genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26477440--26477621	82	2.2	81	82	3	231	26	15	28	29	1.96
26480633--26480666	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
26483034--26483072	17	2.3	17	86	0	51	58	7	0	33	1.26
26484465--26484524	30	2.0	30	93	3	104	25	5	10	60	1.49
26484883--26484919	18	2.1	18	100	0	74	56	10	0	32	1.34
26493982--26494015	16	2.1	16	88	0	50	11	26	32	29	1.92
26493998--26494131	38	3.5	38	84	2	153	12	20	29	37	1.89
26497985--26498050	27	2.4	27	90	5	98	36	9	13	40	1.76
26498011--26498063	27	2.0	27	84	0	70	37	9	16	35	1.82
26498883--26498935	28	1.9	28	81	11	65	49	11	9	30	1.70
26504662--26504730	26	2.7	26	86	4	95	17	24	21	36	1.95
26504671--26504811	25	5.6	25	71	5	99	19	22	22	34	1.96
26516206--26516250	22	2.0	22	95	0	81	46	24	0	28	1.53
26517749--26517786	20	2.0	20	89	5	60	42	2	13	42	1.57
26519901--26519935	16	2.3	16	90	9	56	74	2	5	17	1.14
26523295--26523325	15	2.1	15	93	0	53	16	45	3	35	1.63
26531257--26531313	25	2.3	26	78	9	64	52	0	15	31	1.43
26535979--26536050	36	2.0	36	91	0	117	25	0	47	27	1.52
26539866--26539933	29	2.4	28	80	4	91	52	1	4	41	1.30
26541094--26541215	63	1.9	63	100	0	244	48	3	13	35	1.58
26543376--26543949	289	2.0	289	97	0	1085	32	11	18	37	1.86
26545928--26546070	39	3.7	39	90	0	225	29	16	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26545900--26546069	78	2.2	77	87	3	234	28	15	23	31	1.96
26548009--26548053	22	2.0	23	91	4	74	37	28	15	17	1.91
26548731--26548803	21	3.5	22	76	14	73	57	15	2	24	1.51
26548746--26548843	42	2.3	42	87	0	133	52	13	8	26	1.68
26548746--26548843	21	4.7	21	82	2	108	52	13	8	26	1.68
26554568--26554630	31	2.0	31	100	0	126	49	15	9	25	1.75
26555833--26556033	89	2.2	88	85	4	251	42	17	9	30	1.81
26556096--26556147	27	2.0	26	88	3	77	57	0	0	42	0.98
26556138--26556205	9	7.6	9	79	11	77	72	0	2	25	0.99
26556111--26556205	9	10.6	8	73	13	55	68	0	2	29	1.01
26556111--26556197	18	4.9	17	76	14	70	67	0	2	29	1.03
26556140--26556196	17	3.3	17	79	13	62	71	0	3	24	1.01
26556169--26556204	17	2.2	16	95	5	63	75	0	0	25	0.81
26556478--26556507	8	3.6	8	95	4	51	43	0	0	56	0.99
26556489--26556536	19	2.5	19	83	16	64	45	2	0	52	1.12
26556575--26556746	87	2.0	87	86	2	238	31	10	22	34	1.88
26557392--26557418	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
26566564--26566602	18	2.2	18	100	0	78	64	12	5	17	1.46
26569146--26569335	72	2.7	72	87	2	258	27	21	24	26	1.99
26570341--26570461	25	4.8	25	78	8	111	34	21	23	19	1.96
26570393--26570486	25	3.8	24	80	6	91	29	22	27	20	1.98
26570393--26570488	50	1.9	49	85	6	131	30	21	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26570326--26570496	75	2.3	74	80	5	184	33	22	23	19	1.97
26570430--26570606	24	7.1	25	72	10	105	32	20	28	18	1.97
26570539--26570597	26	2.3	26	85	2	84	37	23	23	15	1.93
26575641--26575721	40	2.0	40	100	0	162	32	29	17	20	1.96
26578945--26579030	13	6.4	13	71	14	50	67	1	3	27	1.14
26578995--26579037	19	2.3	19	84	8	52	79	0	6	13	0.93
26581530--26581705	91	1.9	92	84	3	239	21	24	14	39	1.91
26581530--26581710	46	4.0	46	86	2	222	21	24	14	39	1.91
26583640--26583676	17	2.1	17	90	5	56	0	24	0	75	0.80
26601808--26601876	30	2.3	30	85	5	86	46	5	20	27	1.73
26601818--26601876	29	2.0	29	86	3	82	47	3	22	27	1.67
26604239--26604604	46	8.0	46	94	0	608	38	15	23	22	1.92
26607848--26607971	65	1.9	65	80	3	142	25	20	29	25	1.99
26609517--26609614	42	2.3	42	82	5	126	30	23	19	26	1.98
26612809--26614117	44	28.8	44	70	11	361	33	16	18	31	1.93
26612976--26613148	95	1.8	96	91	1	285	34	16	17	31	1.92
26612943--26613195	140	1.8	138	82	4	328	33	17	18	31	1.94
26613071--26614123	88	11.5	89	70	9	476	34	17	18	30	1.93
26612849--26613284	228	1.9	226	81	4	527	33	16	18	32	1.93
26613071--26613417	177	2.0	177	83	2	437	34	16	17	31	1.92
26612812--26613700	133	6.6	134	73	7	521	33	16	18	31	1.93
26613381--26613556	96	1.8	95	82	3	228	33	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26613381--26613576	96	2.0	96	79	3	207	34	16	18	29	1.94
26613758--26613890	51	2.6	51	78	0	149	36	18	15	30	1.92
26613898--26614083	95	2.0	95	84	2	248	32	16	19	31	1.95
26613806--26614112	139	2.2	139	84	2	400	33	16	18	31	1.93
26613858--26614172	44	7.0	44	77	6	236	32	16	20	30	1.95
26615556--26615616	3	19.7	3	80	15	63	29	1	3	65	1.18
26618923--26619188	137	1.9	137	83	1	336	33	13	16	37	1.87
26628677--26628723	13	3.7	13	77	5	51	55	0	2	42	1.12
26629398--26629436	16	2.5	15	87	4	51	51	2	0	46	1.14
26632489--26632519	12	2.6	12	100	0	62	0	29	0	70	0.87
26634050--26634080	13	2.5	13	94	5	55	29	0	0	70	0.87
26636221--26636659	62	7.1	62	84	3	546	21	26	27	25	1.99
26638553--26638591	11	3.5	11	82	6	51	43	5	2	48	1.38
26639580--26639632	27	2.0	27	96	0	97	35	24	11	28	1.90
26643067--26643148	25	3.3	25	87	0	119	30	19	19	30	1.96
26643071--26643176	50	2.1	50	84	6	135	31	21	18	28	1.97
26648332--26648489	54	2.9	54	79	5	151	20	24	15	39	1.91
26648333--26648464	27	4.9	27	77	0	102	18	25	16	39	1.91
26658430--26658516	6	14.3	6	83	11	115	49	16	16	18	1.80
26658641--26658742	27	3.8	26	84	5	123	37	20	23	18	1.94
26658901--26658964	22	2.9	22	73	13	60	37	23	18	20	1.94
26659391--26659986	27	22.3	27	83	2	578	25	19	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26659396--26659932	80	6.7	81	86	2	710	24	20	18	36	1.94
26659420--26659995	53	10.8	53	82	6	186	25	18	18	37	1.93
26659810--26660148	81	4.2	82	80	6	273	28	11	19	40	1.86
26659915--26660161	54	4.6	54	88	1	334	31	8	19	39	1.82
26659915--26660150	27	8.7	27	83	0	301	30	8	19	41	1.81
26663393--26663447	28	2.0	28	85	0	74	27	23	10	38	1.88
26663430--26663507	28	2.9	27	79	5	86	33	23	14	29	1.93
26663456--26663512	28	2.0	28	89	0	87	31	22	14	31	1.93
26665301--26665325	10	2.5	10	100	0	50	12	32	0	56	1.36
26667596--26667628	17	1.9	17	88	11	50	9	24	0	66	1.20
26668530--26668554	11	2.3	11	100	0	50	60	16	0	24	1.36
26670021--26670139	62	1.9	62	85	0	166	21	22	28	26	1.99
26670548--26670607	17	3.2	19	79	13	70	35	8	20	36	1.82
26675892--26676092	40	5.1	39	89	5	273	23	23	28	23	2.00
26675888--26676074	79	2.4	79	90	3	288	24	23	28	24	2.00
26683916--26684101	40	4.7	40	89	5	281	24	23	28	24	2.00
26683916--26684101	79	2.4	78	87	6	268	24	23	28	24	2.00
26687530--26687583	8	6.9	8	76	16	51	85	0	9	5	0.75
26687527--26687584	12	4.9	11	78	19	55	86	0	8	5	0.71
26688488--26688802	44	7.1	45	70	10	211	32	18	23	26	1.97
26688488--26688807	132	2.4	132	88	1	451	31	18	23	26	1.97
26689436--26689492	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26689436--26689525	36	2.3	38	88	9	130	36	10	15	37	1.81
26689436--26689516	19	4.3	19	90	9	130	38	9	16	35	1.81
26700804--26700968	28	5.9	29	84	5	171	26	22	15	35	1.94
26700804--26700968	56	2.9	56	84	3	190	26	22	15	35	1.94
26700849--26700977	28	4.6	28	89	3	179	27	21	11	38	1.88
26705218--26705883	47	14.1	47	93	1	1100	32	9	29	28	1.88
26705218--26705883	190	3.5	190	94	1	1144	32	9	29	28	1.88
26706002--26706080	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
26707635--26707739	43	2.5	43	80	10	117	24	17	25	32	1.97
26716832--26717009	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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