genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14382935--14382965	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
14383032--14383128	48	2.0	48	97	0	185	36	6	12	45	1.67
14393968--14394234	132	2.0	132	86	1	365	35	17	18	28	1.93
14404125--14404157	17	1.9	17	93	0	57	45	15	9	30	1.77
14405476--14405765	148	2.0	148	90	0	463	41	13	15	30	1.85
14407074--14407139	6	10.7	6	79	12	53	75	7	3	13	1.13
14409179--14409217	17	2.2	17	90	4	60	51	10	7	30	1.64
14410657--14410694	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
14417343--14417393	4	13.5	4	86	12	72	19	0	1	78	0.85
14417343--14417403	12	5.3	11	84	11	70	21	0	1	77	0.86
14418119--14418220	19	5.3	19	70	21	86	38	23	28	9	1.87
14418089--14418227	39	3.6	39	96	0	244	38	23	26	11	1.89
14420580--14420612	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
14423655--14423710	25	2.2	25	87	6	78	17	26	21	33	1.96
14425932--14425962	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
14426611--14426679	31	2.2	31	89	5	104	27	33	27	11	1.91
14426622--14426682	31	2.0	31	96	0	113	26	29	31	13	1.93
14430224--14430260	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
14430311--14430345	18	1.9	18	94	0	61	42	20	5	31	1.75
14430673--14430716	20	2.3	18	84	7	52	22	29	34	13	1.93
14430977--14431037	21	2.8	22	72	18	56	22	0	26	50	1.49
14431062--14431247	7	26.7	7	70	10	69	20	0	27	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14431062--14431247	13	13.4	14	70	13	98	20	0	27	51	1.48
14431102--14431135	16	2.1	16	88	0	50	23	0	11	64	1.26
14431126--14431209	40	2.1	41	84	6	109	16	0	29	53	1.43
14432760--14432838	33	2.4	32	79	6	86	24	24	17	34	1.96
14435835--14435891	18	3.2	18	78	14	64	77	0	22	0	0.77
14435831--14435875	23	2.0	22	83	12	56	77	0	22	0	0.76
14435812--14435891	33	2.3	33	83	12	90	75	0	23	1	0.88
14437466--14437512	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
14437783--14437965	46	4.0	46	88	1	260	20	23	15	40	1.90
14437906--14438033	68	1.9	68	98	0	247	22	24	19	33	1.97
14437974--14438068	46	2.1	46	97	0	181	24	24	16	34	1.95
14437863--14438068	114	1.8	114	96	0	385	23	24	16	35	1.95
14442228--14442278	19	2.9	16	78	18	57	37	9	15	37	1.81
14442239--14442280	19	2.1	21	91	8	70	38	9	16	35	1.81
14445167--14445220	28	1.9	28	88	0	81	42	0	16	40	1.48
14447824--14448496	210	3.2	210	94	1	1208	42	7	11	38	1.70
14448601--14448674	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
14450563--14450756	96	2.0	96	86	0	271	13	33	17	35	1.89
14458867--14458921	25	2.2	26	86	3	76	40	3	3	52	1.36
14459305--14459433	56	2.3	55	80	11	131	38	16	18	26	1.91
14462474--14462657	50	3.7	50	85	1	235	28	27	19	25	1.98
14462474--14462657	101	1.8	99	88	2	278	28	27	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14469818--14469886	32	2.1	33	94	2	122	46	5	13	34	1.67
14470972--14471367	35	11.3	35	84	0	445	30	13	25	31	1.94
14470972--14471368	70	5.7	70	87	2	503	29	13	25	31	1.94
14474824--14474857	17	1.9	18	88	5	52	82	2	0	14	0.79
14477920--14477977	30	1.9	30	82	6	73	15	27	34	22	1.94
14478528--14478649	43	2.9	41	79	7	136	27	25	15	31	1.96
14482565--14482692	35	3.7	34	80	10	143	31	11	24	32	1.91
14488787--14488824	15	2.5	15	91	0	58	47	2	0	50	1.15
14488891--14488942	27	1.9	27	84	0	68	51	9	13	25	1.71
14491267--14491298	12	2.7	12	100	0	64	53	0	15	31	1.43
14502827--14502891	20	3.3	20	67	16	64	50	6	4	38	1.48
14502824--14502899	38	2.0	38	100	0	152	52	5	5	36	1.47
14504465--14504514	21	2.4	21	96	0	91	28	4	12	56	1.54
14505915--14506143	127	1.8	127	92	0	386	34	17	17	29	1.93
14506529--14506576	16	3.1	15	85	11	62	68	0	4	27	1.07
14506542--14506576	16	2.2	16	100	0	70	71	0	5	22	1.07
14506795--14506864	31	2.3	29	79	18	79	65	5	2	25	1.28
14506842--14506906	28	2.3	27	82	12	78	58	1	3	36	1.23
14506936--14506992	27	2.1	27	83	0	69	63	1	7	28	1.30
14514515--14514567	27	2.0	27	84	0	70	32	18	9	39	1.83
14518711--14518862	52	2.9	52	77	6	146	29	25	17	27	1.97
14523538--14524697	133	8.7	133	90	1	1684	30	19	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14531895--14532101	67	3.1	63	78	8	209	31	16	29	22	1.96
14541811--14541883	31	2.4	30	84	11	94	42	5	8	43	1.57
14543109--14543145	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
14543724--14543751	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
14544329--14544353	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
14544730--14544829	21	4.5	23	76	9	100	19	20	22	39	1.93
14547278--14547322	14	3.1	14	78	6	54	53	8	4	33	1.52
14547275--14547353	29	2.6	31	80	11	92	55	8	3	31	1.48
14548347--14548380	11	3.1	11	91	0	50	70	2	0	26	1.01
14548664--14548778	40	2.9	40	82	0	149	19	30	18	32	1.95
14563906--14563944	21	1.9	20	84	5	51	48	2	0	48	1.15
14565082--14565107	13	2.0	13	100	0	52	23	46	15	15	1.83
14566698--14566873	46	3.8	46	79	15	209	30	28	19	20	1.97
14566706--14566874	93	1.8	93	93	0	293	30	28	20	20	1.98
14581683--14581708	7	3.7	7	100	0	52	69	15	15	0	1.20
14589308--14589467	42	3.8	42	78	9	130	18	22	16	43	1.88
14617629--14617669	20	2.0	20	86	9	57	19	2	24	53	1.57
14622753--14622785	6	5.5	6	96	0	57	33	0	3	63	1.10
14625943--14625979	19	1.9	19	88	0	56	35	2	16	45	1.61
14626098--14626138	20	2.0	22	85	9	59	34	0	9	56	1.32
14635730--14635805	29	2.8	27	72	18	68	63	0	2	34	1.09
14635714--14635789	21	3.8	19	72	13	64	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14636026--14636117	28	3.3	27	78	13	96	29	4	2	64	1.25
14636026--14636118	10	9.7	10	70	13	54	30	4	2	63	1.25
14636053--14636135	20	4.2	20	73	13	64	32	3	1	62	1.20
14636162--14636193	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
14636270--14636472	90	2.3	89	83	6	250	34	10	17	37	1.84
14639564--14639611	15	3.3	15	76	5	53	31	0	6	62	1.20
14639591--14639638	24	2.0	24	95	0	87	25	2	8	64	1.32
14639864--14639891	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
14642284--14642564	144	2.0	144	97	0	526	25	18	20	35	1.95
14646813--14646943	65	2.0	65	100	0	262	44	22	10	22	1.83
14650177--14650236	7	8.0	7	72	20	50	63	0	0	36	0.95
14656896--14656960	17	3.6	17	73	20	53	33	1	6	58	1.32
14657369--14657415	23	2.0	24	83	8	60	21	8	4	65	1.37
14657613--14657724	3	37.3	3	70	13	52	33	8	1	57	1.39
14657770--14657798	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
14657955--14658010	3	18.3	3	82	14	62	33	3	0	62	1.12
14661560--14661594	17	2.1	17	88	0	52	60	0	0	40	0.97
14662976--14663093	49	2.4	49	78	5	139	41	16	20	21	1.90
14662995--14663352	195	1.8	194	84	5	490	39	17	19	23	1.92
14663279--14663482	49	4.2	48	76	7	146	36	16	24	23	1.94
14668098--14668147	19	2.6	19	84	9	57	48	16	8	28	1.74
14668110--14668147	19	2.0	20	89	5	60	44	15	7	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14669084--14669134	26	2.0	26	96	0	93	27	33	7	31	1.85
14671211--14671279	30	2.3	30	75	2	68	33	11	2	52	1.53
14673146--14673194	24	2.0	24	100	0	98	44	8	12	34	1.71
14673645--14673681	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
14673678--14673716	11	3.7	11	86	6	55	33	0	0	66	0.92
14675813--14675842	15	2.0	15	100	0	60	33	13	33	20	1.91
14675828--14676037	46	4.6	46	90	1	296	40	15	23	21	1.91
14678942--14678980	11	3.7	11	86	6	55	33	0	0	66	0.92
14681078--14681107	15	2.0	15	100	0	60	33	13	33	20	1.91
14681093--14681261	46	3.7	46	87	1	223	40	15	23	20	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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