genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66651084--66651159	37	2.1	37	87	5	109	23	18	30	27	1.98
66652376--66652761	40	9.6	40	89	3	562	23	21	28	26	1.99
66656174--66656406	47	4.9	47	95	2	421	32	7	28	30	1.85
66657101--66657198	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
66657129--66657211	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
66665023--66665049	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
66665498--66665595	27	3.5	28	88	2	126	26	12	28	32	1.92
66665526--66665608	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
66669253--66669423	93	1.8	93	89	2	272	28	28	20	22	1.99
66669245--66669420	46	3.8	46	76	14	173	29	27	19	22	1.98
66669846--66669905	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
66674058--66674160	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
66674301--66674832	48	11.0	48	93	0	857	31	25	6	36	1.81
66678807--66679051	40	6.2	40	87	0	339	26	28	20	24	1.99
66678821--66679051	79	2.9	80	88	1	329	25	28	20	24	1.99
66678822--66679051	119	1.9	119	89	0	352	26	28	20	24	1.99
66680329--66680431	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
66680572--66681101	48	11.0	48	95	0	907	31	27	6	35	1.81
66689874--66690027	43	3.6	43	79	6	186	31	24	16	27	1.97
66690795--66690891	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
66693287--66693383	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
66702234--66702296	18	3.4	18	78	10	74	14	19	0	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66702282--66702319	15	2.5	15	87	8	51	5	28	2	63	1.30
66702705--66702836	63	2.1	64	91	2	221	14	21	21	42	1.88
66704543--66704695	27	5.7	26	76	12	114	39	20	9	30	1.84
66704535--66704711	54	3.3	54	81	5	207	38	20	9	31	1.84
66704689--66705105	27	15.4	27	81	4	302	32	22	8	36	1.84
66705110--66705582	27	17.6	27	85	2	619	35	20	19	24	1.96
66705841--66705892	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
66705822--66705975	67	2.3	67	98	0	299	18	29	22	30	1.97
66705908--66705959	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
66706078--66706236	6	25.8	6	75	14	146	16	17	16	49	1.80
66706078--66706157	37	2.2	37	93	0	142	16	18	17	47	1.83
66706081--66706219	62	2.2	62	93	0	233	15	18	17	48	1.82
66706137--66706228	37	2.5	37	85	0	130	17	17	16	48	1.81
66706078--66706245	19	9.1	18	77	15	94	17	16	16	49	1.80
66709957--66710132	46	3.8	45	78	12	196	19	20	30	29	1.97
66709954--66710125	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
66714965--66715062	27	3.5	28	87	2	126	26	13	29	30	1.94
66714993--66715075	27	3.0	27	85	5	87	30	12	26	31	1.92
66714965--66715076	28	4.0	27	81	6	89	28	12	26	32	1.93
66720528--66720703	46	3.8	45	79	12	205	20	20	29	29	1.98
66720525--66720696	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
66725545--66725642	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66725573--66725655	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
66725545--66725656	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
66742234--66742274	19	2.2	19	100	0	82	36	19	9	34	1.85
66746702--66746771	27	2.6	27	100	0	140	35	35	15	12	1.86
66749421--66749926	49	10.6	49	93	2	820	29	29	8	32	1.87
66753224--66753356	64	2.1	64	95	2	241	22	21	10	45	1.82
66755881--66755919	19	2.1	19	95	0	69	48	5	12	33	1.63
66759712--66760390	40	17.1	40	90	2	1050	28	18	27	25	1.98
66767482--66768087	40	15.1	40	92	0	962	27	18	28	25	1.98
66783811--66783842	13	2.5	13	94	0	55	40	18	25	15	1.90
66786931--66787058	49	2.6	48	84	7	152	24	29	19	26	1.98
66786978--66787249	46	5.7	46	74	12	171	22	27	21	29	1.99
66786937--66787204	48	5.6	48	75	12	212	23	25	20	30	1.99
66786967--66787258	94	3.1	94	77	8	288	23	26	20	29	1.99
66796164--66796310	40	3.6	39	87	7	188	33	25	17	24	1.96
66797717--66797803	45	1.9	45	92	0	147	26	13	24	35	1.93
66804583--66804948	48	7.6	48	80	5	265	25	30	18	26	1.98
66804628--66804948	48	6.7	48	84	0	381	24	31	18	25	1.98
66811975--66812042	33	2.1	33	100	0	136	30	11	10	47	1.74
66815713--66815824	58	1.9	58	87	1	163	27	28	16	27	1.97
66815716--66815824	29	3.8	29	84	6	132	27	27	16	28	1.97
66817348--66817379	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66820015--66820118	29	3.6	28	76	5	109	27	28	16	26	1.97
66821586--66821618	16	2.1	16	94	0	57	21	6	24	48	1.72
66823845--66824062	40	5.5	40	85	3	264	22	22	28	25	1.99
66828151--66828184	9	3.7	9	88	4	50	11	2	23	61	1.43
66848390--66848547	46	3.4	47	82	8	175	29	19	27	22	1.98
66848444--66848661	46	4.6	47	74	12	169	29	20	26	22	1.99
66854545--66854637	28	3.3	28	93	3	152	34	26	7	31	1.84
66854743--66854804	27	2.2	29	82	5	74	19	25	24	30	1.98
66854761--66854815	29	1.9	28	85	3	74	23	23	20	32	1.98
66855268--66855306	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
66862416--66862508	28	3.3	28	90	3	143	34	27	7	30	1.85
66862614--66862674	28	2.2	27	85	2	77	14	24	26	34	1.94
66863138--66863176	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
66866636--66866662	13	2.1	13	100	0	54	14	40	7	37	1.74
66872691--66872850	42	3.8	42	84	4	205	29	15	26	29	1.96
66875112--66875164	27	2.0	27	96	0	97	39	20	16	22	1.92
66875370--66875410	19	2.3	18	87	8	57	24	41	24	9	1.85
66883135--66883182	20	2.4	19	70	10	51	35	14	27	22	1.93
66884048--66884100	22	2.4	22	96	0	97	15	35	28	20	1.93
66885851--66885889	15	2.6	15	88	8	53	10	10	20	58	1.59
66892365--66892393	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
66896635--66896666	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66897507--66897551	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
66897709--66897844	40	3.4	40	90	1	209	22	21	22	33	1.97
66901802--66901962	35	4.6	35	79	1	153	30	8	16	44	1.77
66905951--66905998	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
66906112--66906206	23	4.1	23	90	5	156	27	20	21	31	1.97
66906421--66906484	31	2.1	31	87	0	92	39	14	23	23	1.91
66911642--66911710	27	2.6	27	85	0	102	42	20	10	27	1.84
66911693--66912069	27	14.0	27	75	8	205	39	17	9	32	1.82
66912196--66912240	20	2.2	20	84	7	56	22	6	31	40	1.80
66912325--66912490	41	4.0	41	82	6	210	22	21	28	27	1.99
66912331--66912491	82	2.0	82	91	0	259	22	21	28	27	1.99
66914464--66914514	23	2.4	22	81	12	61	17	5	25	50	1.68
66914683--66914720	15	2.5	15	100	0	76	21	15	34	28	1.94
66916826--66916988	40	4.1	40	82	7	181	23	28	23	23	1.99
66917556--66917595	21	1.9	21	85	10	55	37	17	5	40	1.72
66918996--66919073	27	2.9	27	82	0	102	35	16	19	28	1.93
66919058--66919131	26	2.8	27	85	4	96	37	20	10	31	1.87
66919066--66919431	27	13.6	27	78	4	220	40	19	9	30	1.84
66921861--66922019	35	4.5	35	76	3	167	30	8	17	43	1.79
66923429--66923460	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
66925445--66925653	27	7.7	27	89	4	305	26	13	28	31	1.94
66925445--66925653	55	3.9	55	90	3	316	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66933628--66933834	27	7.6	27	89	3	297	27	13	28	31	1.94
66933628--66933834	55	3.8	55	94	0	342	27	13	28	31	1.94
66957877--66958036	43	3.7	42	79	11	146	25	18	24	31	1.97
66967896--66967959	29	2.1	31	94	5	114	42	6	26	25	1.78
66968333--66968489	43	3.7	43	75	10	151	24	15	25	33	1.95
66976302--66976400	42	2.3	43	79	10	114	32	23	16	28	1.96
66997382--66997580	64	3.1	62	67	13	163	50	6	4	39	1.46
66997350--66997596	126	2.0	126	93	1	424	51	6	3	38	1.44
66998298--66998435	44	3.2	43	83	7	156	31	23	18	26	1.98
67005555--67005609	29	1.9	29	82	17	71	32	21	9	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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