genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82344842--82345012	93	1.8	93	94	0	306	21	22	28	27	1.99
82344846--82345017	46	3.7	46	77	13	199	22	22	27	27	1.99
82353534--82353592	30	1.9	31	86	3	84	28	18	1	50	1.56
82353534--82353602	30	2.3	31	82	7	79	28	17	4	49	1.66
82356579--82356669	19	4.9	19	86	8	134	40	10	12	36	1.78
82356959--82356993	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
82366403--82366491	44	2.0	44	97	0	169	30	14	25	29	1.95
82368847--82369141	78	3.8	78	90	1	475	31	19	24	24	1.98
82369155--82369354	45	4.5	45	82	1	231	33	14	28	25	1.94
82369155--82369354	89	2.2	90	82	5	244	33	14	28	25	1.94
82369707--82369797	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
82369707--82369797	35	2.5	37	91	8	150	37	10	15	36	1.83
82369789--82369833	23	2.0	23	83	8	58	33	4	17	44	1.69
82370086--82370120	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
82371011--82371051	16	2.5	16	92	4	64	34	0	0	65	0.93
82371015--82371062	18	2.8	17	84	9	53	29	0	2	68	1.01
82381166--82381205	21	1.9	21	100	0	80	57	0	5	37	1.21
82388053--82388087	7	5.0	7	96	0	61	45	0	40	14	1.45
82388920--82388977	28	2.0	28	83	3	71	32	6	3	56	1.42
82389491--82389519	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
82389884--82389908	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
82394056--82394163	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82401740--82401779	21	1.9	21	89	0	62	10	22	40	27	1.86
82415065--82415093	11	2.6	11	100	0	58	82	0	17	0	0.66
82415673--82415849	3	58.7	3	71	15	91	31	4	2	62	1.28
82415739--82415781	16	2.6	17	82	10	54	30	4	0	65	1.13
82415971--82416005	15	2.3	15	90	0	52	37	11	0	51	1.38
82423209--82423250	22	1.9	22	90	0	66	38	21	7	33	1.81
82426450--82426557	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
82428109--82428151	21	2.1	21	87	12	63	18	13	20	46	1.83
82442020--82442180	46	3.5	46	73	14	168	21	21	28	27	1.99
82451690--82451732	18	2.4	18	81	18	54	23	4	0	72	1.04
82457612--82457793	28	6.5	28	92	1	276	33	26	12	28	1.92
82476037--82476061	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
82483155--82483225	36	2.0	36	91	5	117	25	25	18	30	1.98
82491060--82491094	17	2.1	17	100	0	70	14	28	34	22	1.93
82491910--82491988	33	2.3	35	82	6	90	45	1	2	50	1.23
82494156--82494199	13	3.2	13	81	12	52	43	0	0	56	0.99
82498227--82498273	19	2.5	19	80	13	60	44	2	6	46	1.40
82499677--82499931	127	2.0	125	96	1	465	43	11	22	22	1.86
82508977--82509133	57	2.8	57	84	1	199	34	21	14	29	1.93
82513727--82513777	26	2.0	26	84	0	66	35	9	5	49	1.60
82519170--82519342	54	2.9	59	68	25	155	38	6	3	51	1.44
82519155--82519449	62	4.9	58	68	21	157	38	5	3	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82519299--82519374	31	2.4	30	82	6	89	38	6	2	52	1.41
82519170--82519452	119	2.4	118	86	6	376	39	5	3	51	1.43
82525552--82525605	21	2.6	21	93	0	90	44	0	20	35	1.52
82529341--82529773	47	9.1	47	92	2	668	32	9	30	28	1.88
82529344--82529773	96	4.5	94	92	2	698	31	9	30	28	1.88
82529892--82529970	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
82533156--82533408	133	1.9	133	88	1	382	28	17	20	34	1.95
82539168--82539360	47	4.0	48	81	8	196	23	17	29	30	1.97
82539172--82539379	93	2.1	97	80	8	228	25	16	28	28	1.97
82540839--82540879	12	3.6	12	80	12	59	56	0	0	43	0.99
82543347--82543378	16	2.0	16	100	0	64	43	6	0	50	1.27
82546416--82546460	21	2.1	21	84	8	56	40	2	0	57	1.11
82554824--82554848	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
82555828--82555853	10	2.6	10	100	0	52	34	0	19	46	1.50
82559418--82559548	62	2.1	62	97	0	244	39	15	21	23	1.91
82559464--82559502	16	2.4	16	100	0	78	35	15	25	23	1.94
82559356--82559486	46	2.8	46	95	0	226	40	13	20	25	1.89
82559480--82559785	46	6.7	46	89	2	400	40	15	23	20	1.90
82559372--82559594	108	2.1	108	94	0	392	39	15	21	24	1.91
82559356--82559640	154	1.9	154	94	0	507	40	14	21	24	1.90
82560066--82560098	17	2.0	17	88	5	50	51	0	12	36	1.39
82562977--82563147	93	1.8	93	92	2	290	30	28	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82562972--82563144	46	3.7	46	76	14	194	31	27	18	21	1.97
82565538--82565578	15	2.7	15	78	14	57	60	9	17	12	1.57
82601811--82601889	31	2.5	31	87	0	122	26	24	17	31	1.97
82601913--82602004	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
82602149--82602298	26	5.8	26	89	0	230	27	22	22	27	1.99
82602149--82602298	52	2.9	52	92	1	266	27	22	22	27	1.99
82602905--82602988	27	3.1	27	86	3	116	22	26	20	30	1.98
82603054--82603595	27	20.0	27	81	6	182	35	9	21	34	1.85
82603027--82603279	81	3.1	79	74	11	224	31	9	20	38	1.85
82603027--82603279	54	4.6	54	76	5	213	31	9	20	38	1.85
82603258--82603495	54	4.4	54	88	0	332	40	9	23	26	1.85
82603256--82603495	81	3.0	81	83	2	311	40	9	23	27	1.84
82606085--82606177	41	2.2	43	80	3	109	31	26	18	23	1.97
82617148--82617323	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
82617145--82617315	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
82624739--82624914	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
82624736--82624906	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
82627711--82627875	44	3.7	45	86	3	210	33	27	15	23	1.95
82627740--82627875	45	3.0	45	88	2	193	35	25	15	23	1.94
82632456--82632558	37	2.8	37	95	0	179	23	32	21	23	1.98
82632699--82632875	48	3.6	48	91	3	273	29	27	7	35	1.85
82632808--82632951	76	1.9	76	97	0	270	31	25	9	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82632884--82633378	48	10.4	48	97	0	922	31	27	6	35	1.82
82632758--82632999	124	1.9	125	95	1	441	31	25	7	35	1.84
82632886--82633378	238	2.1	239	97	0	925	31	27	6	35	1.82
82638291--82638347	22	2.6	22	75	10	62	68	10	0	21	1.19
82641900--82642165	46	5.8	45	71	15	175	23	18	29	28	1.98
82641909--82642158	93	2.7	93	89	0	383	23	18	30	28	1.98
82641953--82642111	47	3.4	47	69	14	148	22	16	31	29	1.96
82652215--82652278	32	2.0	32	100	0	128	40	15	31	12	1.85
82654131--82654544	78	5.3	78	91	0	659	33	17	24	24	1.96
82654183--82655335	442	2.6	442	90	1	1864	32	18	24	25	1.97
82654625--82654989	78	4.7	78	88	1	525	32	18	24	24	1.97
82655068--82655362	78	3.8	78	86	3	414	33	19	22	24	1.97
82654703--82655472	365	2.1	369	87	2	1113	32	18	24	25	1.97
82655376--82655575	45	4.5	45	84	1	249	30	14	30	25	1.94
82655392--82655575	89	2.1	90	87	1	262	29	13	30	26	1.94
82678913--82678950	20	1.9	20	88	0	58	44	2	0	52	1.14
82679031--82679085	27	2.0	27	85	0	74	18	27	34	20	1.95
82679237--82679284	14	3.2	14	82	8	51	70	0	27	2	0.98
82679455--82679567	58	1.9	59	90	3	183	34	0	12	52	1.45
82679762--82680150	102	3.8	105	87	7	550	29	0	15	53	1.46
82682180--82682271	33	2.8	33	83	3	105	15	48	11	23	1.78
82682461--82682688	77	3.0	75	86	5	296	28	7	9	55	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82686508--82686581	37	2.0	37	97	0	139	32	14	10	41	1.81
82700289--82700351	31	2.0	31	100	0	126	28	12	19	39	1.88
82703634--82703951	77	4.1	77	84	1	325	27	17	13	41	1.88
82703706--82703912	40	5.3	40	74	11	178	28	21	13	36	1.91
82703793--82704136	185	1.9	185	84	1	465	27	17	14	39	1.89
82703978--82704398	77	5.5	77	81	4	404	25	19	14	40	1.89
82703718--82704212	262	1.9	262	83	0	650	26	18	15	39	1.90
82703978--82704394	154	2.7	152	82	3	487	25	19	13	40	1.89
82704280--82704398	39	3.1	39	75	12	120	26	21	14	38	1.91
82704946--82704979	18	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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