genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71726748--71726807	30	2.0	30	83	0	75	40	13	20	26	1.89
71727128--71727600	48	9.8	48	83	2	574	27	16	28	27	1.97
71736372--71736557	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
71736425--71736590	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
71743678--71743733	19	3.1	19	72	15	64	32	8	17	41	1.81
71744494--71744659	40	4.2	40	90	5	259	22	24	25	28	1.99
71744496--71744649	78	2.0	77	93	1	263	22	23	24	29	1.99
71752225--71752282	27	2.1	27	90	0	89	31	18	17	32	1.94
71753429--71753471	7	6.1	7	94	0	77	46	39	0	13	1.44
71759534--71759580	18	2.6	18	100	0	94	59	0	4	36	1.17
71768284--71768434	46	3.2	46	70	14	123	30	27	19	23	1.98
71788002--71788059	28	2.0	29	93	3	100	46	10	13	29	1.77
71793839--71793924	31	2.8	31	74	0	91	27	20	5	45	1.74
71794388--71794492	31	3.4	31	74	10	117	54	7	2	35	1.44
71794385--71794501	61	1.9	61	92	3	200	52	6	2	37	1.42
71796173--71796215	18	2.4	18	84	0	59	30	18	25	25	1.98
71805393--71805451	31	1.9	31	86	10	86	35	18	3	42	1.67
71805605--71805687	25	3.3	25	81	0	85	25	20	25	28	1.99
71805651--71805698	25	1.9	25	91	0	78	27	22	18	31	1.97
71805854--71805879	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
71809371--71809574	40	5.1	40	83	7	254	25	27	22	24	1.99
71809357--71809574	79	2.7	80	82	7	248	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71822886--71822998	45	2.5	45	85	2	156	39	18	19	22	1.92
71822976--71823000	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
71824066--71824130	5	12.4	5	73	20	53	18	4	3	73	1.13
71824275--71824337	33	1.9	33	84	9	85	53	4	0	41	1.22
71824593--71824667	3	25.7	3	71	15	50	58	5	1	34	1.29
71824626--71824667	20	2.2	19	87	12	59	57	4	0	38	1.20
71826998--71827059	19	3.3	18	72	17	54	33	24	19	22	1.97
71828300--71828357	15	3.8	16	70	22	52	55	10	0	34	1.34
71828299--71828357	31	2.0	29	86	6	82	54	10	0	35	1.34
71828788--71828826	19	2.1	18	86	13	53	53	2	2	41	1.28
71828806--71828848	22	2.0	22	90	0	68	62	4	0	32	1.15
71829194--71829233	21	1.9	21	100	0	80	55	7	20	17	1.66
71829757--71830018	115	2.2	116	87	6	361	26	9	27	36	1.88
71829940--71830098	80	2.0	80	97	0	300	21	11	30	37	1.88
71836261--71836320	29	2.1	29	83	0	75	18	23	23	35	1.96
71839413--71839470	24	2.4	25	88	5	77	27	44	18	8	1.79
71839409--71839480	30	2.4	30	83	6	83	27	44	20	6	1.77
71844877--71844997	21	5.8	21	75	3	100	15	22	19	42	1.88
71844877--71844997	63	1.9	63	84	3	163	15	22	19	42	1.88
71844877--71844997	42	2.9	42	84	0	143	15	22	19	42	1.88
71849075--71849146	31	2.3	32	83	9	96	44	20	6	27	1.77
71850129--71850203	31	2.4	32	86	6	109	26	5	20	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71865262--71865433	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	21	1.99
71865255--71865430	46	3.8	46	78	15	200	28	28	21	21	1.98
71871308--71871355	23	2.3	20	75	21	53	29	16	8	45	1.76
71871314--71871358	23	2.0	23	95	0	81	28	13	8	48	1.72
71873734--71873911	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
71873735--71873890	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
71873731--71873911	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
71891375--71891599	40	5.7	39	85	3	254	26	28	22	23	1.99
71891375--71891559	79	2.3	80	87	0	255	27	27	22	23	1.99
71891375--71891599	79	2.8	78	82	7	240	26	28	22	23	1.99
71897542--71897845	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
71902197--71902235	19	2.0	20	85	5	53	61	23	0	15	1.33
71903352--71903412	30	2.0	30	87	0	86	37	6	24	31	1.81
71906448--71906721	27	10.1	27	80	1	262	38	19	16	25	1.92
71909256--71909404	63	2.3	63	79	12	167	30	16	27	25	1.96
71916743--71916799	24	2.4	25	79	8	64	8	31	7	52	1.59
71919802--71920042	27	8.9	27	85	1	286	32	20	6	40	1.79
71922511--71922693	27	6.8	27	87	0	249	30	22	8	38	1.83
71927391--71927460	28	2.5	28	85	0	95	24	14	30	31	1.94
71930762--71930987	40	5.7	40	86	4	253	26	25	22	25	2.00
71938808--71938992	39	4.6	39	78	14	173	27	27	20	24	1.99
71938841--71938992	82	1.9	81	83	6	200	26	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71940643--71940702	1	60.0	1	100	0	120	100	0	0	0	0.00
71941467--71941582	52	2.2	52	95	0	205	35	15	24	25	1.94
71941467--71941582	24	4.4	27	81	15	154	35	15	24	25	1.94
71941618--71941852	51	4.6	51	83	3	278	28	13	25	31	1.94
71941611--71941852	102	2.4	102	86	4	328	29	13	25	30	1.94
71944617--71944681	22	3.0	21	76	13	60	33	21	23	21	1.97
71944821--71944935	37	2.9	40	82	8	155	25	33	22	18	1.96
71965551--71965628	37	2.1	37	85	0	102	28	30	16	24	1.97
71965746--71966017	47	5.7	47	94	2	447	29	29	8	33	1.87
71965746--71966017	96	2.9	96	93	3	446	29	29	8	33	1.87
71965757--71966019	143	1.9	142	91	3	377	29	29	9	32	1.88
71970948--71971173	40	5.7	40	87	4	280	26	21	26	26	1.99
71975049--71975215	84	2.0	84	96	0	307	25	26	14	32	1.95
71978434--71978474	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
71980784--71980851	3	22.7	3	87	0	100	29	35	0	35	1.58
71983687--71983727	14	3.0	14	83	16	59	70	0	0	29	0.87
71984164--71984197	18	1.9	18	88	5	52	50	14	11	23	1.76
71984531--71984591	17	3.4	17	76	15	61	22	29	0	47	1.52
71984773--71984819	18	2.5	19	75	3	51	40	12	0	46	1.42
71995742--71995801	27	2.2	27	88	5	86	25	15	25	35	1.94
71997692--71997843	40	3.8	40	87	2	198	26	28	21	24	1.99
71997663--71997843	80	2.3	80	81	2	204	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72004247--72004306	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
72004253--72004300	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
72004590--72004616	7	3.9	7	100	0	54	44	0	55	0	0.99
72008391--72008578	40	4.7	40	91	0	315	25	28	21	24	1.99
72010286--72010371	29	3.0	29	86	6	106	24	15	33	26	1.95
72014183--72014227	20	2.2	20	100	0	90	28	28	4	37	1.77
72035101--72035186	44	1.9	45	86	6	122	31	27	17	23	1.97
72035101--72035281	45	4.0	45	79	6	127	33	28	15	23	1.95
72035170--72035285	45	2.6	45	83	2	153	32	29	14	23	1.94
72039637--72039748	37	2.9	37	85	5	125	23	24	25	26	2.00
72039665--72039759	37	2.5	37	87	1	127	23	21	26	29	1.99
72039740--72039960	43	4.9	43	69	18	146	10	23	33	32	1.89
72039777--72039839	27	2.3	27	94	0	108	6	25	34	33	1.81
72039753--72039952	70	2.9	70	93	0	346	9	24	34	32	1.87
72039847--72039909	27	2.3	27	94	0	108	9	25	31	33	1.88
72039879--72039973	43	2.2	43	88	0	136	12	22	34	30	1.91
72046794--72046866	15	4.8	15	77	8	58	12	15	17	54	1.70
72049241--72049407	39	4.3	39	90	0	244	23	19	28	28	1.98
72049243--72049445	78	2.6	78	82	5	207	23	20	28	27	1.99
72051593--72051800	31	6.7	31	91	0	310	30	25	14	29	1.95
72052006--72052112	25	4.4	24	92	3	144	24	23	24	28	2.00
72052019--72052112	25	3.8	25	95	1	163	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72052905--72052976	27	2.7	27	79	12	71	20	23	22	33	1.97
72052920--72052984	27	2.4	27	86	0	94	18	24	20	36	1.94
72053038--72053135	27	3.6	27	81	13	110	33	9	17	39	1.81
72053112--72053251	27	5.2	27	80	6	142	30	8	20	40	1.82
72053035--72053204	54	3.1	54	81	5	175	33	10	17	39	1.83
72053100--72053251	54	2.8	53	84	2	178	30	8	20	40	1.82
72053282--72053398	27	4.3	27	88	0	144	38	7	24	29	1.83
72053282--72053398	54	2.2	54	85	0	162	38	7	24	29	1.83
72058736--72058785	21	2.5	20	78	12	57	36	24	12	28	1.91
72059922--72059974	22	2.4	22	96	0	97	37	26	5	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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