genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78708356--78708410	25	2.2	25	86	0	74	18	30	18	32	1.95
78708366--78708437	25	2.8	27	81	10	87	18	25	19	37	1.94
78708372--78708444	26	2.8	26	85	6	87	21	24	17	35	1.95
78711200--78711243	21	2.2	20	83	4	52	61	6	25	6	1.46
78722240--78722276	18	2.1	18	94	0	65	45	13	10	29	1.77
78723776--78723845	28	2.5	27	84	9	88	27	12	27	32	1.93
78727998--78728166	46	3.6	45	74	9	144	28	19	28	23	1.98
78738525--78738743	46	4.7	46	81	7	246	24	19	25	30	1.98
78746151--78746462	46	6.7	46	77	11	305	22	19	27	30	1.98
78746148--78746318	93	1.8	93	91	2	281	21	19	28	29	1.98
78746152--78746462	139	2.2	139	95	0	568	22	19	27	29	1.98
78748049--78748094	6	8.0	6	76	9	51	17	4	0	78	0.91
78748049--78748096	17	2.9	16	84	9	60	18	4	0	77	0.93
78748054--78748094	11	3.6	11	90	9	57	17	4	0	78	0.93
78751385--78751459	6	11.8	6	73	9	60	70	1	21	6	1.17
78751407--78751519	42	2.7	41	75	5	118	61	1	26	10	1.39
78751475--78751534	30	1.9	32	83	12	81	60	0	26	13	1.34
78753527--78753572	20	2.2	21	80	3	58	15	21	21	41	1.90
78753537--78753575	10	3.8	10	80	6	51	12	17	23	46	1.83
78753537--78753586	21	2.5	21	83	6	59	14	22	20	44	1.86
78759667--78759842	46	3.8	45	73	11	142	30	28	18	22	1.97
78759674--78759846	93	1.9	93	86	0	247	29	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78762241--78762318	15	5.2	15	80	6	79	55	14	16	14	1.70
78762239--78762318	30	2.7	30	80	7	99	55	13	17	13	1.70
78765213--78765252	19	2.0	20	90	4	64	32	2	10	55	1.47
78766694--78767371	40	16.9	40	92	1	1059	24	22	29	24	1.99
78766694--78767371	162	4.2	160	92	1	1070	24	22	29	24	1.99
78774648--78775325	40	16.9	40	91	1	1032	24	21	29	24	1.99
78774648--78775325	162	4.2	160	91	1	1043	24	21	29	24	1.99
78777224--78777397	93	1.9	93	90	0	276	28	29	20	21	1.98
78777226--78777390	46	3.6	44	77	12	163	28	29	20	22	1.98
78782362--78782410	22	2.2	22	96	0	89	38	10	26	24	1.87
78786466--78786714	43	5.8	42	84	10	290	31	23	22	22	1.98
78786466--78786711	129	1.9	130	85	5	338	30	23	22	22	1.99
78787008--78787055	21	2.3	21	92	7	80	4	56	16	22	1.58
78792332--78792384	7	7.6	7	73	0	52	37	35	5	20	1.77
78792334--78792384	21	2.4	21	84	15	70	37	37	5	19	1.76
78792480--78792543	7	9.1	7	72	6	58	43	39	3	14	1.61
78792916--78792977	14	4.4	13	80	10	52	48	30	0	20	1.50
78792950--78792984	15	2.3	15	90	0	52	42	37	0	20	1.52
78793527--78793685	74	2.1	74	95	0	291	30	26	16	25	1.97
78793586--78794142	114	4.9	114	89	1	796	27	21	20	30	1.98
78793998--78794379	153	2.5	149	80	7	381	28	19	21	30	1.98
78794268--78794378	41	2.8	40	87	2	150	31	23	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78795418--78795537	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
78798124--78798346	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
78798199--78798381	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
78814302--78814332	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
78814299--78814338	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
78814584--78814775	55	3.5	53	78	6	174	22	25	17	34	1.95
78825010--78825089	38	2.1	38	100	0	160	36	11	12	40	1.79
78832004--78832058	16	3.2	18	73	19	55	50	0	3	45	1.19
78835909--78836068	27	6.0	26	80	7	151	42	18	10	28	1.83
78835917--78836106	27	7.0	27	77	8	147	40	16	11	32	1.83
78835917--78836085	54	3.1	54	78	6	180	42	17	10	30	1.82
78836355--78836473	41	2.9	41	92	0	193	21	22	30	26	1.99
78839530--78839628	27	3.7	27	83	0	126	34	14	21	30	1.93
78839627--78839921	27	10.9	27	79	4	240	39	17	10	32	1.84
78840199--78840322	41	3.0	41	86	0	185	20	22	29	26	1.99
78840462--78840526	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
78842199--78842231	16	2.1	16	100	0	66	36	6	27	30	1.81
78844072--78844124	26	2.0	26	100	0	106	26	18	22	32	1.97
78853556--78853602	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
78853953--78854386	50	8.6	50	80	4	426	26	17	24	31	1.97
78853953--78854388	101	4.3	101	80	4	450	26	17	25	31	1.97
78853957--78854394	151	2.9	151	88	0	615	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78858582--78858663	41	2.0	41	85	0	110	19	12	19	48	1.80
78864905--78865110	81	2.5	81	85	1	270	39	18	9	32	1.84
78864905--78865182	27	10.3	27	82	3	238	38	20	10	31	1.85
78865163--78865434	27	10.1	27	82	0	294	29	21	6	41	1.79
78865163--78865434	54	5.1	54	89	0	366	29	21	6	41	1.79
78865671--78865722	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78865652--78865791	67	2.1	68	87	2	201	18	28	22	30	1.97
78865759--78865818	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
78865937--78866015	31	2.5	31	93	0	131	17	17	15	49	1.80
78865937--78866024	6	14.3	6	73	17	74	18	17	15	48	1.81
78870196--78870248	24	2.2	24	80	3	63	20	22	24	32	1.98
78879316--78879573	40	6.5	40	89	2	342	25	27	23	22	2.00
78887455--78887670	40	5.5	40	85	4	253	26	28	23	22	1.99
78887490--78887670	79	2.3	80	86	6	253	27	28	23	20	1.99
78906034--78906071	20	1.9	20	89	10	60	52	7	5	34	1.53
78918511--78918826	48	6.6	48	72	9	207	31	18	26	23	1.98
78918511--78918739	96	2.4	97	81	10	251	33	18	24	23	1.97
78924039--78924114	38	2.0	38	97	0	143	27	13	19	39	1.89
78924590--78924680	45	2.0	45	93	0	155	32	7	25	34	1.84
78926247--78926351	48	2.2	48	91	3	167	32	21	25	20	1.97
78929805--78929841	19	1.9	20	88	5	58	54	8	2	35	1.44
78932613--78932807	43	4.6	42	76	3	140	27	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78936189--78936291	43	2.4	43	93	0	170	48	2	24	24	1.65
78938305--78938482	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
78938302--78938482	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
78946491--78946668	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78946492--78946647	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78946488--78946668	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78951364--78951446	37	2.2	37	82	8	96	18	22	25	33	1.96
78960611--78960648	3	13.0	3	84	15	53	31	2	0	65	1.06
78960781--78960815	17	2.1	17	88	0	52	85	2	8	2	0.79
78974432--78974526	24	3.9	24	83	2	109	26	24	18	30	1.98
78980394--78980742	47	7.3	47	90	3	536	28	27	8	34	1.86
78984612--78985112	40	12.6	40	92	2	778	24	29	22	22	1.99
78984725--78984908	17	9.1	22	60	26	61	21	30	25	22	1.99
78984612--78985112	236	2.1	239	91	2	814	24	29	22	22	1.99
78988420--78988896	47	10.0	47	91	3	713	31	9	30	29	1.88
78988417--78988898	96	5.0	96	91	4	769	31	8	30	29	1.88
78989017--78989095	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
78990959--78991116	43	3.4	43	81	18	208	21	15	35	27	1.93
78991024--78991050	12	2.2	12	100	0	54	7	14	37	40	1.74
78990981--78991093	55	2.1	55	100	0	226	19	14	35	30	1.91
78991098--78991171	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
78991482--78991584	40	2.6	40	87	0	143	23	21	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78995364--78995840	47	10.0	47	90	3	695	31	8	30	29	1.88
78995361--78995842	96	5.0	96	90	4	751	31	8	30	29	1.87
78995961--78996039	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
78998184--78998689	47	10.6	47	92	1	778	28	29	8	33	1.87
78998184--78998689	96	5.3	94	91	2	805	28	29	8	33	1.87
78998184--78998689	143	3.5	141	92	1	787	28	29	8	33	1.87
79003262--79003310	10	4.8	10	80	14	55	12	28	18	40	1.86
79005128--79005251	23	5.3	22	69	16	74	28	23	16	32	1.96
79005129--79005240	46	2.4	47	82	4	138	28	22	16	32	1.96
79008369--79008418	26	1.9	26	84	8	66	46	0	0	54	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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