genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16072748--16072786	12	3.0	13	88	11	53	69	0	2	28	1.02
16080934--16080963	9	3.3	9	100	0	60	50	10	20	20	1.76
16091108--16091389	9	28.9	9	64	18	52	59	3	2	34	1.28
16091108--16091391	28	9.7	29	66	18	79	59	3	2	34	1.28
16091912--16092119	10	22.0	9	68	20	72	34	1	4	59	1.30
16091912--16092005	19	4.9	19	75	10	93	32	1	4	61	1.22
16091920--16091990	37	1.9	37	85	0	97	33	1	2	61	1.19
16091912--16092024	30	3.9	29	74	13	99	33	1	4	60	1.27
16094893--16094945	21	2.5	21	90	6	81	30	35	9	24	1.87
16096610--16096657	21	2.3	21	78	7	53	29	8	2	60	1.37
16097621--16097916	146	2.0	146	85	5	402	32	17	11	38	1.85
16098017--16098046	14	2.2	14	94	5	53	70	6	3	20	1.25
16100923--16100969	18	2.5	18	82	6	58	59	2	2	36	1.21
16101480--16101538	20	3.1	19	71	11	57	66	0	0	33	0.92
16101479--16101551	31	2.4	30	82	8	85	67	0	1	31	1.00
16101633--16101698	21	3.2	21	74	20	75	22	6	6	65	1.38
16101608--16101700	41	2.3	41	87	3	127	21	5	6	66	1.35
16101679--16101749	9	7.7	9	72	17	56	32	1	1	64	1.11
16101684--16101749	28	2.4	28	78	12	73	34	0	1	63	1.04
16101849--16101996	78	1.9	80	84	2	201	37	7	8	46	1.62
16102551--16102584	16	2.2	16	89	5	52	58	0	5	35	1.22
16103304--16103333	8	3.6	8	95	4	51	33	10	0	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16103478--16103527	22	2.3	22	89	0	73	70	2	0	28	0.99
16106986--16107010	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16108881--16108924	22	2.0	22	95	0	79	56	2	4	36	1.32
16109923--16109968	18	2.5	18	85	3	56	26	4	4	65	1.30
16114047--16114112	6	10.8	6	98	1	123	81	1	0	16	0.76
16119962--16120028	14	4.9	14	68	24	54	40	11	1	46	1.50
16119954--16120036	41	2.0	41	100	0	166	39	12	2	45	1.54
16120211--16120348	69	2.0	69	95	0	249	31	18	12	37	1.88
16121111--16121152	14	3.0	14	89	6	59	26	0	2	71	0.98
16125774--16125959	80	2.3	81	84	3	234	24	22	27	25	2.00
16125775--16125959	40	4.6	40	82	7	189	24	22	27	25	2.00
16125775--16125982	80	2.6	80	80	3	233	25	22	27	25	2.00
16126838--16126864	13	2.1	13	100	0	54	44	33	14	7	1.73
16126867--16126918	7	7.3	7	78	4	59	17	17	13	51	1.76
16127164--16127268	37	2.9	37	85	1	140	33	3	13	49	1.60
16127268--16127360	9	10.4	9	85	2	134	32	9	23	34	1.87
16127519--16127543	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
16134619--16134804	40	4.7	40	81	2	178	24	22	26	26	2.00
16134623--16134804	80	2.3	81	81	3	208	25	21	26	26	1.99
16134623--16134827	80	2.6	80	79	5	193	26	20	26	25	1.99
16140229--16140456	46	5.0	46	90	1	323	21	22	14	42	1.88
16141272--16141386	51	2.3	51	90	0	185	25	20	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16142792--16142837	24	1.9	24	86	0	65	54	4	4	36	1.40
16143540--16143678	62	2.3	57	82	7	161	50	5	0	44	1.24
16146797--16146836	21	1.9	21	94	0	71	77	10	7	5	1.11
16149195--16149233	14	2.8	14	80	0	51	38	25	7	28	1.83
16150235--16150262	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
16151787--16151967	40	4.5	40	88	4	258	24	19	28	27	1.99
16151787--16151991	40	5.1	40	85	3	135	25	20	26	27	1.99
16155997--16156037	14	2.9	14	88	0	64	39	29	7	24	1.82
16158032--16158072	15	2.8	15	88	3	66	73	0	0	26	0.84
16158083--16158158	14	5.1	14	76	10	64	61	1	3	32	1.22
16159019--16159077	25	2.4	25	97	0	109	0	22	18	59	1.38
16159652--16160416	44	17.3	44	78	6	218	29	26	14	29	1.95
16159740--16159853	45	2.5	45	81	0	147	27	22	15	34	1.95
16159830--16160416	132	4.4	131	84	3	653	29	27	14	28	1.95
16159905--16160423	44	11.8	45	84	4	614	28	26	15	28	1.96
16172462--16172617	71	2.3	66	82	7	177	51	14	5	27	1.65
16173030--16173070	15	2.8	15	81	3	57	70	2	0	26	0.99
16173081--16173151	14	5.1	14	75	11	65	61	1	4	32	1.23
16179431--16179460	15	2.0	15	93	0	51	23	3	0	73	0.98
16183174--16183208	18	1.9	18	88	11	54	62	5	0	31	1.18
16183184--16183230	24	2.0	24	86	0	67	57	4	2	36	1.30
16183212--16183245	17	2.0	17	88	0	50	70	2	2	23	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16183171--16183290	40	2.9	41	77	14	113	64	3	2	30	1.23
16196677--16196770	22	4.3	22	88	0	125	31	23	32	11	1.91
16196757--16196803	21	2.2	21	85	7	60	25	23	31	19	1.98
16198096--16198125	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
16213731--16213788	28	2.1	28	86	0	80	27	17	20	34	1.95
16218112--16218145	18	1.9	17	88	5	50	44	14	8	32	1.76
16220848--16220893	19	2.3	21	85	10	62	56	10	2	30	1.46
16233977--16234169	56	3.4	56	87	1	280	28	12	23	35	1.92
16233977--16234200	112	2.0	112	83	5	283	27	12	24	35	1.92
16241013--16241203	56	3.4	56	90	2	303	28	13	24	34	1.92
16241011--16241234	56	4.0	56	86	2	218	26	13	25	34	1.93
16241196--16241303	38	2.7	41	78	14	125	25	18	27	27	1.98
16241228--16241306	38	2.1	38	95	4	142	25	17	26	30	1.97
16250695--16250748	26	2.0	26	82	10	65	62	0	9	27	1.25
16250917--16250990	21	3.3	21	76	14	60	58	0	6	35	1.25
16250899--16250973	28	2.6	28	77	10	73	64	0	4	32	1.12
16250935--16250973	19	1.9	19	85	10	51	61	0	0	38	0.96
16251268--16251389	3	39.3	3	67	21	56	61	1	4	32	1.25
16251223--16251385	30	5.5	29	70	17	104	60	3	3	32	1.29
16251320--16251382	7	8.9	7	77	16	58	61	1	1	34	1.15
16251335--16251468	18	7.2	19	67	20	70	64	2	2	31	1.18
16253014--16253568	206	2.7	206	91	1	882	27	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16259853--16260115	40	6.6	40	88	3	316	26	27	20	24	1.99
16260047--16260124	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
16275563--16275636	21	3.3	21	76	14	60	58	0	6	35	1.25
16275545--16275619	28	2.6	28	77	10	73	64	0	4	32	1.12
16275581--16275619	19	1.9	19	85	10	51	61	0	0	38	0.96
16275930--16276051	3	39.3	3	67	21	56	61	1	4	32	1.25
16275824--16276047	30	7.5	29	68	22	117	61	3	4	31	1.30
16275982--16276044	7	8.9	7	77	16	58	61	1	1	34	1.15
16275997--16276051	21	2.8	19	82	12	67	65	0	0	34	0.93
16277545--16277596	27	1.9	27	100	0	104	34	36	3	25	1.74
16284186--16284242	18	3.2	18	80	9	71	38	19	21	21	1.93
16284495--16284550	23	2.4	22	82	14	60	39	19	16	25	1.91
16284585--16284672	27	3.3	26	74	6	70	22	17	17	43	1.88
16284652--16284714	27	2.4	24	73	21	63	34	12	19	33	1.89
16284667--16284718	27	1.9	27	96	0	95	38	13	15	32	1.86
16284667--16284731	27	2.4	27	89	0	94	36	13	13	35	1.85
16284744--16285243	27	18.4	27	86	3	608	38	15	14	31	1.88
16284744--16285243	82	6.1	81	85	3	653	38	15	14	31	1.88
16284744--16285243	109	4.6	108	85	3	653	38	15	14	31	1.88
16288332--16288361	15	1.9	16	93	6	53	60	3	10	26	1.45
16288338--16288389	22	2.4	22	96	0	95	67	1	7	23	1.27
16293279--16293305	6	4.5	6	100	0	54	0	70	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16294824--16294854	12	2.6	12	100	0	62	6	16	0	77	0.97
16295667--16295821	52	3.0	51	81	7	186	25	17	29	28	1.97
16304971--16305096	46	2.7	45	79	8	130	21	17	30	30	1.96
16309059--16309101	19	2.2	20	95	4	79	55	4	4	34	1.41
16309085--16309122	14	2.7	15	92	8	62	42	5	2	50	1.39
16310049--16310095	16	3.1	15	81	12	51	38	2	2	57	1.23
16310209--16310297	32	2.7	33	81	11	85	43	8	2	44	1.48
16315787--16315911	50	2.5	51	88	5	182	37	15	21	25	1.92
16315891--16316131	31	7.8	31	89	4	344	26	17	28	27	1.97
16315891--16316131	93	2.6	92	92	0	392	26	17	28	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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