genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62575173--62575554	89	4.3	89	78	2	399	32	17	20	29	1.96
62577046--62577072	12	2.2	12	100	0	54	25	7	0	66	1.17
62580126--62580288	57	2.8	57	87	4	229	46	15	16	21	1.84
62580367--62580405	20	2.0	20	100	0	78	41	7	10	41	1.68
62580527--62580580	18	3.2	17	85	10	76	31	11	7	50	1.66
62580527--62580574	17	2.8	18	87	6	64	31	12	6	50	1.65
62581231--62581338	20	5.8	18	69	21	64	51	2	2	42	1.30
62581633--62581696	32	2.0	32	100	0	128	34	15	9	40	1.80
62583932--62584049	43	2.8	42	78	6	114	32	21	17	28	1.96
62584914--62584972	29	2.0	29	96	0	109	57	10	11	20	1.63
62591073--62591145	38	1.9	38	100	0	146	35	26	13	24	1.93
62594167--62594399	126	1.8	126	86	0	340	31	22	19	27	1.98
62596348--62596389	11	3.9	11	81	3	50	2	19	0	78	0.86
62596349--62596399	23	2.3	22	86	3	66	3	21	0	74	0.98
62612745--62612803	3	20.7	3	75	16	54	67	1	28	1	1.10
62615539--62615733	26	7.5	26	74	9	130	36	26	14	21	1.93
62615595--62615734	52	2.7	53	80	6	153	38	25	15	21	1.92
62616967--62617096	65	2.0	64	87	1	188	38	16	21	23	1.93
62620088--62620181	46	2.0	47	97	2	181	48	17	4	29	1.65
62620954--62620985	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
62620955--62620985	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
62628182--62628214	16	2.0	17	88	5	50	51	0	9	39	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62638968--62639007	20	2.2	20	86	13	59	47	22	0	30	1.52
62639283--62639417	48	2.8	48	79	9	143	27	27	20	25	1.99
62656013--62656048	16	2.2	16	95	0	63	47	16	25	11	1.79
62659005--62659047	17	2.6	17	75	17	54	55	6	0	37	1.27
62667103--62667135	15	2.3	15	94	5	59	66	0	0	33	0.92
62667865--62667994	48	2.7	47	78	11	129	34	8	6	50	1.58
62668913--62668971	9	6.6	9	88	7	93	42	22	10	25	1.84
62668983--62669029	14	3.3	14	82	11	60	21	0	2	76	0.89
62668990--62669031	6	6.5	6	86	13	57	19	0	2	78	0.86
62668989--62669031	20	2.2	20	95	0	77	18	0	2	79	0.85
62670240--62670281	18	2.3	18	91	0	66	21	28	7	42	1.79
62673004--62673258	126	2.0	126	95	0	456	26	19	19	34	1.96
62673801--62673871	19	3.8	19	78	12	76	45	18	0	36	1.50
62673970--62674005	15	2.3	16	90	4	56	47	36	0	16	1.47
62676063--62676277	45	4.8	45	92	0	340	27	26	21	24	2.00
62677080--62677274	47	4.1	47	96	0	345	43	12	13	30	1.81
62683859--62683897	18	2.2	18	100	0	78	33	25	28	12	1.93
62683814--62683942	63	2.0	63	92	2	215	28	26	23	21	1.99
62683877--62684034	45	3.5	45	91	0	244	29	24	21	24	1.99
62684837--62684939	47	2.2	48	91	3	172	41	15	12	30	1.84
62687326--62687624	153	2.0	153	87	0	436	21	31	24	22	1.98
62691920--62691997	25	3.1	25	76	10	88	29	20	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62693554--62693606	26	2.0	27	85	3	72	41	26	7	24	1.81
62696791--62697036	104	2.4	105	78	4	275	28	23	19	28	1.98
62703875--62704327	225	2.0	225	96	0	834	34	18	16	30	1.93
62707790--62707882	46	2.0	46	95	0	168	27	11	26	33	1.92
62714692--62714899	39	5.3	39	90	1	319	19	23	27	29	1.98
62731428--62731711	151	1.9	151	87	1	417	35	4	11	47	1.60
62737531--62737586	23	2.4	24	81	3	69	25	21	17	35	1.95
62744293--62744346	22	2.5	22	93	0	99	29	18	29	22	1.97
62751838--62751889	25	2.1	25	85	7	70	50	1	9	38	1.46
62758011--62758073	23	2.7	23	82	0	72	25	25	20	28	1.99
62758033--62758147	46	2.4	47	82	7	135	25	18	20	36	1.94
62758068--62758145	24	3.3	24	77	13	90	24	16	19	39	1.91
62758321--62758382	20	3.1	20	80	0	79	38	9	16	35	1.81
62761594--62761641	24	2.0	24	88	8	71	60	0	0	39	0.97
62763707--62763748	18	2.2	20	87	8	61	52	0	19	28	1.46
62764240--62764357	44	2.7	44	89	1	175	29	17	26	26	1.98
62775746--62775873	35	3.5	35	86	5	157	32	9	25	33	1.87
62775757--62775873	40	3.0	40	81	12	122	31	10	24	33	1.89
62775746--62775916	75	2.4	75	82	9	196	32	11	23	33	1.90
62781101--62781211	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
62783036--62783069	17	2.0	17	94	0	59	35	5	14	44	1.70
62788564--62788616	20	2.6	19	80	11	61	58	1	0	39	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62793157--62793382	112	2.0	114	92	6	377	34	11	21	31	1.90
62795408--62795452	15	2.9	15	80	6	54	57	0	26	15	1.38
62806487--62806608	58	2.1	59	92	1	201	33	14	13	38	1.85
62813152--62813213	26	2.4	25	81	10	72	43	16	8	32	1.77
62824851--62824913	19	3.8	17	72	21	53	68	3	0	28	1.05
62829553--62830433	451	1.9	458	85	4	1215	33	13	17	35	1.89
62835332--62835633	130	2.3	130	84	2	374	34	14	19	31	1.92
62835455--62835801	192	1.8	191	84	0	478	35	13	19	31	1.91
62835467--62835863	192	2.1	192	79	2	440	35	13	19	31	1.90
62835637--62836034	129	3.1	129	82	4	489	36	13	17	31	1.89
62841869--62841902	16	2.0	17	88	11	52	23	29	32	14	1.94
62846892--62846960	33	2.1	33	83	0	84	30	20	27	21	1.98
62848622--62848679	22	2.5	23	78	18	66	63	6	3	25	1.35
62849876--62849900	13	1.9	13	100	0	50	64	12	0	24	1.27
62850773--62850839	31	2.2	31	89	5	100	41	8	13	35	1.76
62864452--62864488	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
62864521--62864577	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
62865305--62865469	63	2.6	63	93	0	287	55	2	3	38	1.28
62869108--62869144	18	2.1	18	100	0	74	29	21	27	21	1.99
62874459--62874549	45	2.0	45	100	0	182	42	6	4	46	1.50
62879992--62880218	116	2.0	116	90	0	355	40	20	10	28	1.86
62881142--62881202	29	2.0	31	84	6	81	45	8	14	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62883626--62883714	25	3.5	26	72	15	87	20	24	22	32	1.98
62883671--62883789	25	4.8	25	79	5	109	21	28	20	29	1.98
62883748--62883804	25	2.2	25	81	9	62	17	24	22	35	1.95
62885456--62885536	32	2.5	32	91	4	126	38	14	19	27	1.91
62886625--62886680	19	3.3	19	67	27	61	26	25	26	21	1.99
62886624--62886697	32	2.3	32	95	0	130	28	28	25	17	1.98
62887080--62887356	138	2.0	138	98	0	536	33	17	25	23	1.96
62889696--62889751	25	2.3	23	78	6	58	28	1	5	64	1.26
62896112--62896189	32	2.4	32	95	2	138	35	16	20	26	1.94
62902235--62902411	94	1.9	94	87	0	264	27	20	30	20	1.98
62902287--62902451	44	3.6	44	78	11	154	27	19	28	24	1.98
62903292--62903410	55	2.2	55	84	3	150	21	22	29	26	1.99
62906053--62906186	67	2.0	67	98	0	259	39	3	4	52	1.40
62909386--62909411	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
62926451--62926485	16	2.2	16	100	0	70	34	25	11	28	1.91
62926631--62926760	46	2.8	48	78	13	155	30	27	20	22	1.98
62933705--62933880	46	3.8	46	76	12	189	28	28	21	21	1.98
62936214--62936249	5	7.6	5	87	12	58	19	0	0	80	0.71
62936215--62936242	13	2.2	13	100	0	56	21	0	0	78	0.75
62936436--62936495	30	2.0	30	100	0	120	13	20	13	53	1.72
62955939--62955973	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
62955989--62956033	23	1.9	24	90	4	74	24	51	2	22	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62956288--62956368	27	3.0	27	87	7	128	39	18	14	27	1.90
62963238--62963436	40	5.0	40	86	0	245	24	20	28	27	1.99
62963600--62963650	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
62974331--62974381	17	2.9	17	79	2	57	13	25	45	15	1.83
62975413--62975478	6	10.8	6	79	9	71	50	10	19	19	1.77
62975412--62975512	37	2.7	37	84	3	123	47	9	20	21	1.79
62975455--62975534	31	2.6	31	78	7	90	48	12	18	20	1.80
62975413--62975534	37	3.5	35	74	17	110	49	10	19	20	1.78
62977427--62977496	25	2.8	24	87	8	104	45	11	24	18	1.82
62977427--62977524	31	3.4	30	73	21	91	47	11	21	19	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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