genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774194--2774237	18	2.3	20	81	18	58	52	0	15	31	1.44
2781108--2781169	31	2.0	31	87	6	90	29	25	9	35	1.88
2781821--2781872	5	11.0	5	84	12	65	44	0	0	55	0.99
2781776--2781874	7	14.3	7	71	14	62	46	1	1	51	1.14
2783050--2783104	22	2.5	22	88	5	85	12	23	18	45	1.83
2784830--2784868	19	2.1	18	90	4	60	66	0	0	33	0.92
2784861--2784900	19	2.1	19	90	0	62	42	2	7	47	1.45
2798878--2798934	23	2.4	23	76	5	60	36	0	3	59	1.14
2801213--2801237	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2805602--2805670	31	2.3	30	78	9	77	50	4	8	36	1.53
2817751--2817791	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2821027--2821209	98	1.9	98	87	6	275	15	24	3	56	1.54
2822658--2822694	17	2.1	19	85	10	51	64	2	16	16	1.40
2833656--2833693	3	12.7	3	100	0	76	0	31	34	34	1.58
2840660--2840701	18	2.3	18	79	0	57	50	4	4	40	1.45
2846530--2846565	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
2851021--2851126	39	2.6	40	80	14	119	32	19	22	25	1.98
2851860--2851900	21	1.9	22	85	5	57	24	0	34	41	1.55
2852539--2852573	13	2.6	14	90	9	63	42	0	5	51	1.25
2856355--2856383	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
2856801--2856894	21	4.5	21	84	7	120	29	21	48	0	1.50
2856798--2856894	42	2.3	42	87	3	142	29	20	49	0	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2857257--2857405	43	3.5	42	83	7	147	25	28	20	26	1.99
2857281--2857410	43	3.0	43	86	2	172	27	27	19	25	1.99
2859104--2859147	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
2859108--2859150	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
2861752--2861806	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
2861983--2862204	3	71.0	3	70	16	98	59	5	3	31	1.39
2863047--2863115	35	2.0	35	100	0	138	20	11	50	17	1.76
2863717--2864219	148	3.4	146	83	6	598	32	20	15	31	1.94
2863717--2864214	74	6.7	74	81	5	540	32	20	15	31	1.94
2863721--2864218	224	2.2	223	82	4	592	32	20	15	31	1.94
2886532--2887228	231	3.0	231	98	0	1344	20	17	19	43	1.88
2889394--2889487	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
2889404--2889481	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
2894068--2894175	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
2894058--2894181	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
2898294--2898360	31	2.2	31	97	0	125	40	16	8	34	1.80
2901356--2901381	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2906715--2906744	15	2.0	15	100	0	60	20	13	0	66	1.24
2908634--2908680	18	2.6	19	73	10	53	42	0	0	57	0.98
2908689--2908713	10	2.5	10	100	0	50	16	0	8	76	1.02
2911263--2911306	18	2.4	18	76	0	52	34	13	38	13	1.84
2920548--2920593	16	2.9	16	84	12	60	86	0	13	0	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2924711--2924864	33	4.7	33	88	0	218	11	24	43	20	1.84
2925317--2925449	39	3.3	39	68	10	115	23	6	48	22	1.73
2925275--2925489	81	2.7	81	96	0	385	21	4	50	24	1.66
2925275--2925489	42	5.3	42	66	8	147	21	4	50	24	1.66
2925563--2925722	42	3.9	41	73	8	119	21	5	49	23	1.70
2925563--2925730	81	2.1	81	88	0	255	24	5	48	22	1.71
2925563--2925694	42	3.2	42	75	10	155	21	4	51	21	1.66
2925360--2925823	198	2.3	201	84	5	587	27	6	44	21	1.77
2925688--2926137	216	2.1	216	81	5	532	30	7	43	18	1.79
2926147--2926422	84	3.3	84	84	5	283	31	6	42	19	1.76
2926231--2926375	42	3.5	42	66	14	127	29	5	45	19	1.73
2926381--2926537	45	3.6	44	82	5	151	26	4	48	21	1.69
2926232--2926460	84	2.7	84	88	1	280	29	4	45	19	1.71
2926412--2926537	45	2.8	45	85	2	173	24	4	50	19	1.67
2926480--2926565	45	1.9	45	80	4	102	32	8	44	15	1.75
2928036--2928147	54	2.1	54	86	0	152	25	18	17	38	1.93
2928788--2929066	93	3.0	92	88	4	409	20	28	16	34	1.94
2929048--2929112	21	3.1	21	86	0	94	23	43	9	24	1.83
2939053--2939119	28	2.4	28	82	2	73	53	4	2	38	1.36
2939211--2939519	169	1.8	169	88	4	471	34	12	11	40	1.80
2942227--2942259	13	2.6	13	90	4	50	66	0	3	30	1.06
2944483--2944521	12	3.2	13	82	10	55	20	0	2	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2944960--2944991	6	5.2	6	92	7	55	78	0	0	21	0.76
2945196--2945282	45	1.9	44	82	13	106	65	2	1	31	1.12
2945280--2945326	21	2.2	22	84	3	60	55	6	2	36	1.37
2946942--2947017	40	1.9	40	91	2	127	72	9	0	18	1.10
2947821--2947852	13	2.5	13	94	0	55	75	3	6	15	1.14
2949132--2949179	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
2949814--2949854	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
2950756--2950787	12	2.8	11	90	9	55	31	0	0	68	0.90
2950768--2950827	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
2953950--2954022	36	2.0	36	100	0	146	38	13	10	36	1.80
2954485--2954525	13	3.2	13	89	6	57	53	7	9	29	1.60
2955016--2955076	21	2.8	22	76	11	63	21	9	6	62	1.49
2963548--2963582	17	2.1	17	100	0	70	45	5	0	48	1.26
2964499--2964568	9	7.8	9	93	0	104	40	28	8	22	1.84
2965130--2965169	21	1.9	21	90	10	64	45	10	5	40	1.60
2976615--2976686	22	3.1	23	74	9	74	52	0	2	44	1.15
2981413--2981459	21	2.2	21	96	0	85	27	12	14	44	1.82
2982814--2982872	28	2.1	28	83	3	73	42	1	8	47	1.44
2984078--2984131	24	2.3	23	84	6	72	57	11	1	29	1.44
2984618--2984679	33	1.9	32	83	3	79	53	3	3	40	1.33
2998795--2998844	23	2.2	23	81	0	55	38	10	12	40	1.76
3000916--3000992	28	2.8	26	82	3	64	28	24	10	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3000930--3001029	28	3.5	28	77	1	92	30	28	13	29	1.94
3005973--3006183	28	7.4	28	67	9	140	29	34	19	16	1.94
3005951--3006311	57	6.1	57	87	7	497	29	36	18	16	1.92
3005997--3006212	29	7.6	29	72	3	186	29	37	18	15	1.91
3008232--3008301	28	2.5	28	81	9	97	28	24	8	38	1.85
3011483--3011552	34	2.1	34	97	0	131	38	5	15	40	1.71
3016482--3016561	21	3.8	21	81	0	88	21	58	10	10	1.59
3020707--3020771	29	2.2	30	83	2	78	41	0	9	49	1.35
3023213--3023250	21	1.9	19	85	15	51	39	21	31	7	1.82
3027571--3027670	50	2.0	50	100	0	200	50	20	2	28	1.59
3033325--3033383	26	2.3	26	79	5	66	64	3	8	23	1.37
3043501--3043581	4	20.2	4	82	5	83	23	4	24	46	1.72
3045372--3045409	20	1.9	20	84	10	51	39	0	5	55	1.23
3045378--3045430	27	2.0	26	85	3	70	47	0	1	50	1.12
3047627--3047748	46	2.6	46	87	3	165	29	13	11	45	1.79
3047911--3047941	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
3048154--3048224	11	6.5	11	72	6	54	67	5	7	19	1.35
3049341--3049514	46	3.8	46	94	0	285	24	31	9	35	1.87
3049542--3049641	47	2.1	47	88	3	148	26	24	10	40	1.86
3053285--3053322	17	2.3	16	90	4	58	39	0	0	60	0.97
3078615--3078639	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
3092978--3093060	30	2.7	30	86	3	103	54	6	7	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3093037--3093091	28	2.0	27	89	3	83	63	3	1	30	1.22
3100664--3100716	18	2.8	20	82	8	65	43	1	1	52	1.23
3102693--3102731	20	2.0	20	84	0	51	38	10	12	38	1.78
3126880--3126916	16	2.2	17	90	4	58	75	0	0	24	0.80
3127290--3127339	21	2.5	20	84	12	59	44	0	2	54	1.11
3128283--3128312	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
3128290--3128328	19	2.0	20	90	5	62	35	0	0	64	0.94
3139609--3139642	18	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
3140229--3140262	7	4.9	7	88	0	50	55	26	0	17	1.42
3140740--3140780	21	2.0	21	85	9	57	46	29	4	19	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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