genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73827905--73827939	17	2.1	17	94	0	61	14	0	45	40	1.45
73836258--73836402	7	20.3	7	65	20	52	55	1	4	38	1.30
73836258--73836397	19	7.6	19	67	19	66	55	1	4	38	1.28
73836236--73836349	57	2.0	56	80	13	126	59	0	6	33	1.28
73837900--73838362	44	10.5	44	90	0	676	27	26	14	31	1.95
73853567--73853607	21	2.0	21	85	9	57	60	0	12	26	1.31
73855326--73855471	57	2.5	55	79	9	150	27	13	32	26	1.93
73855326--73855477	29	5.3	29	81	4	159	26	13	32	26	1.93
73857689--73857805	36	3.1	36	87	8	144	31	17	23	28	1.96
73857685--73857841	43	3.9	41	79	12	164	31	17	24	27	1.97
73857924--73857970	20	2.3	20	81	0	58	29	2	27	40	1.68
73870309--73870369	27	2.3	27	94	0	104	40	19	22	16	1.90
73872983--73873354	47	7.9	47	94	1	636	31	9	30	29	1.88
73872986--73873354	190	1.9	190	94	0	657	31	9	30	28	1.88
73875012--73875085	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
73875398--73875620	40	5.6	40	90	2	313	25	21	26	26	2.00
73879033--73879404	47	7.9	47	94	1	636	31	9	30	29	1.88
73879036--73879404	190	1.9	190	94	0	657	31	9	30	28	1.88
73881061--73881134	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
73881446--73881668	40	5.6	40	90	2	313	25	21	26	26	2.00
73885137--73885508	47	7.9	47	94	1	636	31	9	30	29	1.88
73885140--73885508	190	1.9	190	94	0	657	31	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73888215--73888247	15	2.2	16	89	10	52	66	0	30	3	1.06
73890994--73891018	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
73893024--73893084	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
73896006--73896064	25	2.4	22	76	20	55	49	0	6	44	1.29
73920652--73920871	27	8.1	27	79	11	164	32	8	18	40	1.81
73920739--73920880	53	2.6	54	82	4	171	29	9	21	39	1.84
73920860--73920988	27	4.8	27	85	0	141	40	7	21	30	1.81
73920833--73920960	54	2.4	54	83	0	148	39	7	20	33	1.79
73920830--73920988	54	2.9	54	79	1	140	38	7	22	32	1.82
73920848--73921026	81	2.2	81	76	0	187	36	7	21	34	1.81
73923731--73923806	31	2.4	31	91	2	116	21	26	18	34	1.96
73924025--73924163	47	3.0	47	86	1	190	28	22	23	26	1.99
73924022--73924164	23	6.1	23	84	2	187	27	21	22	28	1.99
73924001--73924165	70	2.3	71	86	4	226	26	22	22	28	1.99
73924215--73924281	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
73925526--73925590	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
73925648--73925953	27	11.3	27	79	8	158	33	8	18	39	1.81
73925727--73925858	54	2.5	54	87	8	198	29	7	19	43	1.79
73925876--73925983	27	4.0	27	88	0	144	43	8	18	29	1.79
73925887--73926007	27	4.5	27	84	4	136	42	9	20	27	1.82
73925877--73926034	54	2.9	54	80	1	138	39	8	21	30	1.84
73928013--73928158	40	3.7	40	83	7	172	26	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73934469--73934524	21	2.6	21	82	5	76	19	25	37	17	1.94
73936107--73936245	48	2.9	48	82	1	172	30	15	23	30	1.95
73936213--73936285	38	1.9	38	94	0	128	27	15	28	28	1.96
73941812--73941984	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
73941809--73941979	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
73946164--73946336	47	3.7	47	86	4	215	23	13	27	34	1.93
73946163--73946336	94	1.9	94	86	0	249	23	14	27	34	1.94
73948803--73948872	24	2.9	24	78	4	70	18	37	4	40	1.71
73948830--73948884	24	2.3	24	87	6	76	12	38	5	43	1.66
73950858--73951149	139	2.1	140	92	2	482	44	4	9	41	1.58
73951124--73951265	75	1.9	75	91	5	234	31	13	9	45	1.75
73956004--73956103	43	2.3	42	85	8	130	24	26	22	28	1.99
73963524--73963626	27	3.5	27	68	21	80	27	11	26	34	1.91
73963506--73963630	63	2.0	63	98	0	241	26	11	28	34	1.90
73964170--73964361	38	5.0	38	91	0	294	16	22	26	34	1.95
73969225--73969319	25	3.8	25	84	1	129	28	14	21	35	1.93
73970107--73970178	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
73970941--73970973	8	4.1	8	85	14	50	51	24	21	3	1.62
73971388--73971499	27	4.2	26	76	14	102	17	23	21	37	1.94
73984745--73984922	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73984766--73984921	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73988150--73988373	40	5.6	40	84	7	285	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73988150--73988373	83	2.8	80	83	6	274	26	26	22	24	2.00
73996814--73996953	39	3.6	39	94	0	235	37	25	25	11	1.90
73998707--73998800	46	2.0	46	97	0	179	22	28	11	37	1.89
74000425--74000505	4	19.8	4	77	5	72	65	2	25	6	1.29
74007577--74007657	4	19.8	4	77	5	72	65	3	25	4	1.30
74016557--74016623	31	2.2	30	83	2	80	19	11	25	43	1.85
74024336--74024385	6	8.3	6	79	0	55	76	6	2	16	1.08
74031943--74032239	47	6.3	47	90	0	450	27	30	9	32	1.88
74031943--74032239	94	3.2	94	95	0	513	27	30	9	32	1.88
74047463--74047568	29	3.7	29	81	10	119	25	26	16	31	1.97
74047568--74047613	18	2.6	17	83	6	56	36	26	4	32	1.76
74047802--74047853	8	6.5	8	81	0	68	7	21	25	46	1.77
74047794--74047847	16	3.4	16	89	0	81	7	18	27	46	1.76
74047801--74047853	16	3.3	16	89	0	79	7	20	24	47	1.76
74051059--74051133	15	5.0	15	76	0	69	14	17	14	53	1.73
74051060--74051133	30	2.5	30	79	0	85	14	16	14	54	1.72
74056266--74056477	75	2.8	75	83	0	271	33	19	16	29	1.95
74059542--74059735	47	4.1	47	88	1	262	32	9	30	27	1.89
74059854--74059932	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
74061784--74061929	43	3.4	43	99	0	283	23	15	34	26	1.94
74061911--74061984	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
74062295--74062486	40	4.9	40	85	5	248	22	22	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74062292--74062486	76	2.5	78	83	3	250	22	22	29	25	1.99
74065951--74066144	47	4.1	47	88	1	262	32	9	30	27	1.89
74066263--74066341	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
74080613--74080637	7	3.6	7	100	0	50	56	0	44	0	0.99
74083877--74083937	32	1.9	32	100	0	122	22	8	13	55	1.64
74084939--74085071	35	3.8	35	76	5	126	27	7	20	45	1.78
74093873--74093925	26	2.0	26	100	0	106	26	0	37	35	1.57
74102070--74102294	40	5.6	40	82	6	276	23	27	24	24	2.00
74102034--74102294	80	3.3	79	83	5	303	24	26	23	25	2.00
74104145--74104209	32	2.1	31	88	5	96	24	3	12	60	1.47
74111140--74111218	27	2.9	27	94	0	131	17	31	27	22	1.97
74112274--74112456	91	2.0	91	98	0	357	28	26	24	19	1.99
74114337--74114438	49	2.1	49	83	3	125	32	20	25	21	1.98
74118423--74118541	50	2.3	51	87	8	163	33	15	14	36	1.88
74119752--74119777	9	2.9	9	100	0	52	80	0	7	11	0.89
74120313--74120406	21	4.5	21	75	7	66	29	38	10	21	1.87
74152542--74152719	88	2.0	88	95	0	320	34	11	16	37	1.85
74164938--74165110	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
74164935--74165105	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
74169825--74170002	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
74169846--74170001	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74177857--74178034	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74177878--74178033	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74183727--74183899	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
74183724--74183894	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
74191284--74191347	30	2.1	32	82	5	78	23	1	17	57	1.48
74200614--74200652	19	2.1	19	90	0	60	23	12	17	46	1.83
74200844--74200936	46	2.0	46	95	0	168	44	22	15	18	1.87
74204374--74204532	42	3.7	43	78	8	162	27	17	25	28	1.98
74206275--74206450	46	3.8	46	75	12	171	21	20	28	30	1.98
74206271--74206442	93	1.8	93	88	0	263	20	20	29	29	1.98
74209403--74209467	15	4.4	15	81	16	82	10	13	12	63	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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