genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.348.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111455602--111455664	22	2.9	22	92	0	108	36	52	0	11	1.37
111455620--111455688	35	2.0	35	94	0	120	34	53	1	10	1.44
111456055--111456103	3	16.0	3	78	4	53	28	2	2	67	1.13
111456055--111456096	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
111456128--111456199	23	3.1	23	72	6	65	27	8	2	61	1.39
111461997--111462959	206	4.7	206	94	1	1675	29	18	23	28	1.98
111463053--111463144	45	2.0	45	89	4	141	30	13	29	27	1.94
111463391--111463419	15	2.0	15	93	6	51	34	27	13	24	1.93
111465134--111465312	27	6.6	27	89	2	250	27	13	27	31	1.94
111465134--111465312	55	3.3	54	92	1	277	27	13	27	31	1.94
111465134--111465312	82	2.2	82	91	0	286	27	13	27	31	1.94
111473208--111473386	27	6.6	27	90	2	259	26	13	27	31	1.94
111473208--111473386	55	3.3	54	92	1	286	26	13	27	31	1.94
111473208--111473386	82	2.2	82	92	0	295	26	13	27	31	1.94
111474796--111474873	13	6.6	13	76	20	91	35	51	0	12	1.40
111474796--111474873	22	3.4	22	85	13	111	35	51	0	12	1.40
111475241--111475282	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
111475267--111475348	33	2.3	39	83	12	104	34	13	0	52	1.41
111475294--111475378	23	3.6	23	70	9	64	29	9	2	58	1.42
111475926--111476046	61	2.0	61	96	0	224	36	9	19	34	1.84
111477219--111477287	23	3.0	23	64	16	61	40	11	8	39	1.72
111477197--111477287	46	2.0	46	100	0	182	38	13	8	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111480831--111480862	16	2.0	16	93	0	55	0	15	0	84	0.63
111481286--111481335	21	2.4	21	80	6	57	62	0	2	36	1.07
111481764--111481792	3	9.7	3	100	0	58	0	34	31	34	1.58
111485098--111485148	23	2.3	23	83	6	61	62	9	0	27	1.26
111485124--111485222	52	2.0	49	82	13	121	56	3	9	31	1.46
111485267--111485295	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
111485368--111485413	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
111485343--111485404	21	2.7	25	78	19	80	62	0	8	29	1.23
111485360--111485446	15	6.0	14	73	13	52	64	0	9	26	1.23
111486004--111486031	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
111486385--111486468	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
111488085--111488199	27	4.3	26	75	11	106	18	23	21	36	1.95
111488085--111488199	54	2.1	54	84	9	146	18	23	21	36	1.95
111493367--111493451	43	2.0	43	95	0	152	31	16	8	43	1.77
111493424--111493495	35	2.1	35	94	0	126	25	22	11	41	1.86
111494913--111495025	30	3.9	30	79	9	117	32	16	14	36	1.89
111494970--111495021	26	2.0	26	92	0	86	28	17	17	36	1.92
111497500--111497554	28	2.0	28	96	0	101	49	20	7	23	1.74
111503766--111503806	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
111508426--111508475	23	2.2	23	100	0	100	64	4	4	28	1.30
111512298--111512339	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
111512302--111512338	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111515794--111515916	18	6.8	18	78	17	96	36	11	14	37	1.82
111515801--111515916	35	3.2	35	95	3	196	37	12	13	37	1.82
111516400--111516455	17	3.4	17	75	25	57	37	1	0	60	1.07
111516403--111516469	16	4.2	16	73	19	59	37	1	0	61	1.05
111516436--111516484	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
111523366--111524121	205	3.7	205	91	0	1181	31	18	21	28	1.97
111524474--111524604	17	7.3	19	76	20	56	36	11	13	38	1.81
111524490--111524607	35	3.3	35	95	3	200	37	11	14	36	1.83
111525080--111525145	17	3.9	17	73	16	66	34	1	0	63	1.04
111525045--111525131	38	2.3	37	82	9	97	34	4	1	59	1.25
111525122--111525171	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
111530186--111530237	23	2.3	23	93	0	86	48	13	1	36	1.54
111532518--111532609	29	3.2	29	73	17	111	58	10	10	19	1.61
111532516--111532609	28	3.3	28	73	18	95	59	10	10	19	1.59
111532532--111532620	29	3.1	28	71	16	76	57	14	8	19	1.63
111533456--111533491	15	2.4	15	100	0	72	77	0	0	22	0.76
111533474--111533516	22	1.9	23	95	4	79	67	0	0	32	0.91
111538619--111538683	26	2.5	26	82	0	85	38	23	24	13	1.91
111538749--111538810	25	2.5	24	86	2	79	37	24	25	12	1.91
111538741--111538810	24	2.9	23	79	10	77	38	22	25	12	1.90
111543300--111543361	31	2.0	31	96	0	115	41	11	11	35	1.77
111545587--111545611	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111548491--111548742	42	6.1	41	86	8	334	28	21	28	21	1.99
111549103--111549132	15	1.9	16	93	6	53	0	46	16	36	1.47
111549063--111549112	17	2.8	17	78	21	57	0	48	22	30	1.51
111561894--111561964	26	2.8	25	80	4	88	38	22	25	14	1.92
111562021--111562083	25	2.6	25	87	2	83	38	23	25	12	1.90
111566475--111566536	31	2.0	31	96	0	115	41	11	11	35	1.77
111571652--111571921	43	6.3	43	94	0	450	31	20	27	20	1.98
111572286--111572315	15	1.9	16	93	6	53	0	46	16	36	1.47
111572245--111572298	21	2.9	18	82	17	74	0	50	20	29	1.49
111572718--111572746	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
111572913--111572951	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
111577953--111578142	9	20.6	9	71	11	98	37	1	13	47	1.53
111577953--111578115	71	2.3	69	83	4	193	38	1	13	47	1.51
111577989--111578173	96	2.0	90	85	9	250	37	2	12	47	1.53
111577929--111578142	114	1.9	114	83	5	281	37	1	13	47	1.52
111577989--111578173	87	2.1	87	83	7	225	37	2	12	47	1.53
111578247--111578302	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
111578628--111579308	358	1.9	357	97	0	1283	38	11	14	35	1.81
111582573--111582608	17	2.2	17	95	5	65	72	5	0	22	1.05
111582721--111582769	16	2.9	16	79	11	53	46	6	8	38	1.58
111582884--111582938	8	7.0	8	74	10	51	34	45	0	20	1.51
111582884--111582946	15	4.1	15	78	8	72	34	44	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111582914--111583081	73	2.3	72	80	7	194	38	36	1	23	1.65
111583295--111583333	7	5.6	7	96	0	60	51	28	0	20	1.48
111584048--111584168	42	2.9	42	92	4	194	28	25	17	28	1.97
111584039--111584180	42	3.4	42	87	4	182	26	22	18	33	1.97
111584137--111584503	154	2.4	154	86	2	495	28	24	18	28	1.98
111586354--111586382	9	3.2	9	100	0	58	89	0	10	0	0.48
111588148--111588279	66	2.0	66	95	0	237	32	19	11	36	1.88
111588475--111589621	68	16.9	68	90	1	1535	25	23	22	28	1.99
111589696--111591156	44	33.1	42	70	12	393	31	18	23	26	1.97
111589675--111591166	88	16.9	87	72	11	948	31	17	23	26	1.97
111589733--111591166	132	10.8	132	94	0	2483	31	17	23	27	1.97
111589733--111591166	398	3.6	398	94	0	2550	31	17	23	27	1.97
111591165--111591262	44	2.2	45	83	1	117	32	13	27	26	1.93
111596326--111596409	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
111601470--111601521	16	3.4	16	75	20	65	59	3	0	36	1.16
111601463--111601523	30	2.0	30	96	0	113	57	3	0	39	1.15
111607532--111607595	21	3.0	21	97	0	119	40	26	0	32	1.56
111609138--111609272	30	4.7	29	78	8	134	33	19	12	34	1.89
111609145--111609234	28	3.1	27	72	17	74	37	16	10	35	1.82
111609138--111609278	58	2.5	57	85	2	185	34	18	12	34	1.89
111610728--111610757	12	2.4	13	94	5	53	60	0	0	40	0.97
111611965--111612032	27	2.5	28	83	7	86	17	2	42	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111612872--111612900	14	2.1	14	100	0	58	6	6	37	48	1.57
111613926--111614094	57	3.0	57	97	0	311	40	9	8	41	1.67
111613947--111614040	28	3.3	28	61	15	66	42	6	6	44	1.55
111613975--111614068	28	3.3	29	61	15	70	46	9	7	36	1.65
111614390--111614432	10	4.2	10	79	5	50	34	0	0	65	0.93
111614713--111614760	22	2.2	22	92	3	80	27	25	0	47	1.52
111619537--111619568	16	2.0	16	93	0	55	37	15	0	46	1.46
111652811--111652891	26	3.2	26	94	1	146	37	25	6	30	1.81
111659885--111659985	26	3.9	26	96	0	184	37	26	3	31	1.75
111661084--111661145	28	2.3	26	81	13	72	54	1	8	35	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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