genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51641613--51641711	24	4.2	24	69	13	71	33	20	25	21	1.97
51643459--51643508	24	2.1	24	96	0	91	32	26	12	30	1.92
51645384--51645835	226	2.0	226	99	0	895	43	17	11	27	1.84
51648864--51648901	20	1.9	20	94	0	67	39	5	18	36	1.73
51652018--51652094	40	1.9	40	94	0	136	37	6	11	44	1.67
51654957--51655005	24	2.0	24	85	14	66	34	0	6	59	1.22
51655388--51655495	26	4.2	26	89	0	171	32	7	24	36	1.83
51657108--51657248	27	5.2	26	84	6	183	17	23	24	35	1.95
51657108--51657248	54	2.6	53	92	2	228	17	23	24	35	1.95
51663402--51663509	26	4.2	25	88	7	162	33	8	23	35	1.85
51663402--51663509	52	2.1	52	92	0	180	33	8	23	35	1.85
51665122--51665261	27	5.2	26	82	6	172	17	22	23	35	1.95
51665122--51665261	54	2.6	53	90	2	217	17	22	23	35	1.95
51665122--51665280	27	5.9	26	82	8	140	18	22	22	36	1.95
51676060--51676180	48	2.5	48	80	0	152	31	25	16	26	1.96
51676142--51676242	37	2.7	37	83	3	105	24	26	19	28	1.99
51681569--51681717	44	3.5	42	78	14	144	30	26	18	24	1.98
51689866--51690272	47	8.6	47	93	3	611	33	8	29	28	1.87
51689866--51690272	96	4.3	95	92	3	615	33	8	29	28	1.87
51692702--51692776	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
51692834--51693070	40	5.9	40	85	0	303	26	22	25	25	2.00
51692829--51693070	120	2.0	119	91	2	387	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51694324--51694502	85	2.1	85	97	0	340	36	8	27	26	1.85
51694363--51694493	46	3.1	41	62	25	92	39	6	24	29	1.81
51695766--51696219	47	9.6	47	90	3	646	33	9	29	27	1.89
51698204--51698291	45	2.0	45	93	0	149	37	27	11	23	1.89
51720078--51720294	40	5.5	40	92	2	325	24	28	23	23	2.00
51733827--51733885	30	2.0	30	86	0	82	42	6	25	25	1.79
51737768--51737866	50	2.0	50	89	0	153	31	17	24	27	1.97
51737693--51737910	48	4.6	48	76	12	157	29	16	25	28	1.96
51744693--51744727	16	2.2	16	90	5	54	34	0	5	60	1.21
51745392--51745449	25	2.3	24	82	5	62	32	1	3	62	1.22
51750050--51750082	10	3.4	10	83	8	50	54	0	0	45	0.99
51750034--51750086	25	2.0	27	82	13	67	54	0	1	43	1.11
51750817--51750842	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
51756883--51756963	40	2.0	40	100	0	162	41	13	7	37	1.73
51759595--51759647	23	2.3	23	77	6	54	9	15	5	69	1.33
51768642--51768865	40	5.7	40	86	6	271	24	22	28	25	1.99
51768695--51768872	39	4.5	40	90	3	150	24	21	29	24	1.99
51768695--51768865	78	2.2	78	86	6	238	23	21	29	25	1.99
51768695--51768898	79	2.6	79	82	5	209	25	21	28	25	1.99
51772333--51772555	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
51772331--51772555	40	5.7	40	82	6	260	25	27	21	25	1.99
51780347--51780571	40	5.7	40	84	5	260	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51780349--51780571	119	1.9	120	82	6	283	24	26	22	25	2.00
51800193--51800416	41	5.5	41	88	4	285	20	20	23	36	1.95
51800192--51800416	123	1.8	123	84	7	314	20	20	23	36	1.95
51818360--51818520	45	3.6	45	83	3	182	42	11	21	25	1.85
51821670--51821713	20	2.2	20	83	0	52	31	9	6	52	1.59
51822161--51822210	22	2.3	23	82	10	68	32	0	0	68	0.90
51822152--51822209	14	4.4	14	71	20	54	32	0	0	67	0.91
51822152--51822210	26	2.3	27	77	11	70	32	0	0	67	0.91
51822338--51822442	52	2.0	52	100	0	210	43	7	17	31	1.77
51822390--51822804	143	3.0	141	80	5	416	37	7	20	34	1.81
51824073--51824121	21	2.3	22	85	3	73	53	2	0	44	1.12
51828036--51828062	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
51829273--51829301	12	2.4	12	100	0	58	24	17	17	41	1.90
51833120--51833155	13	2.8	13	100	0	72	5	30	47	16	1.70
51834567--51834737	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
51834559--51834734	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
51843399--51843446	19	2.3	20	79	13	53	64	14	0	20	1.28
51843695--51843809	10	12.4	9	71	15	74	66	3	0	28	1.13
51843695--51843791	38	2.6	37	75	6	97	65	3	1	29	1.14
51843768--51843809	19	2.3	18	87	4	57	73	4	0	21	1.01
51844035--51844116	38	2.2	38	82	8	96	25	12	2	59	1.45
51844035--51844097	20	3.3	19	70	20	51	23	14	3	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51844374--51844518	30	4.8	30	91	0	236	25	48	3	22	1.66
51844374--51844518	60	2.4	60	97	0	272	25	48	3	22	1.66
51845087--51845141	25	2.2	25	83	0	65	34	3	1	60	1.25
51845263--51845310	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
51845263--51845314	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
51853583--51853753	68	2.5	69	81	9	190	28	14	23	33	1.94
51853757--51853938	67	2.7	67	84	9	228	30	15	18	35	1.92
51853584--51854088	185	2.7	184	84	10	653	28	15	20	35	1.93
51853825--51854049	117	1.9	117	85	9	318	30	14	19	36	1.91
51853954--51854083	68	1.9	69	89	7	203	29	15	23	32	1.95
51870089--51870147	28	2.1	28	90	0	91	33	30	11	23	1.91
51873388--51873566	49	3.7	49	79	6	168	22	28	21	26	1.99
51873576--51873750	46	3.8	45	81	9	176	22	26	19	31	1.98
51876039--51876071	17	1.9	17	93	0	57	45	12	0	42	1.41
51880899--51880923	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
51882304--51882727	47	9.3	47	89	8	644	33	8	28	30	1.86
51882304--51882817	94	5.7	94	84	10	650	32	8	29	29	1.87
51882304--51882727	190	2.4	174	89	6	625	33	8	28	30	1.86
51882692--51882762	35	2.0	35	97	0	133	35	5	26	32	1.80
51882936--51883014	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
51884647--51884847	105	1.9	103	86	2	285	30	20	23	24	1.98
51894992--51895026	15	2.3	15	100	0	70	54	0	34	11	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51896940--51897002	33	1.9	33	100	0	126	50	12	6	30	1.65
51898625--51898794	93	1.8	93	94	0	304	28	30	20	20	1.98
51898618--51898793	46	3.8	46	79	12	207	29	30	20	19	1.97
51904571--51904738	80	2.1	80	89	5	252	25	22	27	25	2.00
51904567--51904715	40	3.7	40	91	3	246	24	22	27	25	2.00
51907072--51907299	40	5.7	40	96	0	411	21	27	20	30	1.98
51916589--51916756	80	2.1	80	90	5	261	25	23	27	24	2.00
51916585--51916733	40	3.7	40	92	3	255	24	22	27	24	2.00
51919074--51919301	40	5.7	40	96	0	411	21	27	20	30	1.98
51928597--51928774	80	2.2	80	89	4	263	25	23	27	24	2.00
51928593--51928741	40	3.7	40	92	3	255	24	22	27	24	2.00
51932316--51932452	69	2.0	69	97	0	256	28	9	17	44	1.80
51941229--51941256	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
51945488--51945554	24	2.8	24	81	2	89	43	20	20	14	1.88
51948575--51948628	24	2.3	23	80	3	63	37	20	24	18	1.94
51948668--51948736	24	2.9	24	93	0	111	36	18	23	21	1.95
51948657--51948747	24	3.8	24	88	1	110	39	16	23	20	1.92
51957741--51957921	28	6.5	28	93	1	285	31	28	14	25	1.95
51960356--51960479	27	4.6	27	77	2	124	31	15	17	35	1.91
51966354--51966530	40	4.4	40	78	4	180	23	20	27	28	1.99
51992653--51992822	27	6.3	27	86	0	216	35	17	19	27	1.94
51992653--51992822	81	2.1	81	87	3	245	35	17	19	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51994321--51994479	35	4.5	35	75	3	140	29	9	18	42	1.81
51994321--51994479	70	2.3	70	77	2	167	29	9	18	42	1.81
52007305--52007476	46	3.8	46	77	15	178	20	20	29	29	1.98
52007301--52007468	93	1.8	90	89	3	264	20	21	29	28	1.98
52040029--52040063	14	2.4	14	85	4	52	51	0	20	28	1.47
52046283--52046356	36	2.1	36	97	0	139	22	20	14	41	1.89
52047637--52047695	30	2.0	30	96	0	109	25	32	20	22	1.98
52048601--52048738	40	3.3	41	77	8	127	34	26	14	24	1.94
52048660--52048759	40	2.5	40	79	8	105	33	29	16	22	1.95
52058448--52058572	27	4.5	28	93	3	200	25	13	29	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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