Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  333  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107113500--107113574
30
2.6
28
79
8
78
62
6
1
29
1.29
107113529--107113615
40
2.2
40
81
4
95
67
4
1
26
1.17
107113630--107113674
23
2.0
23
90
0
72
62
0
2
35
1.08
107114418--107114463
23
2.0
23
87
8
67
54
2
0
43
1.12
107118010--107118060
25
2.0
25
100
0
102
43
7
15
33
1.76
107127664--107127691
6
4.7
6
100
0
56
85
0
0
14
0.59
107151054--107151248
38
5.0
38
83
6
214
22
21
25
31
1.98
107151083--107151242
76
2.1
78
89
4
245
21
20
25
32
1.97
107153660--107153699
15
2.6
15
88
11
55
75
2
2
20
1.04
107159506--107159661
27
5.8
27
81
11
178
35
22
23
18
1.96
107159524--107159661
54
2.6
54
91
2
233
35
23
23
17
1.95
107161286--107161393
26
4.2
26
96
0
198
37
26
5
30
1.79
107165075--107165142
24
2.8
24
95
0
127
44
20
19
16
1.87
107169043--107169100
19
3.0
20
73
14
66
37
17
8
36
1.80
107169124--107169160
20
1.9
19
89
10
58
45
13
2
37
1.58
107169496--107169609
60
1.9
60
87
0
165
48
6
3
42
1.45
107174742--107174776
2
17.5
2
87
0
52
42
0
5
51
1.25
107174744--107174776
12
2.8
12
100
0
66
42
0
6
51
1.26
107175909--107175952
19
2.4
19
80
3
54
61
2
4
31
1.28
107176597--107176631
15
2.3
15
100
0
70
42
14
20
22
1.88
107180893--107180932
3
13.3
3
100
0
80
0
32
0
67
0.91
107180967--107181011
16
2.7
17
82
6
56
0
55
0
44
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107182004--107182093
45
2.0
45
100
0
180
28
11
22
37
1.88
107184939--107184971
11
3.3
10
88
12
50
57
0
0
42
0.98
107185546--107185681
35
3.7
39
76
11
135
33
11
22
33
1.90
107193119--107193250
35
3.6
38
80
9
150
33
24
11
31
1.90
107194264--107194414
18
7.9
18
71
17
90
42
12
8
36
1.74
107194533--107194657
53
2.4
53
91
0
196
40
20
20
18
1.91
107199382--107199441
31
2.0
30
83
9
77
43
0
13
43
1.43
107200923--107200966
24
1.9
22
86
9
61
34
11
9
45
1.72
107202483--107202527
22
2.1
21
84
12
56
53
2
0
44
1.13
107206186--107206220
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
107206330--107206364
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
107206526--107206620
45
2.1
45
88
1
138
32
27
5
34
1.79
107206599--107206631
16
2.1
16
94
0
57
30
36
0
33
1.58
107206612--107206654
21
2.0
21
95
0
77
34
37
0
27
1.57
107215634--107215683
24
2.1
24
84
0
64
66
2
2
30
1.14
107216881--107216986
52
2.0
52
96
0
194
39
12
10
37
1.77
107218378--107218428
20
2.5
21
75
12
52
49
1
7
41
1.43
107220962--107221052
46
2.0
46
91
0
146
48
6
1
43
1.36
107222671--107222726
21
2.6
22
88
5
80
30
35
7
26
1.83
107228351--107228402
22
2.2
24
83
16
65
57
5
1
34
1.33
107234244--107234280
19
1.9
19
88
0
56
37
5
0
56
1.22
107246157--107246457
18
16.3
18
71
11
153
37
15
11
35
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107246142--107246445
36
8.2
36
70
11
186
38
15
11
34
1.83
107246256--107246303
19
2.6
19
80
6
55
47
12
6
33
1.66
107246157--107246420
54
4.7
55
73
10
180
37
15
10
35
1.83
107246237--107246457
90
2.4
90
80
7
259
38
15
10
35
1.82
107246615--107246723
45
2.4
45
90
0
164
44
18
18
19
1.88
107246835--107246872
16
2.4
16
86
8
51
34
10
0
55
1.34
107250734--107250777
20
2.1
21
88
12
65
43
4
0
52
1.22
107252536--107252773
49
4.8
49
76
7
246
29
26
18
25
1.98
107252549--107252774
100
2.3
98
83
6
269
30
26
18
24
1.98
107253744--107253785
22
1.9
22
85
9
59
73
2
9
14
1.18
107254343--107254400
16
3.5
17
79
9
57
37
1
1
58
1.18
107254410--107254458
17
3.0
16
79
11
55
32
2
10
55
1.45
107254530--107254563
18
1.9
17
88
5
50
32
8
0
58
1.29
107257197--107257294
53
1.9
53
83
10
132
30
5
5
59
1.41
107259690--107259744
20
2.8
20
80
0
65
45
14
0
40
1.45
107260732--107260778
21
2.2
21
77
7
51
53
6
2
38
1.39
107260829--107260913
29
2.8
30
75
10
84
40
15
9
35
1.79
107262737--107262803
25
2.6
26
76
9
66
25
7
7
59
1.51
107269823--107269978
41
3.8
41
96
0
276
29
20
22
27
1.98
107270192--107270254
33
1.9
32
90
3
99
25
9
25
39
1.86
107270198--107270271
33
2.3
33
80
2
87
28
8
25
37
1.84
107276985--107277140
41
3.8
41
97
0
285
29
21
22
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107277357--107277420
33
2.0
32
90
3
101
26
9
25
39
1.86
107277364--107277437
33
2.3
33
80
2
87
28
8
25
37
1.84
107288968--107288997
15
2.0
15
93
0
51
56
0
0
43
0.99
107289422--107289456
15
2.3
16
85
14
56
57
0
0
42
0.99
107290974--107290998
13
1.9
13
100
0
50
44
0
0
56
0.99
107292655--107292904
46
5.6
45
83
11
266
20
23
13
42
1.87
107292752--107292872
37
3.0
37
75
19
125
21
25
13
39
1.90
107292705--107292872
83
2.0
84
89
3
259
20
25
13
41
1.88
107293279--107293333
20
2.8
20
88
0
83
25
29
16
29
1.97
107293669--107293859
45
4.2
45
91
0
292
39
15
18
25
1.91
107301266--107301310
23
2.0
23
86
4
65
42
0
2
55
1.12
107312992--107313038
24
2.0
24
82
0
58
21
12
2
63
1.39
107313380--107313434
28
2.0
28
92
0
92
29
23
0
47
1.52
107313443--107313566
29
4.5
28
73
13
96
17
19
3
59
1.51
107322513--107322572
22
2.7
23
73
19
63
66
6
0
26
1.16
107322522--107322555
4
8.0
4
90
9
50
73
2
0
23
0.97
107323909--107323960
23
2.3
22
75
21
54
9
23
1
65
1.32
107323954--107323992
18
2.2
18
85
0
51
12
23
2
61
1.43
107326317--107326376
22
2.7
23
73
19
63
66
6
0
26
1.16
107326326--107326359
4
8.0
4
90
9
50
73
2
0
23
0.97
107330430--107330527
45
2.2
45
79
3
108
26
22
19
31
1.98
107330230--107331165
176
5.3
176
90
0
1428
30
22
19
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107330676--107330771
43
2.2
44
85
5
124
32
22
17
27
1.97
107330786--107330879
45
2.1
45
84
4
118
26
22
22
28
1.99
107332765--107332968
90
2.3
88
79
6
218
39
16
9
34
1.82
107332984--107333101
38
3.2
36
73
10
103
62
1
1
33
1.15
107333050--107333125
28
2.6
28
76
17
84
59
2
3
34
1.30
107333302--107333380
35
2.2
35
82
6
97
31
5
2
60
1.31
107333476--107333661
89
2.1
88
90
5
288
31
10
22
36
1.88
107335324--107335538
111
1.9
112
80
2
245
34
13
20
31
1.91
107342099--107342138
21
1.9
21
90
10
64
25
12
0
62
1.30
107356172--107356205
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
107359009--107359049
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
107360955--107360988
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
107379443--107379515
31
2.3
32
81
4
87
17
17
12
52
1.75
107379914--107379964
23
2.1
23
82
13
59
52
1
3
41
1.31
107381601--107381668
26
2.4
29
75
20
72
29
7
2
60
1.39
107382755--107382806
26
2.0
26
84
3
68
11
7
7
73
1.26
107383638--107383692
22
2.4
22
78
9
56
32
5
7
54
1.51
107385596--107386127
266
2.0
266
96
0
983
33
18
25
23
1.97
107406165--107406494
182
1.9
173
82
10
413
23
13
17
45
1.84
107408623--107408745
29
4.4
29
75
13
105
60
3
17
17
1.48
107408646--107408721
24
2.9
25
84
9
91
67
3
14
14
1.38
107408756--107408813
29
2.0
29
93
0
98
48
0
22
29
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107432696--107432747
26
2.2
23
86
13
70
53
13
19
13
1.72
107434196--107434701
44
11.6
43
66
13
205
35
21
23
19
1.95
107434188--107434718
87
6.1
88
84
3
686
35
20
22
20
1.96
107434204--107434724
173
3.0
173
87
3
737
35
21
23
19
1.96
107434183--107434718
260
2.1
261
87
2
767
35
20
22
20
1.96
107434788--107434956
88
1.9
88
84
2
223
28
21
21
28
1.98
107440375--107440594
3
73.0
3
68
12
76
56
2
10
30
1.46
107440759--107441071
3
105.3
3
65
11
90
57
3
9
29
1.47
107440743--107440791
24
2.1
24
81
7
57
67
6
8
18
1.37
107440762--107440835
20
3.8
20
75
8
64
58
6
8
27
1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356