genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75354450--75354619	46	3.7	46	74	16	154	31	30	17	20	1.96
75357940--75357998	20	3.0	19	73	7	55	45	1	5	47	1.34
75362612--75362644	15	2.2	15	100	0	66	27	12	15	45	1.81
75363658--75363689	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
75364019--75364161	72	2.0	72	95	0	259	27	18	11	41	1.86
75364626--75364837	106	2.0	105	95	0	379	44	13	12	29	1.80
75368229--75368459	79	2.9	79	90	0	354	41	17	12	29	1.86
75370172--75370213	22	1.9	22	85	0	57	28	11	21	38	1.89
75370960--75371005	20	2.2	20	84	3	56	63	4	8	23	1.42
75371371--75371412	14	2.7	15	89	10	59	69	2	2	26	1.13
75374948--75374986	3	13.0	3	88	0	60	30	2	35	30	1.71
75379242--75379359	48	2.4	48	82	2	137	26	18	32	22	1.97
75379340--75379381	22	1.9	22	90	0	66	21	14	38	26	1.91
75379290--75379434	72	2.0	72	100	0	290	25	19	33	22	1.97
75379362--75379542	50	3.6	50	82	0	227	25	18	31	23	1.98
75379241--75379481	122	2.0	120	83	1	302	26	19	31	21	1.98
75379361--75379541	100	1.8	100	88	0	281	25	19	30	23	1.98
75386568--75386606	21	1.9	21	89	5	62	25	30	2	41	1.69
75395385--75395502	43	2.7	43	79	7	132	27	24	16	30	1.97
75401903--75402022	43	2.8	42	81	7	152	31	25	14	29	1.94
75409952--75410019	31	2.2	30	84	7	84	67	2	0	29	1.05
75412219--75412291	36	2.0	36	81	0	83	43	10	19	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75413335--75413364	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
75416597--75416633	17	2.2	17	95	0	65	18	8	0	72	1.08
75416601--75416658	17	3.4	16	80	15	62	20	12	0	67	1.22
75419685--75419818	24	5.6	24	75	5	110	24	17	14	42	1.88
75419711--75419835	24	5.2	24	72	11	78	24	16	16	42	1.88
75421847--75421956	31	3.5	31	96	0	202	26	25	18	30	1.98
75421980--75422071	42	2.2	42	86	0	121	34	19	14	31	1.91
75422204--75422339	26	5.3	26	84	3	172	27	22	22	28	1.99
75422204--75422339	52	2.7	50	88	10	197	27	22	22	28	1.99
75422388--75422444	20	2.8	20	86	0	87	29	17	10	42	1.83
75423163--75423227	27	2.4	27	82	5	78	21	23	16	38	1.93
75423257--75423479	27	8.3	27	78	6	170	28	9	22	39	1.86
75423259--75423465	81	2.5	80	80	7	206	27	8	22	41	1.83
75423469--75423668	27	7.4	27	82	2	222	40	6	23	30	1.80
75423473--75423652	54	3.3	54	89	1	245	40	5	23	31	1.77
75423469--75423668	81	2.5	81	89	0	283	40	6	23	30	1.80
75428495--75428530	12	3.0	12	91	0	63	61	0	22	16	1.35
75428495--75428530	6	6.0	6	90	0	54	61	0	22	16	1.35
75433586--75433632	20	2.3	20	82	7	60	34	4	29	31	1.77
75438548--75438658	27	4.2	26	89	5	150	17	23	22	36	1.94
75438548--75438658	54	2.1	53	89	1	168	17	23	22	36	1.94
75444957--75445017	24	2.5	24	94	2	104	39	3	37	19	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75446468--75446578	27	4.1	27	86	5	118	16	25	21	36	1.94
75446468--75446578	54	2.1	53	86	1	150	16	25	21	36	1.94
75461754--75461778	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
75464883--75464928	11	4.4	11	78	8	51	28	26	0	45	1.54
75464912--75464955	22	2.0	22	87	12	65	22	15	9	52	1.71
75466094--75466136	7	6.0	7	91	2	68	25	4	13	55	1.58
75467029--75467079	21	2.4	22	80	6	61	37	43	13	5	1.69
75467196--75467570	128	2.9	127	90	4	576	33	5	5	55	1.45
75467524--75467608	39	2.2	39	79	6	93	37	8	7	47	1.61
75467596--75467625	9	3.4	9	90	9	53	36	0	0	63	0.95
75470644--75470951	126	2.5	126	91	0	483	26	16	16	39	1.90
75471116--75471148	15	2.1	16	94	5	59	48	36	3	12	1.56
75471227--75471283	16	3.8	15	73	15	55	50	33	0	15	1.44
75471220--75471270	24	2.1	25	82	17	63	50	31	0	17	1.46
75471078--75471481	173	2.3	173	92	2	661	45	23	1	29	1.62
75474559--75474614	23	2.5	22	77	5	58	28	23	14	33	1.94
75474498--75474612	45	2.5	45	80	10	119	26	21	16	34	1.95
75477201--75477225	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
75477933--75478240	47	6.6	47	80	8	280	28	19	28	23	1.98
75477978--75478240	138	1.9	139	84	9	358	27	19	29	23	1.98
75477933--75478240	94	3.3	91	77	10	313	28	19	28	23	1.98
75488313--75488438	47	2.7	44	77	11	128	29	18	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75488361--75488580	47	4.6	48	70	17	140	30	17	28	23	1.97
75489302--75489332	16	1.9	16	100	0	62	29	51	19	0	1.47
75496328--75496374	21	2.2	22	84	3	60	17	36	25	21	1.94
75496336--75496377	22	2.0	21	90	4	66	11	33	28	26	1.92
75500172--75500235	30	2.2	29	80	17	80	51	6	0	42	1.27
75500150--75500226	31	2.5	30	83	10	86	53	7	0	38	1.30
75500291--75500339	16	3.1	15	80	8	53	51	2	0	46	1.12
75500654--75500690	17	2.2	17	90	0	56	56	2	2	37	1.28
75501815--75501938	34	3.6	34	87	2	176	29	15	25	30	1.96
75501815--75501968	34	4.4	34	84	3	137	29	15	23	31	1.95
75502249--75502407	35	4.6	34	84	1	174	31	15	22	30	1.95
75502260--75502388	35	3.7	35	86	1	179	29	16	24	30	1.96
75503806--75503916	55	2.0	55	94	0	195	40	2	13	43	1.58
75504179--75504208	8	3.6	8	95	4	51	50	0	0	50	1.00
75510365--75510430	32	2.1	32	100	0	132	60	0	21	18	1.36
75513643--75513678	17	2.1	17	100	0	72	44	5	11	38	1.63
75516929--75516995	8	8.1	8	71	12	55	10	7	1	80	0.96
75516918--75516982	26	2.6	25	87	4	94	7	10	1	80	0.98
75517015--75517075	24	2.5	24	79	7	61	9	6	4	78	1.07
75517074--75517167	22	4.2	22	69	16	59	39	1	3	56	1.22
75517273--75517297	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
75517302--75517357	19	2.8	20	71	13	62	75	1	7	16	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75517401--75517440	20	2.0	21	85	14	57	70	0	7	22	1.12
75517492--75517518	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
75517651--75517704	18	3.0	18	80	0	63	70	1	0	27	0.98
75517666--75517705	13	3.0	13	88	3	53	77	2	0	20	0.88
75517658--75517733	37	2.1	38	83	14	97	75	2	2	19	1.05
75517837--75517883	20	2.4	19	86	13	60	68	0	6	25	1.13
75517935--75517961	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
75518040--75518097	23	2.6	23	78	18	68	60	3	0	36	1.14
75518040--75518106	23	3.0	22	76	8	64	58	4	0	37	1.19
75518129--75518185	18	3.3	17	82	7	62	80	3	7	8	1.00
75518204--75518274	16	4.6	16	72	18	62	80	1	8	9	0.97
75518211--75518271	22	2.6	24	82	10	72	80	1	8	9	0.98
75518204--75518269	8	8.5	8	72	3	55	80	1	7	10	0.97
75518204--75518274	23	3.1	21	78	15	70	80	1	8	9	0.97
75518587--75518679	44	2.2	44	94	3	163	43	7	0	49	1.31
75521868--75521913	22	2.0	24	87	8	69	65	4	4	26	1.30
75525226--75525302	37	2.1	37	100	0	154	16	22	14	46	1.83
75525375--75525406	13	2.5	13	94	0	55	43	0	6	50	1.27
75526207--75526247	6	6.8	6	82	0	55	31	0	53	14	1.41
75526207--75526247	18	2.3	18	95	0	73	31	0	53	14	1.41
75527198--75527242	18	2.4	19	82	14	58	48	2	0	48	1.13
75535465--75535498	9	3.8	9	92	0	59	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75542898--75543036	49	3.0	41	96	2	125	35	8	27	28	1.86
75542899--75543213	47	6.6	49	92	2	466	33	8	29	28	1.86
75545436--75545796	40	9.1	40	89	1	537	24	22	27	24	2.00
75549057--75549195	49	3.0	41	96	2	125	35	8	27	28	1.86
75549058--75549372	47	6.6	49	92	2	466	33	8	29	28	1.86
75551594--75551954	40	9.1	40	89	1	537	24	22	27	24	2.00
75555214--75555352	49	3.0	41	96	2	125	35	8	27	28	1.86
75555215--75555529	47	6.6	49	92	2	466	33	8	29	28	1.86
75557712--75558072	40	9.1	40	89	1	537	24	22	27	24	2.00
75570113--75570237	46	2.7	46	92	0	196	20	20	28	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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