genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76916998--76917082	42	2.0	42	97	0	161	27	14	17	41	1.88
76917519--76917610	26	3.5	27	68	20	77	55	4	16	23	1.59
76917467--76917619	53	2.9	53	93	0	252	56	5	15	22	1.61
76923838--76923871	17	2.0	17	88	0	50	61	8	2	26	1.40
76923884--76924060	26	7.0	25	74	13	150	61	2	5	30	1.32
76930059--76930106	18	2.7	18	81	15	55	62	2	4	31	1.26
76932091--76932246	70	2.2	69	89	1	231	47	17	8	26	1.76
76932412--76932720	160	1.9	160	80	3	354	33	12	16	37	1.87
76935127--76935242	39	2.9	39	84	3	144	25	47	4	23	1.70
76935172--76935283	33	3.2	34	77	15	129	28	44	4	22	1.72
76935792--76935893	48	2.1	47	80	8	116	47	20	7	24	1.77
76937441--76937538	43	2.3	43	89	0	151	18	36	30	14	1.90
76953602--76953692	43	2.1	43	83	0	110	17	29	32	19	1.95
76953600--76953692	22	4.3	21	73	11	82	17	29	34	19	1.94
76955501--76955538	19	2.0	19	94	0	67	13	42	18	26	1.87
76956972--76957093	48	2.6	48	87	6	160	28	27	18	26	1.98
76957004--76957150	48	3.1	48	87	2	179	26	29	18	25	1.98
76963830--76963888	30	2.0	30	100	0	118	33	25	3	37	1.73
76968162--76968275	41	2.8	41	81	13	137	21	17	22	38	1.93
76981353--76981406	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
76982962--76983041	41	2.0	40	85	7	108	23	21	21	33	1.97
76987689--76987719	13	2.4	13	100	0	62	12	22	32	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76990687--76990872	40	4.7	40	88	5	252	26	27	22	24	2.00
76990654--76990872	80	2.8	81	81	10	256	26	26	21	26	1.99
76993077--76993248	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
77000488--77000659	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
77009425--77009506	28	2.9	28	81	0	92	25	26	12	35	1.91
77018654--77018687	17	1.9	18	94	5	61	23	2	5	67	1.26
77018654--77018689	9	4.0	9	89	10	56	22	2	8	66	1.31
77018867--77019149	149	1.9	148	95	0	512	40	19	15	24	1.90
77024752--77024825	27	2.8	26	85	6	87	45	14	12	27	1.80
77029614--77029739	47	2.7	48	79	6	125	25	30	15	28	1.96
77038535--77038572	20	1.9	20	88	0	58	26	34	23	15	1.95
77044350--77044382	16	2.1	16	100	0	66	30	21	6	42	1.77
77055907--77055974	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
77055796--77056123	174	1.9	174	96	0	611	30	24	14	30	1.95
77056076--77056154	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
77064059--77064126	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
77063948--77064275	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	30	1.95
77064236--77064306	29	2.4	30	84	13	103	29	28	14	28	1.95
77070517--77070553	17	2.2	17	100	0	74	16	21	24	37	1.93
77077737--77077795	26	2.3	26	88	5	84	38	10	13	37	1.79
77078364--77078450	43	2.0	43	100	0	174	31	18	27	22	1.97
77082428--77082603	83	2.1	84	90	6	279	45	23	15	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77084410--77084511	51	2.0	51	98	0	195	19	15	28	36	1.93
77086654--77086682	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
77086683--77086866	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
77091085--77091122	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
77091123--77091306	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
77097429--77097497	34	2.0	34	88	0	102	28	17	17	36	1.93
77099954--77100034	39	2.1	39	97	0	153	16	17	23	43	1.88
77107270--77107304	13	2.6	14	95	4	63	28	5	2	62	1.32
77107541--77107630	30	3.0	29	71	20	78	46	4	0	48	1.22
77111594--77111814	110	2.0	110	91	0	361	36	16	20	26	1.93
77111992--77112075	42	2.0	42	100	0	168	42	4	16	35	1.69
77115456--77115540	34	2.5	33	81	5	91	31	22	18	27	1.97
77124746--77124810	34	1.9	34	84	6	87	20	26	21	32	1.97
77124816--77124880	34	1.9	34	87	0	94	26	24	21	27	1.99
77134120--77134246	50	2.5	52	78	12	138	24	23	18	33	1.96
77134985--77135019	15	2.2	16	95	5	63	71	0	28	0	0.86
77139041--77139262	95	2.4	92	82	7	259	23	30	18	27	1.97
77150948--77151101	75	2.1	75	89	0	236	17	33	24	24	1.96
77152773--77152827	26	2.1	26	100	0	110	40	0	20	40	1.52
77153331--77153439	56	1.9	56	92	0	182	25	16	23	33	1.96
77153341--77153468	56	2.3	56	86	5	170	26	17	25	30	1.97
77155074--77155183	46	2.4	44	85	7	132	26	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77155122--77155211	46	1.9	47	80	10	105	27	25	17	28	1.98
77162787--77162912	47	2.7	46	79	16	134	23	28	20	27	1.99
77168147--77168193	7	6.9	7	81	18	55	74	0	2	23	0.93
77168145--77168195	20	2.5	21	93	3	86	74	0	1	23	0.92
77168158--77168195	13	2.9	13	84	11	51	76	0	0	23	0.79
77168673--77168741	34	2.0	34	94	0	120	39	18	13	28	1.88
77171727--77171778	3	18.3	3	77	18	58	28	0	1	69	0.99
77176579--77176843	27	9.8	27	84	1	289	30	23	8	36	1.85
77176579--77176871	81	3.6	81	82	1	345	31	23	8	36	1.84
77176567--77176962	27	14.7	27	82	2	179	35	22	7	33	1.83
77176606--77176843	54	4.4	54	85	0	323	29	23	8	38	1.84
77176946--77177114	27	6.3	27	85	0	230	36	18	20	24	1.95
77176944--77177110	54	3.1	54	90	1	255	36	17	20	24	1.95
77177525--77177588	25	2.6	25	89	0	92	18	20	14	46	1.83
77177522--77177597	6	12.3	6	69	20	50	19	18	14	47	1.83
77179514--77179778	27	9.8	27	84	0	314	30	23	8	37	1.85
77179502--77179897	27	14.7	27	82	2	179	35	22	8	34	1.84
77179541--77179778	54	4.4	54	87	0	350	29	23	8	38	1.85
77179881--77180005	27	4.6	27	87	0	178	37	18	18	25	1.93
77179879--77180005	54	2.3	54	90	1	200	37	18	18	25	1.93
77180405--77180468	25	2.6	25	84	0	83	18	18	14	48	1.81
77182421--77182658	27	8.8	27	89	0	350	29	23	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77182394--77182696	27	11.2	27	80	6	188	31	24	8	35	1.85
77182394--77182687	81	3.6	80	82	2	327	30	23	8	36	1.86
77182421--77182687	54	4.9	54	86	2	214	30	23	8	37	1.85
77182529--77182779	27	9.3	27	83	1	135	34	23	8	33	1.85
77182545--77182714	81	2.1	81	78	2	180	34	23	7	34	1.82
77182651--77182776	54	2.3	54	83	0	153	42	22	7	27	1.81
77182761--77182929	27	6.3	27	85	0	212	37	18	18	25	1.93
77182734--77182911	54	3.3	55	84	3	184	38	19	16	25	1.93
77182759--77182925	54	3.1	54	90	1	246	38	17	19	25	1.93
77183340--77183403	25	2.6	25	89	0	92	18	20	14	46	1.83
77185109--77185146	18	2.1	18	100	0	76	21	26	42	10	1.85
77185357--77185594	27	8.8	27	88	0	332	29	23	8	38	1.84
77185357--77185623	81	3.3	81	84	0	354	31	22	8	37	1.84
77185318--77185685	27	13.6	27	83	0	171	34	22	8	34	1.84
77185357--77185594	54	4.4	54	90	0	377	29	23	8	38	1.84
77185575--77185712	27	5.1	27	82	0	141	40	22	7	29	1.81
77185697--77185864	27	6.3	27	86	3	214	34	17	21	26	1.96
77186271--77186358	6	14.3	6	71	17	65	18	18	14	48	1.81
77186271--77186349	31	2.5	31	85	4	106	17	18	13	49	1.80
77187190--77187275	21	4.0	21	75	4	73	12	32	29	25	1.93
77188824--77188902	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
77189020--77189195	47	3.7	47	96	2	316	29	30	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77192722--77193098	80	4.7	80	86	2	445	24	27	22	25	2.00
77192726--77193098	120	3.1	120	83	2	428	24	27	23	25	2.00
77192707--77193023	40	7.9	40	89	0	427	24	27	22	25	2.00
77192724--77193098	40	9.4	40	84	5	169	24	27	22	25	2.00
77193410--77193488	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
77193470--77193614	43	3.4	43	96	1	274	27	34	15	22	1.94
77195479--77195557	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
77195675--77195899	47	4.7	48	97	1	391	29	30	8	30	1.88
77195675--77195899	96	2.3	95	94	3	389	29	30	8	30	1.88
77209688--77209869	28	6.5	28	96	0	321	34	28	11	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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