genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57250484--57250786	96	3.2	95	85	2	383	35	28	17	18	1.94
57250496--57250786	144	2.0	144	86	1	404	35	27	17	18	1.94
57253497--57253762	96	2.8	96	84	5	339	25	27	18	28	1.98
57253445--57253769	48	6.9	47	71	12	193	25	26	18	29	1.98
57263407--57263440	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
57274245--57274361	59	2.0	59	96	0	216	12	36	11	38	1.81
57277898--57277931	17	2.1	17	88	5	52	20	14	5	58	1.57
57279341--57279419	40	2.0	40	85	5	106	34	32	17	15	1.91
57284673--57284849	72	2.5	73	80	3	189	32	25	16	24	1.96
57291566--57291767	72	2.8	72	82	6	225	27	26	19	26	1.99
57293866--57293890	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
57300488--57300806	96	3.3	96	86	1	424	27	27	17	27	1.98
57300480--57300809	144	2.3	145	79	4	362	27	27	18	26	1.98
57300484--57300810	48	6.8	48	75	6	295	26	27	18	27	1.98
57308694--57308791	27	3.6	27	76	0	97	38	21	7	32	1.81
57308784--57308917	27	5.0	27	87	0	187	35	17	22	25	1.95
57308897--57308960	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
57309224--57309441	96	2.2	98	84	1	287	20	16	25	36	1.94
57309638--57309731	6	15.3	6	72	16	77	17	19	14	48	1.81
57309638--57309710	31	2.4	31	92	0	119	16	20	15	47	1.82
57311785--57311923	27	5.2	27	83	5	174	36	15	20	27	1.93
57311785--57311921	53	2.6	53	86	4	179	36	15	21	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57312291--57312331	20	2.0	20	95	0	73	14	12	29	43	1.82
57312628--57312721	6	15.3	6	68	16	59	18	20	13	47	1.82
57312628--57312700	31	2.4	31	92	0	119	17	21	13	46	1.83
57313694--57314016	48	6.7	47	83	4	360	34	26	17	21	1.95
57313694--57314011	96	3.3	96	86	1	433	34	26	17	21	1.95
57313694--57314016	144	2.2	144	85	3	454	34	26	17	21	1.95
57316137--57316190	21	2.6	21	69	0	54	18	25	20	35	1.95
57322897--57323067	46	3.7	46	77	13	197	30	27	19	22	1.98
57322902--57323072	93	1.8	93	94	0	306	29	28	20	21	1.98
57323490--57323549	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
57331010--57331069	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
57336003--57336133	47	2.7	49	78	5	142	25	29	16	29	1.96
57336106--57336314	46	4.5	46	77	7	167	21	28	21	29	1.98
57336147--57336317	94	1.8	92	86	7	247	21	28	21	28	1.99
57339918--57339963	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
57340344--57340465	46	2.7	46	92	0	190	41	24	9	24	1.83
57341416--57341475	31	1.9	32	86	3	86	50	16	5	28	1.66
57343012--57343051	15	2.7	15	92	0	62	42	12	15	30	1.83
57346661--57346696	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
57346724--57346786	31	2.0	31	93	0	108	55	4	23	15	1.59
57359008--57359059	18	2.9	18	85	0	77	32	15	23	28	1.95
57364421--57364604	72	2.6	72	85	3	228	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57373076--57373136	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
57373847--57374028	67	2.7	66	81	6	172	31	15	30	23	1.95
57379351--57379379	15	1.9	15	100	0	58	48	6	17	27	1.72
57382549--57382609	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57387866--57387947	26	3.2	26	94	0	137	36	23	7	32	1.82
57389370--57389408	21	1.9	20	84	5	51	20	28	12	38	1.89
57390879--57391118	43	5.6	43	93	0	417	30	32	25	11	1.91
57391116--57391218	38	2.7	38	90	0	152	29	26	23	21	1.99
57394420--57394522	48	2.1	48	82	7	120	18	30	21	30	1.97
57396057--57396296	43	5.6	43	88	0	363	30	30	25	12	1.93
57396289--57396412	38	3.2	38	84	2	131	28	25	22	23	1.99
57397182--57397220	20	2.0	20	85	10	53	41	12	23	23	1.88
57399156--57399211	27	2.1	27	100	0	112	33	17	21	26	1.96
57399183--57399422	46	5.2	46	92	1	347	38	15	23	22	1.92
57402950--57403135	54	3.5	53	80	7	207	43	8	22	25	1.81
57402934--57403144	80	2.6	79	76	12	216	43	9	21	26	1.82
57402950--57403140	27	7.1	27	81	5	181	43	8	21	25	1.81
57404544--57404698	42	3.7	42	81	5	170	27	23	17	30	1.97
57415180--57415292	42	2.7	41	80	2	118	31	23	14	30	1.94
57419317--57419403	27	3.2	27	90	0	111	26	20	9	43	1.82
57419440--57419543	26	3.9	27	77	14	99	40	19	7	32	1.80
57440155--57440234	21	3.8	21	66	3	61	22	25	32	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57447920--57447950	9	3.3	9	95	4	53	70	0	0	29	0.87
57449434--57449462	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
57451164--57451218	23	2.3	24	84	3	67	49	0	1	49	1.11
57451695--57451739	7	6.4	7	90	7	65	73	0	0	26	0.84
57455468--57455499	17	1.9	17	93	6	57	43	0	37	18	1.51
57457372--57457426	20	2.8	21	88	5	71	43	18	29	9	1.80
57467144--57467189	18	2.6	18	93	3	76	34	13	23	28	1.92
57471989--57472087	28	3.5	28	88	0	144	26	34	15	24	1.94
57472310--57472340	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
57472599--57472638	21	1.9	21	84	0	53	37	25	7	30	1.83
57487967--57488097	40	3.3	40	86	2	192	23	19	28	28	1.99
57487967--57488134	40	4.2	38	80	9	158	24	20	27	27	1.99
57508242--57508372	40	3.3	40	85	2	183	25	20	25	28	1.99
57508242--57508409	40	4.2	38	75	12	115	25	20	26	27	1.99
57512760--57512796	17	2.2	17	100	0	74	48	27	0	24	1.51
57514257--57514286	14	2.1	15	93	6	53	56	0	43	0	0.99
57514398--57514430	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
57522623--57522869	42	5.7	42	80	10	230	28	17	25	28	1.97
57527629--57527780	40	3.9	39	81	7	191	25	23	27	24	2.00
57529421--57529499	37	2.1	37	88	0	113	25	31	18	24	1.98
57529618--57529879	47	5.6	47	93	0	427	28	30	8	32	1.87
57530103--57530244	40	3.6	40	79	9	139	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57536688--57536911	39	5.7	40	83	8	248	26	22	25	25	2.00
57536688--57536911	79	2.8	80	82	9	260	26	22	25	25	2.00
57536769--57536930	40	4.1	40	80	11	115	26	22	27	23	2.00
57536762--57536944	79	2.3	79	80	8	187	27	21	25	24	1.99
57544602--57544825	40	5.6	39	84	6	242	25	21	27	25	1.99
57544602--57544825	79	2.8	81	82	9	273	25	21	27	25	1.99
57544695--57544858	79	2.1	79	82	8	192	26	20	27	25	1.99
57551528--57551626	48	2.1	48	92	0	162	34	18	10	37	1.84
57568701--57568810	19	5.9	18	68	19	66	50	3	2	43	1.34
57573587--57573612	9	2.9	9	100	0	52	34	0	34	30	1.58
57578312--57578370	29	2.0	31	80	12	70	37	0	16	45	1.48
57580040--57580108	26	2.6	27	83	4	77	24	13	30	31	1.93
57582544--57582592	17	3.1	17	75	19	52	40	0	22	36	1.54
57585792--57585883	48	1.9	48	86	4	132	14	20	15	50	1.78
57596681--57596753	24	3.0	25	84	5	80	38	0	1	60	1.06
57600961--57601237	138	2.0	138	99	0	545	28	15	19	36	1.92
57622115--57622293	27	6.6	27	82	3	189	27	15	27	29	1.96
57622117--57622272	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
57622113--57622293	82	2.2	81	80	2	211	27	15	27	29	1.96
57630892--57630933	19	2.2	19	91	0	66	69	2	0	28	1.01
57630899--57630947	10	5.0	10	82	5	55	63	2	2	32	1.17
57635923--57635955	17	1.9	17	93	0	57	18	3	0	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57636396--57637089	128	5.5	126	82	4	680	27	15	18	37	1.92
57636387--57636995	257	2.4	257	82	5	723	28	15	18	37	1.92
57638890--57638937	10	4.8	10	81	0	60	35	18	41	4	1.70
57638894--57638937	20	2.2	20	100	0	88	34	20	40	4	1.73
57648231--57648357	64	2.0	64	95	3	229	30	17	15	36	1.91
57648464--57649110	134	4.9	134	75	11	502	29	19	21	28	1.98
57648728--57649110	89	4.4	88	78	10	435	28	20	21	30	1.98
57648858--57648990	45	3.0	45	85	6	189	30	18	24	26	1.97
57648728--57649109	172	2.2	174	81	11	485	28	20	21	29	1.98
57649620--57650062	132	3.4	131	83	3	491	33	17	20	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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