genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67732570--67732615	10	4.5	10	82	15	58	15	26	19	39	1.91
67732832--67732860	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
67734186--67734282	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
67735967--67735996	12	2.5	12	94	0	51	70	3	10	16	1.29
67737487--67737511	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
67739710--67739879	40	4.3	40	83	1	198	23	21	30	25	1.99
67739732--67739914	79	2.3	80	80	1	199	25	20	29	24	1.99
67741712--67741772	21	2.8	21	80	5	68	77	1	19	1	0.95
67741702--67741773	37	2.0	36	84	13	94	75	2	20	1	1.01
67741705--67741774	27	2.7	25	75	18	79	75	2	20	1	1.00
67741712--67741761	6	8.2	6	81	14	50	76	2	22	0	0.89
67741822--67741852	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
67744031--67744127	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
67753640--67753693	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
67755943--67755968	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
67762152--67762182	14	2.2	14	94	0	53	9	29	3	58	1.46
67765512--67765608	30	3.2	30	77	2	106	28	26	15	28	1.96
67767279--67767324	12	3.8	12	88	0	74	71	6	2	19	1.18
67767279--67767335	24	2.4	23	91	2	87	71	7	1	19	1.17
67767281--67767335	13	4.5	13	84	11	71	74	5	1	18	1.10
67768244--67768300	5	11.0	5	77	17	55	78	1	17	1	0.91
67768235--67768300	15	4.4	14	78	17	62	77	1	18	3	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67768235--67768300	31	2.2	31	84	13	84	77	1	18	3	0.98
67768248--67768296	27	1.9	25	84	12	64	79	2	16	2	0.92
67768368--67768392	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
67768362--67768417	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
67768368--67768449	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
67771280--67771304	12	2.1	12	100	0	50	68	8	8	16	1.38
67783195--67783362	39	4.3	40	86	3	216	23	21	29	25	1.99
67783217--67783397	78	2.3	80	81	4	217	25	20	28	24	1.99
67791042--67791264	80	2.8	79	80	3	223	24	21	28	25	1.99
67791095--67791264	40	4.3	40	87	0	216	23	21	29	25	1.99
67791117--67791299	79	2.3	80	81	1	217	25	21	28	24	1.99
67794871--67795116	49	5.0	49	80	4	287	28	27	18	25	1.98
67794873--67795116	100	2.5	99	85	2	328	29	27	18	25	1.98
67795552--67795612	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
67797616--67797683	15	4.5	15	77	14	68	55	14	14	14	1.69
67800350--67800526	49	3.7	48	82	6	200	28	25	19	25	1.98
67802592--67802654	26	2.4	27	84	10	85	39	26	7	25	1.83
67804089--67804261	46	3.7	46	76	13	192	22	20	27	29	1.99
67804086--67804256	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
67804485--67804522	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
67805577--67805678	27	3.7	27	88	3	125	20	23	20	35	1.96
67805577--67805685	54	2.0	54	84	7	141	20	22	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67810656--67810733	33	2.4	33	81	10	88	33	17	24	24	1.97
67810722--67810778	30	1.9	30	85	0	78	26	17	33	22	1.96
67811001--67811049	24	2.0	24	96	0	89	32	20	10	36	1.86
67813053--67813093	18	2.3	18	95	4	75	14	31	29	24	1.95
67813322--67813468	27	5.4	27	82	0	159	32	18	23	25	1.97
67819316--67819341	11	2.4	11	100	0	52	7	15	0	76	0.99
67821766--67821988	40	5.6	39	88	1	275	22	24	27	25	2.00
67821766--67821988	120	1.9	120	86	3	324	22	24	27	25	2.00
67821769--67822023	40	6.4	40	86	2	183	24	23	26	25	2.00
67821766--67821988	80	2.8	80	86	1	304	22	24	27	25	2.00
67824128--67824180	19	2.7	20	82	5	72	50	1	9	37	1.46
67828933--67829000	30	2.3	30	100	0	136	16	25	38	20	1.92
67833619--67833648	10	3.0	10	90	0	51	83	0	0	16	0.65
67833663--67833716	26	2.1	26	93	6	92	61	14	3	20	1.49
67836077--67836310	39	6.0	39	89	2	328	20	20	27	31	1.97
67836443--67836478	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
67838657--67838683	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
67842219--67842452	39	6.0	39	87	2	310	21	19	26	32	1.97
67842585--67842620	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
67851552--67851597	5	8.8	5	85	4	56	19	2	0	78	0.86
67852265--67852346	32	2.6	32	92	0	128	25	26	35	12	1.91
67853936--67853971	18	2.0	18	100	0	72	22	5	11	61	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67854133--67854163	14	2.2	14	100	0	62	61	6	0	32	1.21
67856463--67856776	154	2.0	155	92	1	524	43	15	7	33	1.75
67859676--67859717	22	2.0	21	85	4	57	16	0	42	40	1.48
67859705--67859775	21	3.5	20	74	16	65	19	1	43	35	1.60
67859762--67859815	21	2.5	21	75	3	63	24	0	31	44	1.54
67864973--67865136	43	3.9	42	79	4	150	30	14	25	29	1.94
67865057--67865171	43	2.7	43	84	0	149	28	15	25	30	1.96
67866622--67866655	16	2.1	17	88	5	52	52	29	5	11	1.61
67872554--67872580	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
67873002--67873047	18	2.4	20	92	7	78	41	0	32	26	1.56
67880844--67880875	16	2.0	16	100	0	64	50	37	6	6	1.53
67882325--67882413	29	3.1	29	83	1	99	24	15	31	28	1.96
67882338--67882448	57	1.9	57	81	1	132	23	14	33	28	1.94
67886797--67886917	43	2.9	42	77	11	147	30	16	25	27	1.97
67901575--67901748	49	3.5	49	84	1	249	28	27	17	26	1.97
67901575--67901756	99	1.8	99	95	0	328	28	28	17	26	1.98
67904787--67904981	40	4.9	39	78	7	169	28	20	25	26	1.99
67904787--67904979	80	2.4	79	81	4	210	28	20	24	25	1.99
67904810--67904979	40	4.3	40	84	2	173	26	21	25	26	1.99
67912159--67912343	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
67912160--67912343	40	4.6	40	82	9	207	24	22	27	25	2.00
67912212--67912378	79	2.1	79	83	6	205	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67920254--67920438	79	2.3	81	83	7	227	24	23	27	25	2.00
67920255--67920438	40	4.6	39	82	9	203	24	23	27	25	2.00
67920307--67920471	79	2.1	79	84	6	210	26	21	26	25	2.00
67924493--67924736	49	4.9	49	76	5	229	29	25	18	25	1.98
67928820--67928857	17	2.2	17	100	0	76	26	15	15	42	1.87
67938148--67938793	27	24.2	27	81	7	674	28	21	9	40	1.84
67938166--67938788	108	5.8	108	86	5	829	28	22	9	40	1.84
67938798--67938992	27	7.2	27	82	4	187	36	17	18	26	1.94
67938798--67938993	54	3.6	54	82	2	232	36	18	18	26	1.94
67938817--67938991	81	2.2	81	84	0	215	37	16	19	26	1.93
67939192--67939271	27	3.0	26	87	3	97	21	22	20	36	1.95
67939362--67939420	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
67939585--67939653	27	2.5	28	81	4	70	20	26	17	36	1.94
67939776--67939841	6	10.8	6	78	15	73	18	18	15	48	1.81
67939776--67939841	31	2.2	30	91	2	105	18	18	15	48	1.81
67941857--67942292	27	16.2	27	82	5	470	27	21	9	41	1.83
67941857--67942292	81	5.4	81	84	4	540	27	21	9	41	1.83
67942297--67942492	54	3.6	54	84	2	241	35	18	18	27	1.94
67942305--67942474	81	2.1	81	86	6	238	35	19	18	25	1.95
67942297--67942492	27	7.3	27	81	2	205	35	18	18	27	1.94
67942691--67942773	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
67943084--67943150	27	2.5	27	85	4	82	17	25	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67943275--67943346	6	11.8	6	78	14	76	20	18	12	48	1.80
67961167--67961215	23	2.1	23	100	0	98	40	8	8	42	1.64
67961811--67961853	18	2.4	18	100	0	86	67	11	0	20	1.22
67966351--67966488	40	3.5	40	86	1	179	27	26	21	24	1.99
67967033--67967066	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
67968287--67968311	12	2.1	12	100	0	50	84	8	8	0	0.79
67969386--67969607	39	5.6	39	86	5	265	26	22	27	24	2.00
67969386--67969607	78	2.8	79	85	8	292	26	22	27	24	2.00
67969438--67969640	78	2.6	79	85	5	227	27	21	27	24	1.99
67990155--67990206	27	1.9	27	84	7	70	15	11	3	69	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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