genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  3  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909055--909110	24	2.5	22	77	8	60	57	3	1	37	1.27
913563--913601	18	2.2	18	90	0	60	48	33	17	0	1.48
913564--913605	21	2.0	21	95	0	75	50	33	16	0	1.46
921283--921361	30	2.7	30	77	11	83	29	6	2	62	1.33
928836--928888	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
937272--937328	18	3.2	18	89	0	87	29	22	15	31	1.95
942983--943063	40	2.0	40	92	0	135	27	9	18	44	1.81
944616--944702	28	2.9	29	80	13	97	37	20	3	37	1.70
944905--944941	16	2.3	16	95	0	65	67	13	5	13	1.39
945151--945192	20	2.1	20	86	0	57	4	11	7	76	1.15
950164--950188	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
951551--951598	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
953273--953365	42	2.2	42	84	5	116	19	12	35	32	1.90
954739--954784	19	2.5	19	89	3	76	54	8	4	32	1.51
955634--955683	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
956125--956221	27	3.6	27	72	22	80	17	3	38	41	1.65
956310--956349	13	3.2	13	80	19	50	50	0	25	25	1.50
960865--960912	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
962297--962382	19	4.6	17	71	21	57	60	1	2	36	1.17
964082--964124	18	2.4	18	84	7	52	44	0	2	53	1.13
965327--965356	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
966001--966141	59	2.4	60	95	1	257	31	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
967799--967879	30	2.7	29	86	7	108	27	45	6	20	1.75
968031--968158	23	5.5	23	71	12	84	35	6	3	55	1.41
968096--968236	25	5.9	24	76	7	108	33	7	4	54	1.49
968108--968207	46	2.2	44	79	15	105	34	5	5	56	1.43
968217--968275	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
975577--975633	27	2.1	27	86	3	78	57	5	5	31	1.43
976409--976466	23	2.6	23	86	10	77	58	0	8	32	1.28
979385--979442	18	3.2	19	71	9	50	20	3	6	68	1.27
979747--979826	41	2.0	41	94	0	142	38	26	3	31	1.74
982979--983016	18	2.1	18	100	0	76	10	21	23	44	1.83
983632--983689	24	2.5	22	78	13	64	65	5	3	25	1.29
988114--988159	20	2.3	20	84	0	56	45	4	0	50	1.21
988125--988162	20	1.9	20	94	0	67	42	5	0	52	1.24
988456--988490	17	2.0	18	88	5	54	37	2	0	60	1.12
992084--992143	30	2.0	30	81	18	72	53	5	5	36	1.45
997673--998257	174	3.3	171	82	7	665	27	13	22	37	1.91
998898--998950	26	2.0	26	96	0	97	16	11	20	50	1.76
999868--999936	30	2.3	30	87	0	93	28	44	5	20	1.74
1000386--1000448	31	2.0	31	100	0	126	6	44	0	49	1.28
1004948--1004996	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
1006506--1006571	23	3.0	23	80	6	91	15	19	24	40	1.90
1010475--1011748	72	17.0	75	82	7	1293	31	16	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1010475--1011711	366	3.3	366	87	5	1533	31	16	18	32	1.94
1010524--1011516	515	1.9	511	86	5	1419	32	16	18	33	1.93
1011211--1011716	78	6.6	81	83	6	248	31	17	19	31	1.95
1011727--1011762	14	2.6	14	86	4	56	30	13	5	50	1.65
1011749--1011859	53	2.1	53	93	0	186	28	14	16	40	1.87
1011828--1011889	30	2.1	30	93	0	106	19	11	29	40	1.86
1011775--1011930	84	1.9	84	91	1	260	27	12	21	37	1.90
1012787--1012816	12	2.5	12	100	0	60	30	60	0	10	1.30
1012759--1012846	42	2.1	42	89	0	131	29	48	4	17	1.66
1012799--1012869	30	2.4	30	92	0	124	25	49	5	19	1.70
1012811--1012870	18	3.7	17	69	26	58	23	48	6	21	1.74
1016076--1016139	30	2.1	30	94	0	110	17	6	48	28	1.71
1019802--1019855	24	2.2	24	87	6	74	62	9	0	27	1.25
1040491--1040530	16	2.3	18	87	8	57	27	2	5	65	1.27
1042242--1042283	18	2.3	19	80	16	52	38	0	4	57	1.20
1042129--1042437	152	2.0	155	84	3	410	41	6	7	45	1.57
1042149--1042572	156	2.7	152	78	8	392	39	7	7	45	1.60
1044692--1044725	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1047525--1047565	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1049471--1049504	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1055119--1055164	23	2.0	23	100	0	92	13	8	26	52	1.69
1056739--1056788	25	2.0	25	100	0	100	36	16	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1062260--1062317	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1062529--1062560	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1062655--1062896	50	4.7	50	84	4	288	26	24	28	19	1.99
1062655--1062904	100	2.4	103	87	6	355	26	24	28	20	1.99
1063670--1063742	36	2.0	36	100	0	146	46	0	16	36	1.47
1065661--1065783	56	2.2	56	98	1	239	51	3	4	41	1.37
1066003--1066041	19	2.0	20	85	5	53	61	0	0	38	0.96
1070662--1070710	8	6.4	8	73	17	50	51	0	2	46	1.12
1070652--1070700	21	2.3	22	85	3	64	55	0	2	42	1.11
1071235--1071280	20	2.3	20	96	0	83	36	30	15	17	1.91
1076660--1076684	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1079220--1079488	46	5.8	47	89	2	348	20	24	15	39	1.91
1086333--1086560	46	5.0	46	90	1	314	39	14	24	22	1.91
1086821--1086866	23	2.0	24	82	4	58	52	4	15	28	1.61
1087468--1087527	27	2.4	27	83	10	74	30	25	1	43	1.64
1087547--1087585	18	2.1	18	85	9	51	38	23	0	38	1.55
1088050--1088122	5	14.8	5	69	13	53	57	0	2	39	1.13
1088056--1088121	18	3.6	18	77	4	60	57	0	3	39	1.14
1088050--1088123	37	2.0	38	83	2	96	56	0	2	40	1.13
1091103--1091162	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
1091117--1091188	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
1095930--1096040	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1096767--1096863	42	2.3	43	87	7	146	7	26	7	58	1.51
1100524--1100561	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
1102460--1102687	46	5.0	46	91	1	332	39	14	24	22	1.91
1110329--1110374	22	2.0	24	83	8	60	52	0	10	36	1.37
1113124--1113167	23	1.9	23	100	0	88	45	6	18	29	1.75
1114538--1114577	19	2.1	19	86	9	55	55	0	7	37	1.29
1118145--1118246	44	2.3	45	86	3	134	30	22	12	34	1.92
1118164--1118252	46	2.0	44	88	4	133	29	25	12	32	1.92
1119838--1119882	22	2.1	22	84	12	58	33	20	13	33	1.91
1120213--1120246	12	2.8	12	86	0	50	73	8	0	17	1.08
1123209--1123249	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1126178--1127083	454	2.0	454	98	0	1758	20	22	26	30	1.99
1127668--1127708	20	2.0	20	90	0	64	46	4	4	43	1.46
1128253--1128304	24	2.2	24	85	0	68	15	26	40	17	1.89
1129321--1129366	22	2.1	22	84	8	58	45	8	6	39	1.61
1129566--1129590	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
1129625--1129661	14	2.6	15	83	8	51	54	5	0	40	1.24
1132406--1132469	32	2.0	32	87	0	92	7	15	18	57	1.62
1132419--1132848	218	2.0	219	92	0	727	23	17	16	42	1.88
1132430--1132983	218	2.5	216	83	4	558	25	17	16	40	1.90
1140088--1140119	14	2.3	14	100	0	64	59	6	0	34	1.23
1145152--1145217	23	2.8	23	77	9	62	54	3	0	42	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1146570--1146607	18	2.1	19	90	5	60	52	0	2	44	1.14
1152602--1152659	24	2.5	23	78	13	64	53	0	1	44	1.10
1152608--1152657	24	2.1	24	85	7	66	54	0	2	44	1.11
1152614--1152679	28	2.3	30	79	12	75	57	1	0	40	1.08
1159306--1159363	31	1.9	30	86	10	82	41	17	10	31	1.83
1176563--1176590	12	2.3	12	100	0	56	25	17	21	35	1.95
1178586--1178630	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
1193735--1194425	241	2.9	239	92	2	1136	32	12	21	32	1.91
1195215--1195398	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
1195399--1195439	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356