--92996509	24	2.0	24	100	0	96	50	8	16	25	1.73
93001893--93001963	33	2.2	33	85	11	96	66	2	1	29	1.15
93001911--93001974	33	2.0	32	81	9	76	68	1	4	25	1.17
93002089--93002136	20	2.6	18	87	9	62	66	2	0	31	1.03
93002211--93002260	13	3.9	13	78	2	57	66	4	0	30	1.10
93002394--93002439	12	3.6	13	83	11	60	67	2	2	28	1.14
93010672--93010849	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
93010673--93010828	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
93010672--93010849	82	2.2	81	83	3	223	26	15	28	29	1.96
93018181--93018216	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
93018700--93018875	27	6.5	27	82	3	192	26	14	27	30	1.95
93018695--93018875	82	2.2	81	81	2	211	27	14	27	30	1.95
93020793--93020857	30	2.2	30	85	0	85	47	20	9	23	1.78
93023124--93024035	205	4.5	205	92	0	1465	28	21	19	30	1.97
93024010--93024117	44	2.4	45	85	3	139	25	25	16	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93024025--93024117	44	2.1	44	89	0	141	24	26	16	32	1.96
93024048--93024254	44	4.7	44	74	8	143	26	22	17	33	1.96
93032000--93032043	19	2.3	19	96	0	79	36	20	9	34	1.84
93035286--93035494	28	7.5	28	91	1	323	32	28	13	25	1.94
93035286--93035519	84	2.8	82	85	5	299	32	29	13	25	1.93
93043509--93043661	28	5.5	28	86	1	202	30	28	14	26	1.95
93043508--93043686	56	3.2	55	82	5	198	30	29	13	26	1.94
93065039--93065151	53	2.1	53	93	0	190	21	21	37	20	1.95
93074921--93074998	36	2.2	36	83	4	95	34	15	20	29	1.93
93077441--93077520	19	4.3	19	85	6	119	37	17	10	35	1.83
93078095--93078270	93	1.9	93	82	4	221	25	22	22	30	1.99
93078328--93078424	43	2.3	41	89	6	158	26	20	19	32	1.97
93078369--93078649	84	3.3	84	87	3	404	25	22	22	29	1.99
93078280--93078962	221	3.1	221	86	6	909	25	22	21	30	1.99
93078661--93078870	84	2.5	84	92	1	359	25	22	20	30	1.98
93078524--93078786	137	1.9	137	93	3	458	24	22	21	31	1.98
93079910--93079946	7	5.4	7	93	6	67	13	0	0	86	0.57
93086484--93086563	19	4.3	19	82	6	110	38	17	8	35	1.81
93086872--93086946	20	4.2	18	76	17	75	68	8	1	22	1.24
93087820--93087892	19	3.9	18	76	18	69	34	6	0	58	1.24
93089469--93089513	19	2.3	20	84	3	56	53	2	6	37	1.40
93089438--93089513	10	7.5	10	69	18	50	47	2	10	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93090526--93090709	88	2.1	88	97	2	352	20	19	23	36	1.95
93111228--93111265	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
93121046--93121099	17	2.9	19	83	10	85	37	11	14	37	1.82
93121048--93121105	17	3.3	17	73	22	57	37	10	15	36	1.82
93121389--93121423	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
93126585--93126642	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
93126621--93126657	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
93126624--93126665	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
93126776--93126814	20	1.9	19	85	10	51	10	2	12	74	1.17
93126915--93126948	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
93127604--93127662	21	3.0	20	73	14	59	50	3	0	45	1.18
93129978--93130148	66	2.6	66	80	5	168	32	11	24	30	1.91
93130037--93130142	36	3.1	36	75	18	118	26	12	29	32	1.92
93135614--93135807	47	4.1	47	89	0	271	34	10	28	26	1.90
93135643--93135714	22	3.1	22	64	24	58	36	13	26	23	1.93
93135778--93135961	98	1.9	96	91	4	298	36	6	27	29	1.82
93135777--93135961	48	3.8	48	87	5	291	36	6	27	30	1.82
93136108--93136222	37	3.1	37	88	0	158	21	18	29	30	1.97
93147168--93147228	31	2.0	31	100	0	122	19	6	26	47	1.74
93151299--93151442	39	3.7	39	89	1	209	25	27	22	24	2.00
93154023--93154055	16	2.1	16	100	0	66	39	42	6	12	1.67
93159980--93160097	35	3.3	35	93	3	191	36	15	11	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93160494--93161287	207	3.8	207	95	0	1365	28	22	18	29	1.97
93161293--93161580	84	3.4	83	83	7	348	22	21	24	31	1.98
93161431--93161570	43	3.3	42	73	7	140	22	20	23	33	1.97
93162529--93162588	13	4.8	13	80	15	65	1	13	0	85	0.69
93162528--93162585	23	2.6	22	84	10	73	1	13	0	84	0.70
93162529--93162588	31	1.9	32	90	10	97	1	13	0	85	0.69
93166289--93166480	40	4.8	40	90	2	253	25	30	21	21	1.99
93171901--93172043	17	7.9	18	84	6	175	37	13	10	37	1.80
93171901--93172035	35	3.8	36	94	2	211	37	13	11	37	1.80
93171922--93172051	35	3.7	35	90	5	147	37	13	11	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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